[KHÓA HỌC] Phân tích trình tự DNA trong phân loại học phân tử

Cao Xuân Hiếu

Administrator
#1
Gần đây, cụ Rùa Hồ Gươm bị thương và yếu nghiêm trọng do nhiều nguyên nhân như rùa tai đỏ xâm thực, môi trường trong hồ Hoàn Kiếm bị ô nhiễm và cũng có thể do tuổi cao sức yếu và tình trạng cô đơn không bầu bạn. Vấn đề cứu chữa và bảo tồn cụ lại được đặt ra và thảo luận sôi nổi. Trong đó vấn đề rùa Hồ Gươm là Rùa hay Ba ba (Giải) và rùa Hồ Gươm là 1 loài mới Rafetus vietnamensis, Rafetus leloii, Rafetus hoankiemensis hayvẫn thuộc loài Rafetus swinhoei hoặc Pelochelys cantorii?

Trong số các công bố đáng chú ý gần đây có:

Định loại các loài giải (Reptilia: Tetudines: Trionychidae: Pelochelys, Rafetus) ở Việt Nam (Nguyễn Quảng Trường, Nguyễn Văn Sáng et al. Viện Sinh thái & Tài nguyên Sinh vật)

Le, T.B., Le, Q.H., Tran, M.L., Phan, T.H., Phan, M.T., Tran, T.T.H., Pham, T.T., Nguyen, D.T., Nong, V.H., Phan, V.C., Dinh, D.K., Truong, N.H., and Ha, D.D. 2010. Comparative morphological and DNA analysis of specimens of giant freshwater soft-shelled turtle in Vietnam related to Hoan Kiem turtle. Tạp Chí Công Nghệ Sinh Học [Journal of Biotechnology, Vietnamese Academy of Science and Technology] 8(3A):949–954. (nhóm Viện CNSH và Hà Đình Đức)


Proceedings of the first Vietnamese national symposium on reptiles and amphibians
Genetic variability of the critically endangered softshell turtle Rafetus swinhoei: (November 13, 2010) (nhóm Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường, Đại học Quốc gia Hà Nội)


Trong đó, nhóm từ Viện CNSH và Hà Đình Đức ủng hộ đề xuất đây là 1 loài mới và đặc hữu của VN. Trong đó nhóm từ ĐH Quốc Gia và Viện Sinh thái thì không cho là thuyết phục. Một trong các luận cứ là dựa vào trình tự DNA và Sinh học phân tử. Do đó, tôi nhân cơ hội này mở một khóa tập huấn phân tích trình tự DNA và phân loại học phân tử với các dự liệu trên NCBI về bài toán cụ Rùa.


Course này cũng tương tự như MIT trước đây, diễn ra tự nguyện, tự lực và miễn phí đòi hỏi thái độ học tập nghiêm túc, cầu thị và nỗ lực cá nhân. Trình độ là từ beginner và phù hợp với các bạn từ HS lớp 11 đến SV ĐH. Bạn nào có nguyện vọng thì giới thiệu bản thân và theo dõi các thông báo tiếp theo của topic này. Tôi cho rằng có khoảng 5-7 người là có thể bắt đầu.








 
Một thực trạng khoa học Việt Nam

Vấn đề vẫn đang tranh cãi này phản ánh 1 thực trạng của khoa học Việt Nam là các công trình nghiên cứu ít được công bố trên các tạp chí quốc tế có phản biện độc lập (thường có tên trong ISI), do các chuyên gia am hiểu ở cùng lĩnh vực chuyên sâu bình duyệt và đảm bảo tính khoa học và giá trị nghiên cứu trước khi cho xuất bản.

Trong 3 chứng cứ khoa học trên:
- Định loại các loài giải (Reptilia: Tetudines: Trionychidae: Pelochelys, Rafetus) ở Việt Nam (Nguyễn Quảng Trường, Nguyễn Văn Sáng et al. Viện Sinh thái & Tài nguyên Sinh vật) lấy ở Wiki
-Le, T.B., Le, Q.H., Tran, M.L., Phan, T.H., Phan, M.T., Tran, T.T.H., Pham, T.T., Nguyen, D.T., Nong, V.H., Phan, V.C., Dinh, D.K., Truong, N.H., and Ha, D.D. 2010. Comparative morphological and DNA analysis of specimens of giant freshwater soft-shelled turtle in Vietnam related to Hoan Kiem turtle. Tạp Chí Công Nghệ Sinh Học [Journal of Biotechnology, Vietnamese Academy of Science and Technology] 8(3A):949–954. Tạp chí này chưa có tên trong ISI
- Proceedings of the first Vietnamese national symposium on reptiles and amphibians Genetic variability of the critically endangered softshell turtle Rafetus swinhoei: (November 13, 2010) ----Chỉ là báo cáo chưa qua phản biện độc lập kín.

Đây là vấn đề hay, tầm ngang với 1 công trình cấp tiến sĩ quốc tế. Chúng ta chờ công bố quốc tế có giá trị về lĩnh vực này, và rất nhiều phát hiện mới (?) trong lĩnh vực phân loại hệ thống sinh vật dựa vào cơ sở vật chất di truyền.

Bình
Xem thêm http://giaosudom.wordpress.com/
 
Tốt quá, em đang cần những cơ hội học cho BEGINNER như thế này.
Em mới học năm thứ 2, công nghệ sinh học, thực hành ở trường chưa được nhiều và chất lượng không ok lắm.
Xin hỏi nhỏ là học phí khóa học này ra sao, thời gian như thế nào, địa điểm ở đâu ạ
 

Cao Xuân Hiếu

Administrator
Vấn đề vẫn đang tranh cãi này phản ánh 1 thực trạng của khoa học Việt Nam là các công trình nghiên cứu ít được công bố trên các tạp chí quốc tế có phản biện độc lập (thường có tên trong ISI), do các chuyên gia am hiểu ở cùng lĩnh vực chuyên sâu bình duyệt và đảm bảo tính khoa học và giá trị nghiên cứu trước khi cho xuất bản.

Trong 3 chứng cứ khoa học trên:
1 - Định loại các loài giải (Reptilia: Tetudines: Trionychidae: Pelochelys, Rafetus) ở Việt Nam (Nguyễn Quảng Trường, Nguyễn Văn Sáng et al. Viện Sinh thái & Tài nguyên Sinh vật) lấy ở Wiki
2 - Le, T.B., Le, Q.H., Tran, M.L., Phan, T.H., Phan, M.T., Tran, T.T.H., Pham, T.T., Nguyen, D.T., Nong, V.H., Phan, V.C., Dinh, D.K., Truong, N.H., and Ha, D.D. 2010. Comparative morphological and DNA analysis of specimens of giant freshwater soft-shelled turtle in Vietnam related to Hoan Kiem turtle. Tạp Chí Công Nghệ Sinh Học [Journal of Biotechnology, Vietnamese Academy of Science and Technology] 8(3A):949–954. Tạp chí này chưa có tên trong ISI
3 - Proceedings of the first Vietnamese national symposium on reptiles and amphibians Genetic variability of the critically endangered softshell turtle Rafetus swinhoei: (November 13, 2010) ----Chỉ là báo cáo chưa qua phản biện độc lập kín.
Tôi hiểu tâm tư của anh và cũng mong muốn giới KH VN ngày càng có nhiều công bố có uy tin trên giới KH. Tuy nhiên, đó ko phải là 1 việc dễ dàng và chúng ta cần phải có những bước đi tiệm cận.

Xin đính chính thêm thông tin về 3 công trình trên:

1. Bài này viết dựa trên số liệu luận văn cao học đã được bảo vệ. Có nghĩa là đã được kiểm định bởi 1 hội đồng khoa học thực sự và có chuyên môn

2. Bài này đăng trên tạp chí Công nghệ Sinh học chưa được tính vào hệ thống ISI nhưng hình như đã đăng ký ISSN. Ngoài ra công trình được viết bằng tiếng Anh và có bản pdf trên website của nhóm chuyên về rùa nước ngọt của IUCN (xem đường link). Nghĩa là open cho các nhận định của chuyên gia quốc tế.

3. Bài này mới là thông cáo chưa có số liệu chi tiết, các dữ liệu DNA chưa công bố trên NCBI tuy nhiên thông cáo này công bố trên Chương trình bảo tồn rùa châu Á của IUCN nên và đồng tác giả từ Đức nên chắc chắn có sự quan tâm của cộng đồng KH quốc tế.

Nói cách khác, có thể những công bố trên chưa đạt chuẩn quốc tế nếu xét 1 cách chặt chẽ (ISI) nhưng các tác giả đều đã open kết quả thí nghiệm cho sự đánh giá của cộng đồng khoa học. Đó là tính chịu trách nhiệm của nhà khoa học về những công bố của mình. Rất đáng hoan nghênh.

@Khiếu Phương Lan: Khóa học miễn phí và trực tuyến. Xem các course trước đây để biết thông tin. Cần lưu ý là course đòi hỏi phải bỏ ra 1 lượng nhất định thời gian trong tuần nên phải bảo đảm ko ảnh hưởng đến việc học tập của mình cũng như theo được course đến cuối cùng. Một ý khác là course là dựa trên cơ sở tự học nghĩa là ko có ai cầm tay chỉ dẫn hay kiểm tra kiểm soát việc thực hiện bài học của bạn. Bạn phải tự giác theo học với nỗ lực cá nhân hoàn thành các mục tiêu và bài học đề ra của course. Sẽ có những hướng dẫn nhất định cho những người từ ABC và có cơ chế để thảo luận hỗ trợ các bạn hoàn thành khóa học.
 

Cao Xuân Hiếu

Administrator
Khi nào có từ 5 -7 bạn ghi danh thì sẽ bắt đầu. Sẽ chia làm 2 - 3 nhóm với danh sách các nhiệm vụ cần phải hoàn thành.
 

Ho Huu Tho

Member
Cảm ơn nhiệt tình và tâm huyết của anh Hiếu để hỗ trợ những người đi sau. Tôi muốn được tham gia lớp học để làm quen phương pháp học mới, và nếu học thêm được chút gì đó về nội dung khóa học thì sẽ rất bổ ích.
Họ và tên: Hồ Hữu Thọ
Trình độ: Beginner, thiếu nhiều kiến thức cơ bản về sinh học.
Nhược điểm: quỹ thời gian hạn hẹp.
Ưu điểm: chăm chỉ, chịu khó, rất hứng thú với nội dung và phương pháp của khóa học.
Nếu được tham gia lớp học, sẽ cố gắng để hoàn thành toàn bộ nội dung khóa học.
 

pththao

Member
Gần đây, cụ Rùa Hồ Gươm bị thương và yếu nghiêm trọng do nhiều nguyên nhân như rùa tai đỏ xâm thực, môi trường trong hồ Hoàn Kiếm bị ô nhiễm và cũng có thể do tuổi cao sức yếu và tình trạng cô đơn không bầu bạn. Vấn đề cứu chữa và bảo tồn cụ lại được đặt ra và thảo luận sôi nổi. Trong đó vấn đề rùa Hồ Gươm là Rùa hay Ba ba (Giải) và rùa Hồ Gươm là 1 loài mới Rafetus vietnamensis, Rafetus leloii, Rafetus hoankiemensis hayvẫn thuộc loài Rafetus swinhoei hoặc Pelochelys cantorii?

Trong số các công bố đáng chú ý gần đây có:

Định loại các loài giải (Reptilia: Tetudines: Trionychidae: Pelochelys, Rafetus) ở Việt Nam (Nguyễn Quảng Trường, Nguyễn Văn Sáng et al. Viện Sinh thái & Tài nguyên Sinh vật)

Le, T.B., Le, Q.H., Tran, M.L., Phan, T.H., Phan, M.T., Tran, T.T.H., Pham, T.T., Nguyen, D.T., Nong, V.H., Phan, V.C., Dinh, D.K., Truong, N.H., and Ha, D.D. 2010. Comparative morphological and DNA analysis of specimens of giant freshwater soft-shelled turtle in Vietnam related to Hoan Kiem turtle. Tạp Chí Công Nghệ Sinh Học [Journal of Biotechnology, Vietnamese Academy of Science and Technology] 8(3A):949–954. (nhóm Viện CNSH và Hà Đình Đức)


Proceedings of the first Vietnamese national symposium on reptiles and amphibians
Genetic variability of the critically endangered softshell turtle Rafetus swinhoei: (November 13, 2010) (nhóm Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường, Đại học Quốc gia Hà Nội)


Trong đó, nhóm từ Viện CNSH và Hà Đình Đức ủng hộ đề xuất đây là 1 loài mới và đặc hữu của VN. Trong đó nhóm từ ĐH Quốc Gia và Viện Sinh thái thì không cho là thuyết phục. Một trong các luận cứ là dựa vào trình tự DNA và Sinh học phân tử. Do đó, tôi nhân cơ hội này mở một khóa tập huấn phân tích trình tự DNA và phân loại học phân tử với các dự liệu trên NCBI về bài toán cụ Rùa.


Course này cũng tương tự như MIT trước đây, diễn ra tự nguyện, tự lực và miễn phí đòi hỏi thái độ học tập nghiêm túc, cầu thị và nỗ lực cá nhân. Trình độ là từ beginner và phù hợp với các bạn từ HS lớp 11 đến SV ĐH. Bạn nào có nguyện vọng thì giới thiệu bản thân và theo dõi các thông báo tiếp theo của topic này. Tôi cho rằng có khoảng 5-7 người là có thể bắt đầu.








Cảm ơn anh Hiếu về việc tổ chức khóa học.
Do thời gian hạn chế em chưa dám ghi danh chính thức. Có thể anh cho một khung thời gian đại khái, tài liệu tương đương sẽ dùng được không ạ?
 
Em xin đăng ký một suất dự thính ^_^

Họ và tên: Đinh Duy Thành
Trình độ: Bập bõm và không có hệ thống (cái gì cũng biết nhưng chẳng biết gì cả)

Rất mong nhận được sự giúp đỡ của anh Hiếu và mọi người ^^
 

vanhieu

Member
Cho em xin một chân ạ

Họ và Tên: Bùi Văn Hiệu

Trình độ: Beginner

Nếu được tham gia lớp học, em sẽ cố gắng hoàn thành mục tiêu và bài học đề ra.
 

Cao Xuân Hiếu

Administrator
OK. Tính đến thời điểm này khóa học đã có 3 học viên ghi danh và 1 dự thính

1.1 Hồ Hữu Thọ (nhóm 1)
2.1 Khiếu Phương Lan (nhóm 2)
3.1 Bùi Văn Hiệu (nhóm 3)

2.2 Đinh Duy Thành (dự thính nhóm 2)

Như vậy là ta đợi đến khi có thêm 3 thành viên chính thức tham gia nữa là khóa học có thể bắt đầu luôn.

Trong lúc đó, các bạn có thể làm quen với trường lớp và khởi động tại chỗ bằng các nhiệm vụ ở phần Chuẩn bị

Lecture:phân loại học phân tử/Tasks

Cũng rất hoan nghênh các bạn đọc kỹ các quy định vận hành của khóa học và đóng góp ý kiến để khóa học phù hợp với bạn hơn.
 
Đại xin đăng kí là người tiếp theo của nhóm
Họ và Tên :Trương Xuân Đại
Email:truongxuandai.biorad@gmail.com
Điện thoại: 0984080068
Cảm ơn anh Hiếu
 

Cao Xuân Hiếu

Administrator
Hiện giờ lớp đã có đủ số học viên tối thiểu cần đạt. Lớp sẽ mở "last minute" cho các học viên chậm chân đến thứ 6 (04/03) có thể đăng ký. Trong thời gian này, các học viên cần thực hiện các nhiệm vụ Chuẩn bị và làm quen với trường lớp mới.
Khóa học chính thức bắt đầu vào thứ 2 tuần sau (07/03).
 

Cao Xuân Hiếu

Administrator
Nếu lớp bắt đầu sau 10/3 này thì tôi xin tham gia một suất :), vì đang chuẩn bị thi cử cái.
Anh Lương đã quen với mã wiki rồi và tuần đầu tiên công việc khá đơn giản, để mọi ng làm quen với môi trường và cách học mới. Do đó, em gợi ý là lớp học sẽ bắt đầu như kế hoạch (07/03). Anh Lương sẽ chịu khó đuổi theo 1 chút.

Nếu Anh Lương đồng ý, nhóm của anh sẽ là nhóm 3 cùng với Hiệu và Khoa. Trong trường hợp anh không kịp thời gian cho tuần đầu tiên thì 2 bạn còn lại chắc cũng hỗ trợ đủ để hoàn thành nhiệm vụ của nhóm ở tuần 1.

Ý anh thế nào?
 
Em xin phép đăng ký học viên chính thức có quá muộn không ạ?
Họ tên: Trần Thị Liên
Trình độ: Elementary về SHPT (em vẫn thường hay phải hỏi han, nhờ vả bạn Đinh Duy Thành, thế mà bạn ý lại trình bày thế kia thì em còn dám nói gì nữa)
 

MaThan88

Member
Cho em xin đăng kí 1 chân dự thính!
Name: Thy Ngọc - ĐHBKHN
Trình độ : Basic

Cònịa điểm và hình thức học thì như thế nào ạ! Xin anh Hiếu thông tin thêm
 

Ho Huu Tho

Member
Cho em xin đăng kí 1 chân dự thính!
Name: Thy Ngọc - ĐHBKHN
Trình độ : Basic

Cònịa điểm và hình thức học thì như thế nào ạ! Xin anh Hiếu thông tin thêm
Đây là khóa học online dưới sự hướng dẫn của thầy Hiếu bạn ạ. Bạn chỉ cần đường truyền internet và có khoảng thời gian rỗi vào bất cứ lúc nào trong ngày là có thể tham gia lớp học được rồi. Bạn xem đường link tới khóa học mà thầy Hiếu đã đưa ra ở trên để biết cụ thể hơn.
 

Facebook

Top