What's new

Thảo luận về virus dịch heo tai xanh (PRRSV) tại Việt Nam

Joined
Dec 29, 2008
Messages
57
#1
Mình đang làm đề tài sequence và tạo cây sinh dòng (phylogenetic) của PRRSV_virus gây bệnh heo tai xanh hay hội chứng rối loạn hô hấp ở heo.
Ai có kinh nghiệm trong việc tạo cây sinh dòng và giải trình tự thì xin cho mình thọ giáo.
Ai muốn tìm hiểu về vấn đề này thì mình cùng bàn luận.
Rất mong sự tham gia và trao đổi của các bạn

Võ Khánh Hưng :welcome:

Hãy cùng làm nền khoa học nước nhà phát triển
 


Joined
Nov 30, 2008
Messages
140
#2
Mình đang làm đề tài sequence và tạo cây sinh dòng (phylogenetic) của PRRSV_virus gây bệnh heo tai xanh hay hội chứng rối loạn hô hấp ở heo.
Ai có kinh nghiệm trong việc tạo cây sinh dòng và giải trình tự thì xin cho mình thọ giáo.
Ai muốn tìm hiểu về vấn đề này thì mình cùng bàn luận.
Rất mong sự tham gia và trao đổi của các bạn

Võ Khánh Hưng :welcome:

Hãy cùng làm nền khoa học nước nhà phát triển
Molecular evolution của virus là lĩnh vực rất phát triển hiện nay vì nó có vai trò quan trọng, mình rất thích lĩnh vực này và cũng đang nghiên cứu về nó nhưng trên đối tượng khác. Bạn có thể nói rõ về strategy của bạn được không? Bạn sẽ sequencing các locus nào? tại sao bạn chọn các vùng DNA ấy để tìm kiếm polymorphism? kích thước tổng số của các fragment bạn định sequencing là khoảng bao nhiêu? Bạn định chiến lược lấy mẫu DNA như thế nào? Rất vui nếu được thảo luận về vấn đề này vớibạn.
 
Joined
Dec 29, 2008
Messages
57
#3
Chào Quang và các bạn!
Mình dự định sequence vủng đọc mở 5 (ORF5) đây là trình tự qui định trình tự GP5 (do đoạn ORF5 PRRSV qui định) , là kháng nguyên trung hoà quan trọng nhất của virus gây hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp trên heo (PRRSV), có sự đa dạng di truyền cao giữa các chủng.
kích thước của đoạn ORF5 với cặp mồi mình dùng là 660 bp.
Mình sử dụng chương trình ntsys để xây dựng cây sinh dòng.
Mình đang cần chương tình DNAstar nhưng không có bản full
Quang và các bạn có kinh nghiệm gì trong phân tích tình tự DNA , xây dựng cây sinh dòng và chuyển trình tự DNA sang Protein, so sánh các trình tự protein, xin chỉ giáo với.

(y) Võ Khánh Hưng
 
Joined
Nov 30, 2008
Messages
140
#4
Chào Quang và các bạn!
Mình dự định sequence vủng đọc mở 5 (ORF5) đây là trình tự qui định trình tự GP5 (do đoạn ORF5 PRRSV qui định) , là kháng nguyên trung hoà quan trọng nhất của virus gây hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp trên heo (PRRSV), có sự đa dạng di truyền cao giữa các chủng.
kích thước của đoạn ORF5 với cặp mồi mình dùng là 660 bp.
Mình sử dụng chương trình ntsys để xây dựng cây sinh dòng.
Mình đang cần chương tình DNAstar nhưng không có bản full
Quang và các bạn có kinh nghiệm gì trong phân tích tình tự DNA , xây dựng cây sinh dòng và chuyển trình tự DNA sang Protein, so sánh các trình tự protein, xin chỉ giáo với.

(y) Võ Khánh Hưng
chuyển DNA seq sang protein seq: phần mềm DnaSp, cái này down free tren mạng, bạn chỉ cần google thấy ngay, sử dụng cực đơn giản, nó chạy được trên window các loại. Ngoài ra cái này còn giúp tính toán hầu hết các thong số cơ bản của molecular evolution.
cây tiến hóa phân tử: cái hay dùng là PAUP, hoặc dùng MEGA cũng tạm ổn; cái đầu tiê thì phải mua còn cái sau thì free.
Bạn có thể phân tích vô cùng nhiều thứ hay ho nếu kiếm được sequence của đoạn gene đó với một số lượng mẫu đủ lớn và có tính đại diện có thể chấp nhận được, ví dụ: tiến hóa của các vùng chức năng của gene, cấu hình protein,...

Cuối cùng cho mình hỏi: mục đích cuối cùng của bạn là xây dựng cây tiến hóa dựa trêm cái trình tự đó hay là còn mục đích nào khác? mà xây dựng cây tiến hóa đó nhằm mục đích cụ thể gì?
 
Joined
Apr 19, 2005
Messages
161
#5
Chào Quang và các bạn!
Mình dự định sequence vủng đọc mở 5 (ORF5) đây là trình tự qui định trình tự GP5 (do đoạn ORF5 PRRSV qui định) , là kháng nguyên trung hoà quan trọng nhất của virus gây hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp trên heo (PRRSV), có sự đa dạng di truyền cao giữa các chủng.
kích thước của đoạn ORF5 với cặp mồi mình dùng là 660 bp.
Mình sử dụng chương trình ntsys để xây dựng cây sinh dòng.
Mình đang cần chương tình DNAstar nhưng không có bản full
Quang và các bạn có kinh nghiệm gì trong phân tích tình tự DNA , xây dựng cây sinh dòng và chuyển trình tự DNA sang Protein, so sánh các trình tự protein, xin chỉ giáo với.

(y) Võ Khánh Hưng
Nếu bạn muốn có DNA full tui sẵn sàng upload lên cho bạn!
 
Joined
Apr 19, 2005
Messages
161
#7
Joined
Dec 29, 2008
Messages
57
#8
Cám ơn bác Quang và bác Hùng nhiều!!!
Mình giài trình tự đoạn ORF5 của PRRSV, dựa vào đó và các chủng vaccine, chủng gốc Châu Âu và Nam Mĩ, các chủng ở các tỉnh Việt Nam, Châu Á (Trug Quốc)... để xem sự biến đôi của nó, thuộc dòng nào, gần với dòng nào, chủng vaccine nào phù hợp để phục vụ cho phòng chống dịch cho từng vùng thực địa.
Ngoài ra, mình dựa vào trình tự DNA seq chuyển sang trình tự aminoacid seq, phân tích các motif aminoacid ( điển hình là signal peptide, extravirion domains, transmembrane regions, and intra-viron domains, primary neutralizing epitope (PNE), decoy epitope và những đột biến (R13 à Q13 và R151à G151) đây là những motif có vai trò quan trọng trong tín hiệu, vùng màng, những vùng đột biến mà ở đó làm giảm yếu tố độc lực.... Mình sẽ up lên những tài liệu mà liên quan đến những motif này. Các bác có quan tâm thì cùng mình bàn luận.
Thân ái!
Võ Khánh Hưng

Một lần nữa thanks bác Hùng và bác Quang, cám ơn diễn đàn đã có sân chơi bổ ích này.(y)
 
Joined
Dec 29, 2008
Messages
57
#10
Bác Hùng ui!! cho em cám ơn bác lần nữa. em install rùi. Ngon lành. Em xin bản quyền của bác. Nếu ai cần em sẽ up lên để share cho mọi người. Được k??
Note: bác xài cái này chưa?? em đang ngâm cứu. Xin thỉnh giáo bác Hùng và các anh em....
:welcome:

Võ Khánh Hưng
 
Joined
Nov 30, 2008
Messages
140
#11
Cám ơn bác Quang và bác Hùng nhiều!!!
Mình giài trình tự đoạn ORF5 của PRRSV, dựa vào đó và các chủng vaccine, chủng gốc Châu Âu và Nam Mĩ, các chủng ở các tỉnh Việt Nam, Châu Á (Trug Quốc)... để xem sự biến đôi của nó, thuộc dòng nào, gần với dòng nào, chủng vaccine nào phù hợp để phục vụ cho phòng chống dịch cho từng vùng thực địa.
Ngoài ra, mình dựa vào trình tự DNA seq chuyển sang trình tự aminoacid seq, phân tích các motif aminoacid ( điển hình là signal peptide, extravirion domains, transmembrane regions, and intra-viron domains, primary neutralizing epitope (PNE), decoy epitope và những đột biến (R13 à Q13 và R151à G151) đây là những motif có vai trò quan trọng trong tín hiệu, vùng màng, những vùng đột biến mà ở đó làm giảm yếu tố độc lực.... Mình sẽ up lên những tài liệu mà liên quan đến những motif này. Các bác có quan tâm thì cùng mình bàn luận.
Thân ái!
Võ Khánh Hưng

Một lần nữa thanks bác Hùng và bác Quang, cám ơn diễn đàn đã có sân chơi bổ ích này.(y)
Vừa liếc qua mấy paper Hưng gởi, đích danh các alignment (xếp thẳng hàng để so sánh) của các amino acid sequences là được thực hiện bằng phần mềm DnaSP rồi. KHông biết DNAstar có chức năng này ko nhưng DnaSP thì rất đơn giản. Nếu bạn kiếm được vài trình tự cho 1 vùng địa lý và nhiều vùng thì chắc sẽ có analysis rất hay.

Vẫn biết rằng gene mà bạn target có tần số đột biến cao, có lẽ vì nó được CLTN ủng hộ, các thay thế amino acid giúp virus tránh được hệ kháng thể của host; nhưng để có thể chứng minh được 1 thay thế amino acid nào đó có liên quan chặt với sự suy giảm hay gia tăng độc lực vaccine thì chắc là cả 1 đường đủ dài và để tiến tới ứng dụng thì còn dài nữa.
Lĩnh vực molecular evolution nói chung là thí nghiệm khong kém phần trâu bò so với l/v khác của bio nhưng cái phần data analysis thì vất vả, nhất là với những beginner vì nó cần hiểu biết các mô hình toán và kinh nghiệm, nói chung là rất mệt nhưng hay, rất hay.

Tiện thể cho hỏi câu nè nghe: đã có phân tích (bằng biochem hoặc thống kê xác suất quần thể) chỉ rõ một thay thế amino acid nào trên ORF5 của virus này có liên quan với độc lực của vaccine chưa Hưng, hoặc liên quan đến bất cứ cái gì thuộc về sức sống của virus này cũng được? muốn được đọc bài báo cụ thể đó, có thì chia sẻ nghen.
Có gì trao đổi nhe.:up:
 
Joined
Dec 29, 2008
Messages
57
#12
Chào anh Quang và các bạn, Em xin lỗi vì bây giờ mới reply được.
Đã có bài báo chứng minh đc 2 đột biến tại 2 điểm trên OFR5 như makker cho độc lực và chủng làm vaccine bị làm yếu (Modified Live vaccine). Cụ thể, [FONT=&quot]s[/FONT][FONT="]ự đột biến R13 [/FONT][FONT=Wingdings]thành[/FONT][FONT="] Q13 và R151 [/FONT]thành[FONT="] G151, Đột biến Q13 nằm trên trình tự peptide tính hiệu (putative signal peptide sequence), những cái bị loại bỏ sau dịch mã. Đột biến này có thể ảnh hưởng đến sự vận chuyền GP5 đến màng của mạng lưới nội chất (endoplasmic reticulum) (Allende et al., 2000). Sự thay đổi G151 nằm trên phần hiếu nước của glycoprotein, đây là một trong những dấu hiệu đột biến liên quan đến sự suy yếu của virus PRRS (Wesley et al., 1999; Madsen và ctv., 1998; Yang và ctv., 1998; Allende và ctv., 2000).
Em xin gửi kèm bài báo cho các anh/chị thảo luận cùng em.
[/FONT][URL]https://www.yousendit.com/download/Y1RyRFFTeFUyWGVGa1E9PQ[/URL]
[FONT="]
Rất mong đc trao đổi cùng anh chị.[/FONT]
 
Joined
Dec 29, 2008
Messages
57
#13
Tiếp theo, em mong đựơc thảo luận cùng các anh chị về vấn đề miễn dịch và cấu trúc gene của PRRSV với anh/chị quan tâm. Em sẽ up lên một đoạn nghiên cứu về một đoạn ORF7 (qui định Nucleocapsid protein) của PRRSV. Em đã khuếch đại đựơc các đoạn gene của PRRSV nên bây h cần hiểu và các motif, vùng chức năng,... của các đoạn ORF để phân tích. Nhờ các anh chị nào hiểu rộng các thuật ngữ chuyên ngành giúp em. Thuật ngữ tiếng ANh thì OK, dễ hiểu, nhưng để chuyển sang tiếng vịêt thì...nhờ mấy anh chị chuyên về miễn dịch và sinh học phân tử giúp em.

"
The 15-kDa nonglycosylated N protein does not possess a signal peptide and is translated and maintained as mature 123 and 128 amino acid proteins, for VR-2332 and Lelystad viruses, respectively . Even though the North American and European PRRSV N proteins are only about 63% identical at the amino acid level, they share a common antigenic region between amino acids 52 and 69. During virus replication, the N protein localizes to the cytoplasm and nucleolus of cultured porcine macro phages and MARC-145 cells infected with either North American or European PRRSV genotypes . An identical nucleolar–cytoplasmic distribution pattern is bserved for the N protein of another arterivirus,EAV , and for the N proteins of group I,II, and III coronaviruses . The arterivirus and coronavirus N proteins, when expressed alone or fused to the red-shifted enhanced green fluorescent protein (EGFP), localize to the nucleolus, demonstrating that translocation across the nuclear pore complex (NPC) and accumulation in the nucleolus are independent of other viral proteins .
Within a population of infected cells, the intracellular distribution of arterivirus and coronavirus N proteins is highly variable. For example, a small percentage of coronavirus-infected cells possess N in the nucleolus. In a similar study using PRRSV, we observed that the percentage of infected cells containing N in the nucleolus was dependent on when observations were made. In addition, cells were identified that contained N in thenucleoplasmic region surrounding the nucleoli. These observations suggest that the localization of N to the nucleolus is a complex and highly regulated process.
The translocation of a protein from the cytoplasm, across the NPC, and into the nucleus is initiated by the binding of a nuclear localization signal (NLS) on the cargo protein to the importin-alpha shuttle protein. The cargo/importin-alpha complex binds to a second shuttle protein, importin-alpha, which is then targeted to the NPC. In the presence of additional accessory proteins, including Ran-GDP, and ATP as a source of energy, the cargo/importin complex is transported across the NPC and released into the nucleoplasm . Classical NLS sequences in- corporate regions enriched in basic amino acids and generally conform to one of three types . The “pat4” NLS consists of a continuous stretch of four basic amino acids (lysine or arginine) or three basic amino acids associated with histi dine or proline. The “pat7” NLS starts with a proline and is followed within three residues by a segment containing three basic residues out of four. The third type of NLS, known as a “bipartite” motif, consists of two basic amino acids, a 10-amino-acid spacer, and a 5-amino-acid segment containing at least three basic residues. There are exceptions to these established rules. Proteins that lack an NLS can localize to the nucleus as a result of cotransport with other nuclear proteins. Proteins which possess an NLS may remain cytoplasmic, especially if the NLS is not exposed on the protein’s surface. And finally, small proteins less than 50–70 kDa can passively diffuse through the nuclear pore complex . The addition of an NLS to a small protein that passively diffuses through the NPC confers to that protein all of the properties of NLS-dependent transport .
Unlike the nucleus, the nucleolus is not a membrane bound organelle. Therefore, the targeting of a protein to the nucleolus occurs through the diffusion of the protein through the nucleoplasm and accumulation in the nucleolus. Localization to the nucleolus is mediated by a nucleolar targeting sequence (NoTS), which functions by forming an interaction with a nucleolar component, such as a nucleolar protein, rRNA, or rDNA, or small nucleolar RNAs. By definition, the NoTS by itself cannot translocate a protein across the NPC, but once in the nucleoplasm is capable of targeting the protein to the nucleolus. Another route to the nucleolus is the direct translocation of a protein from the cytoplasm to the nucleolus by cotransport with a nucleolar shuttle protein, such as nucleolin, fribrillarin, and B-23, which normally shuttle between the cytoplasm and the nucleolus. The purpose of this study was to gain insight into the mechanism of PRRSV N protein localization to the nucleolus by characterizing the individual oligopeptides domains, which participated in the translocation of the N protein across the NPC and localization to thenucleolus.
"
mong đc trao đổi cùng anh chị và các bạn :welcome:
Võ Khánh Hưng
 
Joined
Nov 8, 2015
Messages
4
#14
thảo luận protein GP5 của PRRSV

E chào anh Hưng, em chào tất cả mọi người ạ! em đang làm về protein vỏ GP5 của PRRSV, em đang gặp vấn đề về quá trình phân tích đột biến trình tự amin acid của GP5 liên quan tới độc lực của PRRSV. Các a chị giúp em với, em cám ơn mọi người nhiều nhiều ạ!
trình tự aa của GP5 trong bài của em đột biến tại vị trí aa thứ 33, 33, 35 và 188 so với chủng JAX1 độc lực cao phân lập đầu tiên tại Trung Quốc (2007)
anh, chị nào có bài báo nào liên quan có thể cho em xin được không ạ.
 
Joined
Nov 8, 2015
Messages
4
#17
Một số bài báo liên quan:
This is the first time I have done with viruses. I have had problems about it, but I feel it is very enjoyable. Thank you for your documents, thanks so much.
In my subject, PRRSv strains analyzed by using MJ PRRSV Grouping Technology of MJ-Biologics company (to analyze aa sequence). It's diffirent to else subjects that i have ever built the phylogenesis of bacteria (nucleotide sequences).:cuta::cuta:
 
Joined
Nov 8, 2015
Messages
4
#18
Một số bài báo liên quan:
anh NGUYỄN NGỌC LƯƠNG ơi! a cho em hỏi một số vấn đề liên quan tới cấu trúc của GP5 được không ạ ?
Trong cấu trúc protein GP5 của PRRSv có 4 vùng, trong đó có 2 vùng: vùng ectodomain và endodomain là vùng gì vậy ạ gì vậy ạ. GP5 có 2 đoạn trình tự Epitope A (decoy epitope) và epitope B. trong phân tích của em có 2 vị trí aa thứ 29 và vị trí 33 được xác định là "decoy epitope", vậy vai trò của nó như thế nào trong qua trình bám dính tế bào và bám dính vào tế bào, có phải là thông qua thụ thể vimentin không ạ? hay còn có đồng thụ thể nào không ạ?
 
Top