Xin cho hoi: the nao la "bootstrap value", cách sử dụng DNAdist

[Luyện Quốc Hải]

Xin cho hoi: the nao la "bootstrap value", cách s

Xin chào mọi người.
Mình đang phải làm về phân loại phân loại phân tử. Có một thuật ngữ mình chưa biết rõ là Bootstrap value. Xin thỉnh giáo mọi người. Chỉ giúp mình nhe.
Ngoài ra mình cũng muốn biết cách sử dụng DNAdist để tính khoảng cách di truyền. Nếu có thể thì xin chỉ bảo chi tiết 1 chút nhé.
Chân thành cảm ơn sự giúp đỡ.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Phân tích bootstrap được thực hiện nhằm kiểm tra tính chính xác và độ tin cậy cho từng nhánh trong cây tiến hóa. Đầu tiên, các vị trí từ chuỗi trình tự đã sắp xếpthẳng hàng sẽ được đảo chỗ cho nhau một cách ngẫu nhiên để tạo ra nhiều mẫu phụ (gọi là sự lặp lại bootstrap). Như vậy các mẫu phụ có kích thước giống như mẫu gốc nhưng vị trí thành phần không giống nhau. Sau đó các mẫu phụ sẽ được trãi qua quá trình phân tích tương tự như mẫu gốc đã trãi qua. Kết quả từ những mẫu phụ sẽ được dùng để tính tóan giá trị support (ủng hộ) cho một nhánh đơn lẻ nào đó. Do giá trị support được biểu diễn bằng tỷ lệ % nên ít nhất phải có 100 lần lặp lại, tức 100 lần tạo mẫu phụ. Thông thường thì người ta làm với 1000 lần lặp lại. Nếu một nhóm taxa (clade) cho giá trị support từ 95% trở lên thì nhành của nhóm này được cho là được ủng hộ mạnh mẽ.

 

[Luyện Quốc Hải]

Cảm ơn anh LONXON nhiều nha. Bây giờ thì Em đã hiểu "Bootstrap là như thế nào" nhưng sẽ không sâu bằng anh.
Qua đây Em muốn trao đối với anh luôn. Khoảng giá trị Bootstrap là bao nhiêu thì có thể xem hai trình tự đó là của cùng một loài (?->100)????
Anh có thể chỉ sơ qua cách cho hiện giá trị Bootstrap trên nhánh cây phân loại. Sử dụng phần mềm nào? (Em đang dùng ClustalX, DNAstar, BioEdit..)
Chúc mọi người vui vẻ và hạnh phúc

 

[Trần Hoàng Dũng]

giá trị này thì nó phải tự hiện chứ, mình có tính nó và có làm gì được nó đâu

nếu tính bootstrap bằng PP a - vd Distance cho kết quả 96

rồi tính thêm bằng pp B ví dụ Max-parsimony cho kết quả 100

Sau đó ta chọn cây tiến hóa của pp tốt nhất (thường là max-parsimony) làm cây tiến hóa để biện luận, khi đó giá trị bootstrap mình sẽ viết lại (bằng bắt kỳ công cụ hỗ trợ nào) là 96/100, và trong phần chú thích ghi rằng 96 là của ai và 100 là của ai.

Tui thường dùng Paup để phân tích kô dùng mấy phần mềm khác nên kô rành lắm.

 

[Trần Hoàng Dũng]

bootstrap value kô cho biết 2 trình tự có cùng 1 lòai hay không. Bootstrap value chỉ cho biết độ tin cậy của 1 clade trên cây tiến hóa. bạn có sự nhầm lẫn chỗ này ư???

Đế nói hai trình tự có thể cùng một lòai hay kô thì cách tốt nhất là coi lại trình tự này bằng pp aligment. Trong trường hợp chúng có tỷ lệ khác nhau trên 10% thì có thể nghi ngờ là hai lòai khác nhau, nhưng kô sure đâu nhé.

 

[Luyện Quốc Hải]

Cảm ơn anh LONXON nhieu.
Đúng là mình có sự hiểu sai về ý nghĩa của Bootstrap value, nhưng bây giờ thì đã hiểu đúng rùi.
Có lẽ anh đã làm nhiều về phân loại, ok???
Nếu đúng vậy thì cho mình hỏi một chút về lĩnh vực này.
Anh có thể nêu những quan điểm của anh trong việc ứng dụng SHPT vào phân loại. Ví dụ: Hạn chế của PP phân loại truyền thống (dựa vào hình thái, sử dụng Kính hiển vi...). Tầm quan trọng, ý nghĩa và giá trị của PP phân loại phân tử so với PP phân loại truyền thống.?????
Theo một số tài liệu mình đã tham khảo thì phân loại phân tử là CHÍNH XÁC HƠN, nhưng bên cạnh đó vẫn phải kết hợp với PP phân loại truyền thống để hỗ trợ vấn đề biện luận (tất nhiên khi dùng PP phân tử là đã dựa trên cơ sở PL truyền thống rùi). Và nói chung, theo nhận định của mình, khi so sánh trình tự các vùng gen bảo thủ (VD: 18S, 28S, ...) hay các vùng gen siêu biển đổi (VD: ITS1, ITS2...) trên một số lượng lớn các lòai thì trên cây phân loại vẫn có một số nhánh khó HIỂU (điều này có thể giải thích là các đột biến thay thế có thể xảy ra ngẫu nhiên giống nhau giữa các lòai khác nhau...).
Mong sự trao đổi về vấn đề này với các bạn, thông cảm cho mình là cách đặt vấn đề hơi LUNG TUNG.
Thanks.

 

[Luyện Quốc Hải]

HAHHAHA!!!
Mình vừa mới xem qua các bài viết của Loxon về Phylognetics. sẽ phải xem kỹ hơn. Thanks. (Tiếp tục trao đổi vấn đề ở trên nhé)