What's new

Các phầm mềm tin sinh học

newbie

Member
#1
hello, i'm a newbie.
Tui thấy rất nhiều bạn tìm các phần mềm tin sinh mà hầu hết chúng đều là no free, vì thế tui share cho các bạn một số phần mềm tui tìm được (of course ít's crack) . Tui chi giới thiệu một số thông tin sơ bộ thui. Nếu bác nào biết dùng phầm mềm nào thì hãy post bài guide cho phầm mềm đó nhé,vì tui cũng không được học về tin sinh học nên cũng không biết nhiều lắm.thanks trước các bác:hoanho::hoanho:
 

newbie

Member
the first: BioEdit_7.09_20070627

BioEdit offers a variety of useful features:

  • Four modes of manual alignment: select and slide, dynamic grab and drag, gap insert and delete by mouse click, and on-screen typing which behaves like a text editor.
  • In-color alignment and editing with separate nucleic acid and amino acid color tables and full control over background colors.
  • Plasmid drawing interface for automated creation of plasmid vector graphic from a DNA sequence. Easily mark positions, add features with arrows and curved boxes, and mark restriction enzyme cut sites. Also show detail of polylinker and draw moveable arrows and shapes with drawing tools.
  • Dynamic information-based alignment shading.
  • Point-and-click color table editing
  • Display and print ABI chromatograms with professional-looking output.
  • Group sequences into groups or families.
  • Lock alignment of grouped sequences for synchronized hand alignment adjustments.
  • Annotate sequences with graphical features with dynamic view in alignment windows including feature annotation information tooltips.
  • Lock sequences to prevent accidental edits.
  • Specify characters to be considered valid for calculations in amino acid and nucleotide sequences.
  • Sort sequences by name, LOCUS, DEFINITION, ACCESSION, PID/NID, REFERENCES, COMMENTS or by residue frequency in a selected column.
  • Merge alignments through a reference sequence.
  • Append one alignment to the end of another.
  • Rudimentary phylogenetic tree viewer (for phylip-format trees) that allows node flipping and printing.
  • Verbally read back sequences in single sequence editor to verify hand-typed sequence entries.
  • Reads and writes Genbank, Fasta, Phylip 3.2, Phylip 4, and NBRF/PIR formats. Now also reads GCG and Clustal formats
  • Utilizes Don Gilbert's ReadSeq to automatically import and export 11 additional formats, including MSF, ASN.1, IG/Stanford and EMBL.
  • Allows import of compatible formats directly from the clipboard without saving to a file first.
  • Easy customization of menu shortcuts for editor window
  • RNA comparative analysis, including covariation, potential pairings and mutual information analysis (currently capable of generating matrices up to 10,000 x 10,000 -- but this would be a 600+ Mb file) with matrix plotter for 2-D matrix output tables and area graphing for individual rows of a data matrix. Matrix plotter and line graphs both have point-and-click data selection and the matrix plotter and 1-D line graphs of matrix data are now dynamically linked
  • View sections of very large matrices with plotter (tested on up to a 5183 x 5183 matrix = 180 Mb file)
  • View and manipulate alignments up to 20,000 sequences.
  • Binary file format (BioEdit Project format) for fast open and save of large alignments -- the 6205 sequences of the prokaryotic 16S rRNA alignment (29 Mb file) open and save in less than 10 sec on a 233 MHz Pentium.
  • ORF searching with user-defined preferences
  • Formatted translations of nucleic acid sequences with codon usage summary, choice of one- or three-letter amino acid codes, translation of selected region only of nucleic acid, and choice of start/stop codons
  • Split window view for simultaneous and synchronized editing of two different places in the same file -- split window vertically or horizontally
  • Amino acid and nucleotide composition analyses and plots
  • Align protein-encoding nucleic acid sequences through amino acid translation.
  • ClustalW multiple sequence alignment (interface internal, external program by Des Higgins et. al.) with auto-update of aligned protein full titles and GenBank field information, as well as nucleotide coding sequence when aligned from a protein view of nucleotide sequences.
  • Protein hydrophobicity/hydrophilicity plots
  • Protein hydrophobic moment matrix plots (0-180 dgrees)
  • Full choice of system fonts now available in edit window
  • Restriction mapping with any or all-frame translation, multiple enzyme choice and output options, and circular DNA capability
  • Browse restriction enzymes by manufacturer
  • Sequences at least 4.6 Mb in length can be manipulated (the largest sequence tested so far is the E. coli genome (4.6 Mb) -- E. coli was opened, reverse complemented, translated into 10,125 codon stretches >=100 amino acids, and opened and saved with full GenBank annotation).
  • Six-frame translations capable of raw translation of entire genomes (tested with the E. coli genome -- ca. 4.6 Mb)
  • Save GenBank format Entrez files with LOCUS, DEFINITION, ACCESSION, PID, NID, DBSOURCE, KEYWORDS, SOURCE, REFERENCE, COMMENT, and FEATURES fields intact. Modify or add your own information. Multiple sequence files saved in GenBank format retain any entered information. This information is also saved in the BioEdit Project file format.
  • Configure and run accessory applications via the BioEdit graphical application configuration interface. BioEdit currently comes with:

    • TreeView (install package -- install separately)
    • CAP assembly
    • FastDNml
    • Phylip programs including:
      • DNADist
      • DNAmlk
      • Fitch
      • Kitch
      • ProtDist
      • ProtPars

  • Full NCBI package of local BLAST programs, database creation, and internet BLAST client 2.0, with sample protein database of E. coli open reading frames.
  • Shaded graphical output with identity and similarity (for protein) shading and several formatting options.
  • Rich text export of formatted, shaded alignments
  • On-line help system (always a couple of versions behind the program).
  • Entropy (information lack) plotting.
  • Multiple document interface.
  • Basic sequence manipulations (reverse/complement, translate, DNA->RNA->DNA)
  • Easy text export and configurable text printing.
System Requirements:
PC-compatible i486+ computer running Windows 95, 98, NT or 2000. A pentium with at least 32 Mb of RAM is recommended. About 30 - 40 Mb of free disk space are also required (BioEdit install will take 15 Mbytes, but the temporary directory requires ca. 15 Mb and the BioEdit.zip file takes 8 Mb).

ADD: đã test trên vista:socool:
link:http://shareflare.net/download/5125.f5a323243fdd8db63d607cfeb/setup.exe.html
 

newbie

Member
NTSYSpc 2.1

[FONT=arial,helvetica]Some of the features include in NTSYSpc are listed below.[/FONT]
[FONT=arial,helvetica]Similarity and dissimilarity: correlation, distance, 34 association coefficients, and 11 genetic distance coefficients.[/FONT]
[FONT=arial,helvetica]Clustering: UPGMA and other hierarchical SAHN methods (allows for ties). Neighbor-joining method (including the new unweighted version). Several types of consensus trees.[/FONT]
[FONT=arial,helvetica]Graph theoretic methods: minimum-length spanning trees. Graphs (unrooted trees) from the neighbor-joining method.[/FONT]
[FONT=arial,helvetica]Ordination: principal components & principal coordinates analysis, correspondence analysis, metric & non-metric multidimensional scaling analysis, singular-value decompositions, projections onto axes and Burnaby's method. Canonical variates analysis. Programs for multiple factor analysis, common principal components analysis, partial least-squares, multiple correlation, and canonical correlations are also included.[/FONT]
[FONT=arial,helvetica]Interactive graphics: phenograms, phylogenetic trees, 2D scatter plots , comparison of dis/similarity matrices, Fourier plots of outlines, Procrustes plots, and 3-D perspective plots.[/FONT]
[FONT=arial,helvetica]Multivariate tests: canonical variates analysis, tests for homogeneity of covariance matrices, tests for number of dimensions, generalized multivariate multiple regression analysis. There are also provisions for bootstrap, jackknife, and simulation experiments.[/FONT]
[FONT=arial,helvetica]Geometric morphometrics: includes specialized modules for Procrustes analysis to superimpose landmark configurations, plotting the results of a Procrustes analysis, Fourier analysis (including 2D and 3D elliptic) of outline shapes, plotting outlines and Fourier coefficients, and computation of 2D and 3D partial warp scores and estimates of the uniform component.[/FONT]
[FONT=arial,helvetica]Other: includes comparison of matrices by cophenetic correlation, Mantel test, 3-way Mantel test, data standardization, and matrix transformations (simple functions, deletion, and now matrix transpose). Matrices can be split or combined.

[/FONT][FONT=arial,helvetica][FONT=arial,helvetica]Requirements: Windows NT/2000/ME/XP/Vista. Requires about 9 MB of disk space after installation is complete. [/FONT][/FONT]
[FONT=arial,helvetica][FONT=arial,helvetica]Cost: $350 ($250 for educational and governmental institutions). Upgrade from previous version (2.0 or 2.1): $195 ($150 educational and governmental institutions). 10-user site licenses are $900 ($700 educational and governmental institutions). There are reduced rates for larger numbers of users, e.g., $1,350 for a 20 user license ($1025 for educational and governmental institutions). There are also shipping costs dependent on location.[/FONT][/FONT]

[FONT=arial,helvetica]
NOTE: mô tả trên là của NTSYS 2.2 bản 2.1 đã test trong vista :socool:. Trong file chỉ có bản full [/FONT][FONT=arial,helvetica]NTSYS 2.1 bản 2.2 tui chưa tìm được bản full bác nào có post cho anh em dùng với.

Link:
http://shareflare.net/download/7408.7142b1f1544767a6c1b76fea66a1cacb/NTSYS2.1.rar.html

[/FONT]
 

newbie

Member
Ừ nó free mà, post lên đó cho ai biết dùng thì viết hướng dẫn luôn cho mọi người vì mình biết là có rất ít người dùng các phầm mềm này. Mà mỗi phần mềm lại có một cái hay riêng ví dụ như MegAlign của DNAstar dùng để xây dựng cây phả hệ không hay bằng Mega:grin:.Hee mình cứ pót một sort free kèm một bản thương mại.
And today is the DNASTAR.Lasergene.v7.1 and Mega4
 

newbie

Member
site:http://www.megasoftware.net/


Operating systems:


Windows 95/98, NT, 2000, XP, and Vista.
New Features:


  • Real-Time Caption Expert Engine
    A unique facility to generate detailed captions for different types of analyses and results. These captions are intended to provide detailed, natural language descriptions of the methods and models used in analysis. The facility aims to promote a better understanding of the underlying assumptions used in analysis, and also of the results generated.
  • Maximum Composite Likelihood Method
    A method for estimating evolutionary distances between all pair of sequences simultaneously, with and without incorporating rate variation among sites and substitution pattern heterogeneities among lineages. This method can also be used to estimate transition/transversion biases and nucleotide substitution patterns without requiring a priori knowledge of the phylogenetic tree.
link: http://shareflare.net/download/04430.04a5030be5c57dce733931ee8/MEGA4_Setup.rar.html
 

newbie

Member
DNASTAR.Lasergene.v7.1

Compatible with Windows 7, Vista, XP, and Mac OS 10.6, 10.5, 10.4

DNASTAR's Lasergene software consists of an integrated suite of seven applications that can be purchased in any combination. Major application areas of Lasergene are:
» Primer Design, Virtual Cloning, Visualization
» Sequence Assembly and Analysis, SNP Discovery
» Sequence Alignment
» Protein Structure Analysis and Prediction
» Gene Discovery

Links:http://shareflare.net/download/8209.826670e8be7e28f66ff10ae4e/DNASTAR.Lasergene.v7.1.Win2KXP.Cracked.READNFO_iNViSiBLE.rar.html

Video trainning bạn có thể down tại: http://www.dnastar.com/t-support-training.aspx
 

voh5

Member
hello, i'm a newbie.
Tui thấy rất nhiều bạn tìm các phần mềm tin sinh mà hầu hết chúng đều là no free, vì thế tui share cho các bạn một số phần mềm tui tìm được (of course ít's crack) . Tui chi giới thiệu một số thông tin sơ bộ thui. Nếu bác nào biết dùng phầm mềm nào thì hãy post bài guide cho phầm mềm đó nhé,vì tui cũng không được học về tin sinh học nên cũng không biết nhiều lắm.thanks trước các bác:hoanho::hoanho:
Vừa đọc câu trước ......

Ừ nó free mà, post lên đó cho ai biết dùng thì viết hướng dẫn luôn cho mọi người vì mình biết là có rất ít người dùng các phầm mềm này. Mà mỗi phần mềm lại có một cái hay riêng ví dụ như MegAlign của DNAstar dùng để xây dựng cây phả hệ không hay bằng Mega:grin:.Hee mình cứ pót một sort free kèm một bản thương mại.
And today is the DNASTAR.Lasergene.v7.1 and Mega4

đến câu sau đã thấy câu sau đánh nhau với câu trước!:nhannho::nhannho:

Mình không nhiều chuyện đâu, nhưng thử hỏi xem có mấy người quan tâm tới kiểu post của bạn không? Nếu nói phần mềm, rồi copy/paste cái highlight, brochure hay usermanual như của bạn thì có lẽ ai cũng làm được! Để tôi kể thêm vài phần mềm nữa, rồi bạn làm nốt nhé???

Ngoài ra, nếu bạn có biết về NYSYSpc thì trả lời hộ bạn gì gì ở:
http://www.sinhhocvietnam.com/forum/showthread.php?t=2108 với kìa!

Bên mình có làm thương mại cái DNAstar, với cái MacVector, nếu bác nào quan tam tới phần mềm bản quyền thì ới nhé!
 

newbie

Member
Vừa đọc câu trước ......




đến câu sau đã thấy câu sau đánh nhau với câu trước!:nhannho::nhannho:

Mình không nhiều chuyện đâu, nhưng thử hỏi xem có mấy người quan tâm tới kiểu post của bạn không? Nếu nói phần mềm, rồi copy/paste cái highlight, brochure hay usermanual như của bạn thì có lẽ ai cũng làm được! Để tôi kể thêm vài phần mềm nữa, rồi bạn làm nốt nhé???

Ngoài ra, nếu bạn có biết về NYSYSpc thì trả lời hộ bạn gì gì ở:
http://www.sinhhocvietnam.com/forum/showthread.php?t=2108 với kìa!

Bên mình có làm thương mại cái DNAstar, với cái MacVector, nếu bác nào quan tam tới phần mềm bản quyền thì ới nhé!
:mrgreen::mrgreen::mrgreen: chắc bạn chưa down rùi. Các phần mềm thưong mại mình post lên đều đã đuọc crack. Cái MacVector này dùng tuơng đuơng với Vector NTI của Fermentas không?He vừa vào trang chu của nó đọc sỏ sơ thấy vậy đợi hôm nào rỗi crack nó chơi. Giờ post tạm Vector NTI
 

voh5

Member
:mrgreen::mrgreen::mrgreen: chắc bạn chưa down rùi. Các phần mềm thưong mại mình post lên đều đã đuọc crack. Cái MacVector này dùng tuơng đuơng với Vector NTI của Fermentas không?He vừa vào trang chu của nó đọc sỏ sơ thấy vậy đợi hôm nào rỗi crack nó chơi. Giờ post tạm Vector NTI
Khi nào bạn crack được, liên hệ với mình theo địa chỉ và email dưới chữ ký để mình mua lại nhé!
Dùng phần mềm có bản quyền với phần mềm crack, khác nhau hoàn toàn! Theo thiển ý của mình, với tư cách là một người sử dụng, thì cracked software chỉ là để cho bạn trải nghiệm thôi! Nghĩa là dùng cho biết, dùng chơi cho có kinh nghiệm, để xử lý và đối chiếu lại số liệu của mình ...! Còn ứng dụng quan trọng nhất là dùng để viết báo, công bố thì = 0.

Trước mình nhớ Vector NTI cũng là một free software, nhưng giờ đọc thì thấy nó là bản thương mại rồi! Trí nhớ mình nhầm hay đúng là nó thương mại mới đây nhỉ? Nếu thế thì buồn cho anh chị em rồi! Vi cái Vector NTI này có một database khá lớn cho anh em tham khảo.
 

newbie

Member
Khi nào bạn crack được, liên hệ với mình theo địa chỉ và email dưới chữ ký để mình mua lại nhé!
Dùng phần mềm có bản quyền với phần mềm crack, khác nhau hoàn toàn! Theo thiển ý của mình, với tư cách là một người sử dụng, thì cracked software chỉ là để cho bạn trải nghiệm thôi! Nghĩa là dùng cho biết, dùng chơi cho có kinh nghiệm, để xử lý và đối chiếu lại số liệu của mình ...! Còn ứng dụng quan trọng nhất là dùng để viết báo, công bố thì = 0.

Trước mình nhớ Vector NTI cũng là một free software, nhưng giờ đọc thì thấy nó là bản thương mại rồi! Trí nhớ mình nhầm hay đúng là nó thương mại mới đây nhỉ? Nếu thế thì buồn cho anh chị em rồi! Vi cái Vector NTI này có một database khá lớn cho anh em tham khảo.
:sexy: Hôm wa không để ý cái MacVector chỉ dành cho máy MAC. Chưa crack trên OS này bao giờ :mrgreen::mrgreen:. nhưng search một lúc cùng find được serial của v6.0 (hic thế mà nó đã ra v11 rùi) {s/n: 160339 cái QemuManager của mình không giả lập được MAC nên chưa test}:botay:
:banbo:nhưng hơi tò mò một chút là ở Việt Nam máy MAC ít người dùng, nhất là các trường và các viện, không biết bên ban làm ăn thế nào nhỉ?

Đính chính lại một chút là Vector NTI là của Invitrogen và bản thương mại mới nhất là v11 price $1975 ặc ặc

Khi cần dùng phần mềm nào thì mình search trên web ra cả đống, muốn dùng bản mới thì phải tự crack lấy, làm không được thì đi hỏi các cao thủ hơn:mrgreen:. Mình cũng chỉ là sinh viên thôi, chưa đăng báo khoa học trong nước nói chi bài gửi báo nước ngoài, cũng không biết về vấn đề bản quyền đặc biệt là sư dụng phần mềm và bản quyền của nó trong các công bố nghiên cứu khoa học,bạn có thể cho mình biết thêm một số thông tin về vấn đề này được không?:cry: Mình vẫn thấy trường mình và một số viện nghiên cứu cũng dùng phần mềm no license
 

voh5

Member
:sexy: Việt Nam máy MAC ít người dùng, nhất là các trường và các viện, không biết bên ban làm ăn thế nào nhỉ?
>>> Ít nhưng vẫn có, và cũng có người quan tâm, đặc biệt các anh chị em đã đi học về,đã sử dụng và cần sử dụng, do vậy bọn mình vẫn làm được.


Khi cần dùng phần mềm nào thì mình search trên web ra cả đống, muốn dùng bản mới thì phải tự crack lấy, làm không được thì đi hỏi các cao thủ hơn:mrgreen:. Mình cũng chỉ là sinh viên thôi, chưa đăng báo khoa học trong nước nói chi bài gửi báo nước ngoài, cũng không biết về vấn đề bản quyền đặc biệt là sư dụng phần mềm và bản quyền của nó trong các công bố nghiên cứu khoa học,bạn có thể cho mình biết thêm một số thông tin về vấn đề này được không?:cry: Mình vẫn thấy trường mình và một số viện nghiên cứu cũng dùng phần mềm no license
Trường nào với Viện nào dùng phần mềm no license thế bạn? Đừng đùa nhé!
Như mình nói trên, dùng phần mềm crack là để cho vui, có kinh ngiệm, thử nghiệm, hay kiểm tra! Nhưng khi đăng các báo/tạp chí có uy tín, người ta sẽ ngay lập tức kiểm tra các thông tin, biên tập lại, kiểm tra phương pháp ...., lúc đấy vấn đề bạn làm như thế nào sẽ được biết ngay!
Túm lại, bạn thử viết một bài đăng, hoạc hỏi người nào đã có bài đăng lên tạp chí quốc tế ... là biết ngay ấy mà.
 

newbie

Member
>>> Ít nhưng vẫn có, và cũng có người quan tâm, đặc biệt các anh chị em đã đi học về,đã sử dụng và cần sử dụng, do vậy bọn mình vẫn làm được.




Trường nào với Viện nào dùng phần mềm no license thế bạn? Đừng đùa nhé!
Như mình nói trên, dùng phần mềm crack là để cho vui, có kinh ngiệm, thử nghiệm, hay kiểm tra! Nhưng khi đăng các báo/tạp chí có uy tín, người ta sẽ ngay lập tức kiểm tra các thông tin, biên tập lại, kiểm tra phương pháp ...., lúc đấy vấn đề bạn làm như thế nào sẽ được biết ngay!
Túm lại, bạn thử viết một bài đăng, hoạc hỏi người nào đã có bài đăng lên tạp chí quốc tế ... là biết ngay ấy mà.
Trường, viện nào mình không tiện nói ra. Ví dụ như NTSYS 2.1 mà mình post lên chắc có khoảng 80% số nghiên cứu mà mình biết dùng bản này:phipheo: Hee mình chắc cũng sắp có bài đăng báo, những phần mềm mình dùng đều đứng tên tổ chức rùi nên chắc cũng chẳng có vấn đề gì:buonchuyen:. Nhưng mình đọc các bài full text cũng chỉ thấy họ nói đã sử dụng phần mềm gì, xử lý kết quả dựa trên phương pháp nào, được kết quả ra sao... chẳng thấy nói là sử dụng phần mềm phiên bản bao nhiêu, đã trả phí chưa. Mình nghĩ phần bản quyền là do bên phía công ty quản lý, chắc khi nào mình đạt giải nobel họ mới lôi minh ra kiện:mrgreen:. À mà những phần mềm mà chỉ sử dụng serial để đằng ký, không qua máy chủ để xác nhận licence thì các công ty có kiện cũng vô ích:nhannho:
 

voh5

Member
Chung quy cũng tại mình nghèo và thiếu thốn thôi! Em đã, đang và vẫn sẽ dùng phần mềm bẻ khóa, nói theo cách hiểu của dân mình là mua phần mềm 7K/CD ấy bác! Nhưng cái máy của em đang cố gắng dùng được cái nào có bản quyền càng tốt, và trong cái máy này, giờ chỉ có office là ... chưa có license thôi, kekek,vì đắt quá, còn cái nào em trộm được thì đã trộm rồi!
Mạn đàm tí, là do cách tư duy thôi! Em không cổ xúy các bác crack hay phải dùng license hay không, nhưng mình có luận bản quyền rồi các bác à. Cái câu này em học từ hồi lớp 12 trong môn "Giáo dục công dân" nhé:
..."Pháp luật là nhưng quy tắc đạo đức chung nhất" ... Nói thật, bị nhiều nói em cũng thấy có lẽ mình thuộc dạng vô đạo đức nhất...
 

voh5

Member
Oài, search lại các mục mình đã tham gia thì cứ mình đụng vào cái là cụt hay sao ấy nhỉ? Buồn vãi ...
Bác nào đã từng dùng MacVector rồi không? Nếu có, xin cho em thông tin liên lạc để em hỏi kinh nghiệm với nhé!
Cảm ơn anh chị em nhiều!
 

Facebook

Top