Mình là một người thích học hỏi và nghiên cứu về sinh học phân tử, di truyền phân tử. Trong sinh học phân tử, tin sinh là một công cụ quan trọng giúp chúng ta xử lý nhanh chóng chính xác các yêu cầu nghiên cứu. Ví dụ bạn muốn dự đoán, mô phỏng cấu trúc xuyên màng của một phân tử protein nào đó bạn cũng cần dùng phần mềm, bạn muốn thiết kế mồi, tìm kiếm locus gen, blast trình tự gen, protein. Bạn muốn tìm kiếm các yếu tố điều hòa cis, dự đoán vùng promoter vv. Tóm lại đều phải dùng thuật toán ,công cụ tin sinh. Tuy nhiên mình lại rất kém về tin sinh, mình chỉ biết một chút nhỏ của nó là ứng dụng "in silico" trong sinh học. Vậy vấn đề đặt ra là tại sao nhiều người làm sinh học ở Việt Nam không giỏi tin sinh? Như ta đã biết Tin sinh là một môn học tổng hợp kết hợp các kiến thức khác như thuật toán tin học, toán xác suất, chuỗi số, code... và kiến thức sinh học. Ngay cả kiến thức sinh học mà dân sinh học còn học chưa hết nữa là trộn thêm tin học vào. Vậy nên, theo mình nghĩ có một vài vấn đề có liên quan như sau:
1) Phải thừa nhận sự thật là dân sinh học yếu toán.
Trong sinh học, toán học ứng dụng được dùng nhiều nhất là toán xác suất và phương trình vi phân. Bạn đã bao giờ tự hỏi tại sao Mark phải bỏ ra 3 năm để học toán cao cấp trước khi nghiên cứu viết bộ Tư bản luận chưa? Tại sao cả Kimura và Fisher đều phải giải phương trình khuếch tán Kolmogorov- một phương trình được áp dụng nhiều trong vật lý và hóa học? Tại sao vị cha đẻ thứ 4 của Di truyền học quần thể lại là một nhà toán học xuất sắc Gustave Malecot chứ không phải là một nhà sinh học thuần túy.
Nói như vậy để thấy chúng ta né toán, sợ toán. Mà sợ toán thì khó có thể thành công trong nghiên cứu khoa học cơ bản nói chung và sinh học nói riêng.
Ở chương trình phổ thông, lý thuyết di truyền quần thể mà chúng ta biết chỉ là phương trình của định luật Hardy–Weinberg và những gì chúng ta biết về tiến hóa chỉ là lý thuyết. Nhưng nếu ai đã đọc cuốn The Genetical Theory of Natural Selection của Fisher thì hẳn sẽ cảm thấy đau đầu với các phương trình toán học trong đó.
2) Dân sinh học yếu tin học
Toán với tin cùng một chỗ mà ra, chả thế mà người ta nói Khoa toán-tin là gì. Không chỉ code trong tin làm dân sinh chúng ta đau đầu mà ngay cả các thuật toán trong sinh học cũng làm chúng ta mệt mỏi. Cho nên đối với các phần mềm, công cụ tin sinh, dân sinh học có xu hướng học cách sử dụng hơn là học nguyên lý và thuật toán. Ví dụ khi bạn muốn kiểm chứng xem một mô hình protein nào đó là có độ tin cậy cao hay không bạn thường dùng các phương pháp như : Q-mean, Ramachandran plot, hay X-ray NMR ở PROSA sever có bao giờ bạn quan tâm chỉ số Z-score được tính bằng cách nào không? Đa số chúng ta chỉ cần biết Z-score, p hoặc E ở khoảng nào là chấp nhận được.
3) Dân sinh học yếu tiếng Anh
Đây cũng là vấn đề đối với dân sinh học. Đa số các hàm trong tin sinh hoặc thuật toán tin sinh là viết bằng tiếng Anh. Việc sử dụng các phần mềm, công cụ tin sinh cũng bằng tiếng Anh. Mà tiếng anh kém thì sẽ là trở ngại cho việc học tin sinh.
Mặc dù ngày nay internet phát triển, ông google giúp chúng ta rất nhiều chứ không như thời cha chú chúng ta ngày xưa. Kiến thức sinh học bằng tiếng việt cũng phong phú lắm rồi huống hồ là tiếng Anh. Tuy nhiên với lượng bài báo nghiên cứu được cập nhật hàng ngày nếu chúng ta không có tiếng Anh thì không thể tiếp cận được. Ví dụ trong chọn giống cây trồng, trước đây sử dụng phương pháp, đột biến- lai tạo- chọn lọc; gần đây sử dụng lai tạo kết hợp với chọn giống phân tử nhờ hỗ trợ marker. Hiện nay dùng kỹ thuật chỉnh sửa gen/hệ gen để sửa chữa một vài trình tự lỗi hoặc chèn vào một vài nucleotide. Đây là lĩnh vực mới rất có triển vọng trong công nghệ sinh học. Trong kỹ thuật chỉnh sửa gen (Genome editing) thì hệ thống CRISPR/Cas9 System lại được coi là hót nhất hiện nay...
Có những từ dịch ra tiếng Việt nghe rất chuối, hoặc khó dịch như microarray, contig, Genetic hitchhiking, Selective sweep...Do vậy nếu biết tiếng Anh thì đọc và hiểu nội dung của nó sẽ tốt hơn.
Trên đây là những ý kiến chủ quan của mình về vấn đề tại sao tin sinh là môn có triển vọng nhưng lại ít được quan tâm một cách bài bản ở Việt Nam. Có những khía cạnh khác mà mình chưa biết mong nhận được góp ý của các anh chị và các bạn./.
1) Phải thừa nhận sự thật là dân sinh học yếu toán.
Trong sinh học, toán học ứng dụng được dùng nhiều nhất là toán xác suất và phương trình vi phân. Bạn đã bao giờ tự hỏi tại sao Mark phải bỏ ra 3 năm để học toán cao cấp trước khi nghiên cứu viết bộ Tư bản luận chưa? Tại sao cả Kimura và Fisher đều phải giải phương trình khuếch tán Kolmogorov- một phương trình được áp dụng nhiều trong vật lý và hóa học? Tại sao vị cha đẻ thứ 4 của Di truyền học quần thể lại là một nhà toán học xuất sắc Gustave Malecot chứ không phải là một nhà sinh học thuần túy.
Nói như vậy để thấy chúng ta né toán, sợ toán. Mà sợ toán thì khó có thể thành công trong nghiên cứu khoa học cơ bản nói chung và sinh học nói riêng.
Ở chương trình phổ thông, lý thuyết di truyền quần thể mà chúng ta biết chỉ là phương trình của định luật Hardy–Weinberg và những gì chúng ta biết về tiến hóa chỉ là lý thuyết. Nhưng nếu ai đã đọc cuốn The Genetical Theory of Natural Selection của Fisher thì hẳn sẽ cảm thấy đau đầu với các phương trình toán học trong đó.
2) Dân sinh học yếu tin học
Toán với tin cùng một chỗ mà ra, chả thế mà người ta nói Khoa toán-tin là gì. Không chỉ code trong tin làm dân sinh chúng ta đau đầu mà ngay cả các thuật toán trong sinh học cũng làm chúng ta mệt mỏi. Cho nên đối với các phần mềm, công cụ tin sinh, dân sinh học có xu hướng học cách sử dụng hơn là học nguyên lý và thuật toán. Ví dụ khi bạn muốn kiểm chứng xem một mô hình protein nào đó là có độ tin cậy cao hay không bạn thường dùng các phương pháp như : Q-mean, Ramachandran plot, hay X-ray NMR ở PROSA sever có bao giờ bạn quan tâm chỉ số Z-score được tính bằng cách nào không? Đa số chúng ta chỉ cần biết Z-score, p hoặc E ở khoảng nào là chấp nhận được.
3) Dân sinh học yếu tiếng Anh
Đây cũng là vấn đề đối với dân sinh học. Đa số các hàm trong tin sinh hoặc thuật toán tin sinh là viết bằng tiếng Anh. Việc sử dụng các phần mềm, công cụ tin sinh cũng bằng tiếng Anh. Mà tiếng anh kém thì sẽ là trở ngại cho việc học tin sinh.
Mặc dù ngày nay internet phát triển, ông google giúp chúng ta rất nhiều chứ không như thời cha chú chúng ta ngày xưa. Kiến thức sinh học bằng tiếng việt cũng phong phú lắm rồi huống hồ là tiếng Anh. Tuy nhiên với lượng bài báo nghiên cứu được cập nhật hàng ngày nếu chúng ta không có tiếng Anh thì không thể tiếp cận được. Ví dụ trong chọn giống cây trồng, trước đây sử dụng phương pháp, đột biến- lai tạo- chọn lọc; gần đây sử dụng lai tạo kết hợp với chọn giống phân tử nhờ hỗ trợ marker. Hiện nay dùng kỹ thuật chỉnh sửa gen/hệ gen để sửa chữa một vài trình tự lỗi hoặc chèn vào một vài nucleotide. Đây là lĩnh vực mới rất có triển vọng trong công nghệ sinh học. Trong kỹ thuật chỉnh sửa gen (Genome editing) thì hệ thống CRISPR/Cas9 System lại được coi là hót nhất hiện nay...
Có những từ dịch ra tiếng Việt nghe rất chuối, hoặc khó dịch như microarray, contig, Genetic hitchhiking, Selective sweep...Do vậy nếu biết tiếng Anh thì đọc và hiểu nội dung của nó sẽ tốt hơn.
Trên đây là những ý kiến chủ quan của mình về vấn đề tại sao tin sinh là môn có triển vọng nhưng lại ít được quan tâm một cách bài bản ở Việt Nam. Có những khía cạnh khác mà mình chưa biết mong nhận được góp ý của các anh chị và các bạn./.
