Phần mềm thiết kế degenerate primers

[Nguyễn Ngọc Lương]

Mình đang thiết kế vài cái degenerate primers và thấy phần mềm này có vẻ hay:
iCODEHOP (tìm trên google sẽ ra vì hiện tại server đang bị down).
Về nguyên tắc iCODEHOP sẽ thực hiện workflow như sau:
+ cho mình nhập sequence theo định dạng FASTA hoặc CLUSTAL
+ multiple alignment (mình có thể làm bước này bằng phần mềm riêng trước cũng được)
+ cho phép mình chọn các sequence có độ tương đồng cao dựa trên kết quả alignment
+ phát hiện các non-gap block có độ bảo tồn cao trong các sequence này
+ thiết kế mồi thoái hóa trong các block này
+ chọn các mồi cặp đôi với một mồi mình đã chọn.

Sự khác biệt của iCODEHOP với thiết kế mồi thoái hóa bằng tay là mồi iCODEHOP gồm 2 phần: CLAMP và CORE.
Phần CORE giống hệt mồi thoái hóa thiết kế bằng tay, có điều nó ngắn hơn, chỉ cần 4 a.a là đủ thay vì phải 7-8 a.a như khi thiết kế tay. Phần CLAMP sẽ là specific, chủ yếu giúp nhân sản phẩm lên sau mấy chu kỳ đầu. Như vậy việc thiết kế iCODEHOP degenerate primers sẽ linh động hơn thiết kế tay bởi vùng degenerate chỉ gói gọn trong vùng CORE 3', còn vùng 5' specific nên sẽ giảm độ thoái hóa của mồi, giúp sản phẩm nhân lên dễ dàng hơn.

Hiện tại vẫn xài mồi của các tác giả trước. Sắp tới sẽ xài mồi mình tự thiết kế. Nếu tốt thì có lẽ bà con VN nên dùng, vì nó sẽ giúp gene cloning dễ dàng hơn, và biểu hiện nhiều sản phẩm mới hơn.

Ai xài phần mềm thiết kế mồi thoái hóa rồi, có thể giới thiệu cho tôi vài bản được không?

 

[trieuthanhtuan]

Chào anh Lương, em cũng đang dùng iCODEHOP để thiết kế mồi cho degenerate PCR. Nhưng em không hiểu lắm về kết quả của nó. Kết quả nó hiện ra rất nhiều block và dưới mỗi block lại có nhiều primer, như vậy mình sẽ chọn block nào và primer nào để có thể sử dụng hả anh??? Ví dụ trong trường hợp này thì mình chọn cặp mồi nào hả anh??? http://dbmi-icode-01.dbmi.pitt.edu/i-codehop-context/iCODEHOP/view/PrimerAnalysis. Hiện em biết có nhiều chương trình chạy trên nền web có thể thiết kế degenerate primer: MPrime-DEG, GeneFisher2, HYDEN ben canh iCODEHOP ver. 1.1. Em thấy iCODEHOP là ok nhất nhưng phần kết quả thì em không hiểu lắm. Anh có thể giải thích giúp em hiểu không anh? Cảm ơn anh nhiều lắm!!!