Đoạn Okazaki

[Nguyễn Khiết Tâm]

Như ta đã biết một trong hai mạch của ADN được tổng hợp theo kiểu nửa gián đoạn bằng các đoạn Okazaki (những đoạn ADN ngắn khoảng 1000-2000 nu). Mọi người cho mình hỏi là làm sao ADN polymerase biết tới khi nào thì đã tổng hợp hết một đoạn Okazaki, có tín hiệu nhận biết hay cơ chế nào ko?

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Có lẽ là không (tôi thử tìm nhưng chưa thấy).
Thông thường chiều dài của đoạn Okazaki sẽ được quyết định bởi tần số liên kết & ái lực liên kết giữa chúng. Cứ sau khoảng 1 giây thì primase lại liên kết với helicase 1 lần để tổng hợp 1 primer, sau đó lại tách ra. Primase liên kết thường xuyên hơn với helicase thì nhiều primer được tổng hợp, làm cho đoạn Okazaki ngắn lại. Primase liên kết ít thường xuyên hơn với helicase thì sẽ làm cho ít primer được tổng hợp và đoạn Okazaki cũng dài lên. Tần số liên kết này tùy thuộc vào tính chất của primase và helicase cũng như nồng độ của primase. Ví dụ nồng độ primase cao thì đoạn Okazaki sẽ ngắn.
Bạn xem phần được highlight trong trang web này:
http://209.85.175.104/search?q=cach...zaki+fragment+length&hl=vi&ct=clnk&cd=1&gl=vn

Nói rông dài nhưng tóm gọn lại ở câu này: The size of Okazaki fragments in a given organism reflects the specific kinetics governing the association between primase and the other replication components during lagging strand synthesis in the cell.

 

[Thạch Thành Trung]

Như ta đã biết một trong hai mạch của ADN được tổng hợp theo kiểu nửa gián đoạn bằng các đoạn Okazaki (những đoạn ADN ngắn khoảng 1000-2000 nu). Mọi người cho mình hỏi là làm sao ADN polymerase biết tới khi nào thì đã tổng hợp hết một đoạn Okazaki, có tín hiệu nhận biết hay cơ chế nào ko?

Uhm, để trả lời câu hỏi của bạn, cho phép Bầng tăng ôn lại kiến thức một tí nha:
Khi quá trình sao chép (replication) DNA diễn ra, đầu tiên là giai đoạn khởi đầu sao chép (Initiation), giai đoạn này có sự tham gia của rất nhiều nhân tố và enzyme (không nhớ hết nhưng chung qui là có một nhân tố nhận diện và gắn vào vị trí khởi đầu sao chép ( Ori), sau đó một số enzyme như topoisomerase tháo xoắn DNA, helicase tách mạch DNA tạo chẻ 3 sao chép, ngoài ra còn có các nhân tố đặc biệt giúp căn mạch DNA, ngăn sự bắt cặp trở lại.
Xong thủ tục ban đầu, tiếp theo là giai đoạn tổng hợp DNA con: thì như bạn biết, mạch DNA con được tổng hợp theo nguyên tắc bổ xung và theo hướng 5'-3', tức là khi tổng hợp sẽ có một mạch thuận buồn xuôi gió được tổng hợp trước nhờ hoạt tính DNA-polimerase III (thằng này đa chức năng lắm) nên hoàn thành trước, tạm gọi là mạch trước vậy; mạch còn lại thì được tổng hợp khó khăn và phức tạp hơn nhiều, nó được tổng hợp từ chẻ 3 sao chép hướng ra ngoài để đảm bảo đúng chiều 5'-3'.Quá trình được tóm tắt như sau: khi 2 mạch DNA tách ra, dưới tác dụng của enzyme Pyrase một primer RNA (khoảng 10nu) được gắn bổ xung với mạch DNA khuôn ở gần chẽ 3 sao chép, sao đó DNA-polymerase III nối theo đầu Primer RNA tổng hợp nên đoạn DNA bổ xung ngược chiều với chẻ 3 sao chép, gọi là đoạn Okazaki (khoảng 1000-2000nu) đến khi gặp primer RNA phía trước nó thì dừng lại, rồi tìm một primer RNA mới ở phía sau để tiếp tục công việc; trong khi đó DNA-polymerase I sẽ gặm đoạn primer RNA đã được tổng hợp nhờ hoạt tính exonuclease của nó, sau đó tổng hợp thêm để lấp khoảng trống, việc cuối cùng là Ligase sẽ nối những đoạn DNA do DNA-polymerase I và III tổng hợp lại thành một mạch DNA hoàn chỉnh.
Từ đây bạn Khiết Tâm có thể tự tìm cho mình câu trả lời rồi chư?
http://en.wikipedia.org/wiki/Okazaki_fragment

 

[Thạch Thành Trung]

Mọi người cho mình hỏi là làm sao ADN polymerase biết tới khi nào thì đã tổng hợp hết một đoạn Okazaki, có tín hiệu nhận biết hay cơ chế nào ko?

Có lẽ là không (tôi thử tìm nhưng chưa thấy)
....
Nói rông dài nhưng tóm gọn lại ở câu này: The size of Okazaki fragments in a given organism reflects the specific kinetics governing the association between primase and the other replication components during lagging strand synthesis in the cell.

Từ câu này em thấy có thể tóm lại một cục như thế này: sự tương tác giữa primase và một số nhân tố khác (điển hình là helicase) trong quá trình tổng hợp mạch sau (lagging strand) quyết định kích thước của đoạn Okazaki. Nhưng quay trở về câu hỏi ban đầu thì khi DNA-polymerase III gặp primer RNA trước nó lúc này một đoạn Okazaki được tổng hợp hoàn tất.
Còn kích thước của đoạn Okazaki sẽ được quyết định bởi khoảng cách của hai Primer RNA do Primase tổng hợp.
Tóm lại một cục như thế có ổn không Bác Lương tiền bối.

 

[Bùi Hữu Bến]

Nói kích thước Okazaki phụ thuộc vào hai đoạn mồi thì cũng như không? Điều cần là vì sao lại chưa giải thích được. Tôi có quan điểm khác nó phụ thuộc vào tốc độ mở mạch của Helicase. Nếu mở quá dài thì 1 mạch dễ bị tác động từ bên ngoài. Protein SSB có đủ để bảo vệ DNA 1 mạch không.

 

[Thạch Thành Trung]

Nói kích thước Okazaki phụ thuộc vào hai đoạn mồi thì cũng như không? Điều cần là vì sao lại chưa giải thích được. Tôi có quan điểm khác nó phụ thuộc vào tốc độ mở mạch của Helicase. Nếu mở quá dài thì 1 mạch dễ bị tác động từ bên ngoài. Protein SSB có đủ để bảo vệ DNA 1 mạch không.

Bác Bến có thể giải thích rõ hơn quan điểm của mình cho Pàkon hiểu rõ hơn được không?
Theo kiến thức của tôi hiểu thì chức năng của SSB (single Strand Binding)- protein này gắn lên khắp phần mạch đơn DNA làm cho hai mạch không kết hợp trở lại với nhau, vả lại Phức hợp Primase và Helicase trong trường hợp này đi kèm với nhau, Helicase mở tới một đoạn có kích thước (1000-2000nu) thì primase có nhiệm vụ đóng dấu một primer RNA để cho DNA-polymerase III tổng hợp đoạn Okazaki theo chiều ngược với chiều mở mạch. Vì vậy theo thiển ý của tôi thì dù cho thằng Helicase có khỏe hơn bình thường đi nữa thì việc mở mạch của nó cũng không tạo một đoạn DNA mạch đơn quá dài như bác nói, cũng như tôi chưa hiểu rõ việc Bác đề cập SSB ở đây?

 

[Bùi Hữu Bến]

SSB chỉ giúp duy trì trạng thái tháo xoắn và trạng thái mạch đơn. Khi Helicase mở nhanh tạo đoạn khoảng trống tổng hợp OKAZAKI dài thì nó cũng dễ bị tác động từ môi trường tế bào.

 

[trung hau]

khi ADN polymerase tổng hợp chạm đoạn mồi phía trước thì việc tổng hợp các đoạn okazaki dừng lại