Go Back   Diễn đàn Sinh học Việt Nam > Giảng đường > Di truyền - Sinh học phân tử

  
Trả lời
 
Ðiều Chỉnh Xếp Bài
Old 03-12-12, 20:51   #11
Nguyễn Ngọc Lương
Administrator
 
Nguyễn Ngọc Lương's Avatar
 
Tham gia ngày: Nov 2005
Đến từ: Đại học Huế
Bài gửi: 2,140
Thanks: 157
Thanked 713 Times in 421 Posts
Hihi, cám ơn bạn Thảo đã chỉ ra chỗ sai.
Sau một hồi tìm kiếm google về bootstraping trong phylogenetic analysis of a.a sequence thì trang sau cho ta hình dung rõ ràng nhất:
http://www.icp.ucl.ac.be/~opperd/private/bootstrap.html

Lưu ý ở đây các con số lấy mẫu (sampling) sẽ được máy tạo ra ngẫu nhiên. Như vậy ta có các con số từ 0 đến 10 để thay vào đó, miễn sao tổng số lần lấy mẫu = 10.
__________________
Molecular biology is deceptively simple.
Method is everything but the devil is in the detail
Molecular biology and religion have one thing in common: you must have faith in what you can not see
Nguyễn Ngọc Lương is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 04-12-12, 09:48   #12
biotech51
Thành viên
 
biotech51's Avatar
 
Tham gia ngày: Jun 2008
Bài gửi: 22
Thanks: 16
Thanked 0 Times in 0 Posts
Cảm ơn các bác đã nhảy vào giúp em hiểu thêm về vấn đề này. Em còn một chút thắc mắc nữa, mong các bác giải thích giúp.

1. vấn đề tạo mẫu phụ: bằng cách "các vị trí từ chuỗi trình tự đã sắp xếp thẳng hàng sẽ được đảo chỗ cho nhau một cách ngẫu nhiên để tạo ra nhiều mẫu phụ" - theo giải thích của bác Trần Hoàng Dũng.

Em chưa hiểu rõ về vấn đề này bởi vì em nghĩ là khi sequence ra 1 trình tự thì sao có thể đảo trình tự nucleotide đươc, bởi vì nó sẽ làm thay đổi trình tự aa, làm thay đổi chức năng của gen.

2. khi so sánh trình tự, thì mỗi lẫn so sánh với 1 trình tự chuẩn nào đó trên ngân hàng gen (có nghĩa là nếu so sánh 1000 lần với 1000 trình tự khác) hay so sánh với tất cả ngân hàng gene.

Mong các bác chỉ giúp thêm cho em với ạ
biotech51 is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 04-12-12, 16:11   #13
Nguyễn Ngọc Lương
Administrator
 
Nguyễn Ngọc Lương's Avatar
 
Tham gia ngày: Nov 2005
Đến từ: Đại học Huế
Bài gửi: 2,140
Thanks: 157
Thanked 713 Times in 421 Posts
Bạn không xem cái trang web tôi gửi rồi. Bác Dũng diễn giải chưa chính xác. Không phải là xáo cột mà là "lấy mẫu". Như trong ví dụ ở trang web đó, sau khi bạn đã có sắp gióng cột như ma trận bên trái, bạn sẽ tạo ra các "mẫu giả" bằng cách xem mỗi cột là một lần lấy mẫu. Tổng cộng bạn có 10 cột, vậy nghĩa là bạn phải lấy mẫu 10 lần. Như vậy sẽ có những cột bạn không lấy lần nào, còn cột khác bạn lấy nhiều hơn 1 lần (ví dụ mẫu 1 thì cột số 5 được "lấy mẫu" 3 lần (bạn thấy nó lặp 3 lần ở ma trận phía bên phải), miễn là tổng số lần lấy mẫu = 10.
Lý do vì sao người ta làm như vậy mà lại có giá trị "thống kê" thì tôi không rõ. Nhưng bạn cứ hình dung có một cách gióng cột và tính khoảng cách tiến hóa đúng nhất đâu đó mà ta không biết. Vì ta không biết về nó, nên phải dùng các mô hình toán học để tính toán xấp xỉ. Và bootstrap là một phương pháp toán để thay vì kiểm tra tất cả các mô hình toán khác nhau thì chỉ làm việc với một mô hình, nhưng lại "resample" cái mẫu có sẵn để đảm bảo kết quả có được xấp xỉ với kết quả thực đâu đó mà ta không biết.

Tôi không hiểu câu hỏi 2 của bạn có liên quan gì đến phylogenetics.
__________________
Molecular biology is deceptively simple.
Method is everything but the devil is in the detail
Molecular biology and religion have one thing in common: you must have faith in what you can not see
Nguyễn Ngọc Lương is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 04-12-12, 22:35   #14
pththao
Thành viên
 
pththao's Avatar
 
Tham gia ngày: Apr 2010
Đến từ: Germany
Bài gửi: 257
Thanks: 165
Thanked 193 Times in 139 Posts
Trích:
Em chưa hiểu rõ về vấn đề này bởi vì em nghĩ là khi sequence ra 1 trình tự thì sao có thể đảo trình tự nucleotide đươc, bởi vì nó sẽ làm thay đổi trình tự aa, làm thay đổi chức năng của gen
Mình hiểu thế này: Tuy khả năng hoạt động của protein phụ thuộc vào thứ tự chuỗi amino acid, nhưng khoảng cách di truyền nói chung chỉ so sách hai chuỗi có bao nhiêu giống, bao nhiêu khác tại cùng một vị trí nên việc đảo lộn các cột (có thể xảy ra với resampling) nói chung không ảnh hưởng gì đến khoảng cách di truyền (nhưng có thể ảnh hưởng đến alignment nếu đảo lộn thực hiện trước alignment).

Hai bài này có vẻ classic về bootstrap trong phylogeny.

http://www.jstor.org/stable/2408678?seq=3

http://www.pnas.org/content/93/23/13429.full
pththao is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 06-12-12, 09:21   #15
biotech51
Thành viên
 
biotech51's Avatar
 
Tham gia ngày: Jun 2008
Bài gửi: 22
Thanks: 16
Thanked 0 Times in 0 Posts
cảm ơn các bác rất nhiều, em đã bắt đầu hiểu láng máng về cái bootstrap này rồi.

em xin nhờ các bác chỉ thêm cho em một chút nữa. khi em sử dụng bioedit để align các trình tự và chuyển sang MEGA để vẽ cây, em thấy có 3 dạng cây là Maximum Likehood, Neighbor-Joining, và Minimum Evolution.

Em hiểu là các cây này được hình thành bởi các cách kiểm tra bootstrap khác nhau thôi.

Vậy nên em muốn nhờ các bác kiểm tra giúp em xem em hiểu như thế có đúng không và em muốn biết thêm về bản chất 3 dạng cây này là thế nào.

Em đọc tài liệu thấy nó nói dạng NJ là dạng khá đơn giản, nhưng dạng ML mới có độ chính xác và tin cậy cao hơn. nhờ các bác chỉ thêm cho em về vấn đề này ạ.

Em xin cảm ơn rất nhiều.
biotech51 is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 07-12-12, 16:22   #16
pththao
Thành viên
 
pththao's Avatar
 
Tham gia ngày: Apr 2010
Đến từ: Germany
Bài gửi: 257
Thanks: 165
Thanked 193 Times in 139 Posts
Bạn hiểu distance matrix là gì chứ? Sơ đồ X -> D -> T trong bài này bạn hiểu k?

http://www.pnas.org/content/93/23/13429.full
pththao is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 12-02-14, 16:03   #17
vienlua
Thành viên
 
vienlua's Avatar
 
Tham gia ngày: Jan 2013
Bài gửi: 18
Thanks: 1
Thanked 4 Times in 4 Posts
em có ý kiến về bootstrap
Em có đọc một số bài dùng bootstrap thì họ nói là ít nhất phải lấy mẫu chiếm 80% tổng số mẫu có để thực hiện các bước trong bootstrap. Sau đó tính xác suất của các mẫu đó ở mức 1% hay 5% cho đến khi hết. Sau đó tính tỉ lệ % của các mẫu và đưa ra giá trị bootstrap posterior probability về sự xuất hiện của mẫu đó

Em cũng chưa rõ lắm, mong các bác chỉ giáo thêm
vienlua is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 25-07-14, 09:16   #18
Đại Quảng_TK_HD
Thành viên
 
Đại Quảng_TK_HD's Avatar
 
Tham gia ngày: Jul 2014
Bài gửi: 18
Thanks: 3
Thanked 10 Times in 7 Posts
sách này hay quá
Đại Quảng_TK_HD is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 18-03-15, 16:06   #19
chiecla68
Registered Users
 
chiecla68's Avatar
 
Tham gia ngày: Mar 2015
Bài gửi: 1
Thanks: 0
Thanked 0 Times in 0 Posts
chào các bạn
các bạn làm ơn cho mình hỏi khi đọc bài báo về phân tích trình tự gen, mình thấy họ hay viết "các vị trí biến đổi có ý nghĩa parsimony", mình không hiểu ý nghĩa Parsimony nghĩa là gì?
bạn nào biết trả lời hộ mình với
Many thanks các bạn
chiecla68 is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 07-06-16, 23:23   #20
Anh Loan
Registered Users
 
Anh Loan's Avatar
 
Tham gia ngày: Jun 2016
Bài gửi: 1
Thanks: 0
Thanked 0 Times in 0 Posts
em cảm ơn anh, bài viết rất hay ạ. Nó rất sát vào quy trình thực tế để dễ sử dụng, em cũng đang tìm hểu về vấn đề cây phát sinh, tuy không vào được đừng link nhưng đọc bài viết của anh em cũng hiểu được khá khá, hiện em đang thắc mắc về nghiên cứu phát sinh chủng loại dựa trên số liệu protein và isozyme, số liệu đa hình DNA (RFLP, RFAP, SSR), em có tìm hiểu nhưng không được rõ ràng lắm, anh có thể gửi em xin đường link chi tiết để em tìm hiểu thêm được không ạ?
Anh Loan is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Trả lời

Ðiều Chỉnh
Xếp Bài

Chuyển đến

Similar Threads
Ðề tài Người gửi Chuyên mục Trả lời Bài mới gởi
Phylogeny và các thuật ngữ liên quan Cao Xuân Hiếu Thuật ngữ chuyên ngành 16 01-07-11 17:31
Sâu bệnh và thiên địch Trần Văn Hải Sinh thái - Tiến hóa - Đa dạng sinh học 2 08-03-08 16:30
Muốn ước tính giá trị thiết bị thì làm sao Nguyễn Duy Hưng BioMarket 1 13-06-06 10:09
Các yêu cầu cần thiết để một dự án khả thi được chấp nhận đầu tư Hoàng Đức Minh Thảo luận chung 3 24-04-06 19:19
Giới thiệu bộ sưu tập Thiên nhiên Việt Nam của anh Phùng Mỹ Trung Dương Văn Cường Sinh thái - Tiến hóa - Đa dạng sinh học 12 01-01-06 15:54


vB 3.8.7 Copyright © 2000 - 2017, Jelsoft Enterprises Ltd.