Tình hình nghiên cứu về Bioinformatics và Computational Biology

[Juhuvn]

Chị có thể giới thiệu cụ thể giúp em ngôn ngữ nào em nên bắt đầu không?
em có tìm thấy một số bài báo có giới thiệu một số phần mềm, em không định hướng được là nên tìm hiểu cái nào đầu tiên.

Bạn nên có bài toán cần giải quyết trước tiên, sau đó lựa chọn ngôn ngữ lập trình phù hợp thì sẽ hiệu quả hơn.

 

[moi-vao-nghe]

em được tư vấn học Python, R, Perl xin được hỏi về độ khó của ngôn ngữ lập trình này? có khả thi cho người mới học ko? em được giới thiệu về các ngôn ngữ lập trình này.

Theo như mình biết thì hiện này, ngành Bioinformatics có nhiều chuyên gia từ các ngành Toán thống kê, Vật lí, Hóa học, Dược, Sin học và Tin học. Là một người xuất phát điểm là về Tin học, nhưng làm PhD về phân tích mạng trao đổi chât (Metabolic Networks) nên mình khuyên bạn cần quan tâm đến các ngôn ngữ (thứ tự ưu tiên giảm dần - theo quan điểm của mình):
- Python: Đây là ngôn ngữ mà nhiều người làm trong ngành kỹ thuật sử dụng. Từ đó, có nhiều thư viện, gói xử lí dữ liệu, modules mà cộng đồng chia sẻ. Bạn có thể dựa vào đó để sử dụng lại hoặc phát triển theo ý mình. Python khá dễ sử dụng và phù hợp cho những ai không chuyên về lập trình.
- R: là ngôn ngữ dùng trong thống kê, đặc biệt hữu ích cho những người làm về sinh học tính toán.
- Perl: là ngôn ngữ script mạnh trong xử lí chuỗi. Bạn biết đó, dữ liệu sinh học mà ngành Bioinfo sử dụng phần lớn là các chuỗi. VD: chuỗi protein, chuỗi DNA...
- C++: Hơi khó học, nhưng nếu lập trình để xử lí dữ liệu lớn, cần hiệu suất thì ngôn ngữ này là cần thiết. Những thuật toán xử lý chuỗi cũng như dữ liệu Bioinfo sử dụng kĩ thuật lập trình ràng buộc, tối ưu hóa thì C++ đáp ứng tốt hơn cả.
- Java: Có một số phần mềm viết về network visualisation như VisAnt, Cytoscape, Navigator (xem thêm các ứng dụng của trung tâm Genopole, Paris) viết phần lớn sử dụng Java.

---
PS: Bạn pttthao có đề nghị ngôn ngữ Pascal, mình nghĩ nó quá cũ, chỉ phù hợp cho học sinh phổ thông. GS của mình bảo "mày bỏ Pascal ghi trong CV đi, để vào làm yếu profile".