Giải mã thiết kế primer

[Nguyễn Ngọc Lương]

Demystify primer design myth (là cái câu tôi muốn nói)
Cái ấn tượng của tôi giờ về thiết kế primer là thế này
+Phần mềm thiết kế primer chủ yếu dành để thiết kế các primer dành cho multiplex PCR hoặc những PCR chuyên biệt khác.
+ Thiết kế primer dành cho PCR chuẩn, 1 gene, dù là genomic hay có sẵn (plasmid) thì thường làm bằng tay, kiểm tra một chút bằng máy.
+ Tm lý thuyết nhiều khi chẳng chính xác mấy và nên xài gradient Tm để tối ưu cho mỗi phản ứng.
+ Specific product không phải lúc nào cũng đạt được, hoặc không quan trọng lắm. Ví dụ làm ra nhiều product kích thước khác nhau thì cứ elution cái band mình cho là đúng.

Mời các bạn làm SHPT đóng góp thêm ý kiến của mình về Thiết kế primer nhé.
Cám ơn!

 

[Ho Huu Tho]

Demystify primer design myth (là cái câu tôi muốn nói)
Cái ấn tượng của tôi giờ về thiết kế primer là thế này
+Phần mềm thiết kế primer chủ yếu dành để thiết kế các primer dành cho multiplex PCR hoặc những PCR chuyên biệt khác.
+ Thiết kế primer dành cho PCR chuẩn, 1 gene, dù là genomic hay có sẵn (plasmid) thì thường làm bằng tay, kiểm tra một chút bằng máy.

Không biết đây là trải nghiệm của bạn sau khi dùng những phần mềm thiết kế primer nào, vì như mình biết thì phần mềm dùng thiết kế primer hiện này có nhiều loại, thượng vàng hạ cám đều đủ cả. Nếu bạn cho biết là những cảm nghĩ này có được sau khi thử dùng những phần mềm nào thì sẽ là thông tin bổ ích hơn cho người đọc

+ Tm lý thuyết nhiều khi chẳng chính xác mấy và nên xài gradient Tm để tối ưu cho mỗi phản ứng.

Lý thuyết để tính Tm hiện cũng có rất nhiều, và độ chính xác khác nhau.