Máy thiết kế primer

[Cao Xuân Hiếu]

Mọi ng, ai có nhu cầu nhân 1 đoạn bất kỳ từ 1 genome bất kỳ bằng PCR thì post thật cụ thể lên đây. Các thành viên SHVN sẽ thử sức mình và học hỏi lẫn nhau .

Đề nghị miễn thảo luận cặp primer của ng khác. Bạn cứ post cặp primer mà bạn cho là tối ưu hơn và giải thích nó ưu thế ở điểm nào. Nếu có cả thành phần và chu kỳ nhiệt PCR luôn thì càng tốt.

 

[Trần Hoàng Dũng]

nghĩa là khi tôi post primers, PCR programme là sau đó tui nhận đựơc PCR products hả, hay vậy, dzậy làm sao tui nhận nó, tui thò tay vô laptop của tui để lấy ra hả???

 

[Cao Xuân Hiếu]

trời . Tôi thấy mọi ng bàn tàn lý luận và tâm lý nhiều quá. ĐỊnh mở các service ai muốn thuê thiết kế primer thì post vào topic này. Để mọi ng bàn luận thẳng vào vấn đề cụ thể luôn. Ngờ đâu bác lonxon hiểu nhầm.

Nhân tiện, bác lonxon rỗi rãi xem cho tôi cái bài Tế bào trên WikipediA cái. Nếu có thời gian tôi định làm luôn máy cái thuật ngữ liên quan đến nguồn gốc sự sống.

http://www.sinhhocvietnam.com/vn/modules.php?name=Forums&file=viewtopic&t=310

 

[Trần Hoàng Dũng]

thì có 1 lần, tui bị 1 cú lừa và bị dzợ chửi là "ngáo". Đó là lần tui link vô cái trang web, nó có 1 bản tin đại khái nói là công nghệ thông tin phát triển ghê rợn, laptop biến thành máy chụp hình. bây giờ bạn hãy tập trung vô diểm A, rồi cười lên nhé, sau đó nhấn enter. Tui tin thiệt, nhìn vô điểm A, cười khì khì (với cái laptop của tui) xong nhấn enter, nó hiện ra hình con ... khỉ cười nham nhở vỗ tay ầm ĩ khen tui trình độ tin học chỉ mức IT mới tin cái bản tin này.

Bởi vậy, đọc cái bài trên, tui đâu cũng sợ mình bị thành con khỉ lần nữa.

Thế còn bài TB, kêu tui đọc là đọc thế nào???

 

[Thành viên cũ]

Dạo này trên thị truờng Việt Nam chưa phát triển các công nghệ tạo ra các đọan Primer nên vấn đề có các trung tâm tạo Primer là rất tốt.

 

[Cao Xuân Hiếu]

Dạo này trên thị truờng Việt Nam chưa phát triển các công nghệ tạo ra các đọan Primer nên vấn đề có các trung tâm tạo Primer là rất tốt.

hic hic 8O dịch vụ tổng hợp oligo ở VN có gặp khó khăn gì đâu nhỉ. Đặt của Invitrogen khoảng 1 tuần là tới. Sắp sửa có một công ty rất lớn đầu tư hệ thống tổng hợp oligo tại miền Nam VN, tầm cỡ nhất nhì ĐNÁ.

Tôi ở đây muốn nói ai có nhu cầu thực tế thiết kế phản ứng PCR ko?? Post lên để mọi ng bàn cụ thể.

 

[Cao Xuân Hiếu]

Các bạn nào có nhiều kinh nghiệm thiết kế primer để chuẩn đoán thì xin hãy thử sức với việc thiết kế primer test chủng H5N1. Nào mời các cao thủ ra tay, mọi ng cùng động viên nhé.

TLTK:
http://vi.wikipedia.org/wiki/H5N1

 

[sv_ngheo]

Đề nghị Vietbio nếu có thì post genome H5N1 lên đây, rồi ta cùng design, chứ đừng nói suông vậy. Mà chú ý nhé, chẩn đoán chứ không phải là "chuẩn" đoán, dù rằng cần rất chuẩn.

Đơn giản trong việc design primer cho H5N1, trước hết cần nghiên cứu xem đoạn nào trên genome của nó là đặc trưng cho nó nhất. Cái này khó, và nói chung có rất nhiều nguyên tắc cho việc nghiên cứu này. Nếu vietbio biết, nên phổ biến ra đây cho mọi người cùng tham khảo.


Dưới đây là một đoạn DNA nằm trên NST số 2 của chuột nhà Mus musculus (số hiệu trong genebank là AL589873), kinh nghiệm của vietbio khi phải thiết kế primer để cho ra amplicon trong khoảng từ 140-200 là thế nào ???


1 ttatcccggc accaggagag gtgggagaaa cagattagcg tgggccgggg gctgggagtt
61 gcagccaaga gggagagcaa gctggagcga gggccaaggc gagaagcgca gcccggatca
121 tagctggagc tggaaaacct gtactctggg agcggcggtg gctgagatgc ccatgaagga
181 ggggcctggg ggccggtgct ggggagaaga gtttggcagc ggatgaagac tatggcaggt
241 caggaaaggc cagagacagt gtgcaagctg atgcctgtcc ccagggagca gggctggact
301 gataacccct gaaagggtat gtagcaagct ggtcctgtga gccacgtcca ggccttacac
361 ttacggtgga gaagagatgt acacatcctg tcctgactgt ggcctacgat tcctggctct
421 gaaaagatgc ccaagcatct agctcccata gtttatttac aaatgccctc tgctacgagg
481 tgcagcctgt cagcacaggg cataaatgga ttgtgtagag ggcagactgt gtggacggga
541 catcaggatc aagggtcaag tgtgtccctt cctgcacagt ctgcggttga cacattgcta
601 cacaagccat tcagttcccg agtggagagc cgtgttgcct caggcaccca gtgtcagagc
661 agtcacatgt tctataaagt agatgccacc agagagagct tggtgacaga gagaggactc


Vietbio nhận xét thế nào về hai đôi mồi sau :

F: 5' AGGGAGCAGGGCTGGACT 3'
R: 5' CTTTTCAGAGCCAGGAẢTCGT 3'
amplicon 144

F: 5' GAAGAGTTTGGCAGCGGAT 3'
R: 5' CCACAGTCAGGACAGGATG 3'
amplicon 197


Có thể tìm được đôi mồi nào thích hợp hơn không ? Target là đoạn bất kỳ trong phần in đậm



Mời mọi người cùng trao đổi !

 

[Cao Xuân Hiếu]

Đề nghị Vietbio nếu có thì post genome H5N1 lên đây, rồi ta cùng design, chứ đừng nói suông vậy. Mà chú ý nhé, chẩn đoán chứ không phải là "chuẩn" đoán, dù rằng cần rất chuẩn.

Đơn giản trong việc design primer cho H5N1, trước hết cần nghiên cứu xem đoạn nào trên genome của nó là đặc trưng cho nó nhất. Cái này khó, và nói chung có rất nhiều nguyên tắc cho việc nghiên cứu này. Nếu vietbio biết, nên phổ biến ra đây cho mọi người cùng tham khảo.

Tôi ít khi thiết kế primer từ 1 trình tự (AC number) lắm. H5N1 chỉ là ví dụ thôi. Xét sau khi nào có thời gian.

Dưới đây là một đoạn DNA nằm trên NST số 2 của chuột nhà Mus musculus (số hiệu trong genebank là AL589873), kinh nghiệm của vietbio khi phải thiết kế primer để cho ra amplicon trong khoảng từ 140-200 là thế nào ???

Bạn sẽ dùng sản phẩm PCR để làm gì tiếp??Có phải để phát triển thành probe ko?

Vietbio nhận xét thế nào về hai đôi mồi sau :

F: 5' AGGGAGCAGGGCTGGACT 3'
R: 5' CTTTTCAGAGCCAGGAẢTCGT 3'
amplicon 144

F: 5' GAAGAGTTTGGCAGCGGAT 3'
R: 5' CCACAGTCAGGACAGGATG 3'
amplicon 197

Máy bảo cặp 1 ko vấn đề gì. Cặp số 2 máy tính bảo primer F có vấn đề.

Đấy là máy tính bảo thế. Tôi chắc là ai đó định thiết kế bằng tay đoạn này. Bạn trả lời câu hỏi phía trên thì tôi mới có thể giúp tiếp được. Tuy nhiên có một điều thiết yếu chắc bạn cũng biết. Điểm bám ở đầu 3' quyết định khả năng bám rất cao của primer lên template. Người ta thường đặt đầu 3' vào các ví trí nhiều G, C để bám tốt hơn. Điều này cả 2 cặp trên của bạn đều không làm được.

 

[sv_ngheo]

Tôi lấy ví dụ chơi chơi vậy thôi, chứ không có ý nghĩa gì cái đoạn gen này cả. Vì muốn mọi thứ trở nên cụ thể, chứ không thể nói chuyện kỹ thuật suông mà không có gì làm thực tế cả.


Vietbio nếu không thiết kế từ một trình tự thì thiết kế từ đâu ??? Bài tập đưa ra dựa trên ACnumber cho nó có địa chỉ cụ thể mà thôi. Chắc vietbio thường thiết kế dựa trên phán đoán chủ quan, hay là dựa trên giấc mơ vậy ??? Đùa tí, chắc là dựa trên trình tự mới sequencing hả ??


Tôi chưa hiểu vietbio nói phát triển thành probe để làm gì và làm thế nào ? (có lẽ do trình độ tôi còn quá còi) chứ tôi không có ý định probe gì cho mấy con chuột nhà.


Tôi cố tình để đầu 3' chẳng có cặp GC nào để xem mọi người nhận xét ra sao .

Tôi trả lời rồi đấy, tiếp tục đi vietbio..

 

[Cao Xuân Hiếu]

Vietbio nếu không thiết kế từ một trình tự thì thiết kế từ đâu ??? Bài tập đưa ra dựa trên ACnumber cho nó có địa chỉ cụ thể mà thôi. Chắc vietbio thường thiết kế dựa trên phán đoán chủ quan, hay là dựa trên giấc mơ vậy ??? Đùa tí, chắc là dựa trên trình tự mới sequencing hả ??

consensus sequence

Tôi chưa hiểu vietbio nói phát triển thành probe để làm gì và làm thế nào ? (có lẽ do trình độ tôi còn quá còi) chứ tôi không có ý định probe gì cho mấy con chuột nhà.

vì cậu bảo là cái đoạn cần nhân chỉ có yêu cầu là độ dài khoảng chừng này, chẳng liên quan đến frame mà chẳng ai đi chẩn đoán chuột cả đúng ko?

Tôi cố tình để đầu 3' chẳng có cặp GC nào để xem mọi người nhận xét ra sao .

ừh, tôi bỏ nghề cũng lâu rồi, mắt mũi tèm nhèm nhưng cũng may ko bị hố.

Tôi lấy ví dụ chơi chơi vậy thôi, chứ không có ý nghĩa gì cái đoạn gen này cả. Vì muốn mọi thứ trở nên cụ thể, chứ không thể nói chuyện kỹ thuật suông mà không có gì làm thực tế cả.

vậy mất thời gian của tôi tiếp làm gì. Tôi về với vợ còn hơn. Thanks anyway!

 

[Trần Hoàng Dũng]

Mồi không có đầu GC là bình thường, tui nè, 5 cặp mồi đang chạy ngon lành, tui lờ qua cái vụ GC thử xem nó thế nào, vẫn chạy tốt vì ... tui đã cân đong đo đếm ở giữa rồi.

 

[sv_ngheo]

Nói là nói vậy thôi, chứ không có GC cũng chả chết con virus nào. Em chạy cả đống primer rồi, chả mấy khi quan tâm đến đầu 3’ xem nó có GC hay không. Chắc ông Vetbiom nay chuyên thiết kế trên lý thuyết quá, nghe bàn mà giống đang đọc sách lý thuyết.. Quan trọng là nó có bị dimer hay hairpin không, hoặc là nó bắt tùm lum tà la vào vùng flank hay target của mình thì mới sợ.

Làm trên thực tế mới sợ khi gặp phải vùng giàu GC hoặc AT, vỡ mặt mới kiếm được em primer ngon ngon

 

[Homosapiens]

Xin chào các bác, nhân tiện nói về tk primer các bác cho em hỏi luôn là em muốn tkế 1 bộ primer gồm universal primer & specific primer cho nhiều lòai vi khuẩn với target gene là 16S rRNA gene. Thì có chương trình tkế primer miễn phí nào làm được không.

 

[Cao Xuân Hiếu]

Nói là nói vậy thôi, chứ không có GC cũng chả chết con virus nào. Em chạy cả đống primer rồi, chả mấy khi quan tâm đến đầu 3’ xem nó có GC hay không. Chắc ông Vetbiom nay chuyên thiết kế trên lý thuyết quá, nghe bàn mà giống đang đọc sách lý thuyết.. Quan trọng là nó có bị dimer hay hairpin không, hoặc là nó bắt tùm lum tà la vào vùng flank hay target của mình thì mới sợ.

Làm trên thực tế mới sợ khi gặp phải vùng giàu GC hoặc AT, vỡ mặt mới kiếm được em primer ngon ngon

vâng, tôi thì chỉ biết cái gì tốt thì làm nên cũng ko có kinh nghiệm nhiều lắm. Bạn/anh sinhvien_ngheo nếu có lòng thì giới thiệu sơ lược cho mọi ng biết các bước chính khi thực hiện thiết kế primer của anh được ko?

anh cũng giúp bạn này luôn nhá.

Xin chào các bác, nhân tiện nói về tk primer các bác cho em hỏi luôn là em muốn tkế 1 bộ primer gồm universal primer & specific primer cho nhiều lòai vi khuẩn với target gene là 16S rRNA gene. Thì có chương trình tkế primer miễn phí nào làm được không.

 

[Vũ Thành Lâm]

cãi nhau om tý tỏi chẳng có ích lợi gì chi cộng đồng cả
xin các ông hãy nói cao siêu vừa thôi để cho những bạn mới vào nhgề cũng có thể hiểu được chứ?
chẳng thảo luận nâng cao kiến thức cho cộng đồng gì cả
mà các ngài buồn cười
hơi tý là đổ lỗi cho mắt kém, rùi về ngủ với vợ (vợ các ông thì các ông ngủ chứ AI THÈM)
nói vậy thôi ngăn hai bên tôi đền tiếng..... một bên thì khắm , một bên thì thơm
các bạn thảo luận mang tính phổ cập giáo dục một tý cho tui có thể theo dõi với chứ hoặc ít ra cũng được mở mang kiến thức
cảnh cáo hai ngài Lonxon va Vietbio không mang vợ con họ hàng cha mẹ ra đây nhé 8)

 

[Thành viên cũ]

troi dat, may nguoi chang co kinh nghiem gi ve thiet ke moi ca, toan viet linh tinh. anyway, neu ai co bat cu van de gi cu the ve thiet ke moi co the pót len trao doi cung to, vi to da thiet ke hon 1000 cap moi va chay no trong 1 nam vua roi nen co kha nhieu bai hoc. va cuoi cung to duoc bon operon tang 1 con chuot vi da order nhieu tien nhat trong nam )

 

[Trần Hoàng Dũng]

to lamvt: send your yhaoo mail to nhchsh at yaoo dot com, the book you need will be delivered after that.

to gianggipk

Help Homosapience please

"Xin chào các bác, nhân tiện nói về tk primer các bác cho em hỏi luôn là em muốn tkế 1 bộ primer gồm universal primer & specific primer cho nhiều lòai vi khuẩn với target gene là 16S rRNA gene. Thì có chương trình tkế primer miễn phí nào làm được không."

 

[Homosapiens]

troi dat, may nguoi chang co kinh nghiem gi ve thiet ke moi ca, toan viet linh tinh. anyway, neu ai co bat cu van de gi cu the ve thiet ke moi co the pót len trao doi cung to, vi to da thiet ke hon 1000 cap moi va chay no trong 1 nam vua roi nen co kha nhieu bai hoc. va cuoi cung to duoc bon operon tang 1 con chuot vi da order nhieu tien nhat trong nam )

Trời ơi may quá, trước giờ tk mấy thằng này (universal primer & specific primer) toàn tự làm dựa vào KQ alignment của Clustal , gặp được người rồi, help me please !!! bác giangipk ới ời !!!

 

[sv_ngheo]

Ông ViệtBiaôm không phải khích tướng, chuyện tôi thiết kế thế nào thì là chuyện tôi biết, tôi hay, tôi hưởng kết quả, không cần ông khiêu khích vẫn OK.

Nguyên tắc chung cho việc thiết kế primer là phải có ít nhiều thông tin về đoạn target. Ở đây tôi lấy ví dụ về chuyện làm thế nào để có thể xác định được một đối tượng có đặc điểm nhận dạng "ĐEN, XẤU TRAI, TÓC NGẮN, SỐNG Ở HN", nếu chỉ có bấy nhiêu dữ liệu thì có mà vô khối người bị bắt. Nếu ta biết rõ hơn một chút nữa, ví dụ là hắn có hộ khẩu gần trường Bách Khoa Hà Nội thì đỡ hơn. Ta sẽ đưa ra một số thông số để lọc dần, ví dụ hắn lấy vợ rồi, giờ đi Tây, thì có thể khều ra được kẻ đang dấu mặt. Ta cũng nên đề phòng quanh trường ĐHBK có nhiều kẻ có đặc điểm tương tự, vì vậy nên đưa thêm một số dữ liệu khác như "Nhà trong ngõ, có em gái..". Đến nứớc này rồi mà còn bị trùng thì ta lên Công an quận nhờ sàng lọc.

Rồi tự nhiên ta vớ được thông tin là hắn có tên họ bắt đầu bằng C và tên kết thúc bằng U, hai cái C và U này rõ ràng là "sờ pe xi phích pờ rai mờ" rồi nhé. Nếu chỉ "ĐEN, XẤU TRAI, TÓC NGẮN, SỐNG Ở HN" thì chỉ là "Iu ni vơ sồ - pờ rai mờ" thôi, đó là để bắt mấy thằng trộm cắp, nghiện hút và vài người lương thiện có đặc điểm tương tự.. Thích thì lên quận (blast) là sàng lọc được....


Đấy, design primer đơn giản vậy thôi.