Search results

Bổ sung thêm một review năm 2010 cho protein folding at the exit tunnel, dạng ann. biol. http://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev-biophys-042910-155338?journalCode=biophys

Trước đây tôi hiểu tương tự như thế, nhưng theo orion8x nói chắc phải ôn lại bài chút rồi. Do tác động của mấy khối bên trong Ribosome, tRNA sẽ thực hiện chuyển động và đẩy mRNA tiến lên, đồng thời đẩy chuỗi peptide ra. Khối lượng Ribosome lớn, chắc không chuyển động so với tế bào vì sẽ hao phí...

Phức tạp quá nhỉ! Tôi không có kinh nghiệm về molecular dynamics, chịu rồi. Hi, không hiểu! Folding cố nhiên có free energy landscape rất phức tạp, tôi hay nghĩ đến kiểu nhiệt độ phải giảm dần thế nào đó như kiểu simulated annealing để nó tìm được đúng trạng thái cơ bản. Nhưng quá trình...

Có lẽ mọi người bình tĩnh chút đi. Dù sao tôi không cho những gì orion8x nói là tất cả và không còn gì để đặt câu hỏi ở đó. Bài toán đặt ra ban đầu đọc qua tôi cũng thấy vớ vẩn (nhưng nghĩ kỹ thì có vẻ không vớ vẩn lắm!) vì cảm giác mà nói thời gian thoát sau translation sẽ rất nhỏ, mặc dù cần...

Sở dĩ tôi nói rất dài dòng như vậy là vì tôi hiểu là bạn ấy xét quá trình khi đã kết thúc translation, và không còn cơ chế mà bạn nói (đấy là tôi hiểu vậy, không dám chắc đúng ý của bạn BPThuy.) Nếu như vậy thực chất là vấn đề chuyển động của polymer trong một ống giam cầm (trước đây tôi nghĩ...

OK, tôi hiểu nhầm hệ của bạn chút ít.

Tôi chỉ hỏi vậy để xem kết luật trong khảo sát của bạn đi đến đâu thôi. Chắc không thể đọc chi tiết tài liệu mà bạn đề cập. Bạn nói mRNA hay protein. Tôi cho là protein? Tôi có nói là có thể hình dung của tôi không đúng hiện tượng mà bạn đề cập đến: khuyếch tán là ngẫu nhiên có thể đi theo...

Có thể hình dung của tôi không đúng lắm (vì bạn nói chuỗi có thể fold ngay trong tunnel), nhưng tôi nghĩ giống như ta xâu một sợi chỉ (polypeptide) qua một hạt cườm (tunnel). Gần đúng thô: hạt cườm đó thực hiện chuyển động nhiệt là random walk một chiều trên dây, độ lệch tiêu chuẩn về vị trí...

Tôi hỏi thêm chi tiết, nếu không phiền: Ống rộng 5-10 A, dài 100 A; chuỗi 50-70 của bạn dài bao nhiêu? Có thể đánh giá đơn thuần là một random walk trên một sợi dây không (ống trên polypeptide hoặc ngược lại)? Nếu không ma sát tôi thấy chỉ có thế, nhưng có thể bạn tính thêm các tương tác khác...

Cho tôi hỏi: Nếu không có lực đẩy thì liệu nó có tự chui ra ngoài theo chuyển động nhiệt hay không? Về nhiệt động thì chắc chắn nó tự thoát ra ngoài vì làm tăng entropy của hệ. Nhưng thời gian có đủ để thoát ra kiểu khuyếch tán hay không thì tôi không được rõ.