Động học tăng trưởng của VSV

[purin]

Tớ có một thắc mắc muốn hỏi. Mong anh chị và các bạn nào biết thỉ có thể giúp đỡ. Cám ơn nhiều.
Tớ muốn biết rõ về động học tăng trưởng của vi khuẩn. Cái gì quy định log phase, lag phase? Ví dụ như trong SHPT, khi tiến hành tạo tế bào khả nạp, tại sao phải sử dụng OD620=0,5-1? Và VSV cứ phân chia mãi, khi nào thì chết? (trong trường hợp này không đề cập đến sự thiếu dần các chất dinh dưỡng cần thiết trong môi trường).
Mong được chỉ dẫn cặn kẽ!!!

 

[Trần Hoàng Dũng]

Microbial Physiology
Author: Moat, Albert G.; Foster, John Watkins.; Spector, Michael P.
Publication Info: New York John Wiley & Sons, Inc. (US), 2002.
Subjects: Microorganisms--Physiology.; Microbiology.; 
ISBN: 0471394831
eBook ISBN: 0471461199

 

[Trần Hoàng Dũng]

Tớ có một thắc mắc muốn hỏi. Mong anh chị và các bạn nào biết thỉ có thể giúp đỡ. Cám ơn nhiều.
Tớ muốn biết rõ về động học tăng trưởng của vi khuẩn. Cái gì quy định log phase, lag phase? Ví dụ như trong SHPT, khi tiến hành tạo tế bào khả nạp, tại sao phải sử dụng OD620=0,5-1? Và VSV cứ phân chia mãi, khi nào thì chết? (trong trường hợp này không đề cập đến sự thiếu dần các chất dinh dưỡng cần thiết trong môi trường).
Mong được chỉ dẫn cặn kẽ!!!

yếu tố quan trọng đìều khiển các phage tăng trưởng của VSV chính là nồng độ, thành phần môi trường.

sử dụng OD620 để đo là vì ở bước sóng đó DNA hấp thu cao nhất.

VSV phân chia vĩnh cửu (nếu bỏ qua yếu tố chất dinh dưỡng) vì VSV kô có telomerase để điều khiển quá trình phân chia như TB eukaryote.

 

[shortgun]

sử dụng OD620 để đo là vì ở bước sóng đó DNA hấp thu cao nhất

DNA nẳm trong tế bào thì làm sao hấp thụ ánh sáng ? Mà nếu tớ nhớ không lầm thì DNA hấp thụ ở bước sóng 260.

 

[Trần Hoàng Dũng]

sử dụng OD620 để đo là vì ở bước sóng đó DNA hấp thu cao nhất

DNA nẳm trong tế bào thì làm sao hấp thụ ánh sáng ? Mà nếu tớ nhớ không lầm thì DNA hấp thụ ở bước sóng 260.

potay.com

Còn giá trị 0,5 và 1 nghĩa là nếu khi TB phân chia thì từ giá trị ban đầu 0,5 nó sẽ tăng gấp đôi là 1,nếu tb chết thì nó tụt xuống dưới 0,5. Nó chết thi là 0.

Học sinh lý VSV mà những cơ bản của SH tế bào vứt đi đầu rồi, hay chưa bao giờ học?

 

[shortgun]

sử dụng OD620 để đo là vì ở bước sóng đó DNA hấp thu cao nhất

DNA nẳm trong tế bào thì làm sao hấp thụ ánh sáng ? Mà nếu tớ nhớ không lầm thì DNA hấp thụ ở bước sóng 260.

potay.com

Còn giá trị 0,5 và 1 nghĩa là nếu khi TB phân chia thì từ giá trị ban đầu 0,5 nó sẽ tăng gấp đôi là 1, kô bao giờ quá 1 (vì ta quy định thế) nếu tb chết thì nó tụt xuống dưới 0,5. Nó chết thi là 0.

Học sinh lý VSV mà những cơ bản của SH tế bào vứt đi đầu rồi, hay chưa bao giờ học?

Những thắc mắc của tớ đều có cơ sở cả, vì nucleic acid hấp thụ ở bước sóng 260 thì DNA và RNA cũng thế. Nếu lonxon có lý lẽ khác thì cứ đưa ra giải thích để mọi người cùng hiểu. Tuy là diễn đàn và các nick là ảo, nhưng thiết nghĩ cũng nên tôn trọng nhau một tý.

 

[purin]

Tớ đồng ý với shortgun! OD 260 là bước sóng hấp thụ của DNA, chứ không phải OD620.
Tớ không rõ lắm nên mới hỏi, vì vậy mong được trả lời cặn kẽ.

Còn giá trị 0,5 và 1 nghĩa là nếu khi TB phân chia thì từ giá trị ban đầu 0,5 nó sẽ tăng gấp đôi là 1,nếu tb chết thì nó tụt xuống dưới 0,5. Nó chết thi là 0

Tớ cũng không đồng ý với câu nói này. Vi đường cong tăng trường của VSV biến đổi theo các phase của nó, nen không thể nói 0,5x2=1 được. Nếu VSV đã vào phase log thì đường cong tăng trưởng của nó là theo hàm mũ mà.
Trong môi trường nuôi cấy VSV, sau 1 thời gian nuôi cấy, mật độ tế bào trong môi trường sẽ tăng lên-->OD cũng sẽ tăng. Như vậy, khi chết, các tế bào vẫn còn trong môi trường --> OD có tăng lên nữa hay không?

 

[Trần Hoàng Dũng]

xin lỗi các bạn, OD 620 là bước sóng hấp thu của cả TB chứ không phải DNA, thành thật xin lỗi. Tôi sẽ quay lại chuyện 0,5 và 1 khi rảnh, giờ thì busy lắm lắm

 

[shortgun]

Theo tớ đo OD cũng như đếm tế bào không phân biệt TB sống hay chết. Còn khỏang OD từ 0.5-1 thì có lẽ là khỏang đo absorbance chính xác nhất.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Tớ muốn biết rõ về động học tăng trưởng của vi khuẩn. Cái gì quy định log phase, lag phase?

Lag phase: Khi vi sinh vật được cấy vào môi trường mới, chúng thường không phát triển ngay lập tức mà phải sau một khoảng thời gian gọi là lag phase. Lag phase dài hay ngắn thì phụ thuộc vào các điều kiện môi trường trước đây và điều kiện phát triển. Nếu vi sinh vật đang trong môi trường ở pha tăng trưởng theo log phase (hay còn gọi là exponential phase) đem cấy vào môi trường tương tự thì sẽ không thấy lag phase. Và pha tăng trưởng sẽ bắt đầu ngay lập tức. Lag phase xuất hiện trong các trường hợp sau :
1. Cấy vi khuẩn từ môi trường cũ (stationary phase) sang môi trường mới (cho dù cùng thành phần). Điều này do tế bào cần thời gian để tái tổng hợp các thành phần thiết yếu đã bị suy giảm trong môi trường cũ.
2. Cấy các tế bào bị thương tổn do nhiệt, phóng xạ hay các hoá chất độc, vì cần có thời gian để tế bào sửa chữa những nguy hại này.
3. Chuyển vi sinh vật từ môi trường giàu sang môi trường nghèo. Vì tế bào cần thời gian để tổng hợp các enzyme mới.

Log phase là giai đoạn tốc độ phân bào lớn nhất. Pha này kéo dài chừng nào các tế bào còn đầy đủ chất dinh dưỡng mà môi trường thuận lợi. Trong pha này tế bào thường trong trạng thái « khoẻ » nhất của chúng do đó các tế bào ở giữa pha này thường được dùng trong các nghiên cứu enzym hay các thành phần tế bào khác. Tốc độ phát triển của tế bào trong log phase phụ thuộc rất lớn vào điều kiện môi trường (nhiệt độ, thành phần môi trường) cũng như bản chất di truyền của chính tế bào. Thông thường, các vi sinh vật prokaryote phát triển nhanh hơn vi sinh vật eukaryote, các eukaryote lớn phát triển chậm hơn các eukaryote nhỏ.

Khi nói đến các phase phát triển thì chả bao giờ người ta nói đến một tế bào đơn lẻ mà phải là cả một tập hợp các tế bào trong môi trường.

Ví dụ như trong SHPT, khi tiến hành tạo tế bào khả nạp, tại sao phải sử dụng OD620=0,5-1?

Còn giá trị 0,5 và 1 nghĩa là nếu khi TB phân chia thì từ giá trị ban đầu 0,5 nó sẽ tăng gấp đôi là 1, kô bao giờ quá 1 (vì ta quy định thế) nếu tb chết thì nó tụt xuống dưới 0,5. Nó chết thi là 0.

Tôi thấy trong các protocol chuẩn khi tạo tế bào khả nạp người ta thường dùng OD600 chứ nhỉ. Nhưng nói chung 620 hay 600 cũng vậy, bản chất của giá trị 0,5-1 trong trường hợp này chả liên quan gì đến việc tế bào sống chết gì ráo trọi, cũng chả có giá trị ban đầu 0,5 vớ vẩn gì hết. OD600 có thể bằng 0,1 hay 0,2 cũng có thể bằng 2, bằng 3. Cái này để tính mật độ tế bào. Ví dụ OD600 = 1 nghĩa là có 1x10 mũ 9 tế bào/ml, = 0,5 nghĩa là có 0,5x10 mũ 9 tế bào/ml. Chọn OD bước sóng nào, giá trị bằng bao nhiêu là tuỳ protocol yêu cầu mật độ tế bào đạt được bao nhiêu.

 

[purin]

Tôi thấy trong các protocol chuẩn khi tạo tế bào khả nạp người ta thường dùng OD600 chứ nhỉ

cái này thì chắc là tại tớ nhớ nhầm rồi, sorry!

OD600 có thể bằng 0,1 hay 0,2 cũng có thể bằng 2, bằng 3. Cái này để tính mật độ tế bào. Ví dụ OD600 = 1 nghĩa là có 1x10 mũ 9 tế bào/ml, = 0,5 nghĩa là có 0,5x10 mũ 9 tế bào/ml. Chọn OD bước sóng nào, giá trị bằng bao nhiêu là tuỳ protocol yêu cầu mật độ tế bào đạt được bao nhiêu.

Theo tớ biết, trong các protocol, thường người ta sẽ cấy 1 lượng VSV vào môi trường sao cho OD600=0,05. Sau đó, nuôi cấy để OD nằm trong khỏang 0,5-1 thì sẽ tiến hành thực hiện các bước tiếp theo. Như vậy, lúc đó, tế bào đã vào log phase rồi đúng không?

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

cái này thì chắc là tại tớ nhớ nhầm rồi, sorry!

Đấy cậu nhầm thế làm người ta cũng nhầm theo 600 thành 620 rồi 620 lại thành 260. Nguy hiểm quá. Ban đầu tớ còn tưởng cậu dùng protocol cải tiến 600 thành 620 nhằm tăng hiệu quả vì người ta bảo 620 là bước sóng hấp thu của cả tế bào mà.

Theo tớ biết, trong các protocol, thường người ta sẽ cấy 1 lượng VSV vào môi trường sao cho OD600=0,05. Sau đó, nuôi cấy để OD nằm trong khỏang 0,5-1 thì sẽ tiến hành thực hiện các bước tiếp theo. Như vậy, lúc đó, tế bào đã vào log phase rồi đúng không?

Đấy là protocol nó bảo thế, còn thực hư thế nào để tớ về thủ thỉ với bọn VSV hỏi xem nó ở pha nào nhé

 

[Thành viên cũ]

Khi đo OD620 mà nằm trong khoảng 0.5-1 tức là TB đang ở trong pha ổn định( stationary phage), lúc này lượng DNA thu được là lớn nhất. OD tốt nhất khi tách DNA là khoảng 0.6. Nếu quá thì tuy nhìn mật độ TB nhiều nhưng không tốt cho thí nghiệm vì TB đó chết thì không thể làm gì được. Chú làm theo protocol mà không suy nghĩ thì chít đấy. Không nên máy móc làm theo protocol mà chỉ nên lấy đó làm tài liệu tham khảo(không phải tất cả).

 

[Ngô Vũ]

Theo logic, thì tôi nghĩ là phải lấy DNA hay protein trong giai đọan log phase của bacteria. Trong giai đọan này, bacteria sinh sôi like crazy, con nào cũng rất đang sung sức vì thức ăn đang đầy dẩy xung quanh. Cả một culture ở đây ai cũng khoẻ mạnh, không có chết chóc.

Stationary phase là lúc tế bào sinh sôi đang dậm chân tại chổ: chúng đang gìanh dật thức ăn với nhau và số mới sinh ra cân bằng với số đang chết đói vì giành ăn không lại, làm cho tổng số tế bào sinh trưởng bằng zero.

Để xác đâu là log phase thì người làm thí nghiệm phải làm một growth curve.

Bạn bấm vào đây thì sẽ thấy tóm tắc các quá trình của bacteria growth, rất đơn giản dể hiểu.
Ecoli

Cũng trong site này, có một movie về bacteria division:
http://www.cellsalive.com/qtmovs/ecoli_mov.htm
[video width=400 height=350]http://www.cellsalive.com/qtmovs/ecoli_mov.htm [/video]

Có ai đó tính rằng nếu cung cấp thức ăn vô giới hạn cho một con bacterium, và con này sinh đôi mỗi một tiếng đồng hồ thì sau HAI ngày nó sẽ đạt tới một khối lượng bằng với cân nặng của quả đất (our planet Earth!). Bạn nào thử kiểm chứng lại xem nhé

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Khi đo OD620 mà nằm trong khoảng 0.5-1 tức là TB đang ở trong pha ổn định( stationary phage)

Tôi nghĩ có thể là bạn nhầm, vì theo tôi đọc được thì 0,5-1 là TB đang trong pha log. Vì pha ổn định có thể nói nôm na là pha mà số vsv sinh ra bằng với số chết đi. Do đó, nếu tiến hành các thí nghiệm với pha này thì e không ổn vì xác suất lấy phải bọn chết đi cao lắm à.

 

[Nguyễn Thị Phương Trang]

VSV không có telomerase nên nếu cứ bình thường thì chẳng bao giờ chết. Nhưng trong môi trường nuôi cấy của bạn, cho dù không đề cập đến thức ăn nhưng do diện tích không đủ thì cũng làm cho VSV chết.
OD600=0.5-1 hay 2, 3, 4 gì đi nữa thì đây cũng chỉ là mật độ của tế bào trong dịch nuôi cấy của bạn mà thôi. Điều này cũng phản ánh tình trạng của TB, OD600=0.5-1 là TB đang ở trạng thái tốt nhất (phage log), ngược lại OD600<0.5 là TB còn quá non và OD600> 2 thì thường là TB đã già. Tuy nhiên tùy từng mục đích khác nhau mà người ta chọn làm TN ở những giá trị OD600 khác nhau chứ không phải lúc nào cùng là 0.5-1. Ví dụ để làm TB khả biến thì OD600=0.5-1 la OK. Tuy nhiên để xác định cường độ biểu hiện của recombinant protein (sau khi đã biến nạp vào tế bào) ở mức nào là tốt nhất thì giá trị OD600=0.5-1 thườngh không tốt bằng những giá trị cao hơn. (giá trị này tùy thuộc vào loại protêin và chủng biểu hiện)

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Nhưng trong môi trường nuôi cấy của bạn, cho dù không đề cập đến thức ăn nhưng do diện tích không đủ thì cũng làm cho VSV chết

Thế này tức là bọn vsv nó phát triển nhiều quá mà cái bình chứa chật hẹp quá nên chúng nó chèn ép nhau đến chết phải không ạ?

 

[Nguyễn Thị Phương Trang]

Đúng vậy đó, space cũng là 1 trong những nguyên nhân khiên VSV có thể bị chết mà. Còn nếu đặt giả thuyết là tất cả mọi điều kiện cho sự sinh trưởng và phát triển của VSV đều luôn luôn là tối ưu thì VSV sẽ phân chia mãi mà không bao giờ chết cả

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Thế nếu mọi điều kiện dinh dưỡng, nhiệt độ... tôi đều để tối ưu, riêng cái bình nuôi tôi giữ thể tích không đổi thì đến mật độ bao nhiêu chúng nó sẽ chèn nhau chết?

 

[Nguyễn Thị Phương Trang]

Casper à, có phải bạn đang cố tình không hiểu không, hoặc nếu tớ có chỗ nào mà casper thấy không đúng thì chúng mình cứ thẳng thắn trao đổi mà. Casper biết đấy, VSV phất triển thì song song với đó là cũng tạo ra cả những chất thải nữa, khi chất thải quá nhiều, bản thân nó cũng sẽ chiếm bớt diện tích sống của VSV, đồng thời cũng gây độc cho MT sống của chúng nữa...và đấy cũng là 1 trong những nhân tố gây chết cho VSV. Còn bạn hỏi mật độ bao nhiêu thì chúng chết thì đúng là hơi ...chuối nhỉ, có lẽ cái này phải hỏi bọn VSV xem chúng chịu được sự ô nhiễm này trong bao lâu chăng?