Cách đọc nguồn gen từ ngân hàng gen

[Phạm Thị Thùy Dương]

Đây là lần đầu tiên em search gen từ ncbi, nên em vẫn chưa hiểu cách đọc của nó. Mong các anh chị giúp.
? ? ? ?Đây là đường link em đang cần tham khảo
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=310773
? ? ? ? ? nói về pGEM3 vector. Em không hiểu về 1 số thông tin ghi trên đó, nhưarent, residue, source...
? ? ? ? ? ? ?2849-2867 ? ? 1- ?19 ? ? SP6 promoter
? ? ? ? ? ? ? Conflict (cfl) and Mutations (mut): none
? ? ? ? ? ?FEATURE
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 ? ? ? ? ? start of SP6-RNA synthesis
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?72 ? ? ? (c) start of T7-RNA synthesis
....
? ? ? ? Mong các anh chị giúp

 

[Cao Xuân Hiếu]

Em cần ghi rõ hơn vấn đề mình muốn hỏi

tham khảo thêm tại

http://www.promega.com/vectors/cloning_vectors.htm

 

[Phạm Thị Thùy Dương]

Ở phần feature có ghi:
FEATURE
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?1 ? ? ? ? ? start of SP6-RNA synthesis
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 72 ? ? ? (c) start of T7-RNA synthesis
....
có phải là ở Nu thứ 1 là vị trí bắt đầu phiên mã RNA
? ?2849-2867 ? ? 1- ?19 ? ? SP6 promoter
? ? ? ?Từ vị trí Nu 2849-2867 là đoạn promoter SP6.
? ? ? ? Trên đó có ghi la pGEM3 có 2 promoter t7 và SP6. Em có thắc mắc là đoạn promoter SP6 nằm cuối mạch, còn vị trí bắt đầu phiên mã nằm đầu mạch. ???. Có phải promoter là điểm cho phép sự sao mã các gen khác, vậy tại sao nó nằm cuối mạch??? ?Và vị trí source 1-19 của SP6-promoter là gì?

 

[Cao Xuân Hiếu]

Ở phần feature có ghi:
FEATURE
                     1           start of SP6-RNA synthesis
                    72       (c) start of T7-RNA synthesis
....
có phải là ở Nu thứ 1 là vị trí bắt đầu phiên mã RNA
   2849-2867     1-  19     SP6 promoter
       Từ vị trí Nu 2849-2867 là đoạn promoter SP6.
        Trên đó có ghi la pGEM3 có 2 promoter t7 và SP6. Em có thắc mắc là đoạn promoter SP6 nằm cuối mạch, còn vị trí bắt đầu phiên mã nằm đầu mạch. ???.

Việc đánh số từ đâu là có tính quy ước để dễ hiểu. Vì là plasmid mạch vòng nên dù em đánh số ntn thì cái Promoter SP6 cũng nằm phía trước điểm khởi đầu phiên mã (SP6 RNA polymerase) và tương tự là T7 RNA polymerase.

Có phải promoter là điểm cho phép sự sao mã các gen khác, vậy tại sao nó nằm cuối mạch???  Và vị trí source 1-19 của SP6-promoter là gì?

Cái pGEM3 đặc trưng là

*U.S. Pat. No. 4,766,072 has been issued to Promega Corporation for transcription vectors having two
different bacteriophage RNA polymerase promoter sequences separated by a series of unique restriction
sites into which foreign DNA can be inserted.

Mỗi promoter chịu trách nhiệm 1 transcript trong trường hợp này.

Cái SP6 promoter nằm tại vị trí được số hóa là từ 2849-2867 so với vị trí nu 1 nếu tính theo chiều kim đồng hồ và sẽ là 1- 19 nếu theo chiều ngược lại.

Vị trí các feature rất rõ ràng khi lấy vị trí mốc tọa độ (Nu1) và xác định chiều /phương nhất định.