Go Back   Diễn đàn Sinh học Việt Nam > Giảng đường > Tin sinh học

Tin sinh học Một bộ môn mới đầy triển vọng

Trả lời
 
Ðiều Chỉnh Xếp Bài
Old 26-08-07, 23:37   #1
Lê Vũ Hồng Hải
Registered Users
 
Lê Vũ Hồng Hải's Avatar
 
Tham gia ngày: Mar 2007
Đến từ: Đại học Nông Lâm Tp Hồ Chí Minh
Bài gửi: 26
Thanks: 3
Thanked 0 Times in 0 Posts
Mình đang nghiên cứu về phần mềm NTSYSpc phiên bản 2.1. Hiện mình đã có được chương trình và cuốn hướng dẫn bằng tiếng Anh. Mình đã đọc và nghiên cứu thì hiểu được đó là phần mềm dùng để phân tích sự đa dạng đặc điểm di truyền dựa vào kỹ thuật PCR mẫu DNA + điện di nhưng vẫn ko biết được cách sử dụng nó như thế nào???.
Anh/Chị hay bạn nào biết cách sử dụng thì chỉ mình với. Mình xin cảm ơn!!
(Note: mình ko phải là dân Sinh-tin nên đọc tài liệu hướng dẫn ko hiểu gì hết !!!)
Lê Vũ Hồng Hải is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn

Sponsored Links
Old 27-08-07, 05:08   #2
Trịnh Thành Trung
 
Trịnh Thành Trung's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2006
Đến từ: Institute of Medical Microbiology, Greifswald, Germany
Bài gửi: 279
Thanks: 7
Thanked 28 Times in 16 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Lê Vũ Hồng Hải View Post
Mình đang nghiên cứu về phần mềm NTSYSpc phiên bản 2.1. Hiện mình đã có được chương trình và cuốn hướng dẫn bằng tiếng Anh. Mình đã đọc và nghiên cứu thì hiểu được đó là phần mềm dùng để phân tích sự đa dạng đặc điểm di truyền dựa vào kỹ thuật PCR mẫu DNA + điện di nhưng vẫn ko biết được cách sử dụng nó như thế nào???.
Anh/Chị hay bạn nào biết cách sử dụng thì chỉ mình với. Mình xin cảm ơn!!
(Note: mình ko phải là dân Sinh-tin nên đọc tài liệu hướng dẫn ko hiểu gì hết !!!)
Chào bạn
Theo tôi hiểu thì đây là phần mềm được dùng để đánh giá độ tương đồng về 'DNA band profiles' của các chủng nghiên cứu ( Ví dụ như vi sinh vật...). Qua đó, nhóm chúng vào các nhóm khác nhau (distinct clusters) va thể hiện chúng trên cái 'dendrogram'
Đây là một công cụ nghiên cứu hỗ trợ cho việc phân tích các số liệu về 'typing method' của một loài nào đó. Đặc biệt rất quan trọng trong nghiên cứu về dịch tễ học (Epidemiology)
Từ các kết quả điện di của phương pháp PCR như; AFLP, RFLP, RAPD, ribotying... hoặc PFGE, ta sẽ thu được các 'DNA band profiles' khác nhau. Sau đó sử dụng các phương pháp tính toán; Dice coefficient hay Pearson correlation coeficient, ta sẽ tính được độ tương đồng của các 'DNA band profiles'. Cuối cùng, ta sẽ sử dụng thuật toán UPGMA để xây dựng cái 'dendogram' cho các DNA band profiles đó. So sánh mối liên hệ của các chủng nghiên cứu.
Thông thường, mình hay thấy người ta sử dụng phần mềm BioNumerics hay GelCompare để phân tích.
Nếu có thể, bạn cho mình xin một bản copy về phần mềm NTSYSpc và bản 'hướng dẫn sử dụng trước khi dùng' của phần mềm đó? Mình sẽ cùng tham khảo và thảo luận với bạn.
Best wishes
Trịnh Thành Trung is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 27-08-07, 12:59   #3
Lâm Vỹ Nguyên
Thành viên
 
Lâm Vỹ Nguyên's Avatar
 
Tham gia ngày: Nov 2005
Đến từ: Đại học Nông Lâm TpHCM
Bài gửi: 26
Thanks: 0
Thanked 0 Times in 0 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Lê Vũ Hồng Hải View Post
Mình đang nghiên cứu về phần mềm NTSYSpc phiên bản 2.1. Hiện mình đã có được chương trình và cuốn hướng dẫn bằng tiếng Anh. Mình đã đọc và nghiên cứu thì hiểu được đó là phần mềm dùng để phân tích sự đa dạng đặc điểm di truyền dựa vào kỹ thuật PCR mẫu DNA + điện di nhưng vẫn ko biết được cách sử dụng nó như thế nào???.
Anh/Chị hay bạn nào biết cách sử dụng thì chỉ mình với. Mình xin cảm ơn!!
(Note: mình ko phải là dân Sinh-tin nên đọc tài liệu hướng dẫn ko hiểu gì hết !!!)
em cho anh địa chỉ mail anh gởi file hướng dẫn cho (file hơn 800kb, ko gởi lên diễn đàn được).
Nếu em cần gấp thì tới Trung tâm Phân tích (khu Cẩm Tú) hỏi mấy anh chị K29 đang làm đề tài trong đó. Mấy anh chị đó sẽ giúp em.
Chúc em thành công
Lâm Vỹ Nguyên is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 27-08-07, 22:50   #4
Lê Vũ Hồng Hải
Registered Users
Thread starter
 
Lê Vũ Hồng Hải's Avatar
 
Tham gia ngày: Mar 2007
Đến từ: Đại học Nông Lâm Tp Hồ Chí Minh
Bài gửi: 26
Thanks: 3
Thanked 0 Times in 0 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Trịnh Thành Trung View Post
Chào bạn
Theo tôi hiểu thì đây là phần mềm được dùng để đánh giá độ tương đồng về 'DNA band profiles' của các chủng nghiên cứu ( Ví dụ như vi sinh vật...). Qua đó, nhóm chúng vào các nhóm khác nhau (distinct clusters) va thể hiện chúng trên cái 'dendrogram'
Đây là một công cụ nghiên cứu hỗ trợ cho việc phân tích các số liệu về 'typing method' của một loài nào đó. Đặc biệt rất quan trọng trong nghiên cứu về dịch tễ học (Epidemiology)
Từ các kết quả điện di của phương pháp PCR như; AFLP, RFLP, RAPD, ribotying... hoặc PFGE, ta sẽ thu được các 'DNA band profiles' khác nhau. Sau đó sử dụng các phương pháp tính toán; Dice coefficient hay Pearson correlation coeficient, ta sẽ tính được độ tương đồng của các 'DNA band profiles'. Cuối cùng, ta sẽ sử dụng thuật toán UPGMA để xây dựng cái 'dendogram' cho các DNA band profiles đó. So sánh mối liên hệ của các chủng nghiên cứu.
Thông thường, mình hay thấy người ta sử dụng phần mềm BioNumerics hay GelCompare để phân tích.
Nếu có thể, bạn cho mình xin một bản copy về phần mềm NTSYSpc và bản 'hướng dẫn sử dụng trước khi dùng' của phần mềm đó? Mình sẽ cùng tham khảo và thảo luận với bạn.
Best wishes
Chào anh Trịnh Thành Trung !
Đọc những gì anh viết em thấy dường như anh có biết về ngôn ngữ sinh-tin đúng ko ?!! (vì anh biết dùng thuật toán UPGMA để xây dựng cây phả hệ). Còn em mới bắt đầu tìm hiểu về sinh-tin nên kiến thức của em còn hạn chế lắm! Mong anh chỉ bảo thêm nhiều !
Còn về phần mềm NTSYSpc 2.1 và bản hướng dẫn sử dụng, nếu anh muốn lấy full version thì anh cho em địa chỉ mail em sẽ gửi cho anh vì nó khá nặng, còn nếu anh muốn sử dụng demo version thì anh vào trang web này tải về http://main.cs.qub.ac.uk/~fmurtagh/c...c/ntsyspc.html (trong đó cũng có bản hướng dẫn sử dụng).
Chúc anh luôn vui khỏe !
Lê Vũ Hồng Hải is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 27-08-07, 23:00   #5
Lê Vũ Hồng Hải
Registered Users
Thread starter
 
Lê Vũ Hồng Hải's Avatar
 
Tham gia ngày: Mar 2007
Đến từ: Đại học Nông Lâm Tp Hồ Chí Minh
Bài gửi: 26
Thanks: 3
Thanked 0 Times in 0 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Lâm Vỹ Nguyên View Post
em cho anh địa chỉ mail anh gởi file hướng dẫn cho (file hơn 800kb, ko gởi lên diễn đàn được).
Nếu em cần gấp thì tới Trung tâm Phân tích (khu Cẩm Tú) hỏi mấy anh chị K29 đang làm đề tài trong đó. Mấy anh chị đó sẽ giúp em.
Chúc em thành công
Chào anh Nguyên !
File hướng dẫn anh nói có phài là ntsysguide2.1 (862kb) đúng ko anh?! Nếu là file đó thì em có rồi. Nếu ko phải hoặc anh có thêm dữ liệu nào khác thì anh có thể gửi cho em qua địa chỉ mail bbbluck86@gmail.com. Em cảm ơn anh !
Chúc anh luôn vui khỏe !
Lê Vũ Hồng Hải is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 31-08-07, 15:00   #6
Trịnh Thành Trung
 
Trịnh Thành Trung's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2006
Đến từ: Institute of Medical Microbiology, Greifswald, Germany
Bài gửi: 279
Thanks: 7
Thanked 28 Times in 16 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Lê Vũ Hồng Hải View Post
Chào anh Trịnh Thành Trung !
Đọc những gì anh viết em thấy dường như anh có biết về ngôn ngữ sinh-tin đúng ko ?!! (vì anh biết dùng thuật toán UPGMA để xây dựng cây phả hệ). Còn em mới bắt đầu tìm hiểu về sinh-tin nên kiến thức của em còn hạn chế lắm! Mong anh chỉ bảo thêm nhiều !
Còn về phần mềm NTSYSpc 2.1 và bản hướng dẫn sử dụng, nếu anh muốn lấy full version thì anh cho em địa chỉ mail em sẽ gửi cho anh vì nó khá nặng, còn nếu anh muốn sử dụng demo version thì anh vào trang web này tải về http://main.cs.qub.ac.uk/~fmurtagh/c...c/ntsyspc.html (trong đó cũng có bản hướng dẫn sử dụng).
Chúc anh luôn vui khỏe !
Mình đã gửi thư cho Hải qua địa chỉ email bbbluck86@gmail.com. Hải nhớ check hộp thư nhé!!!
Best wishes.
Trịnh Thành Trung is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 06-09-07, 22:42   #7
Lê Vũ Hồng Hải
Registered Users
Thread starter
 
Lê Vũ Hồng Hải's Avatar
 
Tham gia ngày: Mar 2007
Đến từ: Đại học Nông Lâm Tp Hồ Chí Minh
Bài gửi: 26
Thanks: 3
Thanked 0 Times in 0 Posts
Mình đang tìm hiểu về ứng dụng PCOORDA trong phần mềm NTSYSpc 2.1. Mình đã bíêt cách sử dụng nhưng vẫn chưa biết cách đọc kết quả tree plot dạng không gian 3 chiều (ý nghĩa của mỗi coordinate), ý nghĩ sinh học khi vẽ được tree plot như vậy. Vậy có Anh/Chị hay bạn nào biết thì chỉ mình với. Mình cảm ơn !
Lê Vũ Hồng Hải is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 18-02-10, 23:11   #8
Nguyễn Hoàng Hân
Registered Users
 
Nguyễn Hoàng Hân's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2009
Đến từ: An Giang University
Bài gửi: 7
Thanks: 0
Thanked 0 Times in 0 Posts
Mình cũng đang tìm phần mền này, anh chị nào đang giữ up cho em xin với nghe!

Thanks nhiều lắm!
Nguyễn Hoàng Hân is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 26-03-12, 15:09   #9
phan3tan
Registered Users
 
phan3tan's Avatar
 
Tham gia ngày: Mar 2012
Bài gửi: 1
Thanks: 0
Thanked 0 Times in 0 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Lâm Vỹ Nguyên View Post
em cho anh địa chỉ mail anh gởi file hướng dẫn cho (file hơn 800kb, ko gởi lên diễn đàn được).
Nếu em cần gấp thì tới Trung tâm Phân tích (khu Cẩm Tú) hỏi mấy anh chị K29 đang làm đề tài trong đó. Mấy anh chị đó sẽ giúp em.
Chúc em thành công
Mail: phan3tan@gmail.com
Anh cho em xin hướng dẫn với ạ. E vừa mới tải được phần mềm này, nhưng chưa biết sử dụng. Cảm ơn anh!
phan3tan is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Trả lời

Ðiều Chỉnh
Xếp Bài

Chuyển đến


vB 3.8.7 Copyright © 2000 - 2018, Jelsoft Enterprises Ltd.