Recent content by BPThuy

Cho em thêm vài link nữa nhé, em cần đọc mấy bài báo của Doson nhưng trước hết cần trang bị ít kiến thức nền đã.

hic, có bác nào biết gì về amyloid không? giúp em với, em đang cần những hiểu biết về amyloid nhưng mới chỉ biết nó chỉ sự kết tụ của protein.

Bạn có thể mua tại các cửa hàng sách của FAHASA (t mua trên phố Xã Đàn) hoặc mua tại siêu thị sách Nguyễn Văn Cừ (gần trường ĐH Sư Phạm) hoặc gọi điện đến đặt mua tại nhà xuất bản trẻ.

Có lẽ đúng là em và bác không thể tìm được tiếng nói chung, em chịu thua cách nhìn nhận vấn đề của bác. Em không bao giờ chấp nhận cái gọi là "tự động thoát ra khỏi phức hệ để làm nhiệm vụ tiếp theo" đâu. Và em có nói rằng, cả hệ thống chuyển động nhiệt hỗn loạn theo mọi hướng, và chuỗi peptide...

Tôi nghe một thầy nói: "Đừng có tin mấy cái molecular dynamics simulation cho protein." Bạn cẩn thận nhé! ?????? Cẩn thận là sao hả bác? Em đang làm nó mà, đấy là công việc của em đấy chứ!!! Thế nên tin vào cái gì nhỉ? Hiii. Em là dân vật lý nên em tin, chỉ có điều các mô hình đều được đơn...

Hiện tại, em đã mô phỏng quá trình cuốn của một số protein theo mô hình đơn giản hóa trên, không cần giảm dần nhiệt độ kiểu annealing đâu, vì quá trình cuốn xảy ra trong tế bào ở một nhiệt độ nhất định mà. Việc protein tìm về đúng trạng thái native là bởi trạng thái đó có năng lượng cực tiểu...

Theo quan điểm cá nhân em thôi nhé, thì quá trình cuốn xảy ra ở nhiệt độ thấp hơn nhiệt độ chuyển pha, nếu nhiệt độ cao thì protein sẽ duỗi ra (biến tính). Mặt khác, việc chui từ trong hố thế (tunnel) ra ngoài, sẽ được lợi hơn về năng lượng tự do, và sự lợi về năng lượng này càng lớn khi nhiệt...

Cũng không chắc bạn quan tâm đến khía cạnh nào của mô hình, nhưng hiện tại tôi đang mô hình hóa co-translation folding theo mô hình Go và sử dụng phương pháp động lực học (Molercular dynamic) để mô phỏng. Khi nằm trong tunnel, chuỗi bị giam cầm bởi thế đẩy, tường thế là một ống hình trụ dài...

Không phải tôi đọc không kĩ mà bạn có vẻ không hiểu câu hỏi của tôi. Việc không còn liên kết giữa chuỗi peptide và ribosome chỉ chứng tỏ rằng không còn lực giữ chuỗi peptide thôi. Không có lực cản không có nghĩa là bạn sẽ chuyển động. Muốn chuyển động được thì phải có lực tác dụng, hoặc ban đầu...

Mình chỉ làm việc với các thông tin được trích dẫn chính xác, bản thân vấn đề này trước đây mình được biết còn đang tranh luận, mà đã là tranh luận thì việc năng lượng ở đâu thì có thể chưa được biết đến, và mình cũng không quan tâm, chỉ quan tâm đến kết luận. Nếu chỉ đơn giản và tất nhiên như...

Chính xác cái mà em đang quan tâm là khảo sát co-translation folding, bác Chúc Thành giỏi thật, hiii. Câu hỏi của em đúng theo ý hiểu của bác là xét khi kết thúc dịch mã thì chuỗi peptide bị giam cầm trong exit tunnel chui ra ngoài bằng cách nào. Nhưng em cũng quan tâm đến cả quá trình đang...

Ý em là trong mô hình, coi rằng ở cơ chế dịch mã mRNA chuyển động và ribosome đứng yên. Nhưng nếu chỉ trông chờ vào sự khuyêch tán kiểu chuyển động nhiệt thì các aa có thể chuyển động hỗn độn theo mọi phương, và sẽ mất nhiều thời gian để chui ra ngoài để giảm năng lượng tự do. Nó không đơn giản...

Em cũng có đọc nhiều bài viết đại ý là: protein có thể hình thành các xoắn anpha ngay trong tunnel, và hình thành một số liên kết địa phương, còn lại đa phần protein cuốn bên ngoài tunnel. Nếu bác cần thì em có thể gửi các tên bài đã đọc. Các kết quả đó dựa trên các nghiên cứu thực nghiệm. Vấn...

Ống rộng 10A, dai 100 A, nếu chuỗi peptide được kéo thẳng thì dài cỡ 200A. Thời gian mô phỏng bao gồm cả thời gian thoát và cuốn, vì em quan tâm đến sự cuốn, nhưng với chuỗi ngắn, thậm chí nó cuốn luôn trong tunnel mà không chui ra. Và vì thời gian quá dài, nên em ko quan tâm nhiều đến kết quả...

Em không phải dân Sinh nên hiểu biết và tài liệu rất hạn chế, nhưng em cần những thông tin và trích dẫn chính xác. Cảm ơn bác.