Chia xẻ các kỹ năng thực nghiệm SHPT

Nguyễn Ngọc Lương

Administrator
Staff member
Mở topics này để mọi người chia xẻ kỹ năng khi làm SHPT cái nhỉ.
Nói chung kỹ năng SHPT thường nằm ở những điểm rất nhỏ, thuộc về sự khéo léo và kinh nghiệm trong lab chứ không đề cập trong sách vở. Chính vì vậy nên tôi muốn mở topic này để mọi người đã từng làm SHPT vào chia xẻ để các bạn sắp làm shpt có thể học hỏi và tránh mắc sai lầm cho mình.

Để mở đầu tôi chia xẻ một số kinh nghiệm sau:
Pha đệm:
+ Urea 8M: lượng urea cho vào rất lớn nên khi pha chỉ nên để một lượng nước cất vừa phải, độ 1/3 thể tích cần pha. Thời gian để urea tan hết mất khoảng 1-2 tiếng. Khi pha xong thì cất ở nhiệt độ phòng vì urea sẽ kết tinh ở nhiệt độ thấp. Không autoclave urea, nhưng có thể lọc bằng màng Millipore 0.2 um nếu không muốn ảnh hưởng đến việc sử dụng cột. Cột Ni-NTA sau khi đã sử dụng muốn bảo quản ở đk lạnh thì phải rửa vài lần bằng nước cất trước khi cho cồn 20-70% vào để bảo quản, để tránh urea kết tinh trong cột. Protein hoặc E.coli cell lysate ở trong urea 8M có thể cất ở 4 độ trong vài tháng mà không ảnh hưởng nhiều đến chất lượng protein.

+ SDS stock 10%: pha xong cũng không được autoclave mà chỉ cần lọc, hoặc không cần lọc và giữ ở nhiệt độ phòng. Về mùa đông có thể phải hâm nóng để làm tan SDS. Khi pha đệm chiết DNA hoặc RNA không được cho đệm vào đá mà phải giữ ở nhiệt độ phòng để tránh SDS kết tủa.

Pha môi trường:
+ Với môi trường có chứa glucose (dextrose) không nên autoclave mà nên dùng màng lọc 0.2um để tránh hiện tượng caramelization (cháy glucose). Hoặc có thể pha glucose stock, khử trùng bằng màng lọc và bổ sung sau vào môi trường đã autoclave.

Tủ cấy cleanbench:
+ Một lỗi hay gặp là khi làm dĩa thạch xong để khô trong cleanbench thì có thằng giời đánh nào cẩn thận bật đèn UV lên. Thế là cả lô dĩa môi trường bị hỏng. Thật ra tùy theo lượng thời gian bật UV là bao nhiêu lâu, và có gì che chắn môi trường hay không mà ta vẫn có thể sử dụng dĩa thạch bình thường. Cái này phải tư vấn thành viên gạo cội trong lab :mrgreen:

...khi nào nghĩ ra thêm sẽ tiếp tuc chia xẻ.
 
Về phàn đổ đĩa aga thì em.....chưa bao giờ đỏ trong cleanbench mà toàn chơi luon ở ngoài với ...đèn gas, bật lửa lên, aga sau khi autoklav thì đổ vào đĩa sát ngay đèn gas, và hầu như không bị nhiễm, rất ok !
 
Ở lab mình dĩa thạch nuôi E.coli, Nấm men và nấm sợi đều đổ ở trong cleanbench, để khô trong 1-2 ngày rồi cất tủ lạnh dùng dần. Tùy vào đk lab mà cleanbench có thể là tủ cleanbench hoặc có thể là lab bench.

Tiếp tục chia xẻ:

Loại muối: nếu bạn phải tủa protein bằng ammonium sulfate, một lượng muối khá lớn sẽ tồn tại trong mẫu protein của bạn sau khi hòa tan pellet vào đệm/nước cất. Protein như vậy không thuận lợi cho việc phân tích (Bradford, SDS-PAGE, tinh sạch...v.v). Ta phải loại bớt muối trong mẫu bằng 2 phương pháp sau:

+ thẩm tích dùng túi thẩm tích (dialysis tubing), hoặc cassette thẩm tích (xem hình)
SAL20Kv2.jpg


+ lọc qua cột: cột loại muối có 2 loại. Loại dùng lực trọng trường để dịch chảy qua cột và loại dùng ly tâm để dịch chảy qua cột. Cột về nguyên tắc là một cột lọc gel. Hiện nay Thermo Science có cột desalting-spin column rất tiện cho việc loại muối hoặc trao đổi đệm, với thể tích mẫu mỗi lần tải lên cột biến động từ 30ul đến 4 ml. Ưu điểm là nhanh và thể tích mẫu tăng không đáng kể. Nhược điểm là giá cả hơi mắc (25 cột 30-130ul hoặc 5 cột 4ml giá tầm hơn 2 triệu tiền VN).

Khi sử dụng túi thẩm tích, thường ta phải xử lý túi để loại bớt các chất bảo quản và kim loại vết. Cách thức làm là đun sôi túi thẩm tích trong EDTA 1mM và 2% NaHCO3 sau đó đun sôi trong EDTA 1mM và bảo quản túi ở 4oC trong cồn 20%. Tuy nhiên khi đun sôi túi sẽ nổi lên trên rất bất tiện. 1 mẹo nhỏ là ta chỉ cần đun đệm xử lý đến 70oC là đủ. Nếu nước không sôi túi sẽ không nổi lên trên.

Khi muốn trao đổi đệm hoặc thẩm tích mẫu protein tủa bằng ammonium sulfate, bạn có thể sử dụng ngay đệm cần hòa tan làm đệm thẩm tích. Nếu không bạn có thể sử dụng nước cất cho những lần thẩm tích đầu và chỉ dùng đệm trong lần thẩm tích cuối. Nếu không sợ protein bị biến tính ở đk nước cất thì có thể thẩm tích toàn bộ bằng nước cất rồi sau đó bổ sung đệm stock vào mẫu để đạt được đệm mong muốn. Trường hợp này áp dụng cho các đệm mắc tiền ví dụ MES.

...
 
Anh Luong cho Em hoi: Tai sao khi do moi truong trong dia thach va bat den UV dia thach lai bi hong vay?
O lab em ba con thinh thoang van mo tung nap de cho kho va can bat den UV vi so nhiem thay khong sao ma. Time co the len toi 30 phut.
 
Nếu nuôi E.coli và nấm men thì không sao. Nhưng nếu nuôi các nấm sợi thì người ta sợ thay đổi thành phần dinh dưỡng làm ảnh hưởng đến phenotype của nấm.
Thật ra thì tôi nghĩ UV khử trùng bằng ion hóa oxy thành ozone và ozone diệt vi khuẩn, hoặc gây đột biến DNA khiến vi khuẩn không thể sinh sôi. Tia cực tím dùng trong đèn chiếu cleanbench có bước sóng ngắn nên khả năng xuyên qua lại càng kém.
Tuy nhiên các thành viên gạo cội vẫn tư vấn là không nên dùng dĩa như vậy, dù cho là E.coli hay nấm men. Trên mạng thì có nơi khuyên là cứ dùng, nhưng tùy theo thời lượng chiếu UV là bao nhiêu. Dưới 30 phút thì vẫn OK.
Trường hợp của bạn mở nắp cho khô và chiếu UV tôi nghĩ không tốt chút nào cả vì tia UV tiếp xúc trực tiếp. Nên đóng nắp và bật quạt thì sau 1 ngày là dĩa khô và có thể cất tủ lạnh dùng dần.
 
Gan nhu 100% SV lab em khi do moi truong ra dia thach deu mo nap va chi sau 30 dia kho hoan toan, vi lab dong SV nen khong the de 1 ngay trong cleanbeach. Khong chi nam men va E.coli, moi truong do co the dung cho nhieu VK van ok. Tuy nhien thi khi do MT xong va mo nap ma khong bat tia UV van khong bi nhiem (Quat cua cleanbeach cung co tac dung khu trung roi). Em chi bat UV khi minh dang mo nap ma co SV khac vao do dung thoi.
 
Quat cleanbench không có tác dụng khử trùng. Nó chỉ có tác dụng lưu khí khử trùng trong tủ và tạo ra áp suất để khí bên ngoài không vào được thôi.

Có thể lab tôi làm nấm nên phải cẩn thận thế. Thường thì bị nhiễm nhiều nhất là nấm chứ không phải nhiễm khuẩn vì nói chung khó thấy vi khuẩn nhiễm trên dĩa lắm. Trường hợp dĩa Amp, CAM lại càng khó nhiễm khuẩn hơn.

Không hiểu bạn nói trường hợp bật UV khi người khác dùng là thế nào? Chẳng lẽ SV này làm việc trong đk chiếu UV :???:
Nói chung với cường độ làm việc nhiều, nhiều khi đầu óc lú lẫn làm việc cả tiếng đồng hồ trong đk chiếu UV mà không biết. Thường thì vài ngày sau thấy lớp da nó bong ra 1 ít :o, còn ung thư da thì có lẽ phải về già mới biết.
 
Theo em nghi thi nhieu cleanbeach hien nay nguoi ta thiet ke he thong quat co tac dung loc khong khi.
Truong hop phai bat UV khi minh de MT ma co nguoi khac lam viec nghia la: Trong khi minh dang mo nap cho dia thach cua minh kho, mot SV khac ho vao lam viec trong do, nen sau khi ho lam viec xong minh phai bat UV len de khu trung (khong phai bat den UV luc dang lam viec).
Hien nay mot so cleanbeach co chuc nang tu dong tat UV khi bat den dien? vi em thay mot so SV lab em khong tat cong tac UV khi dang lam viec. Rieng em so chet nen luc nao cung phai tat truoc, tham tri co hom can than con tat truoc 15phut (O VN thi luc nao cung tat truoc 30 phut moi vao lam viec).
 
Có lẽ việc tắt UV sớm trước khi vào làm việc là để tránh ngửi phải khí ozone (thường tạo thành do ion hóa oxy). Có lẽ bước này hơi "cẩn thận" quá chăng vì thường các lab các nơi khác đều không phổ biến 'phong tục' này.
Còn về việc SV vào làm khi người khác đang phơi khô môi trường là điều cấm kỵ, nhất là nếu dĩa để nuôi protoplast transformants của nấm sợi...v.v. Như đã đề cập, môi trường nhiễm khuẩn thì rất khó thấy nhưng nhiễm nấm thì rất dễ thấy. Đèn UV không thể diệt spore của nấm được. Phải dùng các chất diệt nấm dạng tiếp xúc.
Nói chung LB hoặc LB bổ sung kháng sinh là môi trường khá cơ bản nên có lẽ các vi khuẩn cơ hội không 'khoái khẩu' lắm, nên mọc không nhanh bằng E.coli. Nếu có bổ sung các thành phần khác nữa thì có lẽ chúng sẽ mọc nhanh hơn vi khuẩn cần phân lập.
 
Tiếp tục chia xẻ...

Khi dùng pepitte để trộn, bạn nên thay đầu tip khi muốn hút mẫu, vì trước đó khi bạn trộn vô tình bạn nhấn quá mức 1 của pepitte và như vậy khi hút bằng pipette tip đó thể tích sẽ thay đổi một chút so với thể tích bạn mong muốn. Ngoài ra khả năng bạn sẽ không thể dispense toàn bộ thể tích có trong pipette tip mà sẽ bị dư lại một ít không thể nhả ra được. Đây cũng là lưu ý khi bạn làm ELISA: chỉ bấm hút nhẹ nhàng và dừng lại ở mức 1 của pipette
 
Tiếp tục chia xẻ...
Kỹ năng này để tìm...học bổng :dance:
Giả dụ người yêu bạn ở thành phố Paris xinh đẹp, ở trường Paris VI chẳng hạn

Vào pubmed bạn đánh lĩnh vực bạn quan tâm, ví dụ apoptosis, và tên thành phố Paris, rồi sử dụng toán tử tìm kiếm:

apoptosis [TIAB] Paris [AD]
Nó sẽ ra cho bạn các tác giả làm về apoptosis ở Paris. Tìm GS nào có thành tích xuất bản tốt, ở gần nhà người yêu, và viết thư...dụ:up:: tôi chỉ cần bánh mì và nước lã, tôi sẽ làm việc chăm chỉ hơn bất cứ sinh viên nào ông từng nhận...blah blah
 
Like mạnh topic này của bác Lương. Tuy nhiên có vẻ bác không bám sát tiêu đề topic lắm nhỉ. Hehe, có khi nên đổi thành "Chia xẻ các kỹ năng sống và làm việc của Nguyễn Ngọc Lương" thì phù hợp hơn :D.

Cũng đóng góp tí là vụ tìm học bổng thì không chỉ tìm các chỗ ở Paris mà cả các thành phố lân cận nữa nhé.

Vụ đổ đĩa agar thì cũng không cần phải để khô lâu quá, 15 phút là cất được rồi. Sau này trước khi làm thì lại mở ra phơi sẽ tiện hơn.

Vụ trộn mẫu thì nói chung không lên bấm pipet mạnh quá, vừa phải là được.

Vụ SDS thì tốt nhất không nên tự pha vì cái này độc lắm. Nên mua loại dung dịch 20% pha sẵn. Ở lab em thì cái này là bắt buộc, không có SDS bột mà pha!

Em thì kỹ năng không có, nhưng riêng việc phá hoại và tiêu tốn vật tư thì nhiều. Ví dụ nếu làm master mix cho bất kỳ cái gì, nếu có 8 mẫu thì nên làm master mix cho hẳn 10 mẫu, vừa dễ nhân chia cộng trừ, vừa không lo mẫu cuối cùng bị thiếu do sai số pipet, vừa làm back up nhỡ chẳng may một mẫu bị nhầm hay sao đó thì có sẵn master mix rồi.
 
Em thì kỹ năng không có, nhưng riêng việc phá hoại và tiêu tốn vật tư thì nhiều. Ví dụ nếu làm master mix cho bất kỳ cái gì, nếu có 8 mẫu thì nên làm master mix cho hẳn 10 mẫu, vừa dễ nhân chia cộng trừ, vừa không lo mẫu cuối cùng bị thiếu do sai số pipet, vừa làm back up nhỡ chẳng may một mẫu bị nhầm hay sao đó thì có sẵn master mix rồi.

Hehe, like mạnh. Có lần chạy khoảng 60 cái PCR. Làm cái master mix xong phân bổ vào các tube PCR thì tự dưng thấy thiếu. Tính toán lại hóa ra tính lượng nước sai. Kết quả: bay 1 tube Taq :mrgreen:
Tự an ủi với lương tâm: mình đang phá hoại sự phát triển của bọn tư bản, tức là giúp cho nước nhà.
 
Tiếp tục chia xẻ...

Biến nạp và screen thể biến nạp E.coli:

+ Nhặt khuẩn lạc khả nghi làm replica plate và nuôi vào 1ml LB bổ sung kháng sinh trong tube Eppendorf 1.5ml. Đem nuôi 6-9 tiếng (ví dụ 10 h nuôi thì 5h chiều bắt đầu thu hoạch là vừa).

+ Chia 1 ml thành 2 tube Eppendorf mỗi tube 500 ul.
+ 1 ống đem ly tâm thu tế bào. Cho 40 ul 6x loading buffer + 20 ul PCI (phenol:chloroform:isoamyl) vào và vortex mạnh khoảng 15-30 giây mỗi tube.
+ Ly tâm top speed 10 phút và lấy 10 ul load lên giếng
+ Chọn khuẩn lạc có kích thước lớn hơn kích thước của plasmid trống nếu có thể phân biệt được bằng mắt thường. Ví dụ với pGEMT easy có kích thước 3000 bp thì kích thước closed plasmid sẽ khoảng 2000 bp. Nếu có insert khoảng 300 bp thì kích thước của plasmid có insert sẽ tăng khoảng 2100 đến 2200 bp.

+ Kiểm tra insert size trước khi gửi đi sequencing: với 500 ul tế bào còn lại, bổ sung 500 ul PCI. Vortex tube khoảng 10 giây rồi đem ly tâm top speed trong 5 phút. Hút 400 ul ở lớp trên (aqueous phase) rồi bổ sung 400 ul isopropanol (isopropyl alcohol). Vortex nhẹ rồi ly tâm 5 phút top speed. Đổ dịch nổi, rửa pellet bằng cồn 70% rồi làm khô pellet ở 65 độ trong 2-5 phút. Hòa tan vào khoảng 5-6 ul nước cất. Bổ sung master mix chứa đệm và enzyme cần cắt. Ủ 1-2 tiếng rồi chạy gel kiểm tra.
 
Thao tác với sequence:

Trên mạng có nhiều web-based software nhưng mình chỉ sử dụng một số trang web sau để thao tác sequence:


+ nebcutter: dùng để cắt trình tự của mình đã có bằng các enzyme có bán trên thị trường

+ expasy tools: gồm có công cụ dịch mã, tính toán Ip và trọng lượng phân tử
+ dịch mã ngược: dùng để tối ưu hóa mã cho host biểu hiện của mình
[FONT=&quot]http://www.entelechon.com/2008/10/backtranslation-tool

Về các phần mềm standalone thì mình thường dùng những phần mềm sau để thao tác:

+ Microsoft word: dùng để lưu trình tự, nhất là các trình tự dùng để biểu hiện. Đánh dấu màu khác nhau các phần khác nhau của trình tự. Ví dụ đâu là start codon, đâu là stop codon, đâu là linker, đâu là trình tự primer xuôi, primer ngược, promoter, terminator...v.v.
+ Notepad: dùng để lưu trình tự trong word để tiện cho so sánh trình tự
+ FastPCR: dùng thiết kế mồi, tạo trình tự xuôi, ngược, bổ sung với trình tự ban đầu
+ VectorNTI: dùng để vẽ vector cho đẹp bỏ vào báo (Vector NTI), so sánh trình tự (AlignX), nối các trình tự contig (ContigExpress).
+ Chromas 2: để view file giải trình tự đuôi .ab1

Về giải trình tự, thường nếu là routine work thì chiều dài trình tự đẹp sẽ khoảng từ Nu thứ 60 đến Nu 750. Chính vì vậy nếu gene biểu hiện của bạn dài trên 1600 Nu thì bạn nên đề nghị cty primer walking 1 chiều nào đó, thường là chiều của chuỗi mang mã, để đảm bảo gene của bạn đúng trình tự trước khi biểu hiện.

Ngoài ra gần đây mình làm việc với degenerate primers thì thấy phần mềm iCODEHOP rất tiện dụng cho việc thiết kế mồi thoái hóa. Vì kỹ năng IT lùn, kiến thức Bioinformatisc kém, nên mình làm kiểu chắp vá là download các trình tự homolog protein trên mạng về bằng...tay, dùng clustalx làm sequence alignment rồi mới dùng kết quả này cho iCODEHOP, mặc dù iCODEHOP cho phép làm tất cả các bước này bằng chính nó.

[/FONT]
 
Sản xuất polyclonal antibody từ chuột Balb/c:
+ Mua chuột 4 tuần tuổi về cho nghỉ ngơi 2 ngày.
+ Tinh sạch antigen biểu hiện ở E.coli
+ Thẩm tích mẫu tinh sạch bằng nước cất vài lần (thể tích bên ngoài gấp khoảng 1000 lần)
+ Ly tâm thu tủa protein (vì protein bị biến tính nên trong nước cất chúng sẽ tủa xuống hết)
+ Đánh tan pellet vào 1 lượng PBS đủ xài. Mỗi con chuột 5 tuần tuổi chịu được lượng thể tích tiêm khoảng 200 ul (gồm cả adjuvant).
+ Đo nồng độ antigen bằng Bradford, hoặc kiểm tra bằng PAGE gel dùng BSA làm standard
+ Trộn với complete Freund adjuvant theo thể tích 1:1, tạo emulsion bằng cách trộn dùng connector 1000 lần. Kiểm tra emulsion bằng cách nhỏ 1 giọt hỗn hợp lên nước cất xem nó có tan ra hay không. Nếu không tan nghĩ là emulsion tốt.

+ Khi tiêm có nhiều cách tiêm như tiêm vào cơ, tiêm dưới da, tiêm tĩnh mạch...v.v. Tuy nhiên mình thấy ổn nhất là tiêm vào...bụng. Cho lần priming, tiêm tối đa 100ul hỗn hợp emulsion vào bụng và 100 ul vào tĩnh mạch đuôi. Cho lần boost tiêm tối đa 200 ul vào bụng. Thông thường mỗi lần tiêm mình xài khoảng 50-100 ug antigen. Theo protocol thì chỉ cần 15 ug là đủ nhưng có lẽ tùy vào kích thước antigen nữa nên 100 ug một lần tiêm là chắc chắn nhất.

Trong vòng 2 tuần kể từ lần boost thứ nhất thu kháng thể kiểm tra bằng Western. Để kiểm tra độ mạnh yếu của kháng thể ở từng con chuột bạn nối các giếng lại thành 1 giếng lớn. Sau khi chạy gel và transfer xong sang màng bạn cắt màng thành từng vạch vừa đủ nhìn rồi cho kháng thể thu được vào để kiểm tra.
 
chào. mình nghĩ mỗi phần bạn nên viết rõ hơn chút được không? ví dụ như giải trình tự thì kết quả đẹp khoảng từ nu 60 đến 750 là dùng với hệ thống nào? rồi giải thì giải 1 mạch hay 2 mạch? ,...... nói chung là ko nên nói nhìu thứ mà chẳng giúp được gì nhiều. mình chỉ góp ý vậy thôi. thân
 
Có thêm kinh nghiệm sẽ viết thêm. Nếu viết kỹ quá kiểu như manual hay book hóa ra là múa rìu qua mắt thợ vì nhiều người chắc chắn còn biết nhiều hơn mình. Nếu bạn muốn người viết viết kỹ phần nào thì bạn có thể nêu vấn đề rồi mọi người cùng thảo luận, như vậy sẽ giúp được bạn.
 

Facebook

Thống kê diễn đàn

Threads
12,995
Messages
72,869
Members
45,065
Latest member
Go88aa
Back
Top