Nguyên nhân của Khuyếch đại ký sinh?

[Homosapiens]

Xin chào các bạn, tôi lại phiền các bạn nữa nhé.

Tôi đang chạy pư multiplex PCR theo kiểu non-stop seminested. Khi chạy pư này trên 1 nguồn DNA của 1 thằng VK thì phản ứng lên rất tốt, nhưng khi chạy trên hỗn hợp DNA của 3 thằng thì lại xuất hiện sản phẩm kí sinh (nonspecific product) rất nhiều bên cạnh những sp mục tiêu vẫn lên rất tốt. Như vậy nguyên nhân là thế nào ?

Tôi đã thử đưa Ta lên cao bằng Tm nhưng tình hình vẫn ko thay đổi. Có phải do nồng độ giữa các primer của tôi quá chênh lệch ? (tôi sử dụng 5 primer / pư ; 0.1uM :0.25 uM :0.25uM : 0.25 uM : 0.75 uM). Hay ?do nguồn DNA quá phức tạp?

Xin ý kiến mọi người.

 

[Cao Xuân Hiếu]

kết quả PCR của từng thằng 1 trong nhóm 3 thằng VK (A, B, C) đấy thế nào? tôi nghi ngờ chất lượng DNA của 1 trong 3 thằng này ko tốt? hoặc có điểm đa hình tại vị trí bám của 1 trong những primer giữa 3 vk này.

tại sao bạn lại phải làm với mẫu pool thế?

 

[Homosapiens]

kết quả PCR của từng thằng 1 trong nhóm 3 thằng VK (A, B, C) đấy thế nào?

Trong 3 thằng có 1 thằng lên trội nhất, nhưng nói chung thì cả 3 thằng đều lên rất tốt, chỉ bực là nó bị kí sinh vậy thôi

tôi nghi ngờ chất lượng DNA của 1 trong 3 thằng này ko tốt?

Tôi cũng nghĩ vậy bởi vì hiện tương này chỉ xảy ra khi tôi pool tụi nó lại.

hoặc có điểm đa hình tại vị trí bám của 1 trong những primer giữa 3 vk này.

Tôi cũng ghi vậy nhưng đành bó tay, vì thằng BLAST cho ra kq rất đẹp

tại sao bạn lại phải làm với mẫu pool thế?

Để xem pư họat động như thế nào thôi.

Sẵn đây cho tôi hỏi Vietbio cái này luôn, trang này chỉ có ADSL mới vào được à, vì ở trường vào được còn ở nhà thì bó tay trong khi mạng ở nhà họat động bình thường.

 

[Lê Tiến Dũng]

Homo đưa thêm thông tin chi tiết về pứ multiplex xem nào. Ví dụ như khi chạy trên DNA của từng vi khuẩn riêng rẽ và khi chạy trên hỗn hợp DNA của 3 loài thì các thông số như thế nào.

Ở đây cần biết thêm lượng template dùng trong pứ riêng rẽ và lượng template dùng trong pứ hỗn hợp DNA.

Bạn đã thử chạy lại phẳn ứng với lượng template khác nhau chưa? Đôi khi lượng template cao quá cũng tạo nên 'non-specific band(s)'.

Cheers!

 

[Dương Văn Cường]

Post cả hình lên nữa. Trăm nghe kô bằng một thấy

 

[Homosapiens]

Homo đưa thêm thông tin chi tiết về pứ multiplex xem nào. Ví dụ như khi chạy trên DNA của từng vi khuẩn riêng rẽ và khi chạy trên hỗn hợp DNA của 3 loài thì các thông số như thế nào.

Nói chung là tốt hết, có thể nói là rất rất là tốt, nhưng chỉ có cái trường hợp đó là nó bị như vậy.

Ở đây cần biết thêm lượng template dùng trong pứ riêng rẽ và lượng template dùng trong pứ hỗn hợp DNA

Chỉ 1 ng thôi

To doncry: post hình lên dùm nhé.

 

[Dương Văn Cường]

To doncry: post hình lên dùm nhé.

KHÔNG, tôi không post giùm đâu.

Bạn tự post đi. Cực kỳ đơn giản

 

[Lê Tiến Dũng]

Nếu bạn chưa chạy thử với các lượng template khác nhau thì nên thử xem.