Thành viên cũ
Senior Member
Chào tất cả các anh chị, em đang gặp một số khó khăn trong công việc nên em muốn xin ý kiến và giải pháp từ các anh chị.
Hiện em đang học và làm về proteomic analysis, đối tượng em làm là chủng vi khuẩn cổ Thermococus profundus sinh trưởng ở nhiệt độ 80 oC, cụ thể công việc như sau.
Chủng vi khuẩn Thermococus profundus nuôi ở 80oC đến cuối pha Log thì bắt đầu shock nhiệt 30 phút ở 90oC, sau đó phá tế bào bằng sonication và ly tâm siêu tốc để loại bỏ debris và protein màng, protein nội bào được kết tủa bằng 10% TCA và 10% Axeton sau đó chạy điện di 2 chiều để so sánh sự biến đổi của protein trong quá trình heat shock, xác định các spots new, increase, decrease và cắt các spot này, tiếp theo sử dụng MALDI-TOF method để xác định protein, đến giai đoạn này thì em gặp một số khó khăn như sau:
- Chủng Thermococus profundus chưa có full sequence of protein, cho nên không thể confirm chính xác tên của protein đó.
- Đã sử dụng MSMS để giai trình tự một số spot nhưng cũng không thể search được trên internet.
- Không thể sử dụng antibody cho protein của vi khuẩn, như vậy không thể sử dụng Western Blot để confirm được (trừ trường hợp tự tạo được antibody).
- Liệu có sử dụng PCR để confỉm được không?
- Giải pháp tiếp theo cho vấn đề này?
Xin các anh chị cho em ý kiến và giải pháp, hiện giờ em không còn nhiều thời gian, em chỉ còn tối đa là 7 tháng nữa, mong các anh chị giúp với
Hiện em đang học và làm về proteomic analysis, đối tượng em làm là chủng vi khuẩn cổ Thermococus profundus sinh trưởng ở nhiệt độ 80 oC, cụ thể công việc như sau.
Chủng vi khuẩn Thermococus profundus nuôi ở 80oC đến cuối pha Log thì bắt đầu shock nhiệt 30 phút ở 90oC, sau đó phá tế bào bằng sonication và ly tâm siêu tốc để loại bỏ debris và protein màng, protein nội bào được kết tủa bằng 10% TCA và 10% Axeton sau đó chạy điện di 2 chiều để so sánh sự biến đổi của protein trong quá trình heat shock, xác định các spots new, increase, decrease và cắt các spot này, tiếp theo sử dụng MALDI-TOF method để xác định protein, đến giai đoạn này thì em gặp một số khó khăn như sau:
- Chủng Thermococus profundus chưa có full sequence of protein, cho nên không thể confirm chính xác tên của protein đó.
- Đã sử dụng MSMS để giai trình tự một số spot nhưng cũng không thể search được trên internet.
- Không thể sử dụng antibody cho protein của vi khuẩn, như vậy không thể sử dụng Western Blot để confirm được (trừ trường hợp tự tạo được antibody).
- Liệu có sử dụng PCR để confỉm được không?
- Giải pháp tiếp theo cho vấn đề này?
Xin các anh chị cho em ý kiến và giải pháp, hiện giờ em không còn nhiều thời gian, em chỉ còn tối đa là 7 tháng nữa, mong các anh chị giúp với