Next generation sequencing

[cnvs]

Mình thấy trong diễn đàn đã có phần nói sơ qua về vấn đề này.

Nếu bác nào làm về mảng này thì giải thích thêm với.

Chắc là o ai trong diễn đàn làm hay sao mà thấy im quá?!

 

[vienlua]

hiện nay các phòng thí nghiệm trên thế giới dùng máy Miseq và Hiseq nhiều.
Mọi người có biết nhiều vào thảo luận đi.
ở Việt Nam mình thì có các máy này ở đâu ạ

 

[Juhuvn]

Ở Việt Nam đang có nhiều nơi ứng dụng các thiết bị đọc trình tự thế hệ mới (NGS) vào nghiên cứu (viện công nghệ sinh học của Viện KH&CN có máy IonTorrent PGM, illumina MiSeq, Solid 454...) và thực tiễn (viện huyết học, công ty gentis, viện lao phổi, ...).

Tuy nhiên, do đặc thù của các thiết bị NGS là tạo ra một khối lượng dữ liệu lớn lên tới 7.5Gbp (MiSeq) nên việc xử lý, phân tích dữ liệu cũng là một vấn đề. Trong nước hiện nay có một số nhóm đã và đang xử lý dữ liệu NGS như là Phòng Tin sinh học của Viện CNSH, Viện KH&CN VN, nhóm ở ĐHQG HN, nhóm ở viện di truyền nông nghiệp, ....

Nếu các bạn có quan tâm tới NGS và xử lý dữ liệu NGS thì tham khảo trang www.tinsinhhoc.org.

 

[vienlua]

bạn cho mình hỏi là thuê một lần chạy thì hết bao nhiêu tiền với loại máy Miseq?

Thanks

 

[Juhuvn]

bạn cho mình hỏi là thuê một lần chạy thì hết bao nhiêu tiền với loại máy Miseq?

Thanks

Chi phí cho một lần đọc trình tự (có thể lên tới 96 mẫu) rơi vào khoảng 70~100tr. Tổng dữ liệu bạn thu về được sẽ là khoảng 7GB~15GB. Chất lượng mỗi base là QC>30.

Bạn có thể liên hệ với công ty làm dịch vụ đọc trình tự NGS ở Việt Nam như BioMedic, ở TQ như Beijing Genome Institute (BGI - công xưởng đọc trình tự của thế giới), ở Hàn Quốc như MacroGen, ...

Nếu bạn cần phân tích dữ liệu NGS thu được (tiền xử lý, lắp ráp/alignment, phân tích đột biến SNP, ...) thì liên hệ www.tinsinhhoc.org.

 

[Giaptrinh]

Hi all,
Sắp tới mình có một số mẫu DNA genome từ vi khuẩn và muốn phân tích whole genome seq để phát hiện SNP và InDel, thì không biết nên chọn loại plaform nào Hi hay Miseq và cũng đang tìm công ty nào có thể phân tích các thông số này. Có bạn nào đã từng làm rồi cho mình thông tin được không?