Điện di có SDS và không SDS ?

[Phạm Ngọc Dương]

có bạn nào biết điện di có SDS và không có SDS khác nhau thế nào không ,thưc chất SDS là chất gì và vai trò của nó như thế nào trong việc tách enzzyme,mình đọc ở một số tạp chí nên rất muấn biết về nó.Ai biết thi nói cho mình vơi nhé,cảm ơn nhiều

 

[Cao Xuân Hiếu]

SDS làm biến tính protein. Điện di phân ly tốt hơn nhưng enzyme biến tính mất rồi còn đâu mà tách.

 

[atrix]

có bạn nào biết điện di có SDS và không có SDS khác nhau thế nào không ,thưc chất SDS là chất gì và vai trò của nó như thế nào trong việc tách enzzyme,mình đọc ở một số tạp chí nên rất muấn biết về nó.Ai biết thi nói cho mình vơi nhé,cảm ơn nhiều

Sự khác nhau là ở chỗ: với bản gel có SDS, bạn sẽ nhìn thấy được các bands có trọng lựong phân tử khác nhau.. còn ở gel ko SDS... hoặc là ko thấy bands hoặc là thấy một cục to đùng ở ngay đầu giếng..

Vì sao?.. bởi vì: SDS làm cho protein chuyển từ trạng thái "fold" ( trạng thái hoạt dộng của nó) tới "unfold" (ko hoạt đọng nũa rồi)... (anh vietbio nói là biến tính)...
khi đó protein sẽ tách nhau ra và bạn nhìn đựoc các band khác nhau.
Dung để kiểm nghiệm protein tinh sạch...

Hỏi bạn câu này: bạn đọc nhiều tạp chí hén, vậy bạn có biết su khác nhau khhi dùng SDS và DTT ko?
cheers,

 

[Cao Xuân Hiếu]

ko phải là ko điện di trên gel ko có SDS được đâu. Ng ta vẫn điện di PAGE ko có SDS. Điều kiện nên chạy ở 4oC để protein vẫn giữ hoạt tính. Nó vẫn phân tách được tương đối. Tuy nhiên nó ko tách được các tiểu đơn vị được nối với nhau bằng cầu disulfide. Đồng thời, SDS còn là chất anion hóa phân tử protein (làm nó tích điện âm) nên protein di chuyển tốt hơn trong điện trường. Vì nếu ko có, chuỗi polypeptide có thể tích điện dương hoặc âm tùy tỷ lệ thành phần aa phân cực như thế nào. nói chung là sách Hóa sinh đại cương gì đó, ngay những trang đầu nói về protein thì thể nào chẳng có phần này. Lâu rồi ko giở sách nên quên mất số trang rồi.

 

[Nguyễn Thị Phương Trang]

Tìm được rồi
Cũng vừa rồi tớ có đọc 1 bài nói về điện di acrylamide without SDS, (xin lỗi vì lại viết vào đây vì bây giờ chẳng nhớ nó ở box nào), có bạn nào (cũng không nhớ tên nữa) viết sai quá đi mất đâm ra tớ xin mạn phép chỉnh lại 1 tý.
Đó là khi bạn chạy điện di không có SDS (sodium dodecyl sulfate) thì các protein của bạn vẫn phân tách và tạo vạch trên bản gel (chứ hoàn toàn không phải là nó đóng thành cục ở đầu giếng), Kể cả khi bạn chạy trực tiếp mẫu vừa tách chiết mà không qua bất kỳ 1 khâu xử lý nào như biến tính nhiệt...thì các protein vẫn phân tách thành vạch trên bản gel của bạn.
Tác dụng chính của SDS là anion hóa, có nghĩa là nó sẽ làm cho tất cả các protein của ban tích điện âm (để giúp cho protein của bạn dễ dàng chạy được từ âm (-) sang dương (+) dưới tác dụng của điện trường, (SDS cũng là 1 thành phần trong đệm chạy điện di), ngoài ra nó cũng có thể cắt các cầu đi sun fát trong phân tử protein nhưng rất rất yếu thôi, do vậy tác dụng chính của SDS không phải là biến tính protein, khâu biến tính chính là lúc bạn đun sôi 5 phút (cùng với cả tác dụng của b-mercapto nữa).
Sự khác nhau giữa SDS và DTT(1,4-Dithio-DL-threitol ) cũng chính là ở chỗ này, tác dụng chính của DTT là cắt các liên kết S-S, cắt rất mạnh, nhưng không làm cho protein tích điện âm.
Điện di không có SDS người ta gọi nó là native gel, dùng để chạy điện di enzyme và các loại protein mà vẫn muốn giữ hoạt tính.
Để hiểu rõ thêm, bạn có thể dùng từ khóa là native gel để search trên google.
- Cũng nhân đây tớ xin có 1 đề nghị thế này, bởi vì sinhhocvietnam.com là 1 website chuyên ngành nên khi các bạn post bài trả lời câu hỏi nếu chưa chắc chắn thì không nên post, vì nếu không sẽ làm các bạn đọc sau hiểu sai vấn đề (trong khoa hoc điều này rất quan trọng), nhất là với những bạn không chuyên sâu hoặc mới bắt đầu nghiên cứu mà muốn tìm hiểu thêm

 

[atrix]

Thưa bạn meo-meo:

Tôi có đọc một bài article, ở đó họ dùng SDS để tách 2 phần (GST_ partner: proteins) + GSTcolumn... và tôi đã nhận được câu trả lời ràng: SDS làm cho protein từ "fold" sang "unfold".. và vì thế sẽ tách đựoc protein (GST-partner) ra khỏi cột.

Còn SDS có tác dụng là anion hóa thì đúng rồi thưa bạn... bọn tôi đã kiểm nghiệm giữa chạy có SDS và chạy ko SDS.. va kết quả là ở bản gel ko có SDS ko tách được mấy và thậm chí có khi tôi ko tách được gì...(cục ở đàu giếng là vậy)... còn có SDS thì khỏi phải bàn...

Ở chỗ tôi, tôi ko đun sôi 5 phút gì cả...

But anyway, xin lỗi là tôi post bài theo kinh nghiệm rút ra từ công việc... nếu có sai sót gì mong bạn bỏ quá cho.
Cám ơn bạn nhiều,

 

[Nguyễn Thị Phương Trang]

Sự khác nhau là ở chỗ: với bản gel có SDS, bạn sẽ nhìn thấy được các bands có trọng lựong phân tử khác nhau.. còn ở gel ko SDS... hoặc là ko thấy bands hoặc là thấy một cục to đùng ở ngay đầu giếng..

Thế mà 3 năm liền ngày nào tớ cũng chạy gel không có SDS và lúc nào cũng ra cả đống vạch đấy

 

[liquid]

Mình học thì khi sử dụng SDS thì sẽ phá vỡ cấu trúc bậc 4, tạo phức giữa SDS và protein ở mặt trong và cắt đựt các cầu S-S để sau đó lũ S- này nó sẽ quay ra ngoài bề mặt làm phân tử protein sẽ tích điện âm.( Nghĩa là protein bị biến tính còn gì nữa). Khi đó sự chuyển động của các protein chỉ phụ thuộc vào khối lượng còn độ tích điện và hình dạng của nó thì bỏ qua.????. Phương pháp này dùng để phân tích thành phần protein va xác định khối lượng của từng loại.

 

[Lê Tiến Dũng]

Mặc dù SDS cũng có tác dụng phần nào lên cấu trúc phân tử protein khi chạy điện di có SDS, tuy nhiên để cắt đứt các cầu S-S thì người ta hay dùng Mercaptoethanol kết hợp với đun ở nhiệt độ sôi trong 5 phút. Mục đích chính của SDS là để làm giảm sự khác biệt về độ tích điện trên phân tử protein, vì thế, khi chạy điện di SDS sự khác biệt về độ di chuyển PHẦN LỚN* là do sự khác biệt về TLPT (Mass). *tôi nói phần lớn là vì còn có thể một vài yếu tố khác ảnh hưởng đến độ di động của protein trong SDS-PAGE mà ta có thể bàn vào dịp khác.

Trong non-SDS PAGE (native-PAGE) sự di chuyển của băng chịu ảnh hưởng của độ tích điện, kích thước phân tử, cấu trúc bậc 4 (đơn phân tử/đa phân tử).

To atrix: Nếu bạn chỉ thấy một cục ở đầu giếng khi điện di không có SDS thì có thể bạn đã thao tác lúc chuẩn bị mẫu chưa đúng. Phần mà bạn nhìn thấy ở đầu giếng rất có thể là 'agregated protein'. Theo tôi, chỉ nên chạy điện di không có SDS với mẫu đã tinh sạch một phần (partially purified samples).

Nhận xét: Mình thấy các bạn hoặc là không làm thí nghiệm hoặc là rất 'professional' trong việc làm thí nghiệm thì phải, vì mình thấy rất ít những câu hỏi liên quan đến thí nghiệm (tips to overcome problems) mà chủ yếu là dạng câu hỏi hàn lâm viện.