Thắc mắc về tỉ lệ OD 260/280 và 260/230 trong tinh sạch DNA

[Nguyenquochuy213]

Mình có 1 số vấn đề cần sự giúp đỡ của mọi người.
1) Tại sao người ta thường đánh giá độ tinh sạch của DNA chỉ với tỷ lệ OD 260/280 nm mà ko phải là 260/230? 1 số nghiên cứu thì lại sử dụng cả 2 loại tỷ lệ này?
2) Tỷ lệ OD 260/230 thường trong khoảng 1,8-2,2 (theo phần mềm hệ thống đo OD chỗ lab mình đang sử dụng) nhưng có một số tài liệu lại nói là chỉ cần >2 thôi. Vậy cái nào mới đúng?
Mong được sự trợ giúp của mọi người.
Chân thành cảm ơn

 

[lovekieu]

Mình có 1 số vấn đề cần sự giúp đỡ của mọi người.
1) Tại sao người ta thường đánh giá độ tinh sạch của DNA chỉ với tỷ lệ OD 260/280 nm mà ko phải là 260/230? 1 số nghiên cứu thì lại sử dụng cả 2 loại tỷ lệ này?
2) Tỷ lệ OD 260/230 thường trong khoảng 1,8-2,2 (theo phần mềm hệ thống đo OD chỗ lab mình đang sử dụng) nhưng có một số tài liệu lại nói là chỉ cần >2 thôi. Vậy cái nào mới đúng?
Mong được sự trợ giúp của mọi người.
Chân thành cảm ơn

OD 260/280< 1,8 là trong sản phẩm chứa nhiều Protein cần phải xử lý thêm Protease K

OD 260/230 > 2,2 là trong sản phẩm chứa nhiều ARN cần phải xử lý thêm Rnase.

 

[Nguyenquochuy213]

OD 260/280< 1,8 là trong sản phẩm chứa nhiều Protein cần phải xử lý thêm Protease K

OD 260/230 > 2,2 là trong sản phẩm chứa nhiều ARN cần phải xử lý thêm Rnase.

Cái này mình nghĩ cũng chưa chính xác lắm. Nhưng cũng cảm ơn vì sự giúp đỡ của bạn

 

[orion8x]

Sản phẩm phụ trong quá trình tinh hóa DNA phần lớn là protein. Có 2 ý cần phải chú ý:
1. Protein hấp thụ ánh sáng mạnh nhất ở bước sóng 280mn. Còn DNA là 260mn.
2. Quan trọng hơn, độ hấp thụ của DNA đc đo ở bước sóng 260 và 280 có sự khác biệt rất lớn (giảm gấp đôi), trong khi đó, protein có rất ít thay đổi. Hơn nữa, việc tinh sạch DNA sẽ chứa rất ít protein (thông thường >70%), do đó phương pháp này khá nhạy.

Còn 280/230 ratio đc dùng thường là để kiểm tra lại (mà cứ do 3 cái luôn cũng có mất thời gian lắm đâu!?). Tỉ lệ này dùng để kiểm tra các tạp chất khác có thể có trong quá trình tinh sạch. Vd: EDTA, carbonhydrate, Phenol, Guanidine HCl đều hấp tụh ở bước sóng 230.

OD 260/230 > 2,2 là trong sản phẩm chứa nhiều ARN cần phải xử lý thêm Rnase.

Lẫn RNA, nghe hơi vô lý ~_~!

 

[luvis]

Mình đang làm luận văn, nhưng việc dùng primer để khuyếch đại DNA k ra, cho mình hỏi ý nghĩa của chỉ số OD260/280 có xác định được hàm lượng DNA trong dịch trích k vậy?

 

[orion8x]

tỉ lệ OD260/280 là để xác định độ tinh sạch DNA.
Chỉ số OD260 (trừ OD320 nếu chính xác hơn) để tính ra hàm lượng/nồng độ DNA.
Sau khi xác định độ tinh sạch DNA, bạn phải làm ER partial digest và chạy điện di để kiểm tra xem DNA của bạn có vấn đề gì kg. Nếu kg thì do primer hoặc qui trình PCR của bạn có vấn đề!