What's new

Giải mã toàn bộ plastome của 1 loài tảo nhằm phân loại

Cao Xuân Hiếu

Administrator
Anh lonxon giải trình tự toàn bộ genome của Cryptophyta àh? hệ gene của nó có lớn ko? bằng bao nhiêu phần của Arabidopsis?
 
trên đó viết sót 1 chữ là plastid geneome hay còn gọi là plastome (sẽ sửa chữa lại)

Cryptophyta có 4 bộ gẹn

Nuclear: 540 Mb
Ty thể: 40 kb
Nucleomorph: 310 Mn
Chloroplast: 120 kb

cái tui làm là thằng Chloroplast ấy, có chừng 100 đến 120 kb thôi, nên 1 mình tui làm nổi.
 

Cao Xuân Hiếu

Administrator
lonxon said:
cái tui làm là thằng Chloroplast ấy, có chừng 100 đến 120 kb thôi, nên 1 mình tui làm nổi.

ascho, vậy là dzữ lắm rồi. Bảo 120kb ổ cứng thì nhỏ chứ đoạn đấy trên DNA làm mệt nghỉ :D. Bác nói rõ hơn về approach của mình để bọn em mở rộng tầm mắt 1 chút. :p

àh mà tiện bác giải đáp luôn cái thắc mắc này nhé, trong quy hoạch của bác mừ :D.

http://www.sinhhocvietnam.com/vn/modules.php?name=Forums&file=viewtopic&p=3887#3887
 

Dương Văn Cường

Administrator
cái tui làm là thằng Chloroplast ấy, có chừng 100 đến 120 kb thôi, nên 1 mình tui làm nổi.
Anh cắt thành bao nhiêu đoạn ? Mỗi đoạn khoảng bao nhiêu nucleotides ? Làm trong khoảng thời gian bao lâu thì xong ? Tốn bao nhiêu $ :mrgreen:

Nuclear: 540 Mb
Ty thể: 40 kb
Nucleomorph: 310 Mn
Chloroplast: 120 kb
Cái đơn vị Mb và Mn là thế nào đấy ạ ? Em không biết những đơn vị này.
 
dự kiến cắt thành 1500 đoạn, mỗi đoạn dài 1 đến 1,5 kb.

nếu trời thương thì chừng 3-5 tháng, còn trời ghét thì ... hỏi ổng kìa. Tiền à, vô tư, làm ra kết quả thì thôi. Kô cần biết bao nhiêu, cứ đưa hoá đơn mua hóa chất, dịch vụ ... là trường thanh toán tầt tần tật (dĩ nhiên là boss phải ký cho mình trước khi mình mua đồ mà)

sorry, chữ b và chữ n trên bàn phím nó kế bên nhau nên đánh lộn, Mb mới đúng.
 

Cao Xuân Hiếu

Administrator
anh dùng PCR câu trực tiếp trên genome toàn phần, hay là phải tách riêng plastome, làm genome library rồi mới sequencing ?

giờ mới nhớ ra mấy câu hỏi của anh hồi trước. Ngộ ghê :p
 

Cao Xuân Hiếu

Administrator
lonxon said:
tách riêng plastome, làm genome library rồi mới sequencing

ok, thế tại sao anh ko sử dụng trực tiếp genome toàn phần (4 hệ gene) rồi thiết kế các primer đặc hiệu và câu các đoạn tương ứng, như vậy sẽ ko mất thời gian và công sức cho việc 1. Riêng việc dựng library và screening cũng mệt.
 
dùng PCR là một pp đã được nghĩ tới, nhưng nó kô hay và người làm Ph.D sẽ kô học được nhiều techniques (là điều quan trọng với 1 Ph.D student).
 

Cao Xuân Hiếu

Administrator
lonxon said:
dùng PCR là một pp đã được nghĩ tới, nhưng nó kô hay và người làm Ph.D sẽ kô học được nhiều techniques (là điều quan trọng với 1 Ph.D student).

tôi muốn hỏi nó ko hay ở chỗ nào? vì chắc chắn là ng ta đã ký kết các project từ trước khi có học bổng gọi bác sang làm rồi. Quan trọng là tại sao Prof của bác lại cho là dùng PCR ko hay? nói rõ hơn để tôi còn học hỏi với chứ.
 
kô hề, tui đi học chả dính dánh gì đến những dự án dự iếc gì giữa Đức và VN cả, cái project này ông boss tui đưa sau khi tui làm 1 năm trong lab, sau khi chấm dứt 1 cái project khác. Cái này mới hòan tòan, cả lab chưa ai làm, nên đời tui bây giờ mới khổ đây.

- khuynh hướng phổ biến hiện nay để đọc trình tự genome là shotgun. Cái tui làm cũng đi theo hướng này.

- boss tui muốn tui tránh thằng PCR vì nó đơn điệu quá. Cả 1 năm ròng khi tham gia các project cũ, tui chỉ có tách DNA rồi PCR rồi sequencing, chả học được gì hơn. Mà mục tiêu đào tạo 1 Ph.D student như tui đã nói là phải học và làm càng nhiều càng tốt các techniques, methods. Kiến thức của 1 Ph.D đôi khi kô quan trọng bằng kỹ năng lab-working. Kiến thức của Ph.D được đánh giá qua 3 năm làm Postdoctor.
 

Cao Xuân Hiếu

Administrator
Bác cho tui hỏi mấy câu ngô nghê này một chút nhé. Mong bác giải đáp giùm.

1. Theo lý thuyết thì hệ gene của các lục lạp trong 1 tế bào / 1 cơ thể có giống nhau không? có phải là từ 1 nguồn gốc chung ko?

2. Liên quan câu trên, vậy hệ gene của ty thể di truyền theo quy luật nào? có phải tất cả đều di truyền theo dòng mẹ ko??? Với các kiểu sinh sản hữu tính và vô tính của mấy loài tảo của bác thì di truyền ntn???

3. Khi sử dụng phân loại học phân tử, cách tiếp cận theo các gene ngoài nhân như ty thể, lục lạp có ưu, nhược điểm ntn so với các gene thuộc hệ gene nhân như gene mã hóa rRNA chẳng hạn??

4. Các loài thực vật khác nhau thì hệ gene lục lạp khác nhau khoảng bao nhiêu phần trăm??? Dùng nó cho các đơn vị dưới loài có tiện ko??

5. Giả sử bác bây giờ giải mã hết hệ gene lục lạp của loài tảo bác quan tâm rồi. Sau đó bác làm tiếp như thế nào?? so sánh bằng các thuật toán nào?? sử dụng phần mềm nào???

Cám ơn bác quan tâm.
 
Câu 1: Câu này không rõ lắm, nếu tui hiểu đúng ý bạn thì ý bạn hỏi là lục lạp của sinh giới có chung 1 nguồn gốc hay nhiều nguồn. Không. Các nhóm sinh vật (tảo, thực vật) khác nhau có thể có lục lạp từ những nguồn khác nhau. Mặc dù thủy tổ của lục lạp là 1 Proka (giả định là cyanobacteria) nhưng quá trình tiến hóa đã khiến cho chúng phát triển thành nhiều "dòng" lục lạp khác nhau.

Câu 2: Trên Annual Review Plant, có 2 bài về di truyền của ty thể và lục lạp khá hay. Nếu bạn thật sự cần, tôi sẽ chuyển cho đọc.

Câu 3: tiếp cận genome của ty thể (động vật) hay lục lạp (thực vật và tảo) vì hai genome này có độ bảo tồn cao hơn hẳn so với nuclear genome. Ở chúng kô có hiện tượng tái tổ hợp nên chúng khá bảo thủ. Thực tế, người ta dùng ty thể và lục lạp để dò tìm thêm bằng chứng ủng hộ cho 1 giả thuyết nào đó mà đôi khi genome nhân không cung cấp đủ.

Câu 4: genome lục lạp chỉ khỏang 120 kb, có thể cao hơn hoặc thấp hơn chút đỉnh. Phân lọai dưới lọai là câu hỏi đang làm nhiều nhà khoa học tốn công sức tìm ra một cái gọi là "chuẩn chung" để tiến hành phân lọai. Genome lục lạp cũng là 1 ứng cử viên cho cái chuẩn này, vì còn nhiều ý kiến khác đề nghị sử dụng những yếu tố khác. Vấn đề này chưa ngã ngũ, chỉ phụ thuộc từng đối tượng nghiên cứu và lab làm trên chuẩn nào mà thôi.

Câu 5: Thật ra tui giải lục lạp genome không phải để ... phân lọai. Vì nếu phân lọai 1 lòai mà phải đọc đến genome 1 lòai thì coi bộ cả thế giới phải xúm vô làm chứ kô chỉ có máy "nhà pha học phân lọai học phân tử" làm. Thực tế công việc tui làm đúng là giải trình tự lục lạp genome, nhưng sau đó tui sẽ so sánh nó với một lục lạp genome của 1 lòai tương cận khác đã được giải trình rồi, từ đó phân tích để thấy sự khác biệt giữa hai genome này. Sự khác nhau này giúp tui trả lời câu hỏi "Tại sao có A, A từ đâu tới" (A là lòai tui đang làm) hoặc "Tại sao A khác biệt với bà con họ hàng của nó". Về phần mềm sử dụng thì có thể sử dụng các công cụ hiện hành mà dân Molecular Evolution đang dùng như PaulPhylip*... hoặc có thể dùng tạm VectorNTI cũng được.
 

Cao Xuân Hiếu

Administrator
lonxon said:
Câu 1: Câu này không rõ lắm, nếu tui hiểu đúng ý bạn thì ý bạn hỏi là lục lạp của sinh giới có chung 1 nguồn gốc hay nhiều nguồn. Không. Các nhóm sinh vật (tảo, thực vật) khác nhau có thể có lục lạp từ những nguồn khác nhau. Mặc dù thủy tổ của lục lạp là 1 Proka (giả định là cyanobacteria) nhưng quá trình tiến hóa đã khiến cho chúng phát triển thành nhiều "dòng" lục lạp khác nhau.

Tôi muốn hỏi là lục lạp phân chia độc lập với nhân trong tế bào. Nên hệ gene của tất cả những lục lạp trong cùng 1 tế bào có giống nhau ko? phát triển ra đối với các lục lạp của từng cá thể.


Câu 2: Trên Annual Review Plant, có 2 bài về di truyền của ty thể và lục lạp khá hay. Nếu bạn thật sự cần, tôi sẽ chuyển cho đọc.

Vâng, bác có thể attach nó vào topic này được ko? (to dontcry tại sao anh dl từ các file attach ở 4rum mà ko được nhỉ, em check lại nhé.)

Câu 3: tiếp cận genome của ty thể (động vật) hay lục lạp (thực vật và tảo) vì hai genome này có độ bảo tồn cao hơn hẳn so với nuclear genome. Ở chúng kô có hiện tượng tái tổ hợp nên chúng khá bảo thủ. Thực tế, người ta dùng ty thể và lục lạp để dò tìm thêm bằng chứng ủng hộ cho 1 giả thuyết nào đó mà đôi khi genome nhân không cung cấp đủ.

Như vậy là hệ gene trong ty thể và lục lạp là các hệ gene bảo thủ. Nhưng có phải chúng cũng có vùng bảo thủ và vùng biến đổi đúng ko?. Nhưng anh có đọc ở đâu đó họ so sánh giữa việc dùng phân loại bằng gene 18S và các gene rbc chẳng hạn. Gene nào bảo thủ hơn.

Câu 4: genome lục lạp chỉ khỏang 120 kb, có thể cao hơn hoặc thấp hơn chút đỉnh. Phân lọai dưới lọai là câu hỏi đang làm nhiều nhà khoa học tốn công sức tìm ra một cái gọi là "chuẩn chung" để tiến hành phân lọai. Genome lục lạp cũng là 1 ứng cử viên cho cái chuẩn này, vì còn nhiều ý kiến khác đề nghị sử dụng những yếu tố khác. Vấn đề này chưa ngã ngũ, chỉ phụ thuộc từng đối tượng nghiên cứu và lab làm trên chuẩn nào mà thôi.

vâng, vấn đề này còn lộn xộn lắm.

Câu 5: Thật ra tui giải lục lạp genome không phải để ... phân lọai. Vì nếu phân lọai 1 lòai mà phải đọc đến genome 1 lòai thì coi bộ cả thế giới phải xúm vô làm chứ kô chỉ có máy "nhà pha học phân lọai học phân tử" làm. Thực tế công việc tui làm đúng là giải trình tự lục lạp genome, nhưng sau đó tui sẽ so sánh nó với một lục lạp genome của 1 lòai tương cận khác đã được giải trình rồi, từ đó phân tích để thấy sự khác biệt giữa hai genome này. Sự khác nhau này giúp tui trả lời câu hỏi "Tại sao có A, A từ đâu tới" (A là lòai tui đang làm) hoặc "Tại sao A khác biệt với bà con họ hàng của nó". Về phần mềm sử dụng thì có thể sử dụng các công cụ hiện hành mà dân Molecular Evolution đang dùng như PaulPhylip*... hoặc có thể dùng tạm VectorNTI cũng được.

Vậy là bác làm là "quan hệ phát sinh chủng loại". Tôi lờ mờ hiểu là bác sẽ có trong tay 1 list các SNPs. Bác so sánh trong 1 tập hợp các loài cùng 1 chi hoặc cấp phân loại cao hơn. Bác xác định mối quan hệ gần gũi của loài A với các loài khác. Tôi hiểu vậy có đúng ko? Bác quan tâm đến toàn bộ genome 1 các tổng thể (global) hay từng SNP riêng lẻ?

Bác đánh giá Paul (trên Mac???) và Phylip có điểm mạnh yếu ntn? Thằng Paub có gì mạnh hơn mà nó ko chịu cho free như Phylip nhỉ?? Những thuật toán nào chỉ tính được trên Paub?
 

Dương Văn Cường

Administrator
to dontcry tại sao anh dl từ các file attach ở 4rum mà ko được nhỉ, em check lại nhé
Anh cho em biết chính xác hơn lỗi nó báo như thế nào được không? Em thì vẫn down bình thường mà.

Nếu là lỗi down về chỉ có 1 file modules.php thì tạm thời anh dùng cách là chuyển đuôi .php của file đó thành đuôi tương ứng (.zip, .rar, .pdf ...). Lỗi này hồi trước em fix rồi nhưng có thể trong quá trình upgrade lên phiên bản mới nó lại xuất hiện.
 
Câu 1: đương nhiên, mọi lục lạp trong cùng 1 tb hay cùng 1 cơ thể là như nhau. CHúng phân chia bằng cách nhân đôi như plasmid vi khuẩn thôi.

Câu 2: Tôi sẽ có gắng, nếu trường kô mua cuốn này, tôi sẽ viết cái tựa bài bào.

Câu 3: gene 18S hay rbcL đều được dùng, không nói được thằng nào bảo thủ hơn thằng nào. Với rbcL và 18S, do chúng ngắn, chỉ khoảng vài Kb, và do genome của cơ quan tử thường là nén rất chặt, tức là không có intron, nên sử dụng chúng khá là thoài mái, không phải lo dò tìm intron, và có thể đưa hết 1 gene lên phân tích.

câu 5: thực sự tui kô làm phát sinh chủng loài, cái này người khác làm (boss tui) cái tui làm thực sự là functional genomics and Comparative genomics. Tức là lấy được genome (toàn bộ) xong phân tích so sánh xem coi genome này còn chức năng kô, các yếu tố nào trong bộ gene khiến nó có chức năng KHÁC bà con của nó (dĩ nhiên những kết quả phân tích chỉ là suy luận logic, sau đó có khi phải làm thực nghiệm để chứng minh suy luận này). Tôi không dùng SNPs, nó kô có ý nghĩa trong công việc của lab tui.
 

Facebook

Top