Giới thiệu ChIP

[Dương Văn Cường]

Chromatin Immunoprecipitation (viết tắt là ChIP, không phải Chip nhé) là một phương pháp trong Sinh học phân tử, được dùng để xác định một protein nào đó (thường những protein được quan tâm ở đây là các yếu tố phiên mã) có bám vào một vùng nhiễm sắc thể nhất định hay không.

Nguyên lý của phương pháp được tóm tắt như sau. Xem hình đính kèm cho dễ hiểu.

1. Mỗi vùng DNA trong tế bào thường có các protein nhất định bám vào (DNA-bound proteins). Các protein này lại có thể bám vào một vùng nhiễm sắc thể nào đó mà nó có liên quan.

2. Đầu tiên người ta khóa chặt DNA với bound protein bằng formadehyde.

3. Phá tế bào

4. Cắt DNA genome thành các đoạn nhỏ chừng 300bp

5. Cho phản ứng kháng nguyên - kháng thể. Antibodies đặc hiệu với protein cần tìm hiểu đã được cố định sẵn trên màng sẽ liên kết với antigene là protein bám DNA nói trên.

6. Phá vỡ liên kết formadehyde và phân hủy các protein. Lúc này tại well hay dot phản ứng KN-KT hoặc không còn gì hoặc chỉ còn lại đoạn DNA.

7. Chạy PCR.


Phương pháp này có ý nghĩa trong việc tìm hiểu cơ chế điều hòa biểu hiện gene. Một trình tự DNA nếu có quan hệ với vùng nhiễm sắc thể hoạt động (Euchromatin) thì thường là vùng gene được biểu hiện nhiều và ngược lại nếu liên hệ với vùng nhiễm sắc thể bất hoạt (Heterochromatin) thì cũng là đoạn gene không hoạt động.

Đây là một phương pháp khá thú vị. Xin mời mọi người cùng mổ xẻ tiếp.


Tham khảo: http://en.wikipedia.org/wiki/Chromatin_immunoprecipitation

 

[Trần Hoàng Dũng]

là một phương pháp trong Sinh học phân tử, được dùng để xác định một protein nào đó (thường những protein được quan tâm ở đây là các yếu tố phiên mã) có bám vào một vùng nhiễm sắc thể nhất định hay không.

Chạy PCR

Vậy pp này xác định protein gắn protein hay xác định vùng gene có protein bám lên??

Một trình tự DNA nếu có quan hệ với vùng nhiễm sắc thể hoạt động (Euchromatin) thì thường là vùng gene được biểu hiện nhiều và ngược lại nếu liên hệ với vùng nhiễm sắc thể bất hoạt (Heterochromatin) thì cũng là đoạn gene không hoạt động.

Từ tôi bôi đen có hiểu như thế nào cho chính xác? ?Nếu tui thay bằng năm trên thì có được không? Sự khác biệt trong sắc thái ý nghĩa hai từ "có quan hệ với" và "nằm trên" trong nội dung câu văn trên?

 

[Dương Văn Cường]

Vậy pp này xác định protein gắn protein hay xác định vùng gene có protein bám lên?

Phương pháp này xác định một protein nhất định bám lên vùng DNA nào. PCR là bước confirm có / không, sau đó nếu có thì tiếp tục dùng sản phẩm PCR để nghiên cứu tiếp. Nghiên cứu tiếp thế nào phụ thuộc vào mục đích của công việc, có thể là giải trình tự rồi BLAST xem nó là đoạn DNA nào, ở đâu.

Protein mà người ta quan tâm là cái đã biết. Phải biết protein này rồi thì mới có thể tạo ra kháng khể, rồi dùng kháng thể để dò tìm kháng nguyên. Tóm được kháng nguyên thì xem kháng nguyên này bám vào đoạn DNA nào.

Từ tôi bôi đen có hiểu như thế nào cho chính xác? ?Nếu tui thay bằng nằm trên thì có được không? Sự khác biệt trong sắc thái ý nghĩa hai từ "có quan hệ với" và "nằm trên" trong nội dung câu văn trên?

Đây là tâm điểm, là linh hồn của phương pháp. Thực sự là tôi chưa hiểu rõ các mối quan hệ giữa DNA và DNA-bound protein nên buộc phải sử dụng từ "có quan hệ", "có liên hệ". Để trả lời được câu hỏi này cần đọc thêm các tài liệu. Ở đây tôi nêu suy luận dựa trên kiến thức cơ bản về tế bào học. Các protein bám lên DNA ít nhất có 2 loại: Các histon và các yếu tố phiên mã.

- Nếu là histon thì dùng từ "nằm trên" là đúng. Một đoạn DNA được xác định là có gắn với một loại histon nhất định, vậy histon đó nằm ở đâu trên NST thì đoạn DNA cũng nằm ở vị trí đó. Vấn đề cần tìm hiểu tiếp là các loại histon, sự phân bố, thời điểm trong chu kỳ tế bào (khi duỗi xoắn DNA không còn liên kết với histon) ...

- Nếu là yếu tố phiên mã thì không phải là nằm trên. Trường hợp này xin nhờ bạn nào hiểu về ChIP giải thích giúp. Đây cũng chính là câu hỏi của tôi.

Thêm hai câu hỏi:
- Tại sao lại cắt DNA thành những đoạn khoảng 300bp mà không phải là 100, 200, 500, 1000 ...
- Cắt bằng cách nào?

 

[Trần Hoàng Dũng]

Một trình tự DNA nếu có quan hệ với vùng nhiễm sắc thể hoạt động (Euchromatin) thì thường là vùng gene được biểu hiện nhiều và ngược lại nếu liên hệ với vùng nhiễm sắc thể bất hoạt (Heterochromatin) thì cũng là đoạn gene không hoạt động.

Từ tôi bôi đen có hiểu như thế nào cho chính xác?  Nếu tui thay bằng năm trên thì có được không? Sự khác biệt trong sắc thái ý nghĩa hai từ "có quan hệ với" và "nằm trên" trong nội dung câu văn trên?

bạn hiểu sai câu hỏi, câu bạn viết là nói về DNA, nên tui mới thắc mắc, còn câu trả lời của bạn liên quan đến protein.

 

[Dương Văn Cường]

bạn hiểu sai câu hỏi, câu bạn viết là nói về DNA, nên tui mới thắc mắc, còn câu trả lời của bạn liên quan đến protein.

Em thực sự chưa hiểu câu hỏi lần thứ 2 của anh và có vẻ như anh cũng chưa đọc kỹ bài của em.

Nếu anh hay ai đó hiểu rõ hơn chuyện này thì xin mời viết ra luôn. Em biết rằng tìm hiểu mối tương tác giữa DNA và DNA bound protein là một việc không dễ, không phải 1 sớm 1 chiều. Hơn nữa đây lại không phải là công việc em phải làm nên nếu có tìm tài liệu đọc tiếp thì cũng phải 1 thời gian nữa.

Nên phân biệt 2 chuyện:

- Về phương pháp: Ý nghĩa ban đầu tôi muốn chuyển tải là giới thiệu 1 phương pháp. Cơ bàn là đã xong, ai đọc chủ đề này có thể đã có thêm 1 khái niệm, 1 hình dung về ChIP.
- Phân tích sâu hơn về mối quan hệ DNA - DNA bound protein là phần mở rộng. Phần này rất phức tạp.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Một trình tự DNA nếu có quan hệ với vùng nhiễm sắc thể hoạt động (Euchromatin) thì thường là vùng gene được biểu hiện nhiều và ngược lại nếu liên hệ với vùng nhiễm sắc thể bất hoạt (Heterochromatin) thì cũng là đoạn gene không hoạt động.

Tui đọc kỹ rồi. Nếu chủ ngữ là Protein gắn DNA thì câu trả lời của bạn tạm chấp nhận, nhưng do chủ ngữ câu này là Một trình tự DNA ?nên tui mới thắc: nếu thay thế cụm từ có quan hệ với thành nằm trên thì có được kô?

 

[Dương Văn Cường]

Tui đọc kỹ rồi. Nếu chủ ngữ là Protein gắn DNA thì câu trả lời của bạn tạm chấp nhận, nhưng do chủ ngữ câu này là Một trình tự DNA ?nên tui mới thắc: nếu thay thế cụm từ có quan hệ với thành nằm trên thì có được kô?

Chủ ngữ không thể là Protein bám DNA (em dùng từ bám, không dùng từ gắn) vì ở đoạn sau là "mức độ hoạt động của vùng gene đó".

Em viết lại câu này:

Một trình tự DNA nếu được bám bởi những protein có quan hệ với vùng nhiễm sắc thể hoạt động ...

 

[Trần Hoàng Dũng]

Vậy câu của bạn viết lại nguyên văn là:

Một trình tự DNA nếu được bám bởi những protein có quan hệ với vùng nhiễm sắc thể hoạt động  (Euchromatin) thì thường là vùng gene được biểu hiện nhiều và ngược lại nếu liên hệ với vùng nhiễm sắc thể bất hoạt (Heterochromatin) thì cũng là đoạn gene không hoạt động.

và câu ban đầu

Một trình tự DNA nếu có quan hệ với vùng nhiễm sắc thể hoạt động (Euchromatin) thì thường là vùng gene được biểu hiện nhiều và ngược lại nếu liên hệ với  vùng nhiễm sắc thể bất hoạt (Heterochromatin) thì cũng là đoạn gene không hoạt động.

khác nhau 1 trời 1 vực.


Câu ban đầu sửa lại là

Một  [s:b4a37675e6]trình tự DNA[/s:b4a37675e6] gene nếu [s:b4a37675e6]có quan hệ với [/s:b4a37675e6] nằm trên vùng nhiễm sắc thể hoạt động (Euchromatin) thì thường là [s:b4a37675e6]vùng [/s:b4a37675e6]gene được biểu hiện nhiều và ngược lại nếu [s:b4a37675e6]liên hệ với[/s:b4a37675e6] nằm trên vùng nhiễm sắc thể bất hoạt (Heterochromatin) thì cũng là [s:b4a37675e6]đoạn[/s:b4a37675e6] gene không hoạt động.

Khoan nói đến tính đúng sai của phát biểu này mà ở đâu lỗi câu ban đầu  là không xác định được vị trí không gian của DNA và NST cũng như dùng kô đúng thuật ngữ DNA và gene, rồi dùng sai các chữ như gene, vùng gene, đoạn gene, ... DNA là tập hợp con của NST nên nó không phải là có quan hệ mà phải là nằm trên/nằm trong NST.  Dùng từ "có quan hệ" khi hai đối tượng đứng riêng rẽ, như protein và NST. Một lỗi bé tí nhưng nó cho thấy ... (tự điền thêm vô chỗ trống nhé)

Một trình tự DNA nếu được bám bởi những protein có quan hệ với vùng nhiễm sắc thể hoạt động  (Euchromatin) thì thường là vùng gene được biểu hiện nhiều và ngược lại nếu liên hệ với vùng nhiễm sắc thể bất hoạt (Heterochromatin) thì cũng là đoạn gene không hoạt động.

Còn câu thứ hai sau khi sửa chữa thì lại càng mù mờ hơn, câu này chỉ khiến người ta tò mò và truy bạn tới nơi tới chốn; nhưng khi xem câu trả lời của bạn  hỡi ơi chỉ là: tui kô chưa có thời gian, là tui chỉ cung cấp ý nghĩa pp luận chứ kô phải đào sâu lý thuyết, là tui gợi ý cho mọi người tham gia chứ không phải cầm chịch chủ đề này ... (xem lại câu trả lời, các giả định và cách từ chối tìm câu trả lời chính xác... của bạn).


Tui hiểu là bạn đang "dụ dỗ" cho mọi người cùng tham gia thảo luận để SHVN nóng lên; nhưng mà để làm vậy điều cần làm là bạn phải tự nâng mình lên 1 tầm cao mới so với chính bạn; làm việc cực lực hơn và khôn ngoan hơn nữa. Viết ít nhưng đầy đủ,  đúng nội dung thì sẽ tốt hơn là làm tràn lan không tập trung cho kỹ (nói văn hoa là kô đi tới nơi tận cùng bản chất sự việc.)

Sorry là làm loãng chủ để nhưng tui kô thể kô nói.

 

[Dương Văn Cường]

Tôi cũng buộc phải nói thẳng là tôi không coi bài viết trên của anh Dũng là một tranh luận.

Còn chỗ nãy:

Tui hiểu là bạn đang "dụ dỗ" cho mọi người cùng tham gia thảo luận để SHVN nóng lên;

Anh hoàn toàn nhầm. Em không hề có ý định dụ dỗ hay làm nóng gì cả. Nói 1 nghìn lần rồi là trách nhiệm với SHVN không phải do 1 mình tôi. Những chủ để này được đưa lên vì tôi thấy có hứng thú, muốn cùng tìm hiểu tiếp với mọi người. Tôi mới kết thúc một học kỳ và có chút thời gian rảnh, vậy thôi. Nếu đọc được những phương pháp khác thú vị tôi sẽ lại tiếp tục đưa lên.

Để đi đến tận cùng sự việc tôi e ràng các nhà nghiên cứu khắp thế giới còn chưa làm được. Tôi không dám có mơ ước đó, nhất là ở một vấn đề tôi không được làm thực nghiệm. Anh là một PhD Student mà phát biểu như vậy e là hơi hồ đồ.

Đúng là tôi cũng rất ghét thói biện minh "không có thời gian". Tôi sẽ cố gằng đưa lên một vấn đề có liên hệ tới công việc tôi đang theo đuổi. Mặc dù chưa đủ tự tin nhưng tôi sẽ cố gắng cầm trịch chủ đế đó. Những chủ đề chỉ tìm hiểu theo hứng thú thì nhất định không dám.

Một lỗi bé tí nhưng nó cho thấy ... (tự điền thêm vô chỗ trống nhé)

Chỗ này anh viết ra thì tự anh có trách nhiệm điền vào nốt. Anh vốn là người thẳng thắn, đừng tự đánh mất mình. Okie

 

[Dương Văn Cường]

Nếu anh muốn tiếp tục chủ đề này thì chỉ phân tích thuần túy chuyên môn. Nếu không nó sẽ sụp đổ.

 

[Dương Văn Cường]

Câu ban đầu sửa lại là

Một  [s:de1a200ece]trình tự DNA[/s:de1a200ece] gene nếu [s:de1a200ece]có quan hệ với [/s:de1a200ece] nằm trên vùng nhiễm sắc thể hoạt động (Euchromatin) thì thường là [s:de1a200ece]vùng [/s:de1a200ece]gene được biểu hiện nhiều và ngược lại nếu [s:de1a200ece]liên hệ với[/s:de1a200ece] nằm trên vùng nhiễm sắc thể bất hoạt (Heterochromatin) thì cũng là [s:de1a200ece]đoạn[/s:de1a200ece] gene không hoạt động.

Khoan nói đến tính đúng sai của phát biểu này mà ở đâu lỗi câu ban đầu  là không xác định được vị trí không gian của DNA và NST cũng như dùng kô đúng thuật ngữ DNA và gene, rồi dùng sai các chữ như gene, vùng gene, đoạn gene, ... DNA là tập hợp con của NST nên nó không phải là có quan hệ mà phải là nằm trên/nằm trong NST.  Dùng từ "có quan hệ" khi hai đối tượng đứng riêng rẽ, như protein và NST.

Anh xác nhận lại "tư cách, mục đích" của cái câu do anh sửa, rồi em sẽ chỉ ra 1 điều sai cơ bản trong những sửa chữa của anh.

Nếu anh nói "khoan nói đến tính đúng sai" thì em không tiếp tục được.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Mắc cái chứng gì mà phải xác định lại tư cách mục đích, lần sau đừng bắt tui xác định tư cách nữa nhé. Bạn thấy sai cứ sửa, trước giờ tui vẫn vậy. Và tui bảo lưu ý kiến "khoan bàn đến tính đúng sai của phát biểu".  

 

[Ngô Vũ]

Tôi không thấy đâu là bất ổn trong bài giới thiệu của Cường về chIP. ?Câu văn có thể được gọt dũa lại nếu muốn nhưng nó cũng không sai nghĩa một cách trầm trọng đến nỗi người đọc không hiểu được.

Đáng lẽ thảo luận bài này không nên chú trọng nhiều đến việc sửa sai về câu cú, nhưng vì Dũng đã nhấn mạnh vấn đề này nên tôi cũng không thể không nói.

Một trình tự DNA nếu có quan hệ với vùng nhiễm sắc thể hoạt động (Euchromatin) thì thường là vùng gene được biểu hiện nhiều và ngược lại nếu liên hệ với vùng nhiễm sắc thể bất hoạt (Heterochromatin) thì cũng là đoạn gene không hoạt động.

Ở đây như Dũng đã chỉ ra, vùng gene/đoạn gene có thể làm ngắn lại là "gene" là đủ. ?Còn "Một trình tự DNA" có thể chỉ bao quát hơn là khái niệm "gene", tức là đây có thể là vùng không nhất thiết phải là gene, chằng hạn "intron", nơi mà các yếu tố phiên mã có thể "đậu/gắn" vào.

Thuật ngữ "có quan hệ" cũng chỉ có tính bao quát, liên kết hai khái niệm - "trình tự DNA" và "vùng NST hoạt động"; do đó vẫn có thể chấp nhận được dù hai khái niệm này về bản chất hóa học là một. ?Thử dịch câu này sang tiếng Anh như sau:

"If a DNA sequence related to an active region of the chromosome (euchromatin), it is usually expressed; conversely, if it is related to an inactive region of the chromosome (heterochromatin), it can not be expressed."

Tôi thấy vẫn hiểu được, không biết mọi người khác có vấn đề gì không?

Còn cách giải thích của Dũng:

Khoan nói đến tính đúng sai của phát biểu này mà ở đâu lỗi câu ban đầu ?là không xác định được vị trí không gian của DNA và NST cũng như dùng kô đúng thuật ngữ DNA và gene, rồi dùng sai các chữ như gene, vùng gene, đoạn gene, ... DNA là tập hợp con của NST nên nó không phải là có quan hệ mà phải là nằm trên/nằm trong NST. ? Dùng từ "có quan hệ" khi hai đối tượng đứng riêng rẽ, như protein và NST.

thì tôi có vấn đề ở hai chổ:
1) Nếu nhấn mạnh tính không gian của DNA và NST, rồi DNA là tập hợp con của NST và kết luận là nên dùng "nằm trên/nằm trong" thì lại nghe có vẽ hai khái niệm này tách rời nhau về thể chất! ?Tôi hiểu Dũng muốn nói gì ở đây nhưng khi nghe phân tích quá kỹ thì tôi lại có vấn đề diển giải những phân tích này. ?Mọi người đều biết DNA là một axít hữu cơ, là một đại phân tử mà có thể nhìn thấy được qua kính hiển vi bằng nhiều cách nhuộm màu tế bào ở giai đoạn phân bào, do đó có từ "nhiễm sắc thể". ?Đại phân tử DNA lúc phân bào cuộn chặt lại thành NST do đó phân tích 2 thuật ngữ này theo kiểu Dũng là tôi nghe không ổn.
2) "Dùng từ "có quan hệ" khi hai đối tượng đứng riêng rẽ....": không nhất thiết phải như vậy, như đã nói ở trên.

Quá đủ cho sự lang mang ở trên, và phải xin lỗi Cường!

Câu hỏi liên quan đến chủ đề của Dũng:

Vậy pp này xác định protein gắn protein hay xác định vùng gene có protein bám lên??

Câu trã lời hình như đã ghi rỏ trong bài:

là một phương pháp trong Sinh học phân tử, được dùng để xác định một protein nào đó (thường những protein được quan tâm ở đây là các yếu tố phiên mã) có bám vào một vùng nhiễm sắc thể nhất định hay không.

hay có thể viết lại là:
"Phương pháp này dùng để xác định một protein có bám vào một đoạn DNA hay không."

Vì cái yếu tố phiên mã đóng vai trò quyết định gene nào được biểu hiện, do đó thực hiện chức năng tế bào, việc xác định yếu tố phiên mã nào điều khiển gene nào là một vấn đề rất nóng bỏng được nghiên cứu nhiều hiện nay nhờ có sự trợ giúp của pp ChIP. ?Để xác định gene nào trên toàn bộ gene, người ta dùng pp microarray cho ChIP, hay còn gọi là ChIP-on-chip. ?Chi tiết của pp này được giải thích rất nhiều ở trên mạng. ?Bạn đọc nếu hứng thú muốn biết thêm có thể tải về để cùng mổ xẻ như Cường đã làm ở trên.

Các câu hỏi mở rộng khác của Cường:

Thêm hai câu hỏi:
- Tại sao lại cắt DNA thành những đoạn khoảng 300bp mà không phải là 100, 200, 500, 1000 ...
- Cắt bằng cách nào?

Tôi chưa bao giờ làm pp này nhưng có đọc qua thì thấy người ta dùng sonication/siêu âm? để bẻ gẩy DNA. ?Còn tại sao cắt thành những đoạn 200-300bp thì tôi dành câu này lại cho các bạn khác để giải thích để kiểm tra lại kiến thức về DNA của mình.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Trên cơ bản, các ý kiến anh nêu kô sai, nhưng em xin bảo lưu quan điểm của em

"Một vùng DNA nằm trên NST ..." chứ không thể viết "Một vùng DNA có liên quan đến NST ..."; nhưng nếu viết "Vùng DNA có liên quan đến khả năng ăn màu ... " thì cũng chấp nhận được.


Và vì thế sẽ kô có chuyện xin lỗi vì từ trước đến giờ ngoài trừ 1 lần đụng đến PMT thì có hơi thái quá đã xin lỗi. Mình nhắm thấy người ta sai, mình mạnh dạn sửa, rồi có người sửa lại dùm mình vậy thì phải cám ơn; chứ mình cho là sai rồi không dám sửa vì sợ rằng sửa xong bị sửa lại và bị bắt xin lỗi thì e là kô ai dám mạnh miệng nói vì ai cũng sợ suốt ngày đi xin lỗi.. Sorry anh, yêu cầu của anh em kô thực hiện được.


Em kô sa đà vào câu cú nhưng 1 chén cơm ngon mà bị vài hạt sạn, e là sẽ bỏ dỡ bữa cơm.

 

[Dương Văn Cường]

Một  [s:1a50e65b00]trình tự DNA[/s:1a50e65b00] gene nếu [s:1a50e65b00]có quan hệ với [/s:1a50e65b00] nằm trên vùng nhiễm sắc thể hoạt động (Euchromatin) thì thường là [s:1a50e65b00]vùng [/s:1a50e65b00]gene được biểu hiện nhiều và ngược lại nếu [s:1a50e65b00]liên hệ với[/s:1a50e65b00] nằm trên vùng nhiễm sắc thể bất hoạt (Heterochromatin) thì cũng là [s:1a50e65b00]đoạn[/s:1a50e65b00] gene không hoạt động.

Ở đây không thể sử dụng từ gene vì đoạn văn đang nằm trong ngữ cảnh thảo luận về ChIP. Cái trình tự DNA ở đây là cái đoạn khoảng 300bp được cắt ra từ genome, vì vậy nó không phải là một gene. Nó là một trình tự DNA.

Ở lab em, ở trường em liên tục có seminar. Một người lên báo cáo và những người khác hỏi. Khi gặp phải câu hỏi khó, không trả lời được người ta bảo "Chỗ này tôi không biết" hoặc "tôi không chắc chắn lắm". Tiếp theo, người đó có thể quay sang Giáo sư và hỏi: "Thưa giáo sư, ông có biết về vấn đề này không". Giáo sư trả lời: "Rất tiếc tôi cũng không biết". Sau đó giáo sư quay xuống cả lớp hỏi: "Có em nào biết không, giải thích giúp cho bạn đi".

Đây là sự thật, là chuyện vẫn đang diễn ra. Người ở đây cũng toàn là người thật, chẳng có ai dùng nickname và đeo mặt nạ.

Nếu yêu cầu tuyệt đối hóa hay đi đến tận cùng vấn đề thì không ai làm được đâu.

Ở trên là anh Vũ cho rằng những phân tích về câu chữ của anh ấy là lan man và anh ấy xin lỗi người mở chủ đề là em, chứ không phải anh Vũ có ý nhắn anh Dũng xin lỗi em đâu. Anh hiểu nhầm ý rồi.

Cảm ơn hai anh đã để tâm và có những góp ý cho bài viết này.

 

[Ngô Vũ]

Tôi đã không làm rỏ ý nên e rằng tôi phải xin lỗi lần nữa! ?Như Cường đã nói, ở trên tôi ý muốn xin lỗi Cường vì tôi đã không tập trung vào tinh thần của chủ đề, chứ không phải buộc ai khác làm như vậy. ?Xin lỗi vì câu cú đã không rỏ ràng.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Cắt bằng DNase có được không?

 

[Dương Văn Cường]

Định nghĩa về DNase: Là một loại enzyme có tác dụng bẻ gẫy liên kết phosphodiester trong mạch DNA.

Quá rộng, quá tổng quát đúng không ạ.

Các loại DNase gồm:

- ?Exodeoxyribonucleases: Cắt phần ở tận cùng của đoạn DNA
- Endodeoxyribonucleases: Cắt bất kỳ chỗ nào trên mạch DNA, một số thì cắt ở những trình tự nhận biết nhất đinh (RE), một số khác thì cắt ngẫu nhiên không phân biệt trình tự gì hết. Lại có loại chỉ cắt mạch đơn, có loại chỉ cắt mạch kép, có loại thì đơn kép gì chơi tuốt.

-----

Ở đây đối tượng cần cắt nhỏ là DNA genome, vì vậy những DNase chỉ cắt mạch đơn là không dùng được.

Cắt ngẫu nhiên hay cắt đặc hiệu trình tự thì cũng không thể tạo ra được các đoạn có kích thước xấp xỉ nhau, khoảng 200-300bp, mà sẽ ra nhiều đoạn với kích thước khác biệt, không thể tính toán và kiểm soát được.