Band Multiplex PCR không đúng kích thước khi so với ladder 100 bp

[LamTranNhatLe]

Mn ơi, hiện nay mình đang chạy điện di với 2 cặp mồi và 1 IC exogenous với agarose 1%, 110V, 20 phút. Khi chạy ra thì band của mình rất sáng nhưng khi so với ladder 100 bp thì không đúng kích thước mong muốn. Mn có thể chỉ cho mình làm sao để chạy điện di DNA ladder 100 bp cho ra band đẹp?
Ngoài ra khi chạy Multiplex PCR không có IC exo thì band hiện ra không bị smear nhưng khi có IC exo thì lại smear. Mn có thể chỉ cho mình vài cách để khắc phục tình trạng này được không?

 

[cfareast]

Mn ơi, hiện nay mình đang chạy điện di với 2 cặp mồi và 1 IC exogenous với agarose 1%, 110V, 20 phút. Khi chạy ra thì band của mình rất sáng nhưng khi so với ladder 100 bp thì không đúng kích thước mong muốn. Mn có thể chỉ cho mình làm sao để chạy điện di DNA ladder 100 bp cho ra band đẹp?
Ngoài ra khi chạy Multiplex PCR không có IC exo thì band hiện ra không bị smear nhưng khi có IC exo thì lại smear. Mn có thể chỉ cho mình vài cách để khắc phục tình trạng này được không?
View attachment 4557

chạy gel 2%, điện thế thấp 60-80V, thời gian lâu hơn. Còn không đúng kích thước thì chịu, xấp xỉ kích thước thì OK, chứ sai khác nhiều, thì chắc không đặc hiệu không phải sản phẩm mong muốn. Chỉ mang đi sequencing thì mới biết.