Bản đồ gene

[Trần Hoàng Dũng]

Anh em nào có kinh nghiệm hoặc biết thì cho doidep hỏi là: Làm thế nào để giải trình tự của một cặp NST mong muốn trong cơ thể có nhiều cặp nhiễm sắc thể? Tức là để giải trình tự của cặp NST đó, thì đầu tiên phải phân lập cặp NST này ra khỏi bộ NST, vậy làm thế nào mà phân lập được?

Người ta xác định trình tự DNA chứ ít ng nói chromosomal sequencing lắm. Chắc bạn muốn biết về cách người ta xác định trình tự hệ gene người.
---> http://www.sanger.ac.uk/HGP/

Các nghiên cứu di truyền người từ trước đến giờ đã xây dựng được hệ thống các molecular marker theo các nhóm gene liên kết rồi. Chỉ cần xác định nó trong nhóm gene nào là được. Không phải phân lập cặp NST nào ra khỏi genome mà làm ngược lại là dùng các marker trên screen trên genome library.
...> http://www.genome.org/cgi/content/short/11/3/483

Người ta sử dụng pp (như vndigital đã copy) walking on chromosome dựa trên hệ thống các marker EST, RFLP ... đã biết từ trước để tiếp tục xây dựng thành hệ thống các contig dựa trên các đoạn overlap khác nhau.

Sau khi có trình tự DNA thì là công việc annotation của BI.

.....>

Tuy nhiên, đối với các loài thực vật với genome khổng lồ thì bây giờ các công ty đã thiết kế genome library cho từng chromosome rùi. Bỏ tiền ra là có luôn. Đỡ mất công.

http://canbotre.vnbb.com/viewtopic.php?t=411&gb=canbotre

Mấy bữa trước tui đọc cái message này do vietbio trả lời, bận quá nên tui chưa tham gia. Nay có dịp rảnh rỗi viết vài dòng:

Vietbio viết đúng nhưng chưa đủ

- Thật sự người ta vẫn phải phân lập NST ra khỏi genome của eukaryotes nào đó (Eu nà có bộ NST lớn lớn) rồi mới đi giải trình tự.

Bản đồ gene người phải phân lập NST trước rồi mới đi đọc trình tự. Dùng Flowcytometry để làm chưyện này, Thuốc nhuộm Hoestch 33258 được dùng để đánh dấu NST, nó sẽ được chỉ định đánh dấu lên 1 vùng đặc hiệu nào đó của 1 NST nào đó cần phân tách, dòng tb sẽ chạy qua 1 vi ống, trong đó có tia laser chờ sẵn, NST nào bị tialaser nhận diện có thuốc nhuộm Hoestch sẽ được tách riêng ra.


- Việc giải trình tự ngẫu nhiên (shotgun) và xác định marker rồi lại giải trình tự có định hướng là 1 cái vòng xoay tròn: có trình tự shotgun người ta cần marker để thẩm định, biết marker giúp người ta giải trình tự có định hướng dễ dàng; giải trình tự có định hướng xong lại giúp khám phá marker mới.

- Xác định chromosome sequencing có thể hiểu 1 nghĩa khác tức là xác định bản đồ di truyền sơ cấp (bản đồ gene liên kết) tức là dựa trên nhóm gene liên kết, marker để phân vùng NSTmột cách tương đối. Còn đọc trình tự gene thì là đọc bản đồ gene thứ cấp tức là xác định trình tự nucleotides một cách chi tiết từ đó khỏang cách gene được chỉ định rõ ràng hơn chính xác hơn.

 

[Cao Xuân Hiếu]

cám ơn bác lonxon đã bổ sung. Mời mọi ng tham gia thêm. Vậy chủ đề này sẽ thảo luận ở SHVN cho tiện theo dõi nhé. Nhiều 4rum quá thỉnh thoảng lại quên.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Bản đồ gene người phải phân lập NST trước rồi mới đi đọc trình tự. Dùng Flowcytometry để làm chưyện này, Thuốc nhuộm Hoestch 33258 được dùng để đánh dấu NST, nó sẽ được chỉ định đánh dấu lên 1 vùng đặc hiệu nào đó của 1 NST nào đó cần phân tách, dòng tb sẽ chạy qua 1 vi ống, trong đó có tia laser chờ sẵn, NST nào bị tialaser nhận diện có thuốc nhuộm Hoestch sẽ được tách riêng ra

hỏi cái: phân lập NST ở kỳ nào? Nếu kỳ giữa thì làm sao duỗi xoắn nó? Hay là không cần duỗi xoắn luôn.
Nếu phân lập trong gian kỳ thì hơi khó ah?

 

[Dương Văn Cường]

Bản đồ gene người phải phân lập NST trước rồi mới đi đọc trình tự. Dùng Flowcytometry để làm chuyện này, Thuốc nhuộm Hoestch 33258 được dùng để đánh dấu NST, nó sẽ được chỉ định đánh dấu lên 1 vùng đặc hiệu nào đó của 1 NST nào đó cần phân tách, dòng tb sẽ chạy qua 1 vi ống, trong đó có tia laser chờ sẵn, NST nào bị tialaser nhận diện có thuốc nhuộm Hoestch sẽ được tách riêng ra

Anh lonxon có thể viết rõ hơn được không, chứ như thế này quá vắn tắt? Em đọc mà vẫn chưa hiểu là NST cần giải trình tự được tách ra như thế nào. Nguyên lý của Flowcytometry ?

 

[Trần Hoàng Dũng]

Chromosome Classification and Purification Using Flow Cytometry and Sorting
J W Gray, R G Langlois
Annual Review of Biophysics and Biophysical Chemistry, June 1986, Vol. 15: Pages 195-235


http://www.nal.usda.gov/pgdic/Probe/v5n1/dev.html

Bạn có thể vào google đánh flowcytometry chromosome sẽ có nhiều tài liệu liên quan. Trên đây là 1 cái link cũng khá hấp dẫn và 1 bài báo cũng khá hay (bài này trong kho dữ liệu của tôi hình như là có, nếu cần tôi sẽ trích lục ra.

Thú thật dạo này tôi kô rảnh, tào lao xịt bụp thì được, chứ kêu viết lách thì hơi mệt

 

[Cao Xuân Hiếu]

bác lonxon có kinh nghiệm thực tế việc này ko? tôi đang phải giải bài toán là tách NST số 8 của lúa mạch (barley).

 

[Trần Hoàng Dũng]

Tiếc là tui kô có