Mở lại topic thảo luận PCR cho xôm tụ

[Huỳnh Như Ngọc Hiển]

Một bài báo khá hay

1. Detection of Bacterial DNA in Cerebrospinal Fluid by an Assay for Simultaneous Detection of Neisseria meningitidis,Haemophilus influenzae, and Streptococci Using a Seminested PCR Strategy
................................

Mọi người tâm đắc với bài báo nào liên quan tới PCR xin liệt kê ra ở đây.

 

[quangson]

Mình chỉ biết PCR là phản ứng chuỗi trùng phân.

 

[ultra_violetlove]

mình có 1 câu hỏi thế này:
bạn đang chạy 1 chương trình PCR với giai đoạn kéo dài là 1 phút 30s,một người bạn khuyên bạn rằng nên giảm thời gian gd kéo dài xuống còn 1 phút;1 chu kỳ tiết kiệm được 30s 30 chu kỳ tiết kiệm được 15 phút.Rút ngắn 1/3 thời gian thì số sản phẩm thu được còn 2/3 so với dự định ban đầu.
==>bạn trả lời người bạn như thế nào? Dự đoán về sản phẩm đúng hay ko?tại sao?nếu thực hiện PCR như vậy thì chuyện gì sẽ xảy ra?biết DNA polymerase bạn đang sử dụng cần 2 phút để kéo dài 1kb và đoạn DNA mẫu có độ dài là >500bp!!!

mình ko rành PCR lắm vì mới học và chỉ được nhìn làm thí nghiệm 1 lần (chưa rờ được cái máy PCR nữa T___T) mà phải nhận đồ án có câu hỏi này.Mình ko dám chắc lắm về kiến thức của mình nên mình ko dám trả lời lung tung nên đem lên đây xem ai rành thì xin được chỉ giáo mình xin cám ơn rât nhìu

 

[mnhung]

Chào cả nhà! Mình có thắc mắc về bước final elongation trong PCR. Theo mình biết thì bước này dùng để kéo dài những sản phẩm chưa hòan thiện, nhưng nếu taq trong những chu kỳ trước không hòan thành được thì sang chu kì tiếp theo những sản phẩm này sẽ mất chỗ gắn primer nên không được khuếch đại, vậy taq kéo dài nó như thế nào? Xin mọi người chỉ giáo thêm. Mình mới vào nghề!

 

[hàn hồng nguyên]

bạn đang chạy 1 chương trình PCR với giai đoạn kéo dài là 1 phút 30s,một người bạn khuyên bạn rằng nên giảm thời gian gd kéo dài xuống còn 1 phút;1 chu kỳ tiết kiệm được 30s 30 chu kỳ tiết kiệm được 15 phút.Rút ngắn 1/3 thời gian thì số sản phẩm thu được còn 2/3 so với dự định ban đầu.=>theo mình biết thì tổng hợp pcr có 3 giai đoạn: biến tính, lai, tổng hợp.Vậy giai đoạn kéo dài là gd nào vậy.mình ko biết, xin chỉ giáo thêm

 

[ultra_violetlove]

là giai đoạn tổngt hợp đó.kéo dài đoạn mới tạo thành....

 

[mnhung]

mình có 1 câu hỏi thế này:
bạn đang chạy 1 chương trình PCR với giai đoạn kéo dài là 1 phút 30s,một người bạn khuyên bạn rằng nên giảm thời gian gd kéo dài xuống còn 1 phút;1 chu kỳ tiết kiệm được 30s 30 chu kỳ tiết kiệm được 15 phút.Rút ngắn 1/3 thời gian thì số sản phẩm thu được còn 2/3 so với dự định ban đầu.
==>bạn trả lời người bạn như thế nào? Dự đoán về sản phẩm đúng hay ko?tại sao?nếu thực hiện PCR như vậy thì chuyện gì sẽ xảy ra?biết DNA polymerase bạn đang sử dụng cần 2 phút để kéo dài 1kb và đoạn DNA mẫu có độ dài là >500bp!!!

mình ko rành PCR lắm vì mới học và chỉ được nhìn làm thí nghiệm 1 lần (chưa rờ được cái máy PCR nữa T___T) mà phải nhận đồ án có câu hỏi này.Mình ko dám chắc lắm về kiến thức của mình nên mình ko dám trả lời lung tung nên đem lên đây xem ai rành thì xin được chỉ giáo mình xin cám ơn rât nhìu

Mình nghĩ có thể được nhưng bạn sẽ gặp vấn đề khi đọc kết quả vì khi tổng hợp vậy thì sản phẩm của bạn là những DNA đơn mạch nên cần phải chuẩn lại maker

 

[ultra_violetlove]

Mình nghĩ có thể được nhưng bạn sẽ gặp vấn đề khi đọc kết quả vì khi tổng hợp vậy thì sản phẩm của bạn là những DNA đơn mạch nên cần phải chuẩn lại maker

chắc hông zậy,pà cô bảo mình trả lời chính xác câu này sẽ được 10 điểm đó.....có ai đồng tình với kết quả trên hông

 

[hàn hồng nguyên]

mình nghĩ là ko dc,mà chắc là vậy,vì mình có xem mấy cuốn sách về pcr.Thời gian 1p30s là thời gian tối thiểu để tổng hợp rồi.chắc sẽ ko ra sp,và tn pcr của ban thất bại rùi

 

[ultra_violetlove]

mình nghĩ là ko dc,mà chắc là vậy,vì mình có xem mấy cuốn sách về pcr.Thời gian 1p30s là thời gian tối thiểu để tổng hợp rồi.chắc sẽ ko ra sp,và tn pcr của ban thất bại rùi

vậy nếu thất bại,trong sản phẩm thất bại đó có những gì??:hum:

 

[sv_ngheo]

mình có 1 câu hỏi thế này:
bạn đang chạy 1 chương trình PCR với giai đoạn kéo dài là 1 phút 30s,một người bạn khuyên bạn rằng nên giảm thời gian gd kéo dài xuống còn 1 phút;1 chu kỳ tiết kiệm được 30s 30 chu kỳ tiết kiệm được 15 phút.Rút ngắn 1/3 thời gian thì số sản phẩm thu được còn 2/3 so với dự định ban đầu.
==>bạn trả lời người bạn như thế nào? Dự đoán về sản phẩm đúng hay ko?tại sao?nếu thực hiện PCR như vậy thì chuyện gì sẽ xảy ra?biết DNA polymerase bạn đang sử dụng cần 2 phút để kéo dài 1kb và đoạn DNA mẫu có độ dài là >500bp!!!

mình ko rành PCR lắm vì mới học và chỉ được nhìn làm thí nghiệm 1 lần (chưa rờ được cái máy PCR nữa T___T) mà phải nhận đồ án có câu hỏi này.Mình ko dám chắc lắm về kiến thức của mình nên mình ko dám trả lời lung tung nên đem lên đây xem ai rành thì xin được chỉ giáo mình xin cám ơn rât nhìu

Nếu bạn coi PCR như một cái máy cơ học, bỏ qua phần hiệu suất, bỏ qua một thành phần "sống" trong đó, bỏ qua yếu tố tác động của nhiệt độ thiết bị, bỏ qua độ dài của các amplicon, bỏ qua nhiều thứ nữa thì phép tính trong câu hỏi là đúng. Khi đó 3/3-1/3=2/3

 

[Ho Huu Tho]

mình có 1 câu hỏi thế này:
bạn đang chạy 1 chương trình PCR với giai đoạn kéo dài là 1 phút 30s,một người bạn khuyên bạn rằng nên giảm thời gian gd kéo dài xuống còn 1 phút;1 chu kỳ tiết kiệm được 30s 30 chu kỳ tiết kiệm được 15 phút.Rút ngắn 1/3 thời gian thì số sản phẩm thu được còn 2/3 so với dự định ban đầu.
==>bạn trả lời người bạn như thế nào? Dự đoán về sản phẩm đúng hay ko?tại sao?nếu thực hiện PCR như vậy thì chuyện gì sẽ xảy ra?biết DNA polymerase bạn đang sử dụng cần 2 phút để kéo dài 1kb và đoạn DNA mẫu có độ dài là >500bp!!!

Câu hỏi này thực ra là đang thiếu dữ kiện về nhiệt độ gắn mồi, nhiệt độ kéo dài là bao nhiêu, tốc độ gia nhiệt của máy nữa nên chưa thể trả lời được. Hơn nữa >500 thì chẳng biết đằng nào mà lần, vì 10000 chắc là cũng > 500

 

[voh5]

Uhm, thấy cách hiểu của anh chị em nhà mình về PCR/Taq/máy PCR khác mình quá, nên comment tí cho xôm chợ:

mình nghĩ là ko dc,mà chắc là vậy,vì mình có xem mấy cuốn sách về pcr.Thời gian 1p30s là thời gian tối thiểu để tổng hợp rồi.chắc sẽ ko ra sp,và tn pcr của ban thất bại rùi

>>>> Chắc cái này phải hỏi bạn Hồng Nguyên về sách PCR mà bạn đọc! có thể bạn xem quy trình người ta làm, với chu kỳ kéo dài chuỗi/tổng hợp thấp nhất là 1.5 phút, chứ không pahir là 1p30s là thời gian tối thiểu để tổng hợp đâu (trong trường hợp mình sai, bạn có thể trích dẫn sách mà bạn đọc để anh em tham khảo với nhé). Mình đã từng làm phản ứng PCR với thời gian kéo dài chuỗi chỉ có 30 giây mà vẫn cho sản phẩm 600bp một cách bình thường.
Ngoài ra, về tốc độ tổng hợp của Taq polymerase (hay các enzyme có hoạt tính DNA polymerase khác) xấp xỉ 60-70 nu/giây (xem thêm tại đây, làm ví dụ), như thế, trung bình 1 phút tối đa Taq polymerase có thể tổng hợp tới 3kb-4kb (tất nhiên, là với điều kiện tối ưu). Còn theo kinh nghiệm mình đã từng làm, thì cách để thời gian đơn giản nhất là khoảng 1kb/phút.

mình có 1 câu hỏi thế này:
bạn đang chạy 1 chương trình PCR với giai đoạn kéo dài là 1 phút 30s,một người bạn khuyên bạn rằng nên giảm thời gian gd kéo dài xuống còn 1 phút;1 chu kỳ tiết kiệm được 30s 30 chu kỳ tiết kiệm được 15 phút.Rút ngắn 1/3 thời gian thì số sản phẩm thu được còn 2/3 so với dự định ban đầu.
==>bạn trả lời người bạn như thế nào? Dự đoán về sản phẩm đúng hay ko?tại sao?nếu thực hiện PCR như vậy thì chuyện gì sẽ xảy ra?biết DNA polymerase bạn đang sử dụng cần 2 phút để kéo dài 1kb và đoạn DNA mẫu có độ dài là >500bp!!!

>>> Cái này, với DNA polymerase của bạn, thì tổng hợp đoạn sản phẩm 0.5kb (tối ưu hóa bài toán thành 0.5kb (500bp), chứ như bác Ho Huu Tho noi là >500bp thì biết đâu mà lần thật) chỉ cần thời gian là 1 phút, nên theo lý thuyết của bài toán, bạn có đủ thời gian để tổng hợp thành sản phẩm. Theo lý thuyết, người bạn của bạn đúng ở cách tiết kiệm thời gian (mối chu kỳ tiết kiệm được 30s >>> 30 chu kỳ tiết kiệm được 15 phút ngồi mạng nói chuện với anh em ^_^), còn sai ở số sản phẩm thu được, vì thời gian của bạn đủ để tổng hợp nên đoạn ADN bạn mong muốn, bởi vì sản phẩm của bạn không bị ảnh hưởng vì thời gian tổng hợp, nên số lượng sản phẩm thu được của bạn vẫn là 100% so với mong muốn ban đầu.
Túm lại, sẽ không trả lời được nếu dữ kiện là "đoạn ADN mẫu có độ dài >500bp) bác nhé.

Câu hỏi này thực ra là đang thiếu dữ kiện về nhiệt độ gắn mồi, nhiệt độ kéo dài là bao nhiêu, tốc độ gia nhiệt của máy nữa nên chưa thể trả lời được. Hơn nữa >500 thì chẳng biết đằng nào mà lần, vì 10000 chắc là cũng > 500

Với một bài toán đã nêu, không phải là thực tế,nên bác Ho Huu Tho cứ quay vòng về nhiệt độ gắn mồi, nhiệt đội kéo dài, tốc độ gia nhiệt để làm gì vậy bác? Với một bài toán như thế, thì chẳng phải đã cho là: không thay đổi nhiệt độ (bám mồi và kéo dài chuỗi), và không thay đổi tốc độ gia nhiệt của máy (coi cả đám như là hằng số) rồi còn gì??? Nếu đưa thêm các dữ kiện của bác nữa, thì thành đánh đố nhau à?
Bác thử thêm dữ kiện của bác vào? thì thành như thế nào bác nhỉ? show cho anh em xem cái... Em chỉ sửa lại dữ kiện độ dài đoạn ADN sản phẩm thôi, bác đồng ý chứ?

 

[Ho Huu Tho]

Với một bài toán đã nêu, không phải là thực tế,nên bác Ho Huu Tho cứ quay vòng về nhiệt độ gắn mồi, nhiệt đội kéo dài, tốc độ gia nhiệt để làm gì vậy bác? Với một bài toán như thế, thì chẳng phải đã cho là: không thay đổi nhiệt độ (bám mồi và kéo dài chuỗi), và không thay đổi tốc độ gia nhiệt của máy (coi cả đám như là hằng số) rồi còn gì??? Nếu đưa thêm các dữ kiện của bác nữa, thì thành đánh đố nhau à?
Bác thử thêm dữ kiện của bác vào? thì thành như thế nào bác nhỉ? show cho anh em xem cái... Em chỉ sửa lại dữ kiện độ dài đoạn ADN sản phẩm thôi, bác đồng ý chứ?

voh5 hỏi thì mình không thể ngồi làm thinh, vì thực bụng cũng rất trân trọng những đóng góp của voh5 cho diễn đàn. Nhưng vì voh5 đặt nhiều dấu chấm hỏi quá thành ra cứ gọi là loạn hết cả lên, nếu được voh5 hỏi lại từng câu hỏi cho nó thật đơn giản dễ hiểu. Mình cũng thuộc vào hàng ngu lâu, dốt dai nhưng câu hỏi mà dễ nhất định sẽ không làm cho voh5 thất vọng.

 

[Vũ Thị Hoàn]

Quy trình PCR gồm 20 đến 30 chu kỳ. Mỗi chu kỳ gồm 3 bước (Hình 2) (1)Nhiệt độ tăng lên 94-960C để tách hai sợi DNA ra. Bước này gọi là nóng chảy, nó phá vỡ cầu nối hygrogen nối 2 sợi DNA. Trước chu kỳ 1, DNA DNA thường được nấu chảy đến thời gian mở rộng để đảm bào mẫu DNA và mồi được phân tách hoàn toàn và chỉ sòn sợi đơn. Thời gian: 1-2 phút
(2)Sau khi 2 sợi DNA tách ra, nhiệt độ được hạ thấp xuống để mồi có thể gắn vào sợi DNA đơn. Bước này gọi là gắn dính. Nhiệt độ giai đoạn này phụ thuộc vào đoạn mồi và thường thấp hơn nhiệt nóng chảy 50C (45-600C). Nhiệt độ sai trong giai đoạn này dẫn đến đoạn mồi không gắn hoàn toàn vào DNA mẫu, hay gắn một cách tùy tiện. Thời gian: 1-2 phút.
(3) Cuối cùng, DNA polymerase lắp vào sợi trống. Nó bắt đầu bám vào và làm việc dọc theo sợi DNA. Bước này gọi là kéo dài. Nhiệt độ kéo dài phụ thuộc DNA-polymerase. Thời gian của bước này phụ thuộc vào cả DNA-polymerase và chiếu dài mảnh DNA cần khuếch đại.
DNA-polymerase cua ban can 2 phut keo duoc 1kb, doan DNA cua ban >500 thi ban khong the rut ngan time xuong con 1phut va neu lam vay sp tao ra se khong dat yeu cau.

 

[Ho Huu Tho]

Quy trình PCR gồm 20 đến 30 chu kỳ. Mỗi chu kỳ gồm 3 bước (Hình 2) (1)Nhiệt độ tăng lên 94-960C để tách hai sợi DNA ra. Bước này gọi là nóng chảy, nó phá vỡ cầu nối hygrogen nối 2 sợi DNA. Trước chu kỳ 1, DNA DNA thường được nấu chảy đến thời gian mở rộng để đảm bào mẫu DNA và mồi được phân tách hoàn toàn và chỉ sòn sợi đơn. Thời gian: 1-2 phút
(2)Sau khi 2 sợi DNA tách ra, nhiệt độ được hạ thấp xuống để mồi có thể gắn vào sợi DNA đơn. Bước này gọi là gắn dính. Nhiệt độ giai đoạn này phụ thuộc vào đoạn mồi và thường thấp hơn nhiệt nóng chảy 50C (45-600C). Nhiệt độ sai trong giai đoạn này dẫn đến đoạn mồi không gắn hoàn toàn vào DNA mẫu, hay gắn một cách tùy tiện. Thời gian: 1-2 phút.
(3) Cuối cùng, DNA polymerase lắp vào sợi trống. Nó bắt đầu bám vào và làm việc dọc theo sợi DNA. Bước này gọi là kéo dài. Nhiệt độ kéo dài phụ thuộc DNA-polymerase. Thời gian của bước này phụ thuộc vào cả DNA-polymerase và chiếu dài mảnh DNA cần khuếch đại.
DNA-polymerase cua ban can 2 phut keo duoc 1kb, doan DNA cua ban >500 thi ban khong the rut ngan time xuong con 1phut va neu lam vay sp tao ra se khong dat yeu cau.

Đọc thấy những từ chuyên ngành bị biến dạng ghê quá, nên muốn phản hồi để bạn cân nhắc lại những từ ngữ trong phần in đậm trong phần trích dẫn ở trên.

 

[voh5]

Đọc thấy những từ chuyên ngành bị biến dạng ghê quá, nên muốn phản hồi để bạn cân nhắc lại những từ ngữ trong phần in đậm trong phần trích dẫn ở trên.

Đấy gọi là một cách làm phong phú thêm vào từ điển chuyên ngành mà bác! Quan trọng là ở mình cũng chưa có chuẩn nào gọi là ... chuẩn cả, nên em nghĩ cái này cũng dễ hiểu, đặc biệt với các bạn/ACE bên mảng Y-Dược dùng từ cũng khá khác với mảng Sinh học.
Mà cũng đúng, bên mình bán máy PCR, thì cũng có hàng loạt từ để gọi tên nó: Máy PCR; Máy nhân gen; Máy chu trình nhiệt/Máy luân nhiệt; Máy gia nhiệt;....Ai thích gọi gì cũng được, cuối cùng nó là máy ... PCR.
Mờ anh em mình comment mãi, chẳng thấy threat starter với em Cực-tím chạy ra bảo là đã viết xong rồi hay chưa nữa.....! Em lại dừng comment ở cái thớt này vậy, chúc các anh chị em bà con cô bác cuối tuần vui vẻ!

 

[Cao Xuân Hiếu]

mình có 1 câu hỏi thế này:
bạn đang chạy 1 chương trình PCR với giai đoạn kéo dài là 1 phút 30s,một người bạn khuyên bạn rằng nên giảm thời gian gd kéo dài xuống còn 1 phút;1 chu kỳ tiết kiệm được 30s 30 chu kỳ tiết kiệm được 15 phút.Rút ngắn 1/3 thời gian thì số sản phẩm thu được còn 2/3 so với dự định ban đầu.
==>bạn trả lời người bạn như thế nào? Dự đoán về sản phẩm đúng hay ko?tại sao?nếu thực hiện PCR như vậy thì chuyện gì sẽ xảy ra?biết DNA polymerase bạn đang sử dụng cần 2 phút để kéo dài 1kb và đoạn DNA mẫu có độ dài là >500bp!!!

mình ko rành PCR lắm vì mới học và chỉ được nhìn làm thí nghiệm 1 lần (chưa rờ được cái máy PCR nữa T___T) mà phải nhận đồ án có câu hỏi này.Mình ko dám chắc lắm về kiến thức của mình nên mình ko dám trả lời lung tung nên đem lên đây xem ai rành thì xin được chỉ giáo mình xin cám ơn rât nhìu

Theo tôi hiểu, đây là câu đố mẹo, chẳng liên quan đến các con số đưa ra. Lượng sản phẩm được tạo ra phụ thuộc vào số chu kỳ khuyếch đại chứ ko phụ thuộc vào thời gian chạy của máy. Nếu vẫn dùng 30 chu kỳ và thời gian elongation nằm trong khoảng cho phép tổng hợp sản phẩm thì lượng sản phẩm (dự kiến) sẽ như nhau. Người dùng chỉ được lợi về thời gian.

 

[biopass]

Sặc bài tập của bác đưa về sinh viên năm nhất làm.
Mấy cái ni phải đọc mà biết hỏi làm gì, có biết cũng chẳng làm nổi cái gì đâu

 

[wssv2]

Theo tôi hiểu, đây là câu đố mẹo, chẳng liên quan đến các con số đưa ra. Lượng sản phẩm được tạo ra phụ thuộc vào số chu kỳ khuyếch đại chứ ko phụ thuộc vào thời gian chạy của máy. Nếu vẫn dùng 30 chu kỳ và thời gian elongation nằm trong khoảng cho phép tổng hợp sản phẩm thì lượng sản phẩm (dự kiến) sẽ như nhau. Người dùng chỉ được lợi về thời gian.

Bạn ơi.Tại sao lại không phụ thuộc vào thời gian chạy của máy? mình nghĩ thời gian chạy phải đủ thì taq DNA polymerase mới tổng hợp mạch mới được...