Go Back   Diễn đàn Sinh học Việt Nam > Phòng thí nghiệm > Làm thí nghiệm với acid nucleic

Làm thí nghiệm với acid nucleic Tách chiết, đo OD, điện di, cắt giới hạn, ligation, biến nạp, cloning, blotting...

Trả lời
 
Ðiều Chỉnh Xếp Bài
Old 10-05-05, 19:14   #11
Cao Xuân Hiếu
Administrator
 
Cao Xuân Hiếu's Avatar
 
Tham gia ngày: Nov 2004
Đến từ: Gatersleben, Germany
Bài gửi: 1,552
Thanks: 113
Thanked 320 Times in 173 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi sv_ngheo
Trích:
Khi load mẫu vào giếng đặt trong bể điện di thì DNA do đã hình thành liên kết yếu với bromphenol blue nên lắng nhanh xuống đáy giếng, chẳng ai phải đánh đuổi ai cả.
Bây giờ mới biết là Bromophenol blue (biết đâu lại cả cylenxyanol) có cái chức năng kéo mẫu xuống . vẹtBio ơi, cái này hay à nha !!!!! chuyện lạ à nha !!!!!! phét minh mới à nha !!!!!!!!

Từ thuở biết cầm pippet tới giờ chỉ biết có succrose, glycerol .. có cái chức năng ấy thôi !!!


Mình phải xem lại kiến thức của mình mới được !!!!!!!!!
okie im wrong. nó chỉ có chức năng color marker và pH indicator thôi.
Cao Xuân Hiếu is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 11-05-05, 22:35   #12
sv_ngheo
Registered Users
 
sv_ngheo's Avatar
 
Tham gia ngày: Jan 2005
Bài gửi: 88
Thanks: 2
Thanked 30 Times in 20 Posts
Chời..ơi, tưởng đâu kiến thức mình còn hổng, hóa ra người ta nhầm !


Tôi sẽ nêu ra đây một số mẹo rất hay trong quá trình thực nghiệm làm điện di, mong rằng mọi người cùng rút kinh nghiệm:

- Cẩn thận pha nhầm, thay vì buffer lại đổ dI H2O vào

- Để tránh bọt khi đổ gel agar, rất đơn giản, đổ buffer vào, ngồi suy nghĩ khoảng 10 phút mình đã ăn món gì tối hôm qua. OK, cho vào lò visóng, đun OK đi, bọt rất ít, vì tinh bột bị no quá rồi....

- Đừng rút comb trước 30 phút, để đáy well ổn định hơn... Nên dùng một số dung dịch (loại chống bám dính) lau kỹ răng, sẽ OK hơn.

- Nếu rỗi rãi, đổ buffer ra cái chén, thử trước xem tối thiểu mất bao nhiêu dye thì kéo được mẫu xuống đáy well. Nên cho tối thiểu dye để kết quả là đẹp nhất khi chụp ảnh. Nếu dùng commecial dye thì chỉ cần 0.5X là đủ.

- Ảnh sẽ rất đẹp nếu đổ gel nồng độ thấp (<1%) và mỏng (<0.5cm).

- Nếu cần thôi gel mà wells quá nhỏ, lấy băng keo trong, dán dăm răng lại, tha hồ load mẫu, nhiêu cũng được. Nên chia bản gel thành 2 phần, một nhuộm lấy tương quan để cắt trích nửa còn lại.

- Đề phòng trường hợp SSCP (đa hình hình dạng sợi), nên dùng dye có formamide (chỉ có ích nhiều khi chạy PAGE).

- Đổ sẵn dăm bản, hoặc đổ một bản to rồi tùy thuộc số mẫu cần kiểm tra mà cắt ra số wells cần thiết...

- Trước khi dùng nên rửa sạch đáy wells, đề phòng "rác" hoặc agar dư..


Đó mới chỉ là một số ít kinh nghiệm chạy gel agar thôi, còn chạy PAGE tôi có cả tỉ kinh nghiệm, toàn là xương máu, đủ dùng....

Sẽ chia sẻ nếu có người cần !
sv_ngheo is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 13-05-05, 07:09   #13
Nguyễn Xuân Hưng
Administrator
Thread starter
 
Nguyễn Xuân Hưng's Avatar
 
Tham gia ngày: Jul 2004
Đến từ: Genetics of Drosophila Immune Response, IBMC, University of Strasbourg
Bài gửi: 2,169
Thanks: 307
Thanked 775 Times in 425 Posts
Trích:
Đừng rút comb trước 30 phút, để đáy well ổn định hơn... Nên dùng một số dung dịch (loại chống bám dính) lau kỹ răng, sẽ OK hơn.
Nên dùng chất gì làm chất chống bám dính?

Trích:
Đề phòng trường hợp SSCP (đa hình hình dạng sợi), nên dùng dye có formamide (chỉ có ích nhiều khi chạy PAGE).
Bạn có thể nói rõ hơn không?

Khi chỉ cần xác định xem PCR có ra sản phẩm không thì khi cần 16 giếng chẳng hạn, chỉ cần đổ 8 giếng rồi cắm thêm một cái lựợc ở giữa, khoảng chạy bị ngắn đi nhưng chả sao, lại tiết kiệm được nhiều thứ.


Trích:
Đó mới chỉ là một số ít kinh nghiệm chạy gel agar thôi, còn chạy PAGE tôi có cả tỉ kinh nghiệm, toàn là xương máu, đủ dùng....

Sẽ chia sẻ nếu có người cần !
Có tôi cần nè. Rất mong mọi người cùng đóng góp, chia xẻ kinh nghiệm.

Có một cách chụp ảnh trong trường hợp điện di protein rất nét đó là bọc cái gel (sau khi điện di xong) vào nilon trong, sau đó cho vào mày.... scan .
__________________
Burning on the ice
Nguyễn Xuân Hưng is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 13-05-05, 12:41   #14
sv_ngheo
Registered Users
 
sv_ngheo's Avatar
 
Tham gia ngày: Jan 2005
Bài gửi: 88
Thanks: 2
Thanked 30 Times in 20 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi casper
Nên dùng chất gì làm chất chống bám dính?!

Một số chất có thể chống bám dính như Sigma code (Sigma), Repel Silane (PlusOne) hoặc BlueSlick (Serva)... Yên tâm là đều vô hại cho quá trình điện di vì đều là những chất chuyên dụng.. (có thể check qua google)




Trích:
Đề phòng trường hợp SSCP (đa hình hình dạng sợi), nên dùng dye có formamide (chỉ có ích nhiều khi chạy PAGE).

Bạn có thể nói rõ hơn không?

Bạn xem lại khái niệm SSCP, khi có mặt formamide - tác nhân gây biến tính - thì DNA duỗi ra sạch, làm gì còn conformation polymophism...



Trích:
Có tôi cần nè. Rất mong mọi người cùng đóng góp, chia xẻ kinh nghiệm.

Nói chung là phải thông qua trao đổi, chứ tôi cứ độc thoại một mình rất dở. Bạn cần hỏi gì về PAGE?
sv_ngheo is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 13-05-05, 15:46   #15
Nguyễn Xuân Hưng
Administrator
Thread starter
 
Nguyễn Xuân Hưng's Avatar
 
Tham gia ngày: Jul 2004
Đến từ: Genetics of Drosophila Immune Response, IBMC, University of Strasbourg
Bài gửi: 2,169
Thanks: 307
Thanked 775 Times in 425 Posts
Trích:
Nói chung là phải thông qua trao đổi, chứ tôi cứ độc thoại một mình rất dở. Bạn cần hỏi gì về PAGE?
Kinh nghiệm của bạn để có một bản gel đẹp? Ở một vài box khác tôi thấy bàn đến vấn đề khi không có SDS protein bị đóng thành cục ở đầu giếng.

http://sinhhocvietnam.com/vn/modules...iewtopic&t=414

http://sinhhocvietnam.com/vn/modules...iewtopic&t=498

bạn nghĩ sao về vấn đề này? Cách khắc phục?
__________________
Burning on the ice
Nguyễn Xuân Hưng is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 25-05-05, 15:24   #16
sv_ngheo
Registered Users
 
sv_ngheo's Avatar
 
Tham gia ngày: Jan 2005
Bài gửi: 88
Thanks: 2
Thanked 30 Times in 20 Posts
Tiếc là tôi chỉ có kinh nghiệm về PAGE đối với DNA thôi, còn với protein, xin nói thẳng là tôi không biết gì mấy

Bạn có câu hỏi nào về điện di đối với DNA không, tôi sẽ cố gắng thử trả lời
sv_ngheo is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 25-05-05, 15:40   #17
Thành viên cũ
Registered Users
 
Thành viên cũ's Avatar
 
Tham gia ngày: Jul 2004
Bài gửi: 466
Thanks: 0
Thanked 10 Times in 8 Posts
Nhiệt độ đổ gel ở 60-65 oC là vừa. sau khi nung agar thì để nguội đến nhiệt độ đó là vừa.
Thành viên cũ is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 26-05-05, 21:52   #18
sv_ngheo
Registered Users
 
sv_ngheo's Avatar
 
Tham gia ngày: Jan 2005
Bài gửi: 88
Thanks: 2
Thanked 30 Times in 20 Posts
Ở nhiệt độ 60đến 65 độ C có lẽ hơi cao, khi đó lượng hơi nước bốc lên dễ làm cho nồng độ gel thay đổi.

Một mẹo nhỏ: Cứ để cho đến khi bạn có thể chạm tay vào thành bình và cảm thấy chịu đựng đựơc trong vòng 5 giây là ổn.
sv_ngheo is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 20-06-05, 15:01   #19
Nguyễn Hồng Khanh
Registered Users
 
Nguyễn Hồng Khanh's Avatar
 
Tham gia ngày: Jun 2005
Đến từ: Công ty TNHH Nguyên Anh
Bài gửi: 19
Thanks: 0
Thanked 0 Times in 0 Posts
Theo hướng dẫn đổ gel agarose của hãng Consort - Bỉ thì nhiệt độ khi đổ là 50oC. Thực nghiệm thì các bạn đưa ra là 60oC. Nếu được, các bạn thực hiện ở 50oC và cho mình biết kết qủa!
Khanhtssc@yahoo.com
Nguyễn Hồng Khanh is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 27-07-05, 07:25   #20
Nguyễn Đặng Thu Cúc
Registered Users
 
Nguyễn Đặng Thu Cúc's Avatar
 
Tham gia ngày: Jul 2005
Đến từ: HN
Bài gửi: 17
Thanks: 0
Thanked 2 Times in 2 Posts
Em thấy anh/chị casper nói nhiều mẹo khá hay và khá thường gặp:

Trích:
- Cẩn thận pha nhầm, thay vì buffer lại đổ dI H2O vào
Hồi xưa nhầm hoài, chạy chán chê đến lúc xem chẳng thấy DNA đâu    8)

Trích:
- Để tránh bọt khi đổ gel agar, rất đơn giản, đổ buffer vào, ngồi suy nghĩ khoảng 10 phút mình đã ăn món gì tối hôm qua. OK, cho vào lò visóng, đun OK đi, bọt rất ít, vì tinh bột bị no quá rồi....
Đun gel bằng lò vi sóng chẳng vấn đề gì cả, có điều thường xuyên check và lắc đều cho đến khi completely transparent không còn tí particles nào thì là OK, đổ gel gentle để tránh bọt.
Add EtBr vào flash trước khi đổ gel là hay nhất tránh trường hợp phân tán không đều. Nhưng EtBr có radical, liệu đun nóng = lò vi sóng trong lần sử dụng sau có không safe lắm không nhỉ. Em thắc mắc thế thôi chứ người ta vẫn làm.

Trích:
- Đừng rút comb trước 30 phút, để đáy well ổn định hơn... Nên dùng một số dung dịch (loại chống bám dính) lau kỹ răng, sẽ OK hơn.
Trước khi dùng thường em cũng lau comb kĩ hơn và đợi thời gian nhất định rồi mới rút comb (thường thì 2-3% gel cũng mất đến 25-30 phút để gel cứng)

Trích:
- Nếu rỗi rãi, đổ buffer ra cái chén, thử trước xem tối thiểu mất bao nhiêu dye thì kéo được mẫu xuống đáy well. Nên cho tối thiểu dye để kết quả là đẹp nhất khi chụp ảnh. Nếu dùng commecial dye  thì chỉ cần 0.5X là đủ.
Cái này em chưa làm bao giờ, nhưng cũng là một mẹo hay. Có lần dye của tụi em không đủ nặng, chèn lên cả sản phẩm làm mất công phải run lại gel.

Trích:
- Ảnh sẽ rất đẹp nếu đổ gel nồng độ thấp (<1%) và mỏng (<0.5cm).

- Nếu cần thôi gel mà wells quá nhỏ, lấy băng keo trong, dán dăm răng lại, tha hồ load mẫu, nhiêu cũng được. Nên chia bản gel thành 2 phần, một nhuộm lấy tương quan để cắt trích nửa còn lại.

- Đề phòng trường hợp SSCP (đa hình hình dạng sợi), nên dùng dye có formamide (chỉ có ích nhiều khi chạy PAGE).

- Đổ sẵn dăm bản, hoặc đổ một bản to rồi tùy thuộc số mẫu cần kiểm tra mà cắt ra số wells cần thiết...

- Trước khi dùng nên rửa sạch đáy wells, đề phòng "rác" hoặc agar dư..
Những cái này thì tùy hoàn cảnh , em sắp thử   .

Ngoài ra em nghĩ với gel có nồng độ cao thì nên đổ lúc còn ấm "nhiều" (chứ không ấm "ít" như gel nđộ thấp) vì rất fast solidify.

Thêm nữa, thi thoảng em còn lười làm gel sẵn rồi sử dụng hai lần. Gel cắm 2 comb, chạy comb dưới trước, đến ngày hôm sau chạy tiếp lên trên. Kết quả vẫn ngon lành, không vấn đề gì.
Nguyễn Đặng Thu Cúc is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Trả lời

Ðiều Chỉnh
Xếp Bài

Chuyển đến

Similar Threads
Ðề tài Người gửi Chuyên mục Trả lời Bài mới gởi
Thảo luận chung về kỹ thuật dịch thuật Bùi Thúy Nga Ngoại ngữ chuyên ngành 10 17-11-05 01:57


vB 3.8.7 Copyright © 2000 - 2017, Jelsoft Enterprises Ltd.