Hỏi về cách sử dụng phần mềm NTSYSpc??

[Lê Vũ Hồng Hải]

Mình đang nghiên cứu về phần mềm NTSYSpc phiên bản 2.1. Hiện mình đã có được chương trình và cuốn hướng dẫn bằng tiếng Anh. Mình đã đọc và nghiên cứu thì hiểu được đó là phần mềm dùng để phân tích sự đa dạng đặc điểm di truyền dựa vào kỹ thuật PCR mẫu DNA + điện di nhưng vẫn ko biết được cách sử dụng nó như thế nào???.
Anh/Chị hay bạn nào biết cách sử dụng thì chỉ mình với. Mình xin cảm ơn!!
(Note: mình ko phải là dân Sinh-tin nên đọc tài liệu hướng dẫn ko hiểu gì hết !!!)

 

[Trịnh Thành Trung]

Mình đang nghiên cứu về phần mềm NTSYSpc phiên bản 2.1. Hiện mình đã có được chương trình và cuốn hướng dẫn bằng tiếng Anh. Mình đã đọc và nghiên cứu thì hiểu được đó là phần mềm dùng để phân tích sự đa dạng đặc điểm di truyền dựa vào kỹ thuật PCR mẫu DNA + điện di nhưng vẫn ko biết được cách sử dụng nó như thế nào???.
Anh/Chị hay bạn nào biết cách sử dụng thì chỉ mình với. Mình xin cảm ơn!!
(Note: mình ko phải là dân Sinh-tin nên đọc tài liệu hướng dẫn ko hiểu gì hết !!!)

Chào bạn
Theo tôi hiểu thì đây là phần mềm được dùng để đánh giá độ tương đồng về 'DNA band profiles' của các chủng nghiên cứu ( Ví dụ như vi sinh vật...). Qua đó, nhóm chúng vào các nhóm khác nhau (distinct clusters) va thể hiện chúng trên cái 'dendrogram'
Đây là một công cụ nghiên cứu hỗ trợ cho việc phân tích các số liệu về 'typing method' của một loài nào đó. Đặc biệt rất quan trọng trong nghiên cứu về dịch tễ học (Epidemiology)
Từ các kết quả điện di của phương pháp PCR như; AFLP, RFLP, RAPD, ribotying... hoặc PFGE, ta sẽ thu được các 'DNA band profiles' khác nhau. Sau đó sử dụng các phương pháp tính toán; Dice coefficient hay Pearson correlation coeficient, ta sẽ tính được độ tương đồng của các 'DNA band profiles'. Cuối cùng, ta sẽ sử dụng thuật toán UPGMA để xây dựng cái 'dendogram' cho các DNA band profiles đó. So sánh mối liên hệ của các chủng nghiên cứu.
Thông thường, mình hay thấy người ta sử dụng phần mềm BioNumerics hay GelCompare để phân tích.
Nếu có thể, bạn cho mình xin một bản copy về phần mềm NTSYSpc và bản 'hướng dẫn sử dụng trước khi dùng' của phần mềm đó? Mình sẽ cùng tham khảo và thảo luận với bạn.
Best wishes

 

[Lâm Vỹ Nguyên]

Mình đang nghiên cứu về phần mềm NTSYSpc phiên bản 2.1. Hiện mình đã có được chương trình và cuốn hướng dẫn bằng tiếng Anh. Mình đã đọc và nghiên cứu thì hiểu được đó là phần mềm dùng để phân tích sự đa dạng đặc điểm di truyền dựa vào kỹ thuật PCR mẫu DNA + điện di nhưng vẫn ko biết được cách sử dụng nó như thế nào???.
Anh/Chị hay bạn nào biết cách sử dụng thì chỉ mình với. Mình xin cảm ơn!!
(Note: mình ko phải là dân Sinh-tin nên đọc tài liệu hướng dẫn ko hiểu gì hết !!!)

em cho anh địa chỉ mail anh gởi file hướng dẫn cho (file hơn 800kb, ko gởi lên diễn đàn được).
Nếu em cần gấp thì tới Trung tâm Phân tích (khu Cẩm Tú) hỏi mấy anh chị K29 đang làm đề tài trong đó. Mấy anh chị đó sẽ giúp em.
Chúc em thành công

 

[Lê Vũ Hồng Hải]

Chào bạn
Theo tôi hiểu thì đây là phần mềm được dùng để đánh giá độ tương đồng về 'DNA band profiles' của các chủng nghiên cứu ( Ví dụ như vi sinh vật...). Qua đó, nhóm chúng vào các nhóm khác nhau (distinct clusters) va thể hiện chúng trên cái 'dendrogram'
Đây là một công cụ nghiên cứu hỗ trợ cho việc phân tích các số liệu về 'typing method' của một loài nào đó. Đặc biệt rất quan trọng trong nghiên cứu về dịch tễ học (Epidemiology)
Từ các kết quả điện di của phương pháp PCR như; AFLP, RFLP, RAPD, ribotying... hoặc PFGE, ta sẽ thu được các 'DNA band profiles' khác nhau. Sau đó sử dụng các phương pháp tính toán; Dice coefficient hay Pearson correlation coeficient, ta sẽ tính được độ tương đồng của các 'DNA band profiles'. Cuối cùng, ta sẽ sử dụng thuật toán UPGMA để xây dựng cái 'dendogram' cho các DNA band profiles đó. So sánh mối liên hệ của các chủng nghiên cứu.
Thông thường, mình hay thấy người ta sử dụng phần mềm BioNumerics hay GelCompare để phân tích.
Nếu có thể, bạn cho mình xin một bản copy về phần mềm NTSYSpc và bản 'hướng dẫn sử dụng trước khi dùng' của phần mềm đó? Mình sẽ cùng tham khảo và thảo luận với bạn.
Best wishes

Chào anh Trịnh Thành Trung !
Đọc những gì anh viết em thấy dường như anh có biết về ngôn ngữ sinh-tin đúng ko ?!! (vì anh biết dùng thuật toán UPGMA để xây dựng cây phả hệ). Còn em mới bắt đầu tìm hiểu về sinh-tin nên kiến thức của em còn hạn chế lắm! Mong anh chỉ bảo thêm nhiều !
Còn về phần mềm NTSYSpc 2.1 và bản hướng dẫn sử dụng, nếu anh muốn lấy full version thì anh cho em địa chỉ mail em sẽ gửi cho anh vì nó khá nặng, còn nếu anh muốn sử dụng demo version thì anh vào trang web này tải về http://main.cs.qub.ac.uk/~fmurtagh/class/csna/re_CD/CD2002/html/ads/ntsyspc/ntsyspc.html (trong đó cũng có bản hướng dẫn sử dụng).
Chúc anh luôn vui khỏe !

 

[Lê Vũ Hồng Hải]

em cho anh địa chỉ mail anh gởi file hướng dẫn cho (file hơn 800kb, ko gởi lên diễn đàn được).
Nếu em cần gấp thì tới Trung tâm Phân tích (khu Cẩm Tú) hỏi mấy anh chị K29 đang làm đề tài trong đó. Mấy anh chị đó sẽ giúp em.
Chúc em thành công

Chào anh Nguyên !
File hướng dẫn anh nói có phài là ntsysguide2.1 (862kb) đúng ko anh?! Nếu là file đó thì em có rồi. Nếu ko phải hoặc anh có thêm dữ liệu nào khác thì anh có thể gửi cho em qua địa chỉ mail bbbluck86@gmail.com. Em cảm ơn anh !
Chúc anh luôn vui khỏe !

 

[Trịnh Thành Trung]

Chào anh Trịnh Thành Trung !
Đọc những gì anh viết em thấy dường như anh có biết về ngôn ngữ sinh-tin đúng ko ?!! (vì anh biết dùng thuật toán UPGMA để xây dựng cây phả hệ). Còn em mới bắt đầu tìm hiểu về sinh-tin nên kiến thức của em còn hạn chế lắm! Mong anh chỉ bảo thêm nhiều !
Còn về phần mềm NTSYSpc 2.1 và bản hướng dẫn sử dụng, nếu anh muốn lấy full version thì anh cho em địa chỉ mail em sẽ gửi cho anh vì nó khá nặng, còn nếu anh muốn sử dụng demo version thì anh vào trang web này tải về http://main.cs.qub.ac.uk/~fmurtagh/class/csna/re_CD/CD2002/html/ads/ntsyspc/ntsyspc.html (trong đó cũng có bản hướng dẫn sử dụng).
Chúc anh luôn vui khỏe !

Mình đã gửi thư cho Hải qua địa chỉ email bbbluck86@gmail.com. Hải nhớ check hộp thư nhé!!!
Best wishes.

 

[Lê Vũ Hồng Hải]

Mình đang tìm hiểu về ứng dụng PCOORDA trong phần mềm NTSYSpc 2.1. Mình đã bíêt cách sử dụng nhưng vẫn chưa biết cách đọc kết quả tree plot dạng không gian 3 chiều (ý nghĩa của mỗi coordinate), ý nghĩ sinh học khi vẽ được tree plot như vậy. Vậy có Anh/Chị hay bạn nào biết thì chỉ mình với. Mình cảm ơn !

 

[Nguyễn Hoàng Hân]

Mình cũng đang tìm phần mền này, anh chị nào đang giữ up cho em xin với nghe!

Thanks nhiều lắm!

 

[phan3tan]

Cho em xin hướng dẫn với, em dang rất cần

em cho anh địa chỉ mail anh gởi file hướng dẫn cho (file hơn 800kb, ko gởi lên diễn đàn được).
Nếu em cần gấp thì tới Trung tâm Phân tích (khu Cẩm Tú) hỏi mấy anh chị K29 đang làm đề tài trong đó. Mấy anh chị đó sẽ giúp em.
Chúc em thành công

Mail: phan3tan@gmail.com
Anh cho em xin hướng dẫn với ạ. E vừa mới tải được phần mềm này, nhưng chưa biết sử dụng. Cảm ơn anh!