Các bác đã có kinh nghiệm làm Tin sinh có bác nào hay BLAST ở EST databases không nhỉ? Xin các bác giới thiệu một số ứng dụng chính khi BLAST ở các databases này? Chúng ta sẽ cùng thảo luận một chút.
EST Blast
- Thread starter Nguyễn Ngọc Lương
- Start date
Bác cứ post câu hỏi lên. Ngân hàng EST có nhiều ứng dụng khác nhau mà mỗi ng có thể tận dụng tùy vào mục đích. Nôm na đây là các đoạn nucleotide seq mà ng ta tìm thấy từ các cDNA libary. Sau đây ta mất thêm một bước align các seq này với nhau để tạo thành các consensus seq (TC seq). Như vậy EST đại diện cho các predicted gene có thể biểu hiện ở đâu đó vào 1 lúc nào đó.
Ý Hiếu là tạo contigs để tìm ra full cDNA sequence phải không?
Không, tôi đang tìm hiểu về một sô ứng dụng chính của EST. Một số ứng dụng nhiều sách đã nói tới:
+ tissue specific gene expression
+ contig construction
+ gene family search
Không biết ngoài những thứ đó ra nó còn để làm gì nữa.
Không, tôi đang tìm hiểu về một sô ứng dụng chính của EST. Một số ứng dụng nhiều sách đã nói tới:
+ tissue specific gene expression
+ contig construction
+ gene family search
Không biết ngoài những thứ đó ra nó còn để làm gì nữa.
Thông thường đối với 1 tool thì ng ta cần nắm nguyên lý rồi từng trường hợp cụ thể và sức sáng tạo của từng người mà có những ứng dụng khác nhau.
Tôi lấy một ví dụ ứng dụng ko có ở phía trên là validation of gene prediction. Khi anh dự đoán trình tự gene và annotation gene thì thường phải dựa lên một số trình từ ref ví dụ ở thực vật thì thường dựa trên rice / Arabidopsis. Sau khi có kết quả rồi thì những predicted gene đấy thường được blast lại ngân hàng EST của vật thí nghiệm. Nếu anh có thể tìm thấy các best hit ở đó thì nhiều khả năng gene của anh predict đúng / có ý nghĩa.
à, có lẽ hiểu nhầm một tí đấy. Tôi đang định dịch một phần trong cuốn guide to methods, liên quan đến Tin sinh (chủ yếu là sequence analysis thôi). Muốn hỏi chuyên gia về lĩnh vực này để góp ý phần dịch chứ không phải hỏi 'thường quy' 
Một ví dụ về gene family search được sách đưa ra là sử dụng Blast Cox1, cox2 trên dbES để mong có thể tìm ra được Cox3 nào đó để có thể sử dụng trong drug discovery. Những ví dụ rõ rệt như vậy giúp dễ hình dung các ứng dụng hơn.
Một ví dụ về gene family search được sách đưa ra là sử dụng Blast Cox1, cox2 trên dbES để mong có thể tìm ra được Cox3 nào đó để có thể sử dụng trong drug discovery. Những ví dụ rõ rệt như vậy giúp dễ hình dung các ứng dụng hơn.
