Phần mềm PCR ảo

[Minh Huệ]

Xin chào mọi người. Đã có ai từng nghe đến phầm mềm PCR ảo chưa? Mình chỉ biết là phần mềm này có khả năng cho phép chúng ta sử dụng để tự tối ưu hóa phản ứng PCR, điều kiện bắt cặp của các mồi trước khi đưa vào thực nghiệm thật. Hiện tại mình đang gặp khó khăn trong việc tối ưu hóa phản ứng PCR. Mình muốn hỏi mọi người xem có ai biết gì về phần mềm PCR ảo này không, có thể chỉ giúp mình với. cảm ơn các bạn.

 

[Hà Thị Minh Thi]

Mình chỉ dùng FastPCR là phần mềm free, không biết bạn đã thử nó chưa?

 

[Minh Huệ]

cảm ơn bạn.hôm qua mình cũng vừa thử xem qua FastPCR, nhưng vẫn chưa rõ phần mềm này cho lắm. Nhưng theo mình thấy thì FastPCR chỉ sử dụng để kiểm tra mồi thôi thì phải.Mình nghe bảo có phần mềm gọi là Amplify 2.0 ,nhung phần mềm này chỉ chạy được trên máy Mancintosh, chứ không chạy được trên Win. Phần mềm này trước đây được PTN Công nghệ SInh học Phân tử của thầy Trần Linh Thước- trường ĐH KHTN tp Hồ Chí Minh sử dụng, nhưng nghe đâu máy đã bị hỏng.híc. Phần mềm có thể điều chỉnh tối ưu điều kiện phản ứng PCR cũng như tối ưu độ đặc hiệu và độ nhạy của mồi khi thiết kế mồi. Phần mềm cũng cho biết chính xác các trình tự cùng ưu thế khuêchs đại các sản phẩm có thể thu được trong phản ứng PCR với cặp mồi, DNA khuôn và các điều kiện phản ứng đang sử dụng.--> chứng tỏ đây là một phần mềm rất hữu ích. Vậy mà mình tìm mãi vẫn không có.
Có ai đã từng biết phần mềm này không???

 

[Nguyễn Phước Hùng]

cảm ơn bạn.hôm qua mình cũng vừa thử xem qua FastPCR, nhưng vẫn chưa rõ phần mềm này cho lắm. Nhưng theo mình thấy thì FastPCR chỉ sử dụng để kiểm tra mồi thôi thì phải.Mình nghe bảo có phần mềm gọi là Amplify 2.0 ,nhung phần mềm này chỉ chạy được trên máy Mancintosh, chứ không chạy được trên Win. Phần mềm này trước đây được PTN Công nghệ SInh học Phân tử của thầy Trần Linh Thước- trường ĐH KHTN tp Hồ Chí Minh sử dụng, nhưng nghe đâu máy đã bị hỏng.híc. Phần mềm có thể điều chỉnh tối ưu điều kiện phản ứng PCR cũng như tối ưu độ đặc hiệu và độ nhạy của mồi khi thiết kế mồi. Phần mềm cũng cho biết chính xác các trình tự cùng ưu thế khuêchs đại các sản phẩm có thể thu được trong phản ứng PCR với cặp mồi, DNA khuôn và các điều kiện phản ứng đang sử dụng.--> chứng tỏ đây là một phần mềm rất hữu ích. Vậy mà mình tìm mãi vẫn không có.
Có ai đã từng biết phần mềm này không???

Lab thấy Thước có dùng Amplify 2.0 sao tôi không biết nhỉ? nếu free và dễ nhưng tin cậy được thì fast PCR là đủ rồi. Còn chủ yếu thiết kế primer vẫn bằng tay và theo kinh nghiệm là chủ yếu vì làm cloning mà. Sau đó thì blast primer và so sánh đến khi được thì thôi.

Tôi thì không sài chương trình mà chủ yếu sài online, bạn có thể sai primer 3 trực tiếp trên NCBI cũng được, nó rất tin cậy. Đôi khi tôi dùng primer 3 thiết kế primer cho một đoạn gene tôi cần thì so sánh với kết quả trên Nature cho đoạn gene đó luôn đôi khi cũng trùng trình tự. Primer rất dễ sử dụng. Try it!
http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi

 

[quang]

Lab thấy Thước có dùng Amplify 2.0 sao tôi không biết nhỉ? nếu free và dễ nhưng tin cậy được thì fast PCR là đủ rồi. Còn chủ yếu thiết kế primer vẫn bằng tay và theo kinh nghiệm là chủ yếu vì làm cloning mà. Sau đó thì blast primer và so sánh đến khi được thì thôi.

Tôi thì không sài chương trình mà chủ yếu sài online, bạn có thể sai primer 3 trực tiếp trên NCBI cũng được, nó rất tin cậy. Đôi khi tôi dùng primer 3 thiết kế primer cho một đoạn gene tôi cần thì so sánh với kết quả trên Nature cho đoạn gene đó luôn đôi khi cũng trùng trình tự. Primer rất dễ sử dụng. Try it!
http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi

Tôi cũng recommend dùng Primer 3, cực dễ và tôi thấy hiệu quả rất cao.

 

[Lê Thanh Duy]

Mình chỉ dùng FastPCR là phần mềm free, không biết bạn đã thử nó chưa?

Bạn ơi sài nó như thế nào dạ