[KHÓA HỌC] Phân tích trình tự DNA trong phân loại học phân tử

1. "What are species ? " : câu này dịch là : " Loài là gì ? "
Đồng ý với cách dịch của anh Thọ, họ không chỉ định là cần phải xác định loài nào, nếu có thì câu sẽ là " what species is this species ? "

2. "How to identify species? " : xác định loài như thế nào?
Dùng cách gì, dựa vào cái gì để cho rằng đó là một loài mới, hay loài đã biết
Muốn xác định loài ta nên kiểm chứng theo khả năng giao phối, sinh sản của nó.
ví dụ: lai con lừa với con ngựa tạo ra con La hoặc Bocdo . cả 2 F1 đều bất thụ. vậy khi cho giao phối 2 cá thể khác loài, sẽ không cho ra con lai, hoặc cho ra sẽ bất thụ không có khả năng sinh sản tiếp
" Is sexual reproduction the true essence of species "

" Ernst Mayr claimed that what makes species different from sub-species and genera is that the organisms within a species can reproduce (i.e., produce fertile offspring) with one another, and that they cannot reproduce with organisms of other species (Mayr 1942). Mayr believed that individuals of the same species recognize each other as potential mates and are able to produce fertile offspring, but individuals of different species will either not attempt to reproduce with one another, or if they try they will not produce fertile offspring. The effect of this reproductive barrier is that different species do not exchange genes with each other and therefore evolve separately from each other
"

Vậy, giao phối thể hiện đúng bản chất của loài. tức là nếu 2 cá thể giao phối được, sinh ra thế hệ không bất thụ, ta sẽ xếp đó là 1 loài? Nếu không ta sẽ coi là 1 loài mới?

Em học dịch chưa được nhiều, nên không sát nghĩa chuyên ngành lắm
 
Thảo luận:Tiến trình và phương pháp phân tích DNA của Rùa‎ về vấn đề "Liệu dữ liệu về DNA (phân loại học phân tử) có thể thay thế hoàn toàn phân loại truyền thống không? Tại sao" đang diễn ra khá thú vị. Câu hỏi hiện giờ phải đối mặt là
Như vậy phân loại học phân tử được xây dựng dựa trên phân loại truyền thống, không có phân loại truyền thống sẽ không có phân loại học phân tử. Mình không rõ là khi có những khác biệt nhỏ giữa phân loại học phân tử với phân loại truyền thống người ta sẽ phải giải quyết thế nào. Nếu phân loại học phân tử được xây dựng dựa trên phân loại truyền thống thì phân loại truyền thống sẽ là tiêu chuẩn vàng phải không?Hồ Hữu Thọ (thảo luận) 22:18, 25/3/2011 (ICT)
Tôi muốn nghe ý kiến của tất cả các bạn về câu hỏi của Thọ.
 
Đến hẹn lại lên, tôi tổng kết những gì lớp học đã đạt được ở tuần vừa qua theo kế hoạch là "hoàn thành các nhiệm vụ của tuần 1 và 2".

  • Bản dịch của tài liệu Tại sao chúng ta quan tâm đến loài? đã hoàn thành nhờ sự đóng góp của Thọ, Thảo, Lan và Mẫn. Tuy nhiên, các bạn xin tự nhiên hoàn thiện và tranh luận để hoàn thiện bản dịch hơn.
  • Thọ cũng đã bổ sung thêm những dẫn chứng cơ bản tại Tổng quan các ý kiến phân loại về Rùa Hồ Gươm. Những dẫn chứng khác có thể bổ sung dần dần trong quá trình học ở các tuần tiếp theo.
  • Nhiệm vụ thu thập Dữ liệu DNA hiện có về Rùa của tuần thứ 2 hiện giờ mới chỉ có trình tự 16S ti thể do Thảo chuẩn bị. Các nhóm khác nếu gặp khó khăn đề nghị thảo luận với Thảo để học kinh nghiệm.
  • Cuộc tranh luận về "Liệu dữ liệu về DNA (phân loại học phân tử) có thể thay thế hoàn toàn phân loại truyền thống không? Tại sao" theo tôi rất thú vị, mọi người tham gia có lập luận sắc sảo, khoa học. Tranh luận hiện đang dừng tại vấn đề mà Thọ đưa ra "khi có những khác biệt nhỏ giữa phân loại học phân tử với phân loại truyền thống người ta sẽ phải giải quyết thế nào. Nếu phân loại học phân tử được xây dựng dựa trên phân loại truyền thống thì phân loại truyền thống sẽ là tiêu chuẩn vàng phải không?". Mời mọi người cùng tham gia tìm hiểu.
  • Ngoài ra, bên ngoài khuôn khổ của khóa học, Thảo đang viết cuốn Ngôn ngữ lập trình R dành cho người mới học. Cuốn sách rất hữu ích cho nhiều người.
Về tiến độ thực tế và lịch trịch của khóa học cho tuần sau, tôi đề xuất các nhóm khác nhau tiến hành theo lịch trình riêng phù hợp với nhóm mình. Ví dụ Thảo (nhóm 3) nên bắt tay sang nhiệm vụ của tuần 3 trong khi Thọ (nhóm 1) và Lan (nhóm 2) nên tập trung hoàn thành nhiệm vụ của tuần 2.
Chúc các bạn thu được nhiều lợi ích từ khóa học,
 
Trong tuần vừa qua, Thọ và Thảo đã thu thập các trình tự gene trong nhóm gene quan tâm từ các cá thể thuộc họ Ba ba. Nguồn dữ liệu đã được tải lên và liệt kê tại Dữ liệu DNA hiện có về Rùa. Những trình tự của Bộ Rùa ngoài họ Ba ba đang được xử lý.


Trong quá trình làm việc, Thảo đã dựng một tiện ích để giúp xử lý nhanh tiêu đề các trình tự dạng FASTA. Đây là công cụ rất hữu ích cho những người hay phải làm việc với các trình tự gene / protein.
Nhiệm vụ của tuần tới là làm quen với công cụ Blastn nổi tiếng trên NCBI để tầm soát các trình tự tương đồng trên ngân hàng dữ liệu gene. Đồng thời, mọi người cũng cần sử dụng phần mềm miễn phí BioEdit để bắt cặp trình tự ClutalW và cắt chọn những vùng trình tự quan tâm.


Chúc mọi người có những trải nghiệm hữu ích,
 
Khóa học đã diễn ra hơn 1 tháng, tôi hy vọng mỗi học viên đều thu nhận được một số điều bổ ích. Hiện nay dữ liệu DNA cần quan tâm đã sắp hoàn chỉnh. Với những dữ liệu này, chúng ta sẽ có thể tiến hành một số phân tích bước đầu trong phân loại học phân tử nhằm trả lời cho câu hỏi: Rùa Hồ Gươm là (hoặc gần gũi nhất với) loài gì? Tôi cũng hy vọng qua những thao tác đã tiến hành trên NCBI của những tuần vừa qua, bạn có thấy tự tin và thoải mái hơn khi làm việc với ngân hàng dữ liệu gene này. Tương tự, sang tuần các bạn sẽ làm quen với 1 phần mềm BioEdit hữu dụng cho nhiều phân tích trình tự mà 1 nhà sinh học phân tử thường sử dụng.
Một chủ đề thảo luận mới cần sự quan tâm của các bạn là "liệu có thể định danh 1 loài (mẫu vật) bằng kết quả blast ncbi mà k cần phải vẽ cây phân loại như tiến trình ta đang làm (phân tích mối quan hệ tiến hóa dựa trên bộ sưu tầm trình tự của toàn bộ taxon)?"
 
Tuy nhóm đã hoạt động được hơn một tháng, tôi nghĩ nếu bạn nào quan tâm vẫn có thể cùng theo, những người cùng nhóm có thể hướng dẫn rất nhanh các bước đầu tiên. Tôi thấy tham gia rất có ích, thêm được nhiều hiều biết mới, và về nguyên tắc tương tác trong học tập và nghiên cứu bao giờ cũng vui hơn lặng lẽ tìm hiểu một mình. Không hiểu sao có vẻ ít người tham gia, tôi không tham gia được thường xuyên là vì thời gian khi đi học ngày càng không cho phép thôi.
 
Uh, để có thời gian rảnh mình sẽ ghé. Tháng rồi tưởng thi xong là cv ổn ai ngờ tối tăm mặt mũi vì ốm 1 trận, rồi sau đó làm bù thời gian ốm.
 
Mong rằng khóa học này sẽ phần nào giúp các bạn trẻ trong tương lai bớt làm khoa học kiểu... phổ thông!

Tuy nhiên nói đi cũng phải nói lại, khổ nỗi không phải GS Đức không biết cách, có lẽ do không ai cho ông tiếp cận với nguồn mẫu! Xem ra nếu nhóm nào ở VN có được bài báo Quốc tế về rùa Hồ Gươm nhân đợt này thì trong Acknowledgment chắc phải có rùa tai đỏ!

http://nguyenvantuan.net/science/4-science/1237-cu-rua-ho-guom-va-lam-khoa-hoc-theo-kieu-pho-thong-
Cụ rùa Hồ Gươm và làm khoa học theo kiểu … phổ thông
46151rua2.jpg

Cách làm khoa học ở Việt Nam có khi rất khác với thông lệ khoa học thế giới. Người ta xem những bài báo trên các tạp chí chuyên ngành chưa qua bình duyệt, thậm chí những bài báo trên báo chí phổ thông, là “công trình khoa học”. Một công trình nghiên cứu xong thì có “nghiệm thu” và mọi chuyện rồi đâu vào đó, chẳng có gì xảy ra tiếp. Đó là cách làm khoa học mà báo Phụ nữ today đề cập đến trong một bài viết rất đáng chú ý dưới đây.

Cuối cùng thì cụ rùa Hồ Gươm cũng được “tạm giam” đề điều trị. Sự việc chỉ xảy ra sau nhiều cuộc họp qua … nhiều tuần lễ. Cũng may là cụ còn sống sót. Nhưng qua diễn tiến của sự việc, chúng ta thấy rõ một khoảng trống khoa học, hay nói đúng hơn là khoảng trống về cách làm khoa học ở Việt Nam. Mặc dù rùa Hồ Gươm thuộc loại hiếm và có ý nghĩa tâm linh, nhưng cho đến nay chúng ta biết rằng Việt Nam không có những chuyên gia “rùa học” đúng nghĩa. Như bài báo phản ảnh, vị giáo sư khả kính về rùa thật ra ít có công trình nghiên cứu về rùa. Hai mươi năm nghiên cứu về rùa, nhưng vị giáo sư này chỉ có 2 công trình khoa học về rùa. Hai công trình này dù được hội đồng nghiệm thu đánh giá là xuất sắc, nhưng công chúng chẳng mấy ai tiếp cận được. Thật vậy, không có một bài báo khoa học trên một tập san khoa học quốc tế nào về rùa từ Việt Nam cả!
Chúng ta không có những thông số sinh học về cụ rùa Hồ Gươm. Thật vậy, ngay cả bao nhiêu cụ rùa trong Hồ Gươm mà cũng chẳng ai biết; tất cả chỉ là võ đoán! Ngay cả giới tính của rùa cũng chẳng ai khẳng định. Thật là khó tưởng tượng nổi một báu vật trong tay mà chúng ta không có thông tin gì về báu vật đó. Đó là do cách làm khoa học theo kiểu phổ thông, tức là làm khoa học tài tử. Sản phẩm của khoa học tài tử là những bài báo trên báo chí phổ thông, những trao đổi ngắn trên tivi hay hệ thống truyền thanh. Nhưng đó không phải là khoa học nghiêm chỉnh. Một nền khoa học phổ thông không thể nào làm cho đất nước tiến bộ được.
Cách làm khoa học phổ thông của nhiều người làm tôi nhớ đến cách làm khoa học của người phương Tây. Đó là cách làm khoa học "đến nơi đến chốn", tìm hiểu từ các vấn đề cơ bản, đến thực nghiệm, và ứng dụng vào thực tế. Đành rằng quá trình từ nghiên cứu cơ bản đến ứng dụng vào thực tế là một thời gian dài, nhưng đó là con đường không thể khác được. Trong khoa học, không có cái gọi là "đi tắt đón đầu". Một phát hiện về mối liên hệ giữa DNA và bệnh tật phải được nghiên cứu từ cơ bản để biết cơ chế của mối liên hệ, đến ứng dụng vào lâm sàng. Cố nhiên, trước khi đưa vào ứng dụng, người ta phải làm nhiều nghiên cứu độc lập để loại bỏ những yếu tố ngẫu nhiên hay yếu tố nhiễu. Chưa có những nghiên cứu độc lập mà đã tuyên bố trên báo chí phổ thông là không đúng qui trình làm khoa học.
Làm khoa học thật đòi hỏi sự dấn thân. Dấn thân thực tế, chứ không phải chỉ ... đọc báo phổ thông. Còn nhớ cách đây vài tháng khi nghe tin Việt Nam có một loài thằn lằn mới, hai cha con nhà khoa học Mĩ đã bỏ tiền túi mua vé máy bay sang Việt Nam, mướn xe ôm lặn lội đến tận nơi để tìm hiểu. Họ còn lấy mẫu đem về Mĩ phân tích DNA, và trong tương lai sẽ công bố kết quả nghiên cứu trên các tập san khoa học quốc tế. Lại nhớ đến chuyện khám phá gene LRP5, chỉ vì một ca tai nạn xe ôtô, các nhà nghiên cứu Mĩ đã bỏ công và thời gian cá nhân ra "truy tìm" cho được gia đình có "xương đặc", họ còn bỏ tiền và mang thiết bị sang tận Thổ Nhĩ Kì chỉ để xét nghiệm thành viên trong đại gia đình, và để nối kết câu chuyện. Gene LRP5 được khám phá từ sự dấn thân đó. Cách làm khoa học như thế không phải là cá biệt, mà đã từng xảy ra ở nước ta trước đây. Vào thập niên 1960, khi có báo cáo một người lính Mĩ bị dịch hạch ở Tây Nguyên, thế là trung tâm quân y Walter Reed gửi một đoàn chuyên gia sang Tây Nguyên để nghiên cứu. Kết quả của nghiên cứu là một loạt 6 bài báo khoa học công bố trên các tập san y khoa danh giá thời ấy, mô tả từ lịch sử dịch hạch ở VN đến từ đâu (Hồng Kông), vào Việt Nam qua tỉnh thành nào, lan truyền sang các tỉnh lân cận ra sao, và mối tương quan giữa biến đổi khí hậu và tần số dịch hạch. Những số liệu đã thu thập trên 50 năm mà tôi thấy vẫn còn nguyên giá trị khoa học. Ngày nay, khi làm nghiên cứu về dịch hạch, tôi vẫn thấy phải nghiêng mình cám ơn các bác sĩ Mĩ đã để lại một di sản rất quí báu.
Di sản họ để lại có giá trị lâu dàu vì họ làm khoa học nghiêm chỉnh. Thử hỏi nếu chỉ nhìn vấn đề một cách hời hợt thì làm sao có khoa học nghiêm chỉnh.Tiếc thay, ở nước ta, nhiều người nhìn vấn đề chẳng những hời hợt mà còn quá đơn giản. Người ta chỉ làm cho có cái bằng thạc sĩ, tiến sĩ và dừng ở đó, chứ chẳng có sự dấn thân, theo đuổi. Lại có tâm lí "Tụi Tây nó làm hay hơn, mình làm chi để tốn công". Đó là tâm lí đầu hàng ngay từ lúc chưa làm! Buồn thay, cái tâm lí đó hiện hữu không ít trong giới khoa học và sinh viên ở Việt Nam.
Đó là bên y học, còn bên văn hóa và nhân chủng học, tôi thấy nhiều kiến thức và dữ liệu về người Việt và đất nước Việt Nam lại được giới khoa học nước ngoài lí giải hay hơn và đầy đủ hơn giới khoa học VN. Thử đọc Kinh Dịch chúng ta sẽ thấy người phương Tây viết dễ hiểu hơn, đầy đủ hơn và uyên bác hơn là người Việt (hay người Tàu) viết.
Tôi cứ tưởng một người bỏ ra cả 20 năm theo đuổi về rùa ắt phải am hiểu tường tận về rùa, nhưng thực tế hình như không phải như vậy. Tác giả Lão Phạm cho biết “20 năm nghiên cứu của PGS Đức mang đến cho ông một tấm giấy chứng nhận kỷ lục Việt Nam cho người có nhiều bài viết về Rùa Hồ Gươm nhất nước. Song, những bài viết ấy không mang lại cho cộng đồng bất cứ thông tin khoa học nào đáng kể về con rùa Hồ Gươm. Thậm chí, con rùa mà theo ông là cá thể duy nhất ở Hồ Gươm mà ông đặt tên là rùa Lê Lợi, là đực hay cái thì ông cũng không biết”. Điều này nói lên một điều hiển nhiên mà nhiều người, kể cả người viết bài này, từng lên tiếng: chúng ta cần một chuẩn mực khách quan để đánh giá một công trình khoa học (và thành tựu của một nhà khoa học).
Theo thông lệ quốc tế, một công trình khoa học chỉ có thể xem là hoàn tất nếu kết quả công trình đó được công bố trên những tập san khoa học có bình duyệt (peer review). Chỉ qua bình duyệt và qua công bố quốc tế thì người ta mới có thể đánh giá công trình khoa học đó ra sao. Một công trình nghiên cứu tiêu nhiều triệu đồng (của dân) mà không được công bố trên các tập san khoa học có bình duyệt thì không thể xem là hoàn tất được, và tác giả vẫn còn nợ người dân. Những bài viết trên báo chí phổ thông không thể và không bao giờ xem là bài báo khoa học. Những abstracts trong hội nghị cũng không phải là những bài báo khoa học.
Liên quan đến bệnh cụ rùa, có một thông tin làm tôi thắc mắc hoài. Đó là tin trên Tuổi Trẻ cho biết “Kết quả phân tích ADN ở những phòng thí nghiệm cho thấy, bên trong cơ thể cụ rùa không có trọng bệnh. ADN cho thấy 90% những phán đoán ban đầu của chúng tôi về tình hình sức khỏe cụ rùa là đúng.” Tôi không biết phân tích DNA như thế nào mà có thể biết bệnh trong cơ thể cụ rùa. Bệnh gì? Phán đoán ban đầu là phán đoán bệnh gì? Ở người, giới khoa học tốn nhiều tỉ USD mà vẫn chưa dùng (hay chưa dám dùng) DNA để chẩn đoán bệnh. Ấy thế mà ở nước ta, có người có thể dùng DNA để chẩn đoán bệnh của rùa. Phát triển này cần phải công bố cho cộng đồng quốc tế biết, chứ không nên chỉ tuyên bố trên báo chí phổ thông trong nước.
Với cách làm khoa học phổ thông như thế chúng ta không ngạc nhiên khi thấy năng suất khoa học quốc gia rất thấp so với quốc tế. Cả nước có gần 9000 giáo sư và phó giáo sư (chứ không phải 7000 như tác giả viết) và nhiều vạn tiến sĩ (không biết con số chính xác là bao nhiêu) mà mỗi năm công bố không đến 1000 bài báo khoa học quốc tế thì quả là một điều bất bình thường. Vấn đề là vì cộng đồng khoa học VN chưa tạo ra những chuẩn mực khách quan để đánh giá thành tựu một nhà khoa học. Vì thiếu một chuẩn mực khách quan, nên có sự lẫn lộn giữa bài báo phổ thông hay abstract trong hội nghị và một bài báo khoa học nghiêm chỉnh. Từ sự lẫn lộn này dẫn đến những sai lầm trong đánh giá và đề bạt các chức danh khoa học. Tình trạng vàng thau lẫn lộn cũng xuất phát từ sự thiếu chuẩn mực khách quan cho một công trình nghiên cứu khoa học. Và, từ đó chúng ta có rất nhiều nhà khoa học phổ thông, nhưng rất ít những nhà khoa học thứ thiệt.
Có lẽ dịp chữa bệnh cho cụ rùa là dịp lí tưởng để thiết lập các tiêu chuẩn để đánh giá một công trình khoa học. Cần phải thay thế “nghiệm thu” bằng những bài báo khoa học quốc tế mà Quĩ Nafosted của Bộ Khoa học và Công nghệ đang áp dụng. Một công trình mang tiếng là nghiên cứu khoa học mà không công bố được kết quả trên các diễn đàn quốc tế thì không thể xem là khoa học được.
NVT
Tb. Bài kế tiếp tôi sẽ bàn cách đánh giá một công trình nghiên cứu khoa học.
====

http://phunutoday.vn/quanbatam/201104/Chuyen-rua-Ho-Guom-va-nen-khoa-hoc-bo-ngua-1987062/
Chuyện rùa Hồ Gươm và nền khoa học bò ngửa
20 năm nghiên cứu về rùa Hồ Gươm, PGS Đức đã có 2 công trình khoa học và đều được hội đồng nghiệm thu đánh giá là xuất sắc. Chỉ có điều, nó không mang lại cho cộng đồng bất cứ thông tin khoa học nào đáng kể.
Câu chuyện về rùa hồ Hoàn Kiếm mấy bữa nay ồn ào trở lại trên trang nhất nhiều tờ báo khi có thông tin không phải chỉ có một “cụ” rùa. Vậy, cuối cùng thì trong hồ Gươm còn bao nhiêu “cụ” rùa? Phó Giáo sư Hà Đình Đức vẫn khăng khăng chỉ 1, ông Trưởng Ban chỉ đạo bắt rùa của thành phố bảo ít nhất còn 2, ông thợ ảnh tên Ngò bảo phải còn 5, 6…

Có lẽ trên thế giới hiếm quốc gia nào may mắn như nước ta khi truyền thuyết lịch sử được tự nhiên ban cho một linh vật sống để lưu truyền như con rùa Hồ Gươm và ông vua Lê Lợi. Lẽ ra, một huyền tích lung linh như vậy sẽ phải được trân trọng nghiên cứu và bảo tồn. Song, thay vì thế, những con rùa Hồ Gươm, dù là một cá thể sống, nhưng luôn bị coi là vật thờ và hầu như chỉ tồn tại trong niềm sùng kính dân gian. Ngay cả người được coi là “nhà rùa học”, chuyên gia số 1 về rùa Hồ Gươm là PGS Hà Đình Đức, một nhà khoa học có học hàm, học vị, thì sự quan tâm nghiên cứu con rùa Hồ Gươm cũng chỉ bằng yếu tố tình cảm.
Nói rằng PGS Đức chỉ quan tâm đến rùa Hồ Gươm bằng tình cảm của một người Thanh Hóa kính ngưỡng Lê Lợi, hẳn sẽ làm ông buồn, thậm chí là giận. Bởi lẽ, ít nhất cũng đã 20 năm rồi ông nghiên cứu rùa, chụp tới 300 bức ảnh, hàng ngàn giờ quay phim và quan sát, viết hàng trăm bài báo, thậm chí bảo vệ hẳn 2 công trình nghiên cứu khoa học cấp thành phố về rùa Hồ Gươm. Với bề dày nghiên cứu như vậy mà chỉ thừa nhận tình cảm và ngày công của ông đối với rùa mà không nhắc đến thành quả nghiên cứu khoa học của ông thì quả là quá đáng. Tuy nhiên, công bằng mà nói, công sức lao động của ông quả đáng được ghi nhận, nhưng thành quả khoa học thì…
20 năm nghiên cứu của PGS Đức mang đến cho ông một tấm giấy chứng nhận kỷ lục Việt Nam cho người có nhiều bài viết về Rùa Hồ Gươm nhất nước. Song, những bài viết ấy không mang lại cho cộng đồng bất cứ thông tin khoa học nào đáng kể về con rùa Hồ Gươm. Thậm chí, con rùa mà theo ông là cá thể duy nhất ở Hồ Gươm mà ông đặt tên là rùa Lê Lợi, là đực hay cái thì ông cũng không biết.
Nói rằng PGS Đức chỉ là một người yêu rùa chứ không phải nhà nghiên cứu rùa học, hẳn sẽ bị phản đối. Ít ra ông cũng đã có tới 2 công trình khoa học về rùa Hồ Gươm. Công trình thứ nhất có tên: Nghiên cứu sơ bộ hiện trạng Hệ sinh thái Hồ Gươm, nhằm bảo tồn và phát triển đàn rùa quý và cải thiện cảnh quan môi trường được nghiệm thu năm 1993. Công trình thứ hai có tên: Nghiên cứu hình thái, sinh thái loài Rùa Hồ Gươm, tình trạng chất lượng nước, hệ vi tảo Hồ Gươm,nhằm bảo tồn, phát triển đàn rùa quý và cải thiện cảnh quan môi trường, được nghiệm thu một năm sau đó.
Cả 2 công trình đều được hội đồng nghiệm thu đánh giá là xuất sắc. Có điều, từ khi được bảo vệ, những đề tài khoa học này chẳng giúp được gì cho rùa Hồ Gươm.
20 năm qua, kể từ khi PGS Hà Đình Đức nghiên cứu rùa thì đời sống của nó mỗi ngày một tệ hơn. Và, điều khiến “cụ” rùa được quan tâm, cứu chữa như bây giờ không phải là những nỗ lực của những nhà khoa học như PGS Đức, mà là những con rùa tai đỏ, giống sinh vật ngoại lai đang bị truy nã trên phạm vi toàn quốc. Chính sự xuất hiện của những con rùa tai đỏ chứ không phải các công trình khoa học được công bố khiến dư luận quan tâm đến “cụ” Rùa. Đó là một sự trớ trêu với số phận rùa thiêng. Và không chỉ với con rùa, đó còn là một sự thật trớ trêu đối với nền khoa học Việt Nam.
Trở lại với 2 công trình nghiên cứu khoa học của PGS Hà Đình Đức. Vì sao nó không được ứng dụng để cải thiện đời sống và bảo vệ “cụ” rùa? Phải chăng là bởi nó không có giá trị khoa học để ứng dụng? Nếu vậy, sao những công trình đó lại được nghiệm thu, thậm chí được đánh giá là xuất sắc? Lẽ ra, đây là một câu hỏi đáng để quan tâm và suy nghĩ. Song, thực tế, việc những công trình khoa học được nghiên cứu, bảo vệ rồi lãng quên vốn đã là bình thường.

Mỗi năm trung bình ngân sách nhà nước chi ra xấp xỉ 2%GDP cho khoa học công nghệ, nước ta cũng là quốc gia có mật độ nhà khoa học cao so với các quốc gia trong khu vực với khoảng gần 20.000 tiến sĩ và gần 7.000 giáo sư, mỗi năm có tới hàng ngàn công trình nghiên cứu khoa học được công bố. Song, trong vòng 10 năm qua, trung bình mỗi giáo sư của chúng ta chỉ công bố được 0,58 bài báo trên các tạp chí khoa học quốc tế, và các nghiên cứu đó hầu như không bao giờ được giới khoa học thế giới trích dẫn.
Như vậy, không có gì là khó hiểu khi 2 công trình khoa học xuất sắc của “nhà rùa học” Hà Đình Đức chẳng hề có giá trị trong việc cứu rỗi và bảo tồn con rùa già ở Hồ Gươm. Tuy nhiên, ngược lại, có thể sự hy sinh của con rùa già Hồ Gươm sẽ cứu vớt được nền khoa học của nước nhà. Nếu chẳng may “cụ” rùa thăng khi mà các nhà khoa học chưa kịp tìm được cách bảo tồn, rất có thể đó sẽ là một sự kiện để các nhà khoa học của chúng ta nghiêm túc nhìn nhận lại những đóng góp của mình đối với đất nước./.
Lão Phạm (Vovnews)
 
Điều kiện tiên quyết là các nhóm tác giả phải công bố trình tự DNA mà mình sử dụng lên NCBI để các nhóm khác có thể kiểm định độc lập.
 
Tuần này lớp học chúng ta chào đón học viên mới là bạn Lê Thị Trang sẽ tham gia vào nhóm 2. Hy vọng Trang sẽ nhanh chóng, đi tắt đón đầu để cùng làm với các bạn khác.
Trong tuần này, một sự thật (không mới) được khai quật lại là những điều mô tả thì đơn giản nhưng khi bắt tay vào làm thì vỡ ra nhiều vấn đề. Trong đó, gồm có 1) khả năng thực hiện phân tích của máy tính, thời gian tiêu tốn; 2) trình tự chuỗi (+) và (-); 3) các giải thuật bắt cặp (giống cột) và những thông số lựa chọn. Ngoài ra, như thường lệ, Thảo có mối quan tâm để việc ứng dụng R trong tin sinh học. Điều này cho phép chúng ta có nhiều hơn 1 cách tiếp cận và phân tích số liệu khác nhau, qua đó 1) hiểu hơn và thuật toán cũng như chiến lược phân tích; 2) tìm ra cách tiếp cận tối ưu cả về thời gian, công sức và hiệu năng của máy tính.
Cá nhân tôi cũng thu lợi nhiều từ khóa học này. Hy vọng các bạn cũng vậy.
 
Sẽ công bố trình tự ADN của rùa nay mai

Điều kiện tiên quyết là các nhóm tác giả phải công bố trình tự DNA mà mình sử dụng lên NCBI để các nhóm khác có thể kiểm định độc lập.

Có tin mừng rồi, trước sau sẽ có cơ sở dự liệu ADN công bố. http://vnexpress.net/gl/khoa-hoc/2011/04/gui-gene-cu-rua-vao-ngan-hang-gene-the-gioi/

Nhưng, họ nhờ Thuỵ sỹ và sau 6 tháng mới có kết quả, vậy ở VN họ làm gì mà nhanh vậy, kết quả đưa lên báo phổ thông ầm ĩ.
Cách này dễ làm cho một người trở lên nổi tiếng---trước công chúng....và tiếp theo là nhiều lợi....và dân chúng tha hồ thán phục nền khoa học VN cùng với các đầu ngành....
 
Có tin mừng rồi, trước sau sẽ có cơ sở dự liệu ADN công bố. http://vnexpress.net/gl/khoa-hoc/2011/04/gui-gene-cu-rua-vao-ngan-hang-gene-the-gioi/

Nhưng, họ nhờ Thuỵ sỹ và sau 6 tháng mới có kết quả, vậy ở VN họ làm gì mà nhanh vậy, kết quả đưa lên báo phổ thông ầm ĩ.
Cách này dễ làm cho một người trở lên nổi tiếng---trước công chúng....và tiếp theo là nhiều lợi....và dân chúng tha hồ thán phục nền khoa học VN cùng với các đầu ngành....

"Thông thường phải mất 3 năm, hoặc 10 năm, ngân hàng gene thế giới mới công bố kết quả. Nhưng với cụ Rùa, dự kiến có thể là 6 tháng sẽ công bố", ông Tề nói.

Việc này chỉ đơn giản là giải 1 trình tự gene rồi gửi lên NCBI. Trên SHVN chắc cũng có tới hàng tá người làm rồi! Không hiểu nhà báo viết láo hay TS Tề bị nhầm lẫn với thông tin mất 3-10 năm (?) 6 tháng là đã quá lâu rồi! Và sự thật là công bố 1 trình tự trên ngân hàng gene nếu không đi kèm bài báo thì gần như không có ý nghĩa gì!
 
Với tư cách là các nhà nghiên cứu khoa học, Tôi nghĩ là các Bạn nên liên lạc trực tiếp với Tiến sĩ Tế để tìm hiểu thêm chi tiết.

==============

Điện thoại: 0241.841934
Di động: 0912.016959
Email: buiquangte@sbcglobal.net
Chức vụ: Trưởng phòng Sinh học Thực nghiệm, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản 1, Đình Bảng, Từ Sơn, Bắc Ninh.

. Tiến sĩ sinh học, bảo vệ năm 2001, Trường đại học khoa học tự nhiên, Đại học quốc gia Hà Nội.

. Kỹ sư NTTS, tốt nghiệp năm 1977, Trường đại học thúy sản.

Source:

http://www.ria1.org/modules/addresses/visit.php?cid=2&lid=94
 
Khả năng là cả hai. Bác này không rõ quy trình submit trình tự lên genebank, và bọn nhà báo nói thêm bằng cách nhấn mạnh chữ "Cụ Rùa". Tây nó quan tâm Cụ Rùa hay con Rùa hay thằng rùa nào đâu cơ chứ. Rõ khổ!
Dân trí thế này thì thảo nào sách mình dịch bán chả chạy :xinkieu:
 
Trong tuần vừa rồi, Thảo và Thọ vẫn còn xoay quanh việc kiểm tra việc chạy và so sánh các phần mềm, như chúng ta đã nhận định trong nhật ký của tuần trước: những điều tưởng chừng đơn giản khi bắt tay vào mới thấy có nhiều vấn đề. Trong khi đó Trang đã thực hiện rất nhanh các bước ban đầu, tìm hiểu phân tích tài liệu, thành thạo với việc dowload, sửa tiêu đề trình tự, cho đến việc bắt đầu thử chạy các phần mềm, về cơ bản đã nắm được tình hình của cả nhóm. Ngoài ra mọi người đã trở lại thảo luận kỹ hơn về vấn đề nhận định mức độ sai khác của DNA trong phân loài (chủ đề 1), so sánh phân loại học phân tử và phân loại học cổ điển (chủ đề 2.) Trang đã nêu nhận xét ban đầu về Maximum Likelihood (chủ đề 3.)
 
Trang có báo là đã xong nhiệm vụ của tuần 3 và chuẩn bị sang tuần 4. Nhưng tôi thấy tuần này hoạt động của lớp thật mù mờ, khó theo dõi. Cũng có thể là do tôi có việc không tập trung. Nhưng tôi đề nghị mọi người nộp kết quả của tuần 3 do mình đã làm xong tại đây. Mọi người cũng nhớ nén file kết quả bằng 7z để có dung lượng nhỏ.



Một tin vui là nhóm GS. Lê TB sẽ công bố trình tự của RHG "thật" (từ cụ đang được điều trị) lên GenBank. Nghĩa là chúng ta sẽ có thêm nguyên liệu để phân tích. Ngoài ra, nhóm Lê MD cũng thông báo đang submit công trình của mình và sẽ sớm công bố rộng rãi. Với công bố khoa học này chúng ta có thể so sánh với những phân tích của mình.
 
Tuần vừa rồi, lớp có 1 cuộc thảo luận có ý nghĩa xung quanh câu hỏi của Trang "Ý nghĩa của việc bắt cặp trình tự và xóa bỏ các trình tự không đồng bộ?". Tôi thấy những ý kiến mà Thảo và Thọ đưa ra đều xác đáng. Đáng chú ý, quá trình phân tích hiện đang xoay quanh trở ngại về vấn đề chú giải thông tin về khóa phân loại đối với các trình tự. Thảo đang tối ưu hóa công cụ R để việc gắn thông tin về phân loại học trở lại trình tự 1 cách tự động. Tuy nhiên, điều dễ dàng thấy được là định dạng FASTA đã không còn tỏ ra tối ưu trong các phân tích tiếp theo. Đề nghị mọi người suy nghĩ về hướng sử dụng 1 định dạng khác, sao cho phải bảo đảm 1) lưu được thông tin phân loại, thuận tiện trong việc nhóm (grouping) các trình tự thuộc các taxa với nhau; 2) dễ dàng sử dụng cho các phân tích tiếp theo như vẽ cây biểu diễn mối quan hệ tiến hóa. Tôi đề cử NEXUS.


Mọi người cũng cần tập trung vào trọng tâm của nhiệm vụ Bài 4: đó là về các mô hình tiến hóa (models of sequence evolution) và/hoặc tính toán khoảng cách di truyền (genetic distance) trong và giữa các taxa. Cụ thể là về cách mô hình như Jukes-Cantor (JC), Kimura 2 thông số (K2P), Felsenstein 1981 (F81), Hasegawa, Kishino & Yano 1985 (HKY85) và General reversible model (REV). Rõ ràng càng về sau mô hình càng phức tạp và linh hoạt (thông minh?) nhưng câu hỏi đặt ra liệu càng phức tạp thì có càng đưa kết quả phân tích gần với (/phản ánh) thực tiễn hay không? Câu trả lời nên viết tại đây.


Chúc mọi người học tập vui vẻ,
 
Tuần vừa qua thật nhiều ý nghĩa. Một phần là giao diện mới của tủ sách VLOS mang dáng dấp hiện đại hơn, thân thiện hơn. Phần liên quan đến khóa học là chúng ta chào đón kết quả đầu tiên của nhóm 3. Đó là phần phân tích khoảng cách di truyền trong loài (intra-species genetic distance) giữa các gene 16S RNA của các loài trong bộ Rùa. Đây mới là kết quả bước đầu những cũng có thể cho chúng ta hình dung sơ bộ sự biến động di truyền của bộ Rùa tại gene quan tâm này. Tôi mong rằng, các gene Nd4 và cytb sẽ sớm hoàn thành để cung cấp một bức tranh rộng hơn, đa dạng hơn. Rất hoan nghênh các bạn không thuộc lớp học tham quan và cho nhận định về kết quả mới làm ra của nhóm.
 

Facebook

Thống kê diễn đàn

Threads
11,656
Messages
71,561
Members
56,293
Latest member
fox789nl
Back
Top