Hỏi về ứng dụng RAPD PCR

[Trịnh Thành Trung]

I. Đặt vấn đề

Trong quá trình phân lập theo định hướng các chủng vi khuẩn thuộc chi Burkholderia từ đất trên các cánh đồng lúa ở Việt Nam. Mình phân lập được khoảng 800. Để phân loại chính xác các loài thuộc chi này thì phải dùng phương pháp giải trình tự đoạn recA gene. Nếu mà giải trình tự cả 800 chủng thì có lẽ là mình tèo téo teo ............mất.

Sử dụng RAPD PCR có thể 'discriminate' các chủng trong loài nhưng cái 'power of method is very low' (khó có thể phân biệt chính xác, đầy đủ các chủng trong loài). Nhưng, phương pháp này có thể phân biệt các loài khác nhau. :idea:  :?:

II. Giải quyết vấn đề:

Từ 800 chủng vi khuẩn trên, tách DNA, chạy RAPD PCR, xác định mô hình băng DNA 'DNA pattern'. Nhóm các chủng có cùng mô hình băng DNA. Sau đó, lấy 1, 2 chủng trong cùng nhóm đó phân loại đến loài bằng pp giải trình tự DNA.

III. Kết luận và thảo luận

1. Nếu từ 800 chủng trên, dùng RAPD PCR nhóm được 100 đến 200 nhóm có cùng mô hình băng DNA thì ta chỉ cần giải trình tự 1 hoặc 2 chủng đại diện trong nhóm đó rồi suy đoán ra loài trong cùng nhóm. Cùng đi đến đích phân loại các chủng nhưng làm giảm chi phí và công sức rất nhiều.

2. Phương pháp trên sẽ tèo téo teo nếu:
- Chạy RAPD PCR cũng ra 800 loại mô hình băng (nhiều mẫu đất được lấy cùng vị trí nhưng khác nhau ở độ sâu nên điều này khó có thể xảy ra)
- Có những cái cùng mô hình băng nhưng là các loài khác nhau

3. Bác nào từng có cơ sở lí thuyết và thực nghiệm về phương pháp này. Xin hãy ra tay giúp em, cho em vài điều khuyên to to và nho nhỏ.

Cám ơn và chúc sức khỏe!

P/S: so zi vì một số từ viết tiếng Anh do chưa tìm được thuật ngữ tiếng Việt tương ứng.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Trong quá trình phân lập theo định hướng các chủng vi khuẩn thuộc chi Burkholderia từ đất trên các cánh đồng lúa ở Việt Nam. Mình phân lập được khoảng 800.

Bạn có chắc 800 chủng này khác nhau không? Hay chỉ là gạt trên môi trường đặc hiệu, thấy bao nhiêu khuẩn lạc có hình thái giống nó thì nhặt lấy và cất đi?

Để phân loại chính xác các loài thuộc chi này thì phải dùng phương pháp giải trình tự đoạn recA gene. Nếu mà giải trình tự cả 800 chủng thì có lẽ là mình tèo téo teo ............mất.

Cái này cũng nhanh thôi. Với phương pháp tách DNA bằng xử lý nhiệt, sau đó PCR cả loại bằng mồi đặc hiệu cho recA gene. Với 800 mẫu thì bước này cũng chỉ mất 1 tuần là cùng. Còn nếu muốn nhanh hơn thì nên tham khảo các phương pháp tách DNA dùng microplate. PCR muốn nhanh thì kiếm cái pipet tự động.

Sau khi có sản phẩm PCR thì chỉ việc gửi đi cho các đồng chí khác đọc trình tự thôi mà.

 

[Cao Xuân Hiếu]

Trong quá trình phân lập theo định hướng các chủng vi khuẩn thuộc chi Burkholderia từ đất trên các cánh đồng lúa ở Việt Nam. Mình phân lập được khoảng 800.

Bạn có chắc 800 chủng này khác nhau không? Hay chỉ là gạt trên môi trường đặc hiệu, thấy bao nhiêu khuẩn lạc có hình thái giống nó thì nhặt lấy và cất đi?

Để phân loại chính xác các loài thuộc chi này thì phải dùng phương pháp giải trình tự đoạn recA gene. Nếu mà giải trình tự cả 800 chủng thì có lẽ là mình tèo téo teo ............mất.

Cái này cũng nhanh thôi. Với phương pháp tách DNA bằng xử lý nhiệt, sau đó PCR cả loại bằng mồi đặc hiệu cho recA gene. Với 800 mẫu thì bước này cũng chỉ mất 1 tuần là cùng. Còn nếu muốn nhanh hơn thì nên tham khảo các phương pháp tách DNA dùng microplate. PCR muốn nhanh thì kiếm cái pipet tự động.

Sau khi có sản phẩm PCR thì chỉ việc gửi đi cho các đồng chí khác đọc trình tự thôi mà.

800 sản phẩm PCR mà lắp vào quả ABI PRISM sequencer mới của IBT thì cũng chưa đến 1 tuần là xong kể cả phân tích sequence. Vậy là chưa hết 1 tháng

Sau đó chỉ còn phải ML / MP / NJ với mấy cái sequence có sẵn trên NCBI thì là biết có đích thực bao nhiêu phân chủng, khoảng cách di truyền bao nhiêu. Số liệu này đáng tin cậy hơn là RAPD-PCR.

Giá thành tổng project này cũng không phải là quá cao. 20.000 euros là nhận được rồi.

 

[Trịnh Thành Trung]

Mèng ơi!

Cái máy sequencer ở chỗ em có mỗi 1 capillary, đâu có như máy ở chỗ các bác, 4 hoặc 8 capillaries. Được như ở chỗ các bác, em đã không phải nghĩ ra cái bài toán này rồi.

8 x 2 bằng 1600 mẫu chạy (em phải chạy cả forward và reverse primers nữa) mà chạy có 2 tuần là xong thì quả là hiện đại lắm rồi.

Bạn có chắc 800 chủng này khác nhau không? Hay chỉ là gạt trên môi trường đặc hiệu, thấy bao nhiêu khuẩn lạc có hình thái giống nó thì nhặt lấy và cất đi?

Trong số 800 này, dựa vào con mắt của mình, co khoảng 600 con là một con (B. thailandesis). Thế nên em cũng phải cố xem có phương pháp nào đơn giản mà dễ tính tiền không chứ.

Được 20,000E của bác Hiếu, em thuê luôn người làm còn em thì vào đây tiếp chuyện với các bác nhỉ.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Trong số 800 này, dựa vào con mắt của mình, co khoảng 600 con là một con (B. thailandesis).

Trời đất. Vậy bạn có kế hoạch làm với tất cả 800 chủng này sao?

Cái máy sequencer ở chỗ em có mỗi 1 capillary, đâu có như máy ở chỗ các bác, 4 hoặc 8 capillaries. Được như ở chỗ các bác, em đã không phải nghĩ ra cái bài toán này rồi.


Được 20,000E của bác Hiếu, em thuê luôn người làm còn em thì vào đây tiếp chuyện với các bác nhỉ.

Vậy bạn cho biết mình có bao nhiêu tiền, bao nhiêu thời gian, điều kiện máy móc thiết bị, hóa chất thế nào để mọi người lên dự án giúp, càng cụ thể càng tốt nhé.

 

[Trịnh Thành Trung]

Vậy bạn cho biết mình có bao nhiêu tiền, bao nhiêu thời gian, điều kiện máy móc thiết bị, hóa chất thế nào để mọi người lên dự án giúp, càng cụ thể càng tốt nhé.

Trời ơi, ông Thầy mới dạy cách bố trí, thiết kế thí nghiệm, làm ra kết quả, biết cách trình bày kết quả, biết cách biện luận cho kết quả. Văn phong viết rõ ràng, mạch lạc. Ông ấy chưa dạy cho cách 'tính tiền', chắc mình chưa đến tuổi.

Mục đích chính trong câu hỏi của mình:

- Có những cái cùng mô hình băng nhưng là các loài khác nhau

Và em đã chốt hạ, xin phép cả làng cho em được ù để em xơi 'con gà' (thích đánh 'tá lả' quá, trời!!!!!!)

3. Bác nào từng có cơ sở lí thuyết và thực nghiệm về phương pháp này. Xin hãy ra tay giúp em, cho em vài điều khuyên to to và nho nhỏ.

Thanks!