Hỏi về phân tích kết quả của chương trình PDQUEST

[Võ Ngọc Trí]

Chào mọi người
Hiện em đang học môn Proteomics và có được dạy sử dụng chương trình phân tích gel điện di 2D PDQuest của BIO-rad.
Sau cùng em ra được kết quả nhưng không biết đọc số liệu và phân tích như thế nào. Mọi người xem giúp em nhé.

 

[Cao Xuân Hiếu]

Bạn muốn hỏi về cái gì?

Theo tôi thấy thì bạn có 2 nhóm thí nghiệm G1-Glu v1 và G2-GluCF v1 trong đó G1 được dùng làm master gel (reference gel). Mỗi nhóm chỉ có 1 gel? không có lặp lại?

Số lượng spot xác định trên gel lần lượt là 39, 44 trong đó 25 spot được cho là xuất hiện đồng thời trên cả 2 nhóm gel. Các thông tin khác thì hoặc bạn phải export ra excell hoặc kéo chuột dịch sang bên phải rồi chụp lại mới nhìn tiếp được.

 

[Võ Ngọc Trí]

Cảm ơn anh Hiếu đã trả lời câu hỏi của em.
Về phần thí nghiệm, đây là thí nghiệm chạy gel 2D. Thí nghiệm sử dụng protein của 1 dòng vi khuẩn được nuôi ở 2 môi trường khác nhau. Mục đích của thí nghiệm là phân tích sự khác nhau và tương quan của protein ở 2 mẫu đó.
Đây là số liệu mà em đã export ra:

Vậy nếu được mọi người giúp em phân tích bảng số liệu này , sự khác nhau và tương quan giữa 2 mẫu.
Em cảm ơn.

 

[Cao Xuân Hiếu]

với 1 cái bảng duy nhất này thì ko thể phân tích được gì nhiều. Ta giả định nếu có sự thay đổi về protein abundance/ profiles của vi khuẩn ở 2 điều kiện nuôi cấy khác nhau thì sẽ thay đổi ở 1 nhóm proteins/ spots nhất định chứ không phải tất cả. Do đó, ta phải export được volume của từng spot một trên gel và so sánh với spot tương ứng ở điều kiện khác.

Ngoài ra, nếu không có bước MS sau khi 2D gel thì việc matching các spot chỉ dựa vào thông số MW và pI thì không thể chính xác. Phải xác định protein nào tương ứng với spot nào, và có nhiều hơn 1 protein trong 1 spot hay k?