Giải trình tự bị lỗi

Dương Văn Cường

Administrator
#1
Mình giải trình tự bị lỗi chưa gặp bao giờ, đó là chỉ đọc được 1 đoạn ngắn chừng 100bp. Trình tự đọc được thì match 100% với trình tự lý thuyết. có hình ở các files đính kèm.

4 capillaries thì chỉ có 1 là cho kết quả tốt (khoảng 700bp) và 3 còn lại cho kết quả như trên. Theo mình hiểu thì lỗi này thuộc về máy chứ không thuộc về chất lượng input DNA. Nhiệm vụ của mình chỉ là cung cấp 5ul purified plasmid. Mồi M13 do phía dịch vụ provide.

Lúc máy đang khởi động thì bị lỗi tắc capillaries (operator bảo vậy thì biết vậy, mình là khách hàng chứ không phải người vận hành máy). Lưu ý nữa là cái máy này không chạy thường xuyên. Mẫu của mình chạy sau khi máy đã nghỉ 3 tháng.

Anh chị em nào có kinh nghiệm chạy sequencer cho mình lời giải thích lỗi thuộc khâu nào. Thanks!
 

Attachments

Ho Huu Tho

Member
Mình giải trình tự bị lỗi chưa gặp bao giờ, đó là chỉ đọc được 1 đoạn ngắn chừng 100bp. Trình tự đọc được thì match 100% với trình tự lý thuyết. có hình ở các files đính kèm.

4 capillaries thì chỉ có 1 là cho kết quả tốt (khoảng 700bp) và 3 còn lại cho kết quả như trên. Theo mình hiểu thì lỗi này thuộc về máy chứ không thuộc về chất lượng input DNA. Nhiệm vụ của mình chỉ là cung cấp 5ul purified plasmid. Mồi M13 do phía dịch vụ provide.

Lúc máy đang khởi động thì bị lỗi tắc capillaries (operator bảo vậy thì biết vậy, mình là khách hàng chứ không phải người vận hành máy). Lưu ý nữa là cái máy này không chạy thường xuyên. Mẫu của mình chạy sau khi máy đã nghỉ 3 tháng.

Anh chị em nào có kinh nghiệm chạy sequencer cho mình lời giải thích lỗi thuộc khâu nào. Thanks!
Rất có thể lỗi này do capillary.
Thông thường các capillary có thể lỗi do người chạy cố tình chạy quá số lần tối đa quy định cho mỗi capillary (để tiết kiệm) hoặc do bảo quản không tốt (đặc biệt là khi không chạy trong thời gian dài - từ một tuần trở đi - thì cần phải tháo ra khỏi máy để bảo quản theo hướng dẫn)
Ở đây chạy 4 mẫu có một mẫu tốt, 3 mẫu chất lượng kém có thể do 3 trong 4 capillary bị lỗi rồi (Thông thường, các capillary trong một bộ capillary sẽ hỏng không đồng đều nhau). Để kiểm tra điều này thì, chẳng hạn, có thể chạy lại 4 mẫu này nhưng đảo thứ tự của mẫu khi cho vào máy đọc trình tự so với lần trước, nếu thấy chỉ có một mẫu cho kết quả tốt mà mẫu đó khác với mẫu lần trước thì rất có thể dự đoán đúng.
 
@anh Cường: Nghe nói bác về thăm vợ, nhân tiện bác Hưng cũng ở nhà, anh em mình gặp nhau cái nhỉ? ^_^
Quay lại vấn đề chính, có kết quả đọc (và bác xác nhận chuyện matching) chứng tỏ mẫu vẫn được inject lên ống mao quản. Có 3/4 mẫu đọc kém thì nhiều khả năng là tại capillaries như bác Thọ đã nói - nhất là khi gel lưu cữu trong đó lâu ngày bị biến tính. Tất nhiên vẫn có khả năng trục trặc phần quang của máy (cửa sổ-mắt đoc-PMT, khả năng này nhỏ hơn nhiều), thậm chí do trục trặc trong PCR for sequencing (khả năng này còn thấp nữa).
Nếu có thể bác thử hỏi người ta cung cấp hình ảnh raw cùng với thông số điện áp được không ạ? Nhìn vào hai cái đó có lẽ phát hiện thêm điều gì đấy chăng.

@bác Thọ: Chuyện cố tính chạy quá số lần quy định, dùng gel hay capillaries quá hạn là chuyện thường ngày ở mình mà bác. Nếu người sử dụng biết cách bảo quản tốt thì vẫn chạy được ra kết quả tốt mà.

P/S: Cá nhân em nghiêng về hướng lỗi bảo quản capillaries.
 

Dương Văn Cường

Administrator
Cách đơn giản nhất để xác định nguyên nhân lỗi là chạy lại 1 lần như anh Thọ gợi ý. Vấn đề ở chỗ cứ chạy là mất tiền mà tiền không ít nên em mới vác lên đây hỏi kinh nghiệm mọi người.

Trước đây gửi mẫu seq mình chỉ gặp lỗi kiểu như sau:

1. Không có tín hiệu. Lỗi này do chất lượng DNA kém hoặc DNA tốt nhưng không anneal với primers.

2. Có tín hiệu nhưng nhiều lỗi, đồ thị có tín hiệu nhiễu: Do DNA bị contaminated hoặc có nhiều hơn 1 vị trí bám của primers hoặc nồng độ DNA không đạt yêu cầu.

3. Tín hiệu rõ đẹp nhưng không phải trình tự mong muốn: Wrong insert.


Trường hợp lần này, tín hiệu ngắn chỉ khoảng 100 nu, picks rõ ràng, match 100% với trình tự lý thuyết mong muốn. Như vậy về mặt lý thuyết có thể có giả thuyết nào? Về mặt thực nghiệm lỗi ở khâu nào?

@Thành: Anh về nhưng toàn ở quê, lúc nào anh em gặp nhau thì nhắn trước cho anh vài ngày, nếu thu xếp được anh sẽ có mặt.
 
Em tạm thời đưa ra 3 giả thuyết nhé:
(1) Gel (trong 3 capillaries lỗi) bị biến tính (do bảo quản capillaries không tốt), các đoạn có kích thước lớn không qua được, hoặc chạy qua nhưng không đều (giống như anh chạy điện di trên bản gel đổ hỏng, gel bẩn vậy)

(2) PCR for sequencing bị dừng giữa chừng: có thể do con người hoặc máy móc, hoặc... mạng điện chập đúng lúc đấy. Đặc điểm của PCR for sequencing là không có chu kỳ nhiệt, tức là sau khi gắn mồi thì DNA polymerase cứ thế kéo dài mạch cho đến khi gặp ddNTP (trong điều kiện bình thường).
Giả sử đang chạy mà mất điện thì chỉ những fragments đã ngừng kéo dài trước đấy (đồng nghĩa với đã gắn ddNTP - nhớ là tín hiệu huỳnh quang được gắn trên ddNTP, cũng chính là các đoạn kích thước ngắn) mới được đọc.
Bổ sung một chút là extension temp là chung cho tất cả các mẫu sequencing, nên có thể 4 mẫu của bác rơi vào 2 mẻ chạy khác nhau.
Về lý thuyết thì lỗi này dễ gặp hơn (3), nhưng cũng dễ phát hiện hơn nhiều, và nếu đã là nơi làm thuê sequencing thì em không nghĩ là họ tắc trách đến thế.

Em chưa gặp trường hợp cho quá ít ddNTP bao giờ, nhưng có lẽ kết quả cũng cho ra những fragments ngắn giống vậy - cái này em gộp chung vào (2), vì đều liên quan đến PCR for sequencing và đều được loại trừ vì có yếu tố con người.

(3) Vì một lý do nào đó, quá trình đọc trên 3 ống bị ngừng giữa chừng (bị rung lắc làm lệch 3 tiêu cự, bụi rơi vào làm mờ 3 đoạn ống cửa sổ, hoặc mờ 3 mắt đọc, điện áp trên 3 ống bị trục trặc - liên quan đến gel), nhưng sẽ rất khó giải thích cho ống thứ tư, trừ trường hợp gel biến tính làm thay đổi điện áp. Nói chung thằng này em chỉ đưa ra cho kín thôi ^_^

Vài lời vụn vặt:
- Gel cũ càng để lâu càng bám chặt, anh Cường có thể hỏi lại họ xem các mẻ chạy sau đó có gặp trục trặc tương tự với đúng các capillaries đấy không.
- Nếu gel bị biến tính mà capillaries chưa hỏng thì vẫn có thể giải quyết bằng cách purge gel triệt để vài lần để tống nó ra trước khi bị két lại. Còn triệt để nhất vẫn là thay dãy mao quản mới ^_^
- Lần này có 2 chi tiết đã giúp thu gọn rất nhiều các loại giả thuyết: thứ nhất là vẫn có một ống đọc được 700 base, và thứ hai là 3x100base vẫn match 100% (mà thật ra nếu không có cả 2 cái này thì chắc bác Cường cũng chả đem lên đây hỏi làm gì ^_^ Đầu tiên là mất tiền để chạy tiếp mẻ nữa đã)
- Khi chẩn bệnh, từ góc độ của người chạy sequencing thì việc đầu tiên là nhìn vào file RAW để xem hình ảnh và voltage, kiểm tra baseline, alignment, v.v..

P/S: Bác Hưng mất tích cả tuần, em không liên lạc được, mà tuần sau anh ấy đi rồi. Bác Cường bao giờ phải đi? ^_^ Có mấy em gái hâm mộ hai anh ẹc min lắm mà chưa có dịp :mrgreen:
 
Khổ nhỉ. Nói thật culi xứ Hàn xẻng khổ trăm bề nhưng 1 cái sướng là xài hóa chất vô tội vạ và xài tiền đặt primer với sequence thả giàn.
Hồi mới sang xoay như mòng mòng chỉ với cái Northern, xài mất phải hai chục cái màng nitrocellulose cho đến khi Prof. phát hiện ra và bảo: "stop, you've wasted lab materials".
Primers thì nhiều khi kiểm tra đi kiểm tra lại vẫn sai sót, nhất là cậy nhớ trình tự cắt giới hạn, đọc một đường viết ra một nẻo. Thế là lại order lại
Sequencing thì tự động gửi đi là nó gửi kết quả về email, chả đứa nào hỏi. Một mẫu sequencing hết có 4 nghìn tiền Hàn cho 1 reaction (Forward hoặc Reverse). Lắm lúc sequence có 1 mẫu nó cũng lúc cúc chạy đến lấy mẫu. Nhiều khi làm sai một thí nghiệm, lẳng lặng đặt lại mồi, clone và biểu hiện lại. Chẳng ai phát hiện ra.
Buồn cười nhất là dùng cột tinh sạch plasmid của Promega. Cái library nó có high copy induction solution để dễ thao tác. Nhưng Prof. bảo mày cứ làm việc với low copy đi và xài cột thoải mái (6 cột chỉ để thu khoảng 200 ul plasmid solution với nồng độ cực thấp). Khả năng Prof. ăn tiền huê hồng của Promega lắm.:botay:
Đc Hưng với Cường offline vịt cỏ Vân Đình đi :)
 

Ho Huu Tho

Member
Lúc máy đang khởi động thì bị lỗi tắc capillaries (operator bảo vậy thì biết vậy, mình là khách hàng chứ không phải người vận hành máy). Lưu ý nữa là cái máy này không chạy thường xuyên. Mẫu của mình chạy sau khi máy đã nghỉ 3 tháng.
Nếu theo ý này thì operator phải chạy lại cho khách hàng chứ sao lại phải trả thêm tiền nhỉ?:twisted:
 

Ho Huu Tho

Member
Em tạm thời đưa ra 3 giả thuyết nhé:
(1) Gel (trong 3 capillaries lỗi) bị biến tính (do bảo quản capillaries không tốt), các đoạn có kích thước lớn không qua được, hoặc chạy qua nhưng không đều (giống như anh chạy điện di trên bản gel đổ hỏng, gel bẩn vậy)
Đồng ý với giả thuyết này của bạn Thành, tuy nhiên theo mình khi capillary hay gel có vấn đề sẽ ảnh hưởng tới kết quả đọc trình tự như sau:
- Những đoạn có kích thước nhỏ có thời gian di chuyển trên capillary ngắn, nên sự dao động của thời gian từ lúc bắt đầu điện di đến lúc qua detetor nhỏ --> vẫn có thể phân biệt tốt các đoạn khác nhau 1 nu --> kết quả đẹp ở phần đầu của trình tự mồi (phía gần mồi đọc trình tự)
- Những đoạn có kích thước lớn hơn có thời gian di chuyển trên capillary dài hơn, nên sự dao động của thời gian từ lúc bắt đầu điện di đến lúc qua detetor lớn hơn --> khó hoặc không thể phân biệt tốt các đoạn khác nhau 1 nu --> kết quả xấu càng tăng khi càng xa phần đầu của trình tự mồi
(Hình ảnh kết quả đọc trình tự của bạn Cường cung cấp phù hợp với những điều này)
(2) PCR for sequencing bị dừng giữa chừng: có thể do con người hoặc máy móc, hoặc... mạng điện chập đúng lúc đấy. Đặc điểm của PCR for sequencing là không có chu kỳ nhiệt, tức là sau khi gắn mồi thì DNA polymerase cứ thế kéo dài mạch cho đến khi gặp ddNTP (trong điều kiện bình thường).
Giả sử đang chạy mà mất điện thì chỉ những fragments đã ngừng kéo dài trước đấy (đồng nghĩa với đã gắn ddNTP - nhớ là tín hiệu huỳnh quang được gắn trên ddNTP, cũng chính là các đoạn kích thước ngắn) mới được đọc.
Bổ sung một chút là extension temp là chung cho tất cả các mẫu sequencing, nên có thể 4 mẫu của bác rơi vào 2 mẻ chạy khác nhau.
Về lý thuyết thì lỗi này dễ gặp hơn (3), nhưng cũng dễ phát hiện hơn nhiều, và nếu đã là nơi làm thuê sequencing thì em không nghĩ là họ tắc trách đến thế.

Em chưa gặp trường hợp cho quá ít ddNTP bao giờ, nhưng có lẽ kết quả cũng cho ra những fragments ngắn giống vậy - cái này em gộp chung vào (2), vì đều liên quan đến PCR for sequencing và đều được loại trừ vì có yếu tố con người.
Giả thuyết này không hợp lý vì trong mỗi chu kỳ của PCR for sequencing thì các đoạn dài ngắn luôn được tạo thành một cách ngẫu nhiên, chứ hoàn toàn không phải là những chu kỳ đầu thì tạo ra đoạn ngắn còn những chu kỳ sau thì tạo ra những đoạn dài.
 

Dương Văn Cường

Administrator
Có một dữ liệu nữa, đó là mẫu số 3 và 4 là cùng 1 DNA, mẫu 3 chạy với mồi M13-F còn mẫu 4 chạy với M13-R. Mẫu số 3 cho kết quả đẹp khoảng 700 bp, mẫu số 4 thì tạch như đã trình bày phía trên.

Hỏi: Lỗi thuộc về khách hàng hay dịch vụ :dance:

@bác Lương: Trước giờ làm culi hoang nó quen rồi, giờ "làm chủ" phát hơi bị vãi chưởng :o. Nhẩm tính trong đầu "mấy cái thí nghiệm của nợ này mà quy ra tiền uống beer thì say cả chấy trong vài tháng" :grin:
 

Dương Văn Cường

Administrator
Nếu theo ý này thì operator phải chạy lại cho khách hàng chứ sao lại phải trả thêm tiền nhỉ?:twisted:
Service ở UK trước khi trả kết quả cho khách hàng bao giờ nó cũng xem graph trước. Thấy nghi nghi thì nó check DNA concentration của mẫu, sau đó mail cho mình bẩu là "nếu mày muốn chạy lại 1 lần miễn phí thì reply tao phát nhá".

Ở nước mình thì khác. Chấp nhận rồi nhưng vẫn bức xúc tí.
 
Giả thuyết này không hợp lý vì trong mỗi chu kỳ của PCR for sequencing thì các đoạn dài ngắn luôn được tạo thành một cách ngẫu nhiên, chứ hoàn toàn không phải là những chu kỳ đầu thì tạo ra đoạn ngắn còn những chu kỳ sau thì tạo ra những đoạn dài.
Xin lỗi mọi người, em đã tìm hiểu lại quy trình cycle sequencing, chả hiểu hồi trước học hành thế nào mà em cứ tin chắc như đinh đóng cột là bước PCR này không có cycle :akay: Nên hình thành hẳn một tư duy sai lệch trong đầu :tutu:
(Hồi trước em chỉ làm với thao tác liên quan đến máy-gel-capillaries, còn toàn bộ phần chuẩn bị, tinh sạch, chạy cycle, tinh sạch lần 2, etc trước đấy là của người khác :cry:)

Để cho chắc, em hỏi anh Thọ câu nữa vậy: theo anh, nếu cho quá ít ddNTP thì liệu có hay không dẫn đến hiện tượng kết quả đọc ngắn như trên?
 
Nếu theo ý này thì operator phải chạy lại cho khách hàng chứ sao lại phải trả thêm tiền nhỉ?:twisted:
Có một dữ liệu nữa, đó là mẫu số 3 và 4 là cùng 1 DNA, mẫu 3 chạy với mồi M13-F còn mẫu 4 chạy với M13-R. Mẫu số 3 cho kết quả đẹp khoảng 700 bp, mẫu số 4 thì tạch như đã trình bày phía trên.

Hỏi: Lỗi thuộc về khách hàng hay dịch vụ :dance:
Service ở UK trước khi trả kết quả cho khách hàng bao giờ nó cũng xem graph trước. Thấy nghi nghi thì nó check DNA concentration của mẫu, sau đó mail cho mình bẩu là "nếu mày muốn chạy lại 1 lần miễn phí thì reply tao phát nhá".

Ở nước mình thì khác. Chấp nhận rồi nhưng vẫn bức xúc tí.
Ở nước ngoài, dịch vụ giải trình tự chuyên nghiệp, đã chạy là full plate, cộng thêm giá nguyên liệu đầu vào không bị đội lên quá cao. Chưa kể tư duy phục vụ đúng kiểu kinh tế thị trường --> giá thành hạ, chất lượng đảm bảo (trả kết quả nhanh, sẵn sàng chịu lỗ chạy lại nếu cần).


Ở mình, nhà nhà sắm sequencer, người người đua nhau giải trình tự. Trong cái bán kính 1km quanh chỗ em làm hồi trước có đến 5-6 cái máy của 3 cơ quan khác nhau :o
Cung thì thế, cầu thì không đến nỗi quá ít, nhưng thiếu thông tin, kết quả là cả bên thuê lẫn bên được thuê đều làm ăn theo kiểu manh mún, lấy đâu ra mà full plate (may là cái CEQ chỗ em không đến mức phải nằm 3 tháng để kiểm chứng độ bền)
Giá vật tư đầu vào thì cao ngất ngưởng, toàn các vị độc quyền (các bác công ty đại diện độc quyền cho hãng này hãng kia đừng vào đây đánh em ạ :bimat:). Em ngồi nghe chuyện $5 một mẫu giải trình tự mà ngơ ngẩn "chừng đấy ở mình còn chưa đủ tiền mua gel".

Nói thật, nếu chính em chạy cho bác Cường mà bị lỗi như thế thì cũng chưa chắc đã dám chạy lại ngay cho bác. Có cố gắng lắm thì cũng chỉ làm được đến mức "anh em mình chia đôi thiệt hại", vậy là đi tong tháng lương rồi :akay:

Xin phép dùng lại từ của bác Lương: "Lỗi OS!"
 

Ho Huu Tho

Member
Để cho chắc, em hỏi anh Thọ câu nữa vậy: theo anh, nếu cho quá ít ddNTP thì liệu có hay không dẫn đến hiện tượng kết quả đọc ngắn như trên?
Cái này thì mình cũng không rõ lắm, nhưng chắc trường hợp này ít xảy ra.
Nhưng cứ giả dụ có thế, nếu suy luận theo kiểu xác suất thì mình thấy rất có thể xảy ra như bạn Thành giả thuyết. Lúc này thì đoạn ngắn đọc được nằm cách xa trình tự mồi đọc trình tự chứ không nằm gần mồi đọc trình tự như trường hợp này.
 

voh5

Member
Ở mình, nhà nhà sắm sequencer, người người đua nhau giải trình tự. Trong cái bán kính 1km quanh chỗ em làm hồi trước có đến 5-6 cái máy của 3 cơ quan khác nhau :o
Điêu vật nhỉ, kekeke. Đang ngồi nghĩ xem đồng chí này làm ở đâu mà chưa ra! Viện Chăn nuôi 2 chú, các viện Di truyền (1-2 chú) những 3km, Viện Di truyền cách Viện CNSH (2 chiếc) và Viện Sinh thái (1 chiếc), còn mảng bên trường Tự nhiên (cũng có CEQ) và trường Nông nghiệp, rồi Bệnh viện nhiệt đới còn xa nữa! Riêng ở NIHE thì mình không biết chính xác có tổng cộng bao nhiêu cái.

@Cường: theo ý tôi thì ông nên hỏi thằng Cường lớp ông (hay lớp tài năng - phòng chú Nông Hải í), hoạc anh Tôn, hoạc giờ là chú Chi đang trực tiếp làm việc với cái sequencer của ABI (tương đương trên viện ông) thì dễ hơn. Còn hầu hết các anh em trên này cũng chỉ lấy kết quả về thôi chứ ít người thao tác với máy lắm. Tôi nghĩ cũng tương tự với các lab ở nước ngoài (trừ trường hợp anh em mình chuyên trách), nó cũng có một bộ phận riêng chuyên sequencing chứ đâu có cho mình thao tác.
Lý thuyết thì vẫn là lý thuyết, còn ý tôi thì cứ hỏi máy bác đã làm thực tế rồi thì dễ biết hơn.
Best!
 
Điêu vật nhỉ, kekeke. Đang ngồi nghĩ xem đồng chí này làm ở đâu mà chưa ra! Viện Chăn nuôi 2 chú, các viện Di truyền (1-2 chú) những 3km, Viện Di truyền cách Viện CNSH (2 chiếc) và Viện Sinh thái (1 chiếc), còn mảng bên trường Tự nhiên (cũng có CEQ) và trường Nông nghiệp, rồi Bệnh viện nhiệt đới còn xa nữa! Riêng ở NIHE thì mình không biết chính xác có tổng cộng bao nhiêu cái.
Khà khà, bác cứ hỏi hội BCE xem có mấy cái trong NIHE đi nhé, rồi đi sang bên Viện Pháp y Quân đội (Trần Thánh Tông) và Bệnh viện 108 nữa :mrgreen:. Nếu thân nữa thì bác hỏi xem BCE đã (và sẽ) bán được bao nhiêu cái trên địa bàn Hà Nội rồi :welcome:
Bác mới tính các viện bên ngành Sinh, còn mảng Y cả đống ^^ .Các bệnh viện lớn nữa ^^ Rục rịch sắm mỗi nơi một cái hết cả rồi bác ạ (Cái đó bác phải rành hơn em mới đúng chứ ^^)
 
Không biết bọn bán ABI lại quả bao nhiêu mà bà con thi nhau sắm thế nhỉ. Ở Hàn, lab mình đổi cty sequence xoành xoạch. Chỉ rẻ hơn độ 5-10 nghìn tiền VN đã đổi rồi. Tội nghiệp bọn sequence, lỗi cái lúc cúc thông báo ngay và giải lại cho người ta. Rồi đội ngũ chân rết khắp các tỉnh, nghe ai kêu cái là chạy đến, bất kể giờ nào. Mà tụi sequence cũng kiêm luôn tổng hợp mồi, tổng hợp gene nhân tạo, chromosomal walking, primer walking, genome sequencing, library creating...v.v. Như thế nó mới sống được.
Đúng là ở VN lãng phí một cách không cần thiết.
 

voh5

Member
Khà khà, bác cứ hỏi hội BCE xem có mấy cái trong NIHE đi nhé, rồi đi sang bên Viện Pháp y Quân đội (Trần Thánh Tông) và Bệnh viện 108 nữa :mrgreen:. Nếu thân nữa thì bác hỏi xem BCE đã (và sẽ) bán được bao nhiêu cái trên địa bàn Hà Nội rồi :welcome:
Bác mới tính các viện bên ngành Sinh, còn mảng Y cả đống ^^ .Các bệnh viện lớn nữa ^^ Rục rịch sắm mỗi nơi một cái hết cả rồi bác ạ (Cái đó bác phải rành hơn em mới đúng chứ ^^)

Chẳng cần phải thân, mà em đang đếm! Riêng với BCI thì ở NIHE =1, Pháp y QĐ = 1, 108 = 1, nghĩa là chưa tới 5 chiếc, trong NIHE thì kịch kim cũng chỉ có thêm 1 cái nữa của ABI là cùng, nghĩa cũng chưa tới 5 chiếc trong 1 km như bác bảo!
Nói đùa thôi,bắt bẻ tí vì chưa tới mức nhiều thế! Còn bác bảo chỗ nào rục rịch mua thế? chiỉ cho em với, hay bác chỉ là đoán mò cho vui? Nếu có thông tin, cho em xin với nhé! Seriously đấy !!!
 

voh5

Member
Không biết bọn bán ABI lại quả bao nhiêu mà bà con thi nhau sắm thế nhỉ. Ở Hàn, lab mình đổi cty sequence xoành xoạch. Chỉ rẻ hơn độ 5-10 nghìn tiền VN đã đổi rồi. Tội nghiệp bọn sequence, lỗi cái lúc cúc thông báo ngay và giải lại cho người ta. Rồi đội ngũ chân rết khắp các tỉnh, nghe ai kêu cái là chạy đến, bất kể giờ nào. Mà tụi sequence cũng kiêm luôn tổng hợp mồi, tổng hợp gene nhân tạo, chromosomal walking, primer walking, genome sequencing, library creating...v.v. Như thế nó mới sống được.
Đúng là ở VN lãng phí một cách không cần thiết.
Bác biết ở Hàn nó bán ABI loại 16 mao quản bao nhiêu không bác? Hay nó đặt máy và bán hóa chất vậy?
ACE mình quay lại vấn đề đi, toàn bình luận đi đâu đâu, chẳng vào câu hỏi của chú cường gì cả! Được cái bình loạn là giỏi!!! (sao giống mình thế, kekeke)
 

viet23ht

Member
Mình giải trình tự bị lỗi chưa gặp bao giờ, đó là chỉ đọc được 1 đoạn ngắn chừng 100bp. Trình tự đọc được thì match 100% với trình tự lý thuyết. có hình ở các files đính kèm.

4 capillaries thì chỉ có 1 là cho kết quả tốt (khoảng 700bp) và 3 còn lại cho kết quả như trên. Theo mình hiểu thì lỗi này thuộc về máy chứ không thuộc về chất lượng input DNA. Nhiệm vụ của mình chỉ là cung cấp 5ul purified plasmid. Mồi M13 do phía dịch vụ provide.

Lúc máy đang khởi động thì bị lỗi tắc capillaries (operator bảo vậy thì biết vậy, mình là khách hàng chứ không phải người vận hành máy). Lưu ý nữa là cái máy này không chạy thường xuyên. Mẫu của mình chạy sau khi máy đã nghỉ 3 tháng.
Lỗi mao quản rồi, lâu không chạy, quên không bổ sung đệm nên mao quản dính xi măng ke ke ..
Lúc nào rảnh xem tiếp ...:hoanho:
 

xthanhanx

New member
cho em hỏi là trong kỹ thuật giải trình tự DNA thì phần đầu tiên và phần cuối thì thường bị lỗi và người ta phải clone vào plasmid để giảm sai, tại sao lại xuất hiện những lỗi này ạ?
 

Facebook

Top