Southern blot, help me!

[small angel]

Anh chị giải thích hộ em với ạ. Kiến thức về southern blot em ko biết nhiều. Trong cài bài báo em đọc, người ta chuyển 2 gen vào TV. Trong bài có đoạn như sau:
Six randomly sampled PCR-positivefor bar, cryIA(c) and
pta plants were furthers ubjected to Southern blot analysis.
Both cryIA(c) and pta were detected(Fig.6) in the T0 plants
analyzed,whereas no hybridization signal was detected in the
non-transformedplants.The number of hybridization bands
reflected the number of insertion loci of the transgenes in the
plant genome.Four of the six plants contained a single cryIA(c)
and pta gene.The frequency of single inserts was about 66.7%.
Two plants showed two cryIA(c) and pta gene loci.The results
of the Southern analysis were in accordance with those of the
PCR analysis and PPT-resistance analysis, thus confirming the
presence, integration and expression of the cryIA(c) and pta
genes in the transformants.

Em không hiểu tại sao ở hình ảnh kết quả các băng vạch lại ko bằng nhau trong khi các gene thì giống nhau.Mà theo như em biết thì khi chuyển gel lên màng lai, vị trí DNA ko đổi.
Hơn nữa trong hình 1a, chỉ có 2 đường chạy là có hai băng vạch. 2 băng vạch đó là 2 gene chuyển vào phải ko ạ. Nếu thế như trong bài viết ng ta nói 4 trong 6 TV chứa một trong 2 gene thôi ạ.
Câu: số lượng các băng vạch phản ánh số lượng các locus chèn trong genome TV chuyển gene. Em cũng ko hiểu lắm.
Em chưa làm sourthern blot bao giờ nên em ko hiểu lắm, với lại tiếng anh chuyên nghành của em cũng hơi bấp bênh, ko chuyên về sinh học phân tử lắm. Mong anh chị giúp đỡ. EM cảm ơn ạ

 

[orion8x]

Tốt nhất là bạn up nguyên cả cái article lên cho mọi ng đọc rồi phân tích giùm, thế này vẫn ù ù cạc cạc lắm.

 

[small angel]

Tốt nhất là bạn up nguyên cả cái article lên cho mọi ng đọc rồi phân tích giùm, thế này vẫn ù ù cạc cạc lắm.

Bác xem bài báo hộ em nhé. Cái bài này em down mãi mà cái hình ảnh ấy vẫn bị lỗi, hình ảnh ý bác xem hộ em ở trên nha. Thanks

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Về vấn đề kích thước giống nhau thì không đúng bạn ạ. Bạn đọc kỹ lại cái probe và enzyme dùng để cắt genomic nhé. Ví dụ gene pta nằm giữa 2 vị trí cắt SmaI nhưng enzyme dùng để cắt genomic DNA trong phân tích Southern cho gene này là HindIII. Điều này có nghĩa là 1 vị trí cắt sẽ nằm trong vùng RB/LB (tức vùng được tích hợp vào genomic DNA), nhưng vị trí cắt còn lại sẽ nằm ở một vị trí không xác định ở phía ngoài vùng RB/LB, tùy thuộc vào vùng RB/LB được tích hợp vào locus nào trong genomic DNA. Như vậy nếu cassette được tích hợp vào 2 loci khác nhau thì khả năng là bạn sẽ thấy 2 băng có kích thước khác nhau.

 

[orion8x]

(Theo mình hiểu) Thì ng ta dùng RE để cắt các gene ở Fig 1, rồi clone vào 3 T-DNA vector khác nhau để tạo một giống kháng sâu. Sau các giai đoạn insert, nuôi cấy... thì trích DNA ra kiểm tra lại hiệu suất transform. Các T-DNA vectors đc dùng có thế có nhiều HindIII/SmaI recognition site nên khi cắt, sẽ tạo ra nhiều phân mảnh DNA có kích thước khác nhau, 1 trong các mảnh có chứa gene quan tâm.... và blah blah blah. Nói thế chắc đủ rồi.
Nên hỉu là đoạn DNA-có-chứa-gene đc mang đi phân tích, chứ kg phải là đoạn gene đc mang đi phân tích. Do đó kích thước chênh lệch cũng là dĩ nhiên thôi.

Hơn nữa trong hình 1a, chỉ có 2 đường chạy là có hai băng vạch. 2 băng vạch đó là 2 gene chuyển vào phải ko ạ. Nếu thế như trong bài viết ng ta nói 4 trong 6 TV chứa một trong 2 gene thôi ạ

Kg. Hình a chỉ dùng probe của cryIA. Hình b chỉ dùng probe của pta. Nghĩa là lane 1a, vector nhận 2 đoạn gene cryIA. lane 2a chỉ nhận 1 đoạn gene..v.v... Tương tự hình b

Câu: số lượng các băng vạch phản ánh số lượng các locus chèn trong genome TV chuyển gene. Em cũng ko hiểu lắm.

1 vạch hiển thị đoạn DNA đc phân tích có 1 gene
2 vạch hiển thị đoạn DNA đó có chứa 2 genes.
0 vạch thì kg có đoạn gene nào

P/s: Ý kiến chủ quan, nếu kg đúng thì ace sửa giùm nhá.