Hỏi các bạn về phần mềm NTSYS?

[Phạm Ngọc Sơn]

Tôi đang sử dụng phần mềm NTSYS để phân tích sự đa dạng di truyền từ các kết quả chạy RAPD, SSR. Cách sử dụng phần mềm thì tôi đã được hướng dẫn và có thể đưa ra được cây phân loại, biểu đồ đa chiều, hệ số di truyền...

Tuy nhiên, còn một số vấn đề tôi còn đang thắc mắc, bạn nào hiểu sâu về lĩnh vực này giúp tôi nhé:
- Có các phương pháp xác định hệ số như: Dice, SM, J,... Các phương pháp đó khác nhau như thế nào? Nếu tôi phân tích kết quả chạy RAPD thì sử dụng phương pháp nào?
- Có các phương pháp phân nhóm như: UPGMA, WPGMA, COMPLETE, SINGLE... Các phương pháp phân nhóm này khác nhau thế nào? Cụ thể trong trường hợp tôi chạy RAPD thu được các băng DNA ở các mẫu khác nhau thì áp dụng phương pháp phân nhóm nào để phân tích sẽ cho kết quả tốt hơn?

Ngoài phần mềm NTSYS thì còn phần mềm nào khác để xử lý kết quả chạy RAPD, phân tích tính đa dạng di truyền không?

 

[Trịnh Thành Trung]

Đọc trên các tạp chí chuyên ngành thì mình thường thấy người ta sử dụng phần mềm Bionumerics hoặc GelCompar II (http://www.applied-maths.com/bionumerics/bionumerics.htm) để phân tích kết quả từ RAPD hoặc PFGE. Từ đó, tính khoảng cách di truyền và lập nên Consensus dendrogram của số liệu.

Thực hư cách sử dụng bọn nó như nào thì mình cũng không rõ lắm. Bạn có thể vào website của nó để tham khảo thêm (nhưng cũng sơ sài lắm, chắc khi nào mình mua phần mềm của nó thì nó mới cho thông tin cho tiết cách sử dụng).

Mình thuyết phục ông Thầy của mình mua phần mềm này nhưng ông ta 'keo kiệt' và bảo mình dùng phần mềm eBURST free trên MLST website.

Bác nào có ý kiến gì với những câu hỏi của bác Sơn, xin thỉnh giáo, để anh em còn học tập.

 

[Trần Thanh]

Chào bạn ! Theo tôi được biết thì các hệ số DICE, SM,... là những công thức tính mà thôi. Các hệ số này được xây dựng dựa trên những nguyên tác cơ bản giống nhau và phần lớn được đặt theo tên của nhà khoa học tìm ra. Trong nghiên cứu RAPD thì người ta thường sử dụng hệ số DICE để tính toán và phân nhóm di truyền. Sử dụng UPGMA, WPGMA, COMPLETE, SINGLE,... là tùy thuộc vào mục đích nghiên cứu của bạn: bạn cần phân biệt cây phát sinh chủng loại ở mức độ nào,... Phần lớn các nghiên cứu về đa dạng di truyền sử dụng marker RAPD thì người ta thường dùng phương pháp UPGMA.
Một số ý kiến trao đổi cùng bạn.
Chúc bạn thành công.