Vấn đề về promotor
- Thread starter mhongvp1
- Start date
duonghuyen.bio
Junior Member
phương pháp dò tìm vùng điều khiển của gene
Mình có tìm được cái này, hi vọng có thể giúp được bạn.hihi
[FONT="]Hiện có nhiều chương trình dùng để chỉ định TSS (điểm khởi sự phiên mã :transcriptional start site TSS) và promoter. Nhưng hầu hết đều không có độ chính xác cao, đặc biệt là chúng không có khả năng nhận diện các dấu hiệu dương tính giả. Trong trường hợp người ta có một vùng không gian DNA khá rộng lớn như genome người và việc lập bản đồ trình tự TSS chỉ cần độ phân giải thấp (khỏang xấp xỉ 2kb) đồng thời các TSS này có liên hệ với CpG thì người ta có thể kết hợp hai thuộc tính CpG và promoter (CpG_promoter) cho quá trình dò tìm. Tuy nhiên với những bản độ cần độ phân giải cao (khỏang 100bp) cho TSS thì người ta ưu tiên chọn dấu hiệu promoter và lõi (Core_promote) để tìm kiếm gene.
Chương trình Promoter-Inspector cho thấy nó có thể ước tính tỷ lệ giữa dương tính thật và dương tính giả là 2,3 trong khi chương trình TSSW thì tỷ lệ này là 0,6. Một chương trình khác, Eponine, có tính đặc hiệu và độ nhạy như Promoter Inspector , nó có khả năng chỉ định vị trí TSS bằng cách dò tìm những thuộc tính tinh vi hơn (như là hộp TATA và những đảo CpG gần nhau). Hơn nữa, nó còn gia tăng tính đặc hiệu trong việc dò tìm nhóm gene đồng điều hòa bằng cách khai thác sự tương quan đặc hiệu giữa các điểm gắn yếu tố phiên mã trong một module chức năng.
Cũnng như hầu hết các chương trình chỉ định gene bằng cách dò tìm exon đầu 3´, các chương trình dò tìm gene bằng exon đầu 5´ và promoter cũng có giới hạn tương tự, tức là nó chỉ dò được thực chất cái gọi là vùng mã hóa đầu 5´ (5´CDS).
Gần đây, một thuật tóan cho phép chỉ định đúng exon đầu 5´ đã được công bố đó là FisrtEF (dựa trên QDA- phương pháp phân tích biệt thức bậc hai không tuyến tính- nonlinearal Quadratic Discriminant Analysis). Nó phân tách các exon đầu 5´ có CpG liên quan ra khỏi các exon đầu 5´ không liên quan CpG. Nó có thể chỉ định cả utexon đầu 5´ và cả uexon đầu 5´. Hơn nữa, bằng cách tích hợp nhiều thuộc tính trình tự, nó cho phép tăng độ chính xác khi nhận diện TSS và promoter.
theo Nature Review Genetics, 3 (9), 698-710
[/FONT]
Mình có tìm được cái này, hi vọng có thể giúp được bạn.hihi
[FONT="]Hiện có nhiều chương trình dùng để chỉ định TSS (điểm khởi sự phiên mã :transcriptional start site TSS) và promoter. Nhưng hầu hết đều không có độ chính xác cao, đặc biệt là chúng không có khả năng nhận diện các dấu hiệu dương tính giả. Trong trường hợp người ta có một vùng không gian DNA khá rộng lớn như genome người và việc lập bản đồ trình tự TSS chỉ cần độ phân giải thấp (khỏang xấp xỉ 2kb) đồng thời các TSS này có liên hệ với CpG thì người ta có thể kết hợp hai thuộc tính CpG và promoter (CpG_promoter) cho quá trình dò tìm. Tuy nhiên với những bản độ cần độ phân giải cao (khỏang 100bp) cho TSS thì người ta ưu tiên chọn dấu hiệu promoter và lõi (Core_promote) để tìm kiếm gene.
Chương trình Promoter-Inspector cho thấy nó có thể ước tính tỷ lệ giữa dương tính thật và dương tính giả là 2,3 trong khi chương trình TSSW thì tỷ lệ này là 0,6. Một chương trình khác, Eponine, có tính đặc hiệu và độ nhạy như Promoter Inspector , nó có khả năng chỉ định vị trí TSS bằng cách dò tìm những thuộc tính tinh vi hơn (như là hộp TATA và những đảo CpG gần nhau). Hơn nữa, nó còn gia tăng tính đặc hiệu trong việc dò tìm nhóm gene đồng điều hòa bằng cách khai thác sự tương quan đặc hiệu giữa các điểm gắn yếu tố phiên mã trong một module chức năng.
Cũnng như hầu hết các chương trình chỉ định gene bằng cách dò tìm exon đầu 3´, các chương trình dò tìm gene bằng exon đầu 5´ và promoter cũng có giới hạn tương tự, tức là nó chỉ dò được thực chất cái gọi là vùng mã hóa đầu 5´ (5´CDS).
Gần đây, một thuật tóan cho phép chỉ định đúng exon đầu 5´ đã được công bố đó là FisrtEF (dựa trên QDA- phương pháp phân tích biệt thức bậc hai không tuyến tính- nonlinearal Quadratic Discriminant Analysis). Nó phân tách các exon đầu 5´ có CpG liên quan ra khỏi các exon đầu 5´ không liên quan CpG. Nó có thể chỉ định cả utexon đầu 5´ và cả uexon đầu 5´. Hơn nữa, bằng cách tích hợp nhiều thuộc tính trình tự, nó cho phép tăng độ chính xác khi nhận diện TSS và promoter.
theo Nature Review Genetics, 3 (9), 698-710
[/FONT]
duonghuyen.bio
Junior Member
1 promotor được xem là hoạt động khi xuất hiện các mARN hoặc protein tương ứng với vùng mã di truyền nằm sau nó. vì vậy ta ghép promtor với vùng chứa mã di truyền (gen báo cáo), cho protein phát huỳnh quang hoặc tham gia phản ứng tạo màu
trước hết chúng ta xác định phần nào trên ADN nghi ngờ là promotor, đem cắt bởi enzym giới hạn tạo các phân đoạn rồi nối với cDNA đã biết (có thể lấy từ ngân hàng cDNA) rồi các bước sau bạn có thể tự suy ra nhé
trước hết chúng ta xác định phần nào trên ADN nghi ngờ là promotor, đem cắt bởi enzym giới hạn tạo các phân đoạn rồi nối với cDNA đã biết (có thể lấy từ ngân hàng cDNA) rồi các bước sau bạn có thể tự suy ra nhé
