vd đơn giản thế này.
Giả sự từ lúc khởi nguyên chỉ có 1 gene A quy định tóc con người màu đen. Trong lúc tiến hóa, gene A này bị đột biến chỗ nào đó thành A1 làm cho tóc màu vàng, A2 làm cho tóc màu nâu ....
Những nhóm gene này về cơ bản giống nhau là cùng quy định 1 tính trạng, có khởi nguồn như nhau, và địa chỉ giống nhau trên NST nên tập hợp các gene A1, A2, A3, An... này gọi là các allen tương đồng. Nhưng chúng có thành phân khác nhau do quá trình tiến hóa qua nhiều đời đã biến đổi các thành phần của gene này thành những gene (có thể) hoàn toàn khác nhau từ đó sinh ra các tính trạng khác nhau.
Các Allen gọi là tương đồng, chứ kg phải giống nhau. Vì có nhiều gene chả giống nhau đâu. Nó có thể giống về chiều dài, cấu trúc, nhưng thành phần và mã hóa khác nhau.