Cùng phân tích cho việc phát triển BI - một số câu hỏi đầu tiên

[Nguyễn Ngọc Tú]

Cùng phân tích cho việc phát triển BI - một số c

Chào các bạn,
Tui thấy các dự án lớn trên thế giới về Sin-Tin học được đầu tư rất lớn về Ngân sách và Nhân Lực. Nhất là về nhân lực, họ có đội ngũ rất mạnh các nhà khoa học về CNTT lẫn Sinh học - và nhất là Tập Thể của họ làm việc một cách Thống Nhất và hiểu rõ nhau. Tui nghĩ rằng để phát triển BI, chúng ta cần phải có sự Hợp Tác chặt chẽ giữa những người làm Sinh học và CNTT, vì chỉ có những người Sinh học mới biết Họ Cần Làm Gì, như thế nào thôi ! từ đó mới có các yêu cầu để các nhà CNTT hỗ trợ giải quyết bằng Máy Tính.
Tui đã tham gia nghiên cứu về BI đã hơn 2 năm rồi, nhưng rất nhiều vấn đề mới, Rất Mới trên Thế Giới họ đang nghiên cứu nhưng chúng tôi vẫn khó tiếp cận được vì lý do không hiểu bên Sinh học cần làm gì với các lĩnh vực mới ? và không biết lấy Dữ liệu ở đâu ? phòng Thí nghiệm nào của VN mình nghiên cứu vầ nó ? ....
Qua diễn đàn, tui cũng muốn chúng ta cùng nhau Phân Tích vấn đề "ở VN, Sinh Học cần Tin Học làm gì ?" để những người làm về CNTT đi làm BI như chúng tôi có thể đóng góp nhiều hơn.

Tui mong các bạn có thể nói rõ về các quá trình nghiên cứu của mình, giai đọan nào cần các Phần Mềm Tin Học để làm, phần mềm các bạn đang sử dụng là gì ? mục đích của các giai đọan xử lý ...

Chúng tôi đang giải quyết các bài toán:
- So sánh tương đồng cặp, đa trình tự (Pair Sequnce Alignment, Multiple Sequnce Alignment) như phần mềm ClustalW thực hiện.
- Xây dựng cây phân loài (Phylogenetic Tree) như phần mềm Phylip
- Dự đóan cấu trúc bậc 2 của Protein tương tự PhpPred, ...
- Tìm kiếm Motif, ....

Chúng tôi cũng quan tâm tới các vấn đề sau NHƯNG KHÔNG HIỂU RÕ LẮM VỀ NÓ CŨNG NHƯ Ý NGHĨA SINH HỌC VÀ MỤC ĐÍCH CỦA CÁC VẤN ĐỀ SAU:
- Tương tác potein (Protein-protein interaction)
- BioChip - Microarray
- Gene Expression , ...
- Metabolic Pathway, ..
Mong các bạn có thể góp ý, giải thích quá trình Sinh học, các Công cụ sử dụng và có nơi nào quan tâm về nó không ? có những vấn đề nào khác nữa chúng ta cần quan tâm ? chúng tôi nên giải quyết nó ?

Mong nhận được các bài góp ý của các bạn,

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Bạn có thể nói rõ hơn các vấn đề mà bạn đang giải quết

- So sánh tương đồng cặp, đa trình tự (Pair Sequnce Alignment, Multiple Sequnce Alignment) như phần mềm ClustalW thực hiện.
- Xây dựng cây phân loài (Phylogenetic Tree) như phần mềm Phylip
- Dự đóan cấu trúc bậc 2 của Protein tương tự PhpPred, ...
- Tìm kiếm Motif, ....

Nghe bạn nói tôi đoán bạn thiên về bên lập trình hơn. Ở đây bạn tối ưu các thuật toán hiện hành, hay bạn cải tiến giao diện phần mềm mà giữ nguyên cấu trúc thuật toán?

 

[Cao Xuân Hiếu]

Re: Cùng phân tích cho việc phát triển BI - một s?

Chào các bạn,
Tui thấy các dự án lớn trên thế giới về Sin-Tin học được đầu tư rất lớn về Ngân sách và Nhân Lực. Nhất là về nhân lực, họ có đội ngũ rất mạnh các nhà khoa học về CNTT lẫn Sinh học - và nhất là Tập Thể của họ làm việc một cách Thống Nhất và hiểu rõ nhau. Tui nghĩ rằng để phát triển BI, chúng ta cần phải có sự Hợp Tác chặt chẽ giữa những người làm Sinh học và CNTT, vì chỉ có những người Sinh học mới biết Họ Cần Làm Gì, như thế nào thôi ! từ đó mới có các yêu cầu để các nhà CNTT hỗ trợ giải quyết bằng Máy Tính.
Tui đã tham gia nghiên cứu về BI đã hơn 2 năm rồi, nhưng rất nhiều vấn đề mới, Rất Mới trên Thế Giới họ đang nghiên cứu nhưng chúng tôi vẫn khó tiếp cận được vì lý do không hiểu bên Sinh học cần làm gì với các lĩnh vực mới ? và không biết lấy Dữ liệu ở đâu ? phòng Thí nghiệm nào của VN mình nghiên cứu vầ nó ? ....
Qua diễn đàn, tui cũng muốn chúng ta cùng nhau Phân Tích vấn đề "ở VN, Sinh Học cần Tin Học làm gì ?" để những người làm về CNTT đi làm BI như chúng tôi có thể đóng góp nhiều hơn.

Mong nhận được các bài góp ý của các bạn,

Tú ah,

Mình cũng thấy đáng lo ngại cho tình hình BI VN . Bạn có biết là BI của thế giới làm sao mà họ phát triển được không? Tôi thấy bên này BI họ không ngồi 1 chỗ đâu. 1 nhóm BI không cần quá đông người đúng ko? cùng không cần phải ngồi cạnh nhau mới thành group đúng ko, vì có Internet mà ?

Đùa tí thôi, đây là 1 số kinh nghiệm tớ quan sát được, hy vọng giúp bọn cậu:

1. nhóm BI bao giờ cũng cử 1 ng đi học về SHPT . Họ cùng làm thí nghiệm với hội Sinh học, ngồi cạnh họ khi họ phân tích và xử lý số liệu. Sẵn sàng giúp đỡ dân Sinh khi có bất cứ sự cố vặt vãnh nào xảy ra. -> qua đó giải BI biết được "Họ Cần Làm Gì".

2. Đặt vấn đề nhỏ thôi. Không phải chạy theo CNTT hoặc BI thế giới. Miễn sao 1 dịch vụ của bọn cậu có 1 nhóm người làm Sinh học quan tâm và thường xuyên sử dụng.

3. Quan tâm tối đa đến người sử dụng. Ở đây tớ chỉ cần dl một bản demo của 1 phần mềm. Bọn BI ko thấy tớ sử dụng phần mềm này để connect với database của bọn nó. Chúng nó gửi thư cho tớ hỏi xem tớ có gặp khó khăn gì trong cài đặt ko??. Không thấy email trả lời, 1 em gái dễ thương gọi ngay dt cho tớ.

Tạm thời tớ thu lượm được như thế, khi nào có gì mới tớ sẽ viết thêm. Mong các cậu tích cực tham gia SHVN. Không phải vì 4rum mà đấy là cách cậu biết thực tế nhóm Sinh học đang gặp khó khăn gì trong Tin học.

Chúc các bạn thành công, cho mình gửi lời chào đến anh Lăng và anh Thuyết.

 

[Guest]

Chúng tôi cũng quan tâm tới các vấn đề sau NHƯNG KHÔNG HIỂU RÕ LẮM VỀ NÓ CŨNG NHƯ Ý NGHĨA SINH HỌC VÀ MỤC ĐÍCH CỦA CÁC VẤN ĐỀ SAU:
- Tương tác potein (Protein-protein interaction)
- BioChip - Microarray
- Gene Expression , ...
- Metabolic Pathway, ..

Nếu với điều kiện hiện nay của nước ta mà nhóm các nhóm IT các bạn quan tâm đến các vến đề phức tạp trên e là sẽ mất nhiều thời gian, nếu không nói là hơi... lãng phí. Vì hiện nay cũng chưa có nhóm nghiên cứu sinh học nào ở việt nam mạnh về các lĩnh vực trên để hỗ trợ các bạn. Nếu làm được kết quả gì đó trong 1-2 năm thì cũng không tìm ra được người ứng dụng. Nếu làm với nước ngòai lại là chuyện khác.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Re: Cùng phân tích cho việc phát triển BI - một s?

Chúng tôi cũng quan tâm tới các vấn đề sau NHƯNG KHÔNG HIỂU RÕ LẮM VỀ NÓ CŨNG NHƯ Ý NGHĨA SINH HỌC VÀ MỤC ĐÍCH CỦA CÁC VẤN ĐỀ SAU:
- Tương tác potein (Protein-protein interaction)
- BioChip - Microarray
- Gene Expression , ...
- Metabolic Pathway, ..
Mong các bạn có thể góp ý, giải thích quá trình Sinh học, các Công cụ sử dụng và có nơi nào quan tâm về nó không ? có những vấn đề nào khác nữa chúng ta cần quan tâm ? chúng tôi nên giải quyết nó ?

Mong nhận được các bài góp ý của các bạn,

Tác giả đang hỏi về những thắc mắc sinh học, các bạn vui lòng dành thời gian giải đáp những vấn đề SH nêu trên, khoan bàn đến những vấn để liên quan đến nghiên cứu và ứng dụng BI.

Mỗi 1 câu hỏi trên là thực sự là một topic lý thú trong SH. Tui thấy có thể dùng những bài Encyclopedia of Life Sciences để trả lời các câu hỏi trên, còn nếu trên Wikipedia đã có rồi thì vietbio cũng nên giối thiệu cho Mintu qua đó đọc.

Trước mắt chúng tôi sẽ cung cấp tài liệu bằng English cho bạn đọc, chỉ khi bạn "bí" một chỗ nào, chúng tôi sẽ giúp giải đáp vì chúng tôi e là kô có thời gian chuyển ngữ tòan bộ nội dung từ E sang VN

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Xin hỏi có địa chỉ nào có thể tham khảo các từ chuyên môn tiếng Việt có kèm từ tương đương tiếng Anh ?của Sinh Tin học không? Hay tôi có thể post lên đây nhờ anh em giúp đỡ không?
Tiện đây tôi cũng muốn tham khảo xem nếu muốn tự học tin sinh học thì bắt đầu từ đâu?
(Tôi đã có đọc qua về tin sinh học ở một số sách nhập môn)

 

[Trần Hoàng Dũng]

Tôi chưa khám phá ra trang web nào như thế, mặc dù có 1 trang tinsinh từng lên kế hoạch này, nhưng "chủ nhân" bận bảo vệ Ph.D nên chưa ra cơm cháo gì hết. Tốt nhất bạn post câu hỏi lên đây. Giúp được mọi người sẽ giúp.

 

[Cao Xuân Hiếu]

Vinh sẽ bảo vệ thứ 6 này, sau đó kế hoạch phát triển mảng Tin sinh học sẽ được bàn luận ngay lặp tức.

Hiện giờ nhóm tin sinh đang sử dụng mail group tại đây http://groups.google.com/group/tinsinhhoc/manage_members. Bạn nào quan tâm đến tin sinh học có thể tham gia.

Từ giờ đến cuối năm sẽ cói một số kế hoạch về phần này trong đó có sự hợp tác chặt chẽ giữa VBIG và SHVN. Trong đó chú trọng vào xây dựng nguồn tài liệu về BI bằng tiếng Việt.

 

[devil0604]

.

Hiện giờ nhóm tin sinh đang sử dụng mail group tại đây http://groups.google.com/group/tinsinhhoc/manage_members. Bạn nào quan tâm đến tin sinh học có thể tham gia.

Link ở trên không vào được vì "You have to be a manager of this group to view this page".
Em mới vào ngành CNSH, trước học bên CNTT, rất mong được tham gia cùng mọi người và được sự giúp đỡ của mọi người.
Thân

 

[quang]

Nhà sinh học cần gì ở nhà IT?

<P><FONT face="Times New Roman">Mình nghĩ có một cách để các bạn IT biết được thế giới các nhà sinh học đang cần IT làm những gì cho họ là các bạn hãy tìm đọc các bài báo đa xuất bản trên các tạp chí quôc tế, đọc là biết ngay thôi mà. Mình nghĩ, muốn gì thì muốn bản thân nhà IT muốn làm về tin sinh thì học phải nắm được các nguyên lí cơ bản của sinh học và họ phải có đối tác là nhà sinh học chuyên sâu và có hiểu biết cơ bản về IT, có như thế mới tạo thành một effective team. Nên target vào các vấn đề mà cả thế giới đang quan tâm, chứ hỏi là các nhà sinh học Việt Nam đang cần các nhà IT làm gì thì e rằng hơi khó tìm câu trả lời và có thấy thì cũgn hơi khó tin. Tôi nghĩ lĩnh vực này không thể là nghiên cứu kiểu mì ăn liền, mà là nghiên cứu vì sự phát triển của khoa học, nó mang tính toàn câu, xin hay có global thinking còn không thì để đáp ứng các nhu cầu cục bộ thì hơi phiêu lưu. Tôi biết một người Việt ở Mĩ rất khá về IT trogn sinh, bạn có thể liên lạc với chú ý sem sao nhe, qua bài báo này, nếu không down được bảo mình gửi cho nhé. Thân mến.  <A href="http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/reprint/19/3/205?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=&fulltext=Nguyen&searchid=1&FIRSTINDEX=0&resourcetype=HWCIT">http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/reprint/19/3/205?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=&fulltext=Nguyen&searchid=1&FIRSTINDEX=0&resourcetype=HWCIT</A></FONT></P>

 

[nhocdiepvien]

sorry!minh pi h moi hoc ko bit j lem

co j casc ban jup minh nhe
minh bay jo moi hoc tin sinh hoc neh

chuc cac ban hoc tot nah

 

[Đàm Thị Mỹ Châu]

Mọi người cho em hỏi một tí về chuyện sách nhập môn như anh Lương vừa nói được không ạ. Em là sv năm nhất ĐH CNTT - ĐHQG tpHCM. Em vẫn hi vọng sẽ được học thêm về tin sinh học (vì em vốn học lớp sinh ạ ). Cám ơn mọi người nhiều

 

[moi-vao-nghe]

1. nhóm BI bao giờ cũng cử 1 ng đi học về SHPT . Họ cùng làm thí nghiệm với hội Sinh học, ngồi cạnh họ khi họ phân tích và xử lý số liệu. Sẵn sàng giúp đỡ dân Sinh khi có bất cứ sự cố vặt vãnh nào xảy ra. -> qua đó giải BI biết được "Họ Cần Làm Gì".

2. Đặt vấn đề nhỏ thôi. Không phải chạy theo CNTT hoặc BI thế giới. Miễn sao 1 dịch vụ của bọn cậu có 1 nhóm người làm Sinh học quan tâm và thường xuyên sử dụng.

3. Quan tâm tối đa đến người sử dụng. Ở đây tớ chỉ cần dl một bản demo của 1 phần mềm. Bọn BI ko thấy tớ sử dụng phần mềm này để connect với database của bọn nó. Chúng nó gửi thư cho tớ hỏi xem tớ có gặp khó khăn gì trong cài đặt ko??. Không thấy email trả lời, 1 em gái dễ thương gọi ngay dt cho tớ.

Ở đây, mình thấy supervisor hướng dẫn thesis của mình làm một lúc 2-3 nơi, vừa làm bên trường Bordeaux 2 về Y khoa, lại có một group bên INRA (Viện nghiên cứu quốc gia về gì gì đó trong nông nghiệp).

Những kết quả mình làm được trong thực nghiệm đều nhờ một chị (post doc) bên INRA kiểm chứng (verify) trước khi tiếp tục.

Thật ra ở mình, BI rất còn sơ khai. Hy vọng các anh Hiếu, Lương... có thể đóng góp gì cho nước nhà.

 

[ronghuyenthoai_qn96]

em có thắc mắc muốn hỏi các anh chị có kinh nghiệm ạ:
Em rất thích công nghệ thông tin và sinh học nên muốn học chuyên ngành về tin sinh học, anh chị cho em hỏi ở việt nam có nơi nào đào tạo tốt không? Ngành này ra làm việc sẽ thế nào? Nếu không có ở việt nam thì học chuyên ngành này ở đâu vậy ạ? Em xin cảm ơn

 

[moi-vao-nghe]

Có thể tìm thực tập ở nước ngoài

em có thắc mắc muốn hỏi các anh chị có kinh nghiệm ạ:
Em rất thích công nghệ thông tin và sinh học nên muốn học chuyên ngành về tin sinh học, anh chị cho em hỏi ở việt nam có nơi nào đào tạo tốt không? Ngành này ra làm việc sẽ thế nào? Nếu không có ở việt nam thì học chuyên ngành này ở đâu vậy ạ? Em xin cảm ơn

Chào em,

Theo như anh quan sát thì hiện tại ở mình chưa có trường nào có ngành sinh tin ở trình độ đại học. Một số anh chị khi học cao học vẫn có đi theo hướng này nếu có thầy hướng dẫn cùng làm.

Nếu em muốn học, có thể tìm nguồn để học thạc sĩ ở những nước phát triển may ra có chuyên ngành sinh tin (Bioinformatics)

 

[Juhuvn]

Bạn Tú đợt này có tham dự hội nghị @ vào đầu tháng 12/2012 này ko? Nếu có và nếu còn làm về Sinh tin thì liên hệ với mình qua email juhuvn(at)gmail.com để trao đổi về BioInfo nhé.