Cách tìm 1 gene mới

[TiNa]

chào các anh/chị/bạn trong Group,
em là thành viên mới bước vào lĩnh vực sinh học phân tử-di truyền, mới 100%... nên em chưa có kinh nghiệm làm trong lĩnh vực này nên mong các anh/chị/bạn hướng dẫn thêm cho em ạ.
vấn đề của em là, trong 1 loài chưa được giải mã hoàn toàn bộ gene, em muốn tìm 1 gene mới(novel gene) thì nên bắt đầu như thế nào ạ?

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Nothing in biology makes sense except in the light of evolution.
Tất cả các loài đều chung một nguồn gốc. Tất cả các gene đều có cùng một tổ tiên.
Gene có thể thay đổi nhưng protein thì ít thay đổi hơn.

 

[TiNa]

em vẫn chưa hiểu rõ ý của anh ạ, mong anh giải thích thêm.

 

[Minh đức1]

thấy Lương có thể nói qua cho em biết về kĩ thuật mini-prep và one step được không ạ ,ưu nhược điểm của nó luôn
cảm ơn thầy nhiều

 

[ducfabulous]

bạn giải trình tự bộ gene của loài đó ra rồi đem blast tìm ra các đoạn gene mới.

 

[Kimuvo]

Tìm một gen mới chưa biết

chào các anh/chị/bạn trong Group,
em là thành viên mới bước vào lĩnh vực sinh học phân tử-di truyền, mới 100%... nên em chưa có kinh nghiệm làm trong lĩnh vực này nên mong các anh/chị/bạn hướng dẫn thêm cho em ạ.
vấn đề của em là, trong 1 loài chưa được giải mã hoàn toàn bộ gene, em muốn tìm 1 gene mới(novel gene) thì nên bắt đầu như thế nào ạ?

1. Để tìm một gen mới chưa biết ở một loài nào đó thì ít nhất bạn cũng phải biết loại gen đó có chức năng gì, có cơ sở dữ liệu về gen/protein tương đồng ở những loài khác hay không? Bạn không thể tìm một gen mới hoàn toàn nếu như bạn không hề có chút thông tin nào về nó.
2. Nếu đã có thông tin thì bạn cần tìm dữ liệu về trình tự protein của gen đó ở loài khác. Ví dụ bạn muốn biết trình tự gen NHX ở lúa (giả sử gen này chưa được công bố kết quả giải trình tự ở lúa) thì bạn cần tìm dữ liệu về các antiporter Na+/H+ ở thực vật, gần hơn nữa bạn tìm họ gen NHX ở Arabidopsis, Maize, Glycine max...Cơ sở dữ liệu chung được nhắc đến đầu tiên là NCBI, chuyên khảo hơn ở thực vật là phytozome database.
a) Lựa chọn cơ sở dữ liệu và tìm kiếm gen/protein tương đồng:
Bạn cần biết tên gen hoặc họ gen đó là gì, ví dụ họ NHX bạn truy ra tên locus của nó trên database.
Từ đó bạn cần quan tâm là trình tự amino acid trên database. Cái trình tự này rất quan trọng vì bạn sẽ phải thiết kế mồi suy biến dựa trên trình tự protein tương đồng này để thu được trình tự mồi mình cần. Có mồi => PCR => giải trình tự gen=> Dùng phần mềm translate nó sang protein.

b) Truy tìm gen mới:
Từ kết quả giải trình tự quay lại bạn blast với cơ sở dữ liệu và đây mới là vấn đề
Bạn cần phải blast kết quả giải trình tự với 2 cơ sở dữ liệu:
thứ nhất với trình tự protein/họ protein tương đồng (ở loài mà ban đầu bạn lấy trình tự protein của nó để thiết kế mồi) để so sánh xem mức độ khác nhau như thế nào? Nếu sai khác quá nhiều cần xem lại kết quả thí nghiệm.
Thứ 2 Blast kết quả giải trình tự với trình tự genome mà bạn quan tâm để biết vị trí gen mới của bạn nằm trên NST nào vị trí ra sao. Xem có giống với gen nào khác đã được xác định trước đó hay không?
Bước này cũng cần phải so sánh với trình tự protein nữa.
Thực tế thì tìm kiếm một gen hoàn toàn mới ít phổ biến hơn. Đa số họ toàn giải trình tự của một gen nào đó dựa trên trình tự gen tương đồng cùng loài hoặc khác loài.

 

[TiNa]

Em cam on moi nguoi ak.
e da lam nhu tren nhung ket qua k tot nen dang lam lai.
mong tim dc cai gi do hay ho de may mo :3
p/s: may tinh e k go tieng viet duoc, rat xin loi moi nguoi ak :'(

 

[Lee97_hp]

Hepl me!
Hãy nêu cách sử dụng enzyme giới hạn để phân biệt plasmid tự đóng vòng, plasmid mang đoạn DNA mục tiêu được cài đúng chiều và plasmid mang đoạn DNA mục tiêu cài ngược chiều.
Thank you!